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jeudi 26 novembre 2020

Compréhension de la façon dont les communautés microbiennes affectent l'expression des shigatoxines de Escherichia coli O157:H7

Dans le cadre de la publication d'une
Special Section on the Third International E. Coli and the Mucosal Immune System (ECMIS) Symposium, la revue Applied and Environmental Microbiology propose un article, Environnement toxique: une compréhension croissante de la façon dont les communautés microbiennes affectent l'expression des shigatoxines de Escherichia coli O157:H7.

N'hésitez pas aussi à retrouver les autres articles dans ce numéro spécial.

Résumé
Les souches de Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC), y compris E. coli O157:H7, provoquent une maladie grave chez l'homme en raison de la production de shigatoxines (stx) et d'autres facteurs de virulence. Parce que stx est corégulé avec l'induction d'un prophage lambdoïde, son expression est particulièrement sensible aux signaux environnementaux.

Les infections à E. coli producteurs de shigatoxines peuvent être difficiles à modéliser en raison du large éventail de résultats de la maladie: certaines infections sont relativement bénignes, tandis que d'autres entraînent de graves complications.

Les organismes probiotiques, les membres du microbiome intestinal et les acides organiques peuvent réduire la production de stx, dans de nombreux cas en inhibant la croissance des souches de EHEC. D'autre part, les facteurs actuellement connus pour amplifier stx agissent via leur effet sur le phage de conversion de stx.

Ici, nous caractérisons deux mécanismes interactifs qui augmentent la production de stx par les souches de E. coli O157:H7: premièrement, des interactions directes avec E. coli sensibles aux phages, et deuxièmement, une amplification indirecte par des facteurs sécrétés.

L'infection de souches sensibles par le phage stx pour convertir des souches peut s'étendre à la population productrice de stx chez un hôte humain ou animal, et il a été démontré que l'infection par un phage module la virulence in vitro et in vivo. Les facteurs acellulaires, en particulier les colicines et les microcines (des bactériocines -aa), peuvent tuer les cellules O157:H7, mais peuvent également déclencher l'expression de stx dans le processus. Les colicines, microcines et autres bactériocines ont des cibles cellulaires diverses, et nombre de ces molécules restent non caractérisées.

L'identification d'interactions microbiennes supplémentaires amplifiant stx améliorera notre compréhension des infections à E. coli O157:H7 et aidera à élucider la régulation complexe de la pathogénicité des souches de EHEC.

NB : On lira une définition des phages lambdoïdes ici.

jeudi 5 novembre 2020

Retour sur une épidémie au Royaume-Uni due à des hamburgers surgelés. La question de la cuisson est de nouveau posée

«
Une étude détaille la première épidémie à STEC au Royaume-Uni due à des hamburgers surgelés», source article de Joe Whitworth paru le 5 novembre 2020 dans Food Safety News, adapté par mes soins -aa.

Des chercheurs ont décrit la première épidémie nationale à E. coli producteurs de shigatoxines au Royaume-Uni associée à des hamburgers qui a touché 12 personnes en 2017.

Il s'agissait également de la première épidémie connue au Royaume-Uni liée à des hamburgers surgelés. Quatre petites éclosions locales se sont produites en Angleterre et au Pays de Galles entre 2009 et 2015 et elles étaient probablement dues à la consommation de hamburgers réfrigérés insuffisamment cuits ou à une contamination croisée à l'extérieur de la maison.

En novembre 2017, Public Health England (PHE) a identifié une épidémie suspectée grâce à une surveillance de routine, lorsque quatre cas d'isolats de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) O157:H7 avec le même type de phage sont détectés, selon l'étude publiée dans la revue Epidemiology and Infection (article en accès libre -aa).

Le séquençage du génome entier a indiqué que les cas étaient probablement liés à une source commune et les enquêtes comprenaient un examen des données de surveillance, une étude de cas et des entretiens exploratoires.

La souche de l'épidémie n'avait pas été détectée au cours des trois dernières années du séquençage du génome entier de routine pour les isolats de STEC en Angleterre. Environ 700 cas de STEC O157:H7 sont signalés chaque année en Angleterre.

Petite épidémie avec des cas graves
Douze personnes ont été touchées, huit ont été hospitalisées et quatre ont développé un syndrome hémolytique et urémique (SHU) mais aucune personne est décédée. Des hamburgers de viande bovine surgelés fournis par Sainsbury’s étaient le véhicule de l’épidémie.

L'analyse de deux échantillons de hamburgers restants provenant des congélateurs de deux cas distincts et d'un échantillon conservé du site de production s'est avérée positive pour la souche épidémique. La traçabilité des hamburgers a montrés qu'ils ont été produits dans une seule usine de préparation de viande, qui fabriquait des hamburgers surgelés pour tous les grands supermarchés britanniques.

Les hamburgers ont été produits le 5 septembre 2017 à partir du même lot de matière. La contamination peut avoir été limitée à un mélange préparé en l'espace d'une heure ce jour-là. Au total, 30 252 conditionnements avaient été produits à partir de ce lot. Un certain nombre de clients ont retourné le produit et 19 000 unités ont été détruites.

Les enquêtes sur le site de production n'ont identifié aucune infraction à la législation sur la sécurité des aliments. Les conseils de cuisson sur l'emballage ont été jugés adéquats et des entretiens avec sept manipulateurs d'aliments qui ont préparé des hamburgers pour huit cas liés à l'épidémie ont auto-déclaré de bonnes pratiques de stockage et de cuisson à domicile.

Onze cas vivaient en Angleterre et une autre personne était d'Écosse. Neuf étaient des hommes et trois étaient des femmes. Ils étaient âgés de 1 à 65 ans et les dates d'apparition de la maladie allaient du 28 septembre au 23 novembre 2017.

Enquête sur l'épidémie
Une étude de cas a comparé les expositions parmi les 11 cas de l'épidémie en Angleterre à 537 cas primaires non épidémiques (groupe témoin) qui n'étaient pas associés à des voyages à l'étranger ou à d'autres épidémies connues.
Cette étude a révélé que Sainsbury avait été signalé par 10 des 11 cas de l'épidémie, contre 106 personnes dans le groupe témoin. Parmi les expositions alimentaires, 13 catégories ont été signalées par plus de la moitié des cas de l'épidémie.

Les cas de l'épidémie ont été de nouveau interrogés à l'aide d'un questionnaire exploratoire pour obtenir un historique alimentaire plus détaillé. La consommation ou la manipulation de viande bovine crue destiné à la cuisson a été signalée par sept patients interrogés et comprenait un ou plusieurs produits de hamburgers, de viande hachée, de tourtes à la viande bovine, de steak et de rôti de bœuf.

Après la génération d'hypothèses, les cas ont de nouveau été interrogés à l'aide d'un questionnaire ciblé et interrogés sur la consommation ou la manipulation des produits suspects. Sur 10 cas réinterrogés en décembre sur les hamburgers et les produits de viande bovine hachés, neuf ont déclaré avoir consommé des hamburgers cuits surgelés de chez Sainsbury's et un d'un autre distributeur.

Sainsbury a examiné l'historique des achats des six cas avec des données de carte de fidélité. Cela a confirmé que quatre d’entre eux avaient acheté les hamburgers surgelés de la marque du distributeur entre août et novembre 2017. L’historique des achats en ligne d’une autre personne indiquait qu’ils avaient commandé un autre type de hamburger réfrigéré de la marque Sainsbury.

À partir des données des cartes de fidélité et des entretiens avec les patients, les détails du produit étaient disponibles pour 10 des 12 cas. Neuf hamburgers de Sainsbury’s, sept un hamburger surgelé d'une marque spécifique propre et deux un hamburger réfrigéré d'une marque propre.

Le distributeur a effectué des analyses de laboratoire supplémentaires sur les instructions de cuisson. La FSA a conclu que si les instructions de cuisson étaient correctement suivies, la température nécessaire serait atteinte et que les directives comportaient une marge de sécurité adéquate.

«En raison de la variation des pratiques de cuisson et des performances des appareils de cuisson, du non-respect des instructions de cuisson ou du non-respect des instructions de cuisson ou de la contamination croisée à la maison, nous soupçonnons que des cas sporadiques de STEC liés à des hamburgers surgelés cuits à la maison sont sous-estimés», ont écrit les chercheurs.

En conclusion, les auteurs notent,

En termes de mesures de maîtrise, étant donné que les STEC peuvent être présents dans de la viande bovine crue, des contrôles adéquats pendant la production, le stockage et la cuisson des hamburgers sont essentiels pour minimiser le risque de maladie. Parmi ceux-ci, une cuisson adéquate est le point critique pour la maîtrise ou Critical Control Point (CCP). Le conseil actuel est que les hamburgers doivent être cuits pour rester à 70°C pendant 2 minutes, et un étiquetage adéquat est important pour informer les consommateurs sur la cuisson sécuritaire des hamburgers.

Pour l'Anses, il est rapporté,
    Il est nécessaire de bien cuire à cœur les viandes hachées ou produits à base de viande hachée consommés par les jeunes enfants ou les personnes âgées. Une température à cœur de 70°C doit être atteinte lors de la cuisson des steaks hachés de bœuf.
Je pense que cela peut être aussi utile pour tout type de consommateur ...

jeudi 29 octobre 2020

La FDA fait des annonces sur deux épidémies à E. coli O157:H7

« La FDA annonce des enquêtes sur deux épidémies à E. coli O157:H7 », source communiqué de l'US Food and Drug Administration du 28 octobre 2020.

La communiqué suivant est attribuée à Frank Yiannas, commissaire adjoint de la FDA pour la politique alimentaire et la réponse:

«La FDA, avec le CDC et nos partenaires locaux et des Etats, s’emploient à enquêter sur deux flambées de maladies à E. coli O157:H7 (STEC) productrices de toxines Shiga. Nous ne savons pas quel aliment cause des maladies ou s'il s'agit d'un produit alimentaire réglementé par la FDA.»

«Cependant, nous avons vu des souches similaires récurrentes, émergentes ou persistantes de E. coli lors d'épidémies récentes. E. coli O157:H7 peut contaminer de nombreux aliments, et nous ne pouvons pas supposer que les épidémies actuelles soient liées à des aliments historiquement associés comme la laitue romaine et d'autres légumes verts à feuilles. Il n'y a actuellement aucune information indiquant que les personnes devraient éviter tout aliment spécifique.»

«Nous publions cette mise à jour au début de notre enquête dans le cadre de notre engagement continu envers la transparence et la communication rapide. Nous travaillons également à la mise à disposition prochaine d'une nouvelle ressource sur notre site Internet pour fournir des mises à jour rapides sur les enquêtes nouvelles et actives.»

«Nous travaillons en étroite collaboration avec nos partenaires du CDC et des États pour identifier les sources des flambées de maladie à E. coli O157:H7 et nous partagerons les informations dès qu'elles seront disponibles.»

Information additionnelle:
La Food and Drug Administration des États-Unis, avec les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), et des partenaires locaux et des Etats, mènent des enquêtes sur deux épidémies distinctes de cas de maladie d'origine alimentaire à E. coli O157:H7 (STEC) qui sont récurrentes, souches émergentes ou persistantes. Pour soutenir l'enquête épidémiologique du CDC, la FDA mène des enquêtes de traçabilité, des inspections sur place et des plans d'échantillonnage dans le but d'éliminer ou d'exclure les aliments suspects.

L'une des épidémies est causée par une souche de E. coli génétiquement liée à une souche qui a provoqué l'épidémie à STEC en 2019 liée à de la laitue romaine cultivée dans la région de culture de Salinas de la côte centrale de la Californie. À ce jour, 23 cas et aucun décès ont été signalés.

La deuxième épidémie est causée par une souche de E. coli génétiquement liée à un cluster génétique plus vaste et diversifié, y compris la souche à l'origine de l'épidémie à STEC en 2018 liée à de la laitue romaine et aux isolats environnementaux de la région de culture de Yuma, Arizona. À ce jour, 21 cas et un décès ont été signalés.

Bien qu'il n'y ait pas eu d'aliments spécifiques définitivement liés à ces épidémies, la FDA a pris un certain nombre de mesures pour prévenir les épidémies de maladies d'origine alimentaire et renforcer les garanties pour les consommateurs dans le cadre de notre initiative New Era of Smarter Food Safety, y compris la publication du Leafy Greens STEC Action Plan, qui décrit les actions que la FDA prévoit de prendre en 2020 pour faire avancer les travaux dans trois domaines: la prévention, la réponse et le traitement des lacunes dans les connaissances.

Les actions réalisées cette année comprennent:
Publication d'un rapport à la suite de notre enquête sur les trois éclosions à E. coli O157:H7 en 2019 dans les légumes verts à feuilles cultivés dans la vallée de Salinas, Californie, qui a encore amélioré notre compréhension de la façon dont les légumes verts à feuilles peuvent être contaminés et de l'impact de l'activité animale sur les et terrain à proximité.

En collaboration avec le California Department of Food and Agriculture (CDFA), des inspections priorisés et autres activités de surveillance dans les exploitations agricoles identifiées par la traçabilité dans les épidémies de 2019 au cours de la saison de croissance/récolte 2020 spécifiquement pour enquêter plus avant sur les opérations de récolte et les facteurs dans l'environnement qui peuvent avoir contribué à l'introduction et à la transmission de E. coli O157:H7 qui ont conduit à la contamination de la laitue romaine dans la zone de culture de la vallée de Salinas.

Une étude de recherche longitudinale a été initiée avec le CDFA et d'autres partenaires agricoles en Californie pour améliorer la sécurité des aliments grâce à notre meilleure compréhension de l'écologie des agents pathogènes humains dans l'environnement qui peuvent provoquer des épidémies de maladies d'origine alimentaire. En outre, notre activité d'inspection dans la Central Coast, Central Valley et Imperial Valley en Californie et à Yuma, Arizona, comprend l'échantillonnage et l'analyse des E. coli pathogènes et Salmonella avec un nouveau plan d'échantillonnage ainsi que l'étude des plans d'échantillonnage de ces dernières années.

samedi 24 octobre 2020

Survie de Salmonella et Escherichia coli O157:H7 dans la poudre de lait

Voici un article qui fait le point sur la survie d'agents pathogènes, Salmonella et Escherichia coli O157:H7 et des inquiétudes en sécurité des aliments sur les produits commerciaux de lait en poudre (article en accès libre). Source MDPI.

Résumé

Le lait et les produits laitiers sont sensibles à l'incidence des maladies d'origine alimentaire causées par de nombreux agents pathogènes, notamment Listeria monocytogenes, Salmonella spp., Escherichia coli, Campylobacter jejuni entéropathogène, Yersinia enterocolitica, Cronobacter (Enterobacter sakazakii) et Staphylococcus aureus.

Chaque année, les infections à Salmonella provoquent environ 93,8 millions de cas de gastro-entérite et 155 000 décès dans le monde. En tenant compte de la viande et la volaille, les produits laitiers sont les aliments les plus souvent contaminés par Salmonella. Des études montrent que Salmonella, Escherichia coli O157:H7 et Listeria monocytogenes font partie des 5 principaux agents pathogènes provoquant des hospitalisations et des maladies d'origine alimentaire potentiellement mortelles.

Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis ont estimé qu'environ 1,2 million de maladies d'origine alimentaire avec plus de 23000 hospitalisations, 450 décès et 130 éclosions étaient attribuées à une infection à Salmonella aux États-Unis.

Salmonella, pathogène entérique, dans le lait écrémé en poudre a survécu après trois mois d'entreposage, avec une activité de l'eau aussi basse que 0,33. En ce qui concerne Escherichia coli O157:H7, il est capable de provoquer des maladies à une faible dose, allant de 5 à 50 cellules. Les cellules viables de Escherichia coli O157:H7 survivent dans les préparations pour nourrissons en poudre pendant un an à 5°C. La capacité de survie de Escherichia coli dans le lait en poudre a été considérablement réduite grâce aux effets synergiques de la durée et de la température de stockage.

Le U.S. Dairy Export Council recommande que le lait en poudre soit conservé dans un endroit frais et sec, à une température ne dépassant pas 27°C et une humidité relative ne dépassant pas 65%.

Des articles ont recommandé que les produits de lait en poudre doivent être stockés dans des contenants étanches à la lumière, à l'oxygène et à l'humidité. Dans cet article, la survie des principaux agents pathogènes d'origine alimentaire, notamment Salmonella et Escherichia coli O157:H7, dans les produits laitiers en poudre d'espèces laitières courantes telles que la vache et la chèvre est passée en revue.

Mots clés

Salmonella; Escherichia coli O157:H7; agents pathogènes; capacité de survie; lait en poudre; maladie d'origine alimentaire; stabilité au stockage

Conclusions

Le lait et ses produits sont les aliments les plus fréquemment contaminés par Salmonella, Escherichia coli O157:H7 et Listeria monocytogenes, Campylobacter jejuni et Clostridium botulinum font partie des 5 principaux agents pathogènes à l'origine de maladies d'origine alimentaire.

Salmonella peut survivre et se développer dans un large éventail de conditions environnementales telles quedles températures de réfrigération, un pH faible et une concentration en sel plus élevée et même dans des aliments déshydratés. La survie des agents pathogènes est influencée par le nombre de cellules, le type ou la souche bactérienne, le stress dû au niveau d'oxygène, à la teneur en humidité, au niveau de nutriments et de substrat, etc.

Escherichia coli O157:H7 ne produit pas de spores pendant le stress; au lieu de cela, l'organisme modifie son taux d'activité métabolique ou physiologique. E. coli O157:H7 a peut-être même la capacité d'éviter la pénurie alimentaire en développant des moyens d'utiliser les nutriments plus facilement disponibles, au lieu de compter sur les nutriments idéaux qui peuvent ne pas être présents en quantités suffisantes.

La stabilité et la sécurité des aliments peuvent être prédites de manière plus fiable par l'activité de l'eau (aw) que par la teneur en eau. Des études récentes ont montré que la capacité de survie de Salmonella et Escherichia coli O157:H7 dans les produits de lait de chèvre en poudre était considérablement réduite grâce aux effets synergiques de la durée de stockage et de la température de stockage. Afin de maintenir la stabilité au stockage des produits laitiers en poudre, ainsi que pour minimiser la survie de Salmonella et Escherichia coli O157:H7, ils doivent être stockés dans un récipient léger, étanche à l'oxygène et à l'humidité à basse température (< 4°C), et le maintien de ces conditions peut prolonger la durée de stockage des produits déshydratés.

vendredi 2 octobre 2020

Le Canada a élaboré des exigences en matière d'importation visant les légumes verts feuillus provenant de la Californie et de l'Arizona

 Le site The Packer du 2 octobre 2020 rapporte « Le plan canadien surprise sur les exigences d'importation de la romaine suscite l'alarme ».

Les règlements proposés qui imposeraient des exigences d’analyse sur les importations canadiennes de laitue romaine de la vallée de Salinas en Californie suscitent des inquiétudes chez les producteurs, les acheteurs et les associations de l’industrie.

Qu'en est-il ?

L'
Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) propose des « Exigences en matière d'importation visant les légumes verts feuillus provenant de la Californie et de l'Arizona ».

Les légumes verts feuillus importés de Californie et d'Arizona aux États-Unis ont été associés à plusieurs éclosions de maladies d'E. Coli O157:H7 d'origine alimentaire en 2006, 2018 et 2019. Afin de favoriser et d'améliorer constamment l'utilisation des pratiques de salubrité des aliments dans l'industrie de la production, la Californie et l'Arizona ont élaboré et mis en œuvre des ententes de commercialisation des légumes verts feuillus.

Le Department of Food and Agriculture de la Californie, en consultation avec la Food and Drug Administration des États Unis, le Department of Agriculture des États Unis, des représentants officiels de la Californie et la Western Growers Association, a élaboré une entente, la California Leafy Green Products Handler Marketing Agreement (LGMA), qui requiert que les manutentionnaires de légumes verts feuillus cultivés en Californie, signataires de l'entente, s'approvisionnent auprès de producteurs qui se conforment aux directives stipulées dans les Commodity Specific Food Safety Guidelines for the Production and Harvest of Lettuce and Leafy Greens (Leafy Green GAPs).

Ces directives sur la production et la récolte de légumes verts feuillus (Leafy Green GAPs) ont été élaborées par la Western Growers Association, en collaboration avec la Food and Drug Administration (É.-U.) et le Department of Health Services de la Californie, et examinées par des pairs du milieu universitaire. Elles comprennent les pratiques exemplaires pour réduire les facteurs de risque associés aux légumes verts feuillus.

En Arizona, l'industrie des légumes verts feuillus a mis sur pied le Arizona Leafy Greens Food Safety Committee (comité sur la salubrité des aliments verts feuillus en Arizona) en 2007 afin de mieux organiser et protéger l'intégrité des légumes verts feuillus qui y sont cultivés, récoltés, et qui sont expédiés à partir de cet État. Ce groupe supervise l'Arizona Leafy Greens Marketing Agreement (LGMA).

Les membres du LGMA de l'Arizona doivent se conformer aux mesures des Leafy Green GAPs et font l'objet de vérifications régulières par les vérificateurs autorisés de la U.S. Department of Agriculture (USDA).

L'importation au Canada de légumes-feuilles de la Californie est seulement permise s'ils proviennent de manutentionnaires signataires de la LGMA de la Californie.

L'importation au Canada de légumes verts feuillus de l'Arizona est seulement permise s'ils proviennent de manutentionnaires signataires de la LGMA de l'Arizona.

Exigences en matière d'importation

L'ACIA permettra l'importation de légumes verts feuillus des États-Unis si les conditions suivantes sont réunies :

  1. L'importateur indique l'État d'origine des légumes frais.
  2. Les produits cultivés en Californie ont été manipulés par un membre homologué de la California Leafy Green Products Handler Marketing Agreement.
  3. Les produits cultivés en Arizona ont été manipulés par un expéditeur qui est un membre homologué de la LGMA de l'Arizona.

L'article 8 du Règlement sur la salubrité des aliments au Canada s'énonce comme suit :

8 (1) L'aliment qui est expédié ou transporté, d'une province à une autre, ou qui est importé ou exporté, doit satisfaire aux exigences suivantes :

a) il n'est pas contaminé
b) il est comestible;
c) il n'est pas composé, en tout ou en partie, d'une substance malpropre, putride, dégoûtante, pourrie, décomposée ou provenant d'animaux malades ou de végétaux malsains;
d) il a été fabriqué, conditionné, entreposé, emballé et étiqueté dans des conditions hygiéniques.

Mise à jour du 7 octobre 2020. On lira de l'ACIA du CanadaAvis à l'industrie : Nouvelle exigence en matière d'importation : une partie de la laitue romaine californienne doit être analysée pour détecter E. coli.

dimanche 6 septembre 2020

Une étude s’intéresse à la présence de E. coli et de Campylobacter dans les exploitations agricoles et dans le lait cru en Finlande


« Une étude s’intéresse à la présence de E. coli et de Campylobacter dans les exploitations agricoles et dans le lait cru », source Food Safety News.

E. coli et Campylobacter peuvent persister dans les exploitations laitières pendant des mois et contaminer le lait du tank non pasteurisé vrac malgré certaines mesures d'hygiène, selon une thèse.

Les travaux d’Anniina Jaakkonen ont étudié la fréquence et les facteurs contributifs de la contamination du lait par les E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et de Campylobacter jejuni dans les exploitations laitières finlandaises. Il s'appuient sur trois publications: une en 2017 dans la revue Zoonoses and Public Health, une autre en 2019 dans Applied Environmental Microbiology et la dernière en avril de cette année dans la revue PLoS ONE.

Dans les première et troisième études, une exploitation laitière a d'abord été échantillonnée en raison d'une suspicion d'épidémie. Le premier article décrit une épidémie à STEC O157 avec 11 cas identifiés dans le sud-ouest de la Finlande en juin 2012. Six enfants ont été hospitalisés, dont quatre avec un type d'insuffisance rénale appelée syndrome hémolytique et urémique (SHU), après avoir bu du lait de vache cru de la ferme locale. La ferme a été échantillonnée pendant l'épidémie et trois mois plus tard.

La troisième article est une étude de suivi d’une flambée de campylobactériose dans l’ouest de la Finlande en novembre 2012. Deux enfants ont été hospitalisés pour une diarrhée sanglante et une infection à Campylobacter jejuni après avoir consommé du lait de vache cru acheté dans une ferme locale. La ferme a été échantillonnée au cours des six mois suivant l'épidémie.

Dans le deuxième article de la recherche, trois fermes laitières ont été recrutées après un isolement préalable à la ferme de STEC O157:H7 et de Campylobacter jejuni. Elles ont été échantillonnées entre janvier 2014 et juin 2015. Malgré l'isolement simultané de STEC O157:H7 ou de Campylobacter jejuni provenant de bovins, ces bactéries ont rarement été isolées des filtres à lait et du lait.

E. coli et Campylobacter isolés dans les exploitations laitières
Les mesures d'hygiène comprenaient la désinfection continue des auges pour boire et pour manger et des zones contaminées. Des pratiques d'hygiène améliorées ont été appliquées à la traite et à la manipulation des aliments pour animaux et du fumier. Pour décontaminer le lait du tank vrac dans les fermes associées à l'épidémie, soit la salle de lait a été remplacée, soit la machine à traire et le tank ont été rincés à l'acide et les composants ont été remplacés.

En Finlande, les ventes à la ferme sont autorisées jusqu'à 2 500 kilogrammes par an sans approbation officielle. Les fermes qui vendent annuellement plus que cette quantité de lait non pasteurisé ont besoin d'avoir un établissement alimentaire approuvé et d'un plan de surveillance des pathogènes.

Dans la première étude, des STEC O157:H7 ont été isolés des excréments de bovins et de l'environnement de la ferme, à partir de neuf échantillons dans les trois mois suivant l'épidémie. Dans la deuxième étude, des STEC O157:H7 ont été isolés des trois fermes au cours d'une période d'échantillonnage d'un an. La contamination par des STEC se produit pendant la traite, lorsque le bétail excrète la bactérie, malgré une hygiène stricte à la ferme. Des STEC O157:H7 ont persisté dans deux troupeaux jusqu'à 12 mois.

Campylobacter jejuni a été isolé de toutes les fermes laitières dans les trois études, mais ce n'est que dans la troisième étape de la recherche que des isolats ont été récupérés à partir de lait du tank vrac. Il a contaminé de manière persistante le lait de tank vrac pendant sept mois malgré les mesures d'hygiène. Seule la souche à l'origine de l'épidémie de séquence type (ST) 883 a été isolée du lait, bien que d'autres types aient été isolés de la ferme.

Retouver et réduire la contamination
Les STEC étaient rarement isolés du lait du tank vrac et des filtres à lait et seulement simultanément avec l'isolement fécal. Les taux de détection plus élevés provenaient des filtres à lait que du lait par les méthodes de culture et par PCR en temps réel. Ainsi, les filtres à lait sont des cibles d'échantillonnage plus fiables pour la surveillance des STEC que le lait.

La contamination du lait par les bactéries STEC peut être réduite, mais pas évitée, par des pratiques à la ferme. L'effet de neuf facteurs de risque sur la contamination par stx du lait de tank vrac, en tant qu'indicateur de la contamination par les STEC, a été étudié. La réduction de la contamination du lait était associée à l'abattage des vaches laitières, au nettoyage majeur dans l'étable et au pâturage des vaches laitières.

Une température extérieure moyenne plus élevée était associée à une contamination accrue du lait. Aucun effet n'a été observé pour cinq facteurs de risque: anomalies dans l'alimentation, entretien et pauses de l'équipement de traite, nombre de jours de pluie, nombre total de bactéries et le nombre total de cellules.

Jaakkonen a conclu que toutes les fermes produisant du lait cru de consommation devraient appliquer des mesures d'hygiène économiques pour réduire le risque de contamination. Ces étapes ne peuvent pas prévenir totalement la contamination du lait et le traitement thermique du lait cru avant sa consommation est recommandé pour des raisons de sécurité sanitaire.

vendredi 17 juillet 2020

Évaluation des risques pour la santé publique de la présence de Escherichia coli O157: H7 dans de la coriandre


Voici le résumé d'une étude sur l'évaluation des risques pour la santé publique de la présence de Escherichia coli O157: H7 dans de la coriandre.

Faits saillants
  • Une évaluation quantitative des risques microbiologiques pour la présence de E. coli O157:H7 sur de la coriandre de la ferme à l'assiette a été réalisée.
  • La probabilité d’être malade après avoir consommé de la coriandre fraîche a été estimée à très faible.
  • De nombreuses maladies à E. coli O157:H7 peuvent survenir sans contrôle de la chaîne d'approvisionnement de la coriandre.
  • Une eau d'irrigation de bonne qualité réduit le risque de maladie à E. coli avec de la coriandre.
  • Une température de transport élevée augmente le risque de maladie à E. coli avec de la coriandre. 
Résumé
Cette étude visait à modéliser la croissance et la mort de Escherichia coli O157:H7 tout au long de la chaîne d'approvisionnement de la coriandre, de la ferme à l'assiette, afin d'étudier son risque pour la santé publique.

Les facteurs contributifs inclus dans le modèle étaient la contamination des exploitations par l'eau d'irrigation et les souillures, le rayonnement solaire, la récolte et les temps et températures de transport et de stockage.

Le modèle de risque développé a estimé les risques microbiologiques associés à E. coli O157:H7 dans la coriandre et déterminé les paramètres ayant le plus d'effet sur la concentration finale par portion pour les futures stratégies de réduction.

Les résultats ont montré une diminution similaire des concentrations de E. coli O157:H7 (valeurs médianes) le long de la chaîne d'approvisionnement pour la coriandre cultivée en hiver et en été. Avec une prévalence estimée à 0,1% de la contamination par E. coli O157: H7 pour la coriandre après la récolte utilisée à des fins d'illustration, le modèle prédit la probabilité de maladie de consommer de la coriandre fraîche comme très faible avec moins de deux cas de maladie pour chaque milliard de portions de coriandre (1,6 x 10-9; 95e percentile). Bien que rares, 3,7% et 1,6% des scénarios réalisés dans ce modèle pour la coriandre cultivée respectivement en été et en hiver, entraînent plus de 10 cas par an aux États-Unis.

Cela se reflète dans la vie réelle où les maladies liée à de la coriandre sont rarement observées mais où des épidémies se sont produites. L'analyse de sensibilité et les analyses de scénarios ont démontré que la garantie d'une eau d'irrigation propre et de haute qualité et la prévention des abus de température pendant le transport de la ferme à la distribution sont essentielles pour réduire le risque global de maladie.

vendredi 22 mai 2020

Des matières fécales des parcs d'engraissement à proximité sont probablement à l'origine des épidémies de laitues romaines aux Etats-Unis


Sans grande surprise, « Des matières fécales des parcs d'engraissement à proximité sont probablement à l'origine des épidémies de laitues romaines aux Etats-Unis », source Food Safety News.

Les résultats d'une investigation sur la contamination de la laitue romaine impliquée dans trois éclosions à E. coli O157:H7 au cours de l'automne 2019 ont été publiés par la Food and Drug Administration des États-Unis.

À la fin de 2019, la FDA, les Centers for Disease Control and Prevention et les partenaires de l'État ont enquêté sur la contamination de la laitue romaine par plusieurs souches de E. coli O157:H7, ce qui a provoqué trois éclosions de maladies d'origine alimentaire remontant à la région de culture de la vallée de Salinas, Californie. Ces épidémies - deux dans plusieurs États et une dans un seul État débutant en septembre et se terminant en décembre 2019 - ont fait collectivement 188 décès.

L'investigation a été menée dans plusieurs exploitations agricoles identifiées par la traçabilité de l'épidémie, ainsi que dans d'autres entreprises et zones d'accès et a abouti à plusieurs conclusions clés:

  1. Chacune de ces trois éclosions, identifiées dans le rapport comme les éclosions A, B et C, a été causée par des souches distinctement différentes de E. coli O157:H7, comme déterminé par l'analyse du séquençage du génome entier;
  2. Des investigation de traçabilité de plusieurs sous-groupes de cas de maladie et des informations sur la chaîne d'approvisionnement ont identifié un producteur commun avec plusieurs ranchs/champs qui a fourni de la laitue romaine pendant la période concernée à plusieurs entités commerciales associées aux trois épidémies.
  3. La même souche d'E. Coli O157: H7 à l'origine de l'épidémie A a été trouvée dans deux marques différentes de salades fraîches contenant de la laitue romaine en 2019;
  4. Cette même souche épidémique d'E. Coli O157: H7 dans l'éclosion A a été détectée dans un échantillon composite de sol fécal prélevé sur une grille de bétail sur un terrain public à moins de deux milles en amont d'une ferme de production avec plusieurs champs liés aux éclosions par le retraçage. enquêtes;
  5. D'autres souches de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), bien que n'étant liées à aucune des épidémies, ont été retrouvées à proximité de l'endroit où étaient cultivées les laitues romaines, y compris deux échantillons dans une zone frontalière d'une ferme immédiatement à côté de des pâturages de bétail dans les collines au-dessus des champs de légumes verts à feuilles et deux échantillons provenant du bassins de drainage des eaux à la ferme.
La FDA considère l'utilisation des terres adjacentes ou à proximité pour le pâturage du bétail comme le facteur contributif le plus probable associé à ces trois épidémies. Bien que l'agence n'ait pas pu confirmer une source ou une voie définitive de contamination des champs de laitues romaines, l'agence considère la transmission indirecte de matières fécales des terres adjacentes et voisines à partir des eaux de ruissellement, du vent, des animaux ou des véhicules vers les champs de laitues romaines ou aux sources d'eau agricoles utilisées pour cultiver la laitue romaine, comme voies possibles de contamination.

Ces résultats, ainsi que les résultats des précédentes éclosions de légumes verts à feuilles, suggèrent qu'un facteur contributif potentiel a été la proximité de bovins, « une source persistante de E. coli O157:H7 et d'autres STEC » des champs de produits identifiés dans les enquêtes de traçabiité. Ces constatations clés renforcent notre préoccupation quant aux impacts possibles de l'utilisation des terres à proximité et adjacentes sur la sécurité des cultures de légumes verts à feuilles et soulignent en outre l'importance de mettre en œuvre des mesures préventives appropriées fondées sur les risques pour réduire le potentiel de contamination des légumes verts à feuilles.

En raison de la nature récurrente des épidémies associées aux légumes verts à feuilles, la FDA a récemment publié le 2020 Leafy Greens STEC Action Plan, qui décrit une approche en trois volets pour lutter contre ce problème. Il décrit les plans de la FDA pour travailler avec l’industrie, les partenaires fédéraux, les autorités de réglementation nationales et locales, le monde universitaire et d’autres pour améliorer la sécurité des légumes verts à feuilles en faisant progresser les travaux dans trois domaines: la prévention, la réponse et la correction des lacunes dans les connaissances.

La sécurité sanitaire des aliments est une responsabilité partagée qui implique les producteurs, distributeurs, fabricants, détaillants et services réglementaires alimentaires. La FDA s’engage à travailler avec ces parties prenantes pour mettre en œuvre ce plan d’action afin de garantir que l’approvisionnement alimentaire américain demeure parmi les plus sûrs au monde.

Pour plus d'informations, on lira,
Mise à jour du 23 mai 2020. Bill Marler, l'avocat bien connu et éditeur de Food Safety News, se demande dans un article qui se veut sarcastique, si les problème évoqués dans le rapport de la FDA ne sont pas évidents depuis très longtemps. Pour preuve, cette image de bovins au dessus d'un champ de laitues ...

jeudi 23 avril 2020

Transmission et dynamique de STEC O157: H7 : Une histoire sur les associations complexes entre l'agent pathogène, l'hôte et l'environnement


Photo avec l'autorisation de Lena-Mari Tamminen
« Une étude sur les exploitations agricoles suédoises élargit les connaissances sur E. coli », source Food Safety News.

Une chercheuse d'une université suédoise a révélé de nouvelles connaissances sur la transmission et la persistance de E. coli O157:H7 entre et au sein des exploitations agricoles.

La thèse de doctorat de Lena-Mari Tamminen à l'Université suédoise des sciences agricoles (SLU) a identifié des zones cibles possibles pour des mesures à la ferme afin de réduire la prévalence de l'agent pathogène potentiellement mortel.

En Suède, la transmission nationale d'un sous-type hautement virulent de E. coli producteur de shigatoxines (STEC) O157:H7, provenant de cas groupés régionaux d'exploitations de bovins infectés, est en augmentation. Au total, 40 rapports de syndrome hémolytique et urémique (SHU), le nombre le plus élevé jamais enregistré de cas annuel, ont été enregistrés en 2018 et la moitié d'entre eux sont survenus chez des enfants de moins de 10 ans.

En réduisant l'incidence chez les bovins, la propagation de l'infection aux humains pourrait être évitée, mais comme les animaux ne présentent aucun symptôme, il n'est pas facile de savoir quand et comment agir. Cependant, E. coli ne fait pas partie de la flore intestinale normale de l'animal, il peut donc en être exempt dans les bonnes conditions.

Facteurs de risque
Le risque d'introduction du STEC O157:H7 dans les élevages bovins a été étudié en collectant des échantillons environnementaux au printemps et à l'automne sur 80 sites de l'île d'Öland.

Un des facteurs de risque d'introduction de l'infection était l'achat d'animaux. Tamminen a évalué le veau en termes de santé et de bien-être pour étudier les différences individuelles.

En comparant les exploitations agricoles dans une zone où les bactéries ont circulé, Tamminen et ses collègues pourraient avoir une idée de la façon dont les bactéries se propagent et des types d'exploitations les plus à risque de l'obtenir.

Dans quatre fermes, un échantillonnage environnemental avec analyse des souches a été effectué pendant l'été, entre l'échantillonnage du printemps et celui de l'automne. Les animaux ont attrapé les bactéries du voisin dans les pâturages, peut-être par contact avec d’autres animaux ou avec l’environnement, et les ont ramenés à la ferme.

Le partage de machines agricoles était un facteur de risque d'être positif dans l'échantillonnage d'automne, de sorte que le déplacement des véhicules entre les fermes pourrait être un problème. Étant positif au printemps et à l'automne, l'échantillonnage était associé à la taille de l'exploitation, les plus grandes étant plus susceptibles d'être positives et combinant la production de lait et de viande.

Des échantillons individuels de veaux de 12 fermes laitières avec STEC O157:H7, établis par échantillonnage environnemental, ont été collectés. Des indicateurs du bien-être et du comportement des animaux pour étudier les différences individuelles ont été utilisés pour explorer les différences entre les veaux colonisés et non colonisés.

Une seule ferme avait des échantillons environnementaux positifs provenant de veaux jeunes et sevrés, de jeunes animaux et de vaches laitières. Dans toutes les fermes, l'agent pathogène a été retrouvé chez des veaux âgés de 2 à 6 mois. Dans six fermes, des groupes comprenant des animaux jusqu'à 12 mois étaient également positifs dans l'échantillonnage environnemental.

Mesures de réduction
Les résultats suggèrent que les animaux sociaux et actifs sont plus susceptibles d'être colonisés par l'agent pathogène alors qu'il était moins probable que les animaux présentent des signes de mauvaise santé et de bien-être. Les variables associées au portage de la bactérie étaient le frottement ainsi que l'auto-léchage et le léchage d'autres veaux. Ces résultats ont été publiés dans la revue Scientific Reports*, « Socially engaged calves are more likely to be colonised by VTEC O157:H7 than individuals showing signs of poor welfare ».

Les animaux colonisés excrétant des niveaux élevés de bactéries étaient importants pour la transmission, mais l'exposition environnementale augmentait également le risque de transmission dans les enclos.

La transmission fréquente de souches virulentes entre les fermes voisines se produit dans les zones denses du bétail avec des contacts réguliers. De nombreuses fermes voisines augmentent le risque d'infection dans une ferme et les voies de transmission sont liées aux contacts humains et animaux entre les fermes.

Dans les exploitations infectées, STEC O157:H7 se retrouve le plus souvent chez les veaux et les jeunes animaux et seulement occasionnellement chez les vaches laitières. La dynamique de transmission au sein des exploitations est influencée par les contacts directs entre les animaux, la présence de super-excréteurs ainsi que l'hygiène des enclos.

Les agriculteurs peuvent prévenir les cas humains sporadiques causés par un contact direct avec les animaux en informant les visiteurs, en particulier les enfants, de se laver les mains après cette activité. D'autres actions évitent le mélange des groupes et empêchent l'agent pathogène de se déplacer entre les enclos par des bottes sales, des mouches et d'autres vecteurs potentiels.

Les mesures visant à aider la ferme à éliminer plus rapidement l'infection comprennent de s'assurer que la litière est sèche et d'essayer de réduire la densité de stockage dans les groupes d'animaux. Les mesures de biosécurité réduisant les contacts humains et animaux entre les autres fermes réduiront les risques. Cela pourrait inclure la fourniture de vêtements de protection pour les visiteurs, en particulier ceux qui voyagent entre les fermes, et éviter les pâturages où les animaux peuvent être en contact avec ceux d'autres fermes.

* L'article est disponible intégralement et gratuitement.