Identification d'isolats de Listeria monocytogenes étroitement apparentés sans preuve apparente d'une source ou d'une localisation commune

Voici un article particulièrement intéressant paru dans Journal of Food Protection, Identification d'isolats de Listeria monocytogenes étroitement apparentés sans preuve apparente d'une source ou d'un emplacement commun: une analyse rétrospective par séquençage du génome entier (WGS).

Les agences de santé publique et de réglementation du monde entier séquencent tous les isolats de Listeria monocytogenes (Lm) obtenus dans le cadre de la surveillance de routine et des investigations sur les éclosions. Beaucoup de ces entités soumettent les séquences à la base de données NCBI Pathogen Detection (NCBI PD), qui regroupe les isolats de Lm en clusters SNP (les marqueurs SNP, Single Nucleotide Polymorphisme, qui correspondent à des différences d’une seule base.) sur la base d'un seuil de différence SNP par paires de 50 SNPs.

Notre objectif était d'évaluer si les isolats avec des métadonnées suggérant des sources ou des emplacements différents pouvaient montrer des preuves d'une parenté génétique étroite indiquant un ancêtre commun récent et une possible source commune inconnue.

Nous avons ici comparé les données du WGS chez des isolats de 249 souches de Lm séquencés, qui ont détaillé des métadonnées, avec des données WGS d'isolats non cliniques sur NCBI PD.

Les isolats de 249 Lm provenaient de milieux naturels (n = 91) ainsi que d'entreprises de poissons fumés (n = 62), de produits laitiers (n = 56) et de charcuterie (n = 40) aux États-Unis.

En utilisant une combinaison de sous-typage par cgMLST (le core genome MLST repose sur un ensemble de gènes conservés au sein d’une espèce ou d’espèces proches) et hqSNP (polymorphismes mononucléotidiques de haute qualité phylodynamique bactérienne), nous avons observé 5 clusters SNP où les isolats d'étude et les isolats de clusters SNP semblaient être étroitement liés et (i) partagent la même géolocalisation, mais montrent des types de sources différents (1 cluster SNP); (ii) partagent le même type de source, mais présentent des géolocalisations différentes (2 clusters SNP); ou (iii) ne partageait ni le type de source, ni la géolocalisation (2 clusters SNP). Pour l'un des deux clusters sous (iii), il n'y avait cependant pas de support d'amarce solide pour un ancêtre commun partagé entre les isolats de l'étude et les isolats du cluster SNP, indiquant la valeur des analyses évolutives approfondies lorsque les données WGS sont utilisées pour les enquêtes de traçabilité et d'épidémiologie.

Dans l'ensemble, nos résultats démontrent que certains sous-types de Lm peuvent être associés à des lieux ou des produits spécifiques; ces associations peuvent aider dans les enquêtes impliquant des aliments à ingrédients multiples tels que les sandwichs. Cependant, au moins certains sous-types de Lm peuvent être répandus géographiquement et être associés à différentes sources, ce qui peut présenter un défi pour les enquêtes de traçabilité impliquant ces sous-types.

Allergique au lait de vache? Une nouvelle méthode promet d'améliorer la mesure de sa teneur dans les aliments

«Allergique au lait de vache? Une nouvelle méthode promet d'améliorer la mesure de sa teneur dans les aliments», source Joint Research Centre (JCR).

Une nouvelle méthode publiée par le JCR contribuera à améliorer la mesure des allergènes dans les aliments. Cela contribuera à une information plus claire des consommateurs.

Du lait et des biscuits du Père Noël, des chocolats et des gâteaux sont au menu pendant la période de Noël.

Pour une personne souffrant d'allergies au lait, Noël est certainement l'une des périodes les plus difficiles pour être sans produits laitiers.

L'allergie au lait de vache est l'une des allergies alimentaires les plus courantes dans la petite enfance et peut persister tout au long de la vie adulte, obligeant les personnes allergiques à éliminer complètement le lait de leur alimentation.

Un étiquetage peu clair sur la présence possible de lait dans les produits alimentaires réduit encore davantage le choix des consommateurs allergiques au lait.

Par conséquent, mesurer la teneur en allergènes des aliments que nous consommons est de la plus haute importance.

Le JCR a désormais développé une nouvelle méthode de référence pour mesurer les protéines du lait dans les biscuits.

Basée sur la spectrométrie de masse, cette méthode de référence permet de quantifier la teneur totale en protéines du lait dans un cookie.

Une méthode extensible à d'autres mesures d'allergènes alimentaires

Avec cette méthode, le JCR a franchi une première étape importante, qui vise à établir des méthodes de référence pour la quantification des allergènes alimentaires.

L'Union européenne exige l'étiquetage correct de 14 allergènes dans les produits alimentaires.

Cependant, les méthodes d'analyse actuellement disponibles ont, même pour le lait, des objectifs de mesure différents.

En conséquence, ils ne fournissent pas de données comparables sur la présence de protéines potentiellement allergènes dans les aliments, et les données peuvent varier considérablement d'un laboratoire à l'autre.

Une méthode de référence permet de disposer de données comparables et décisionnelles.

À l’avenir, le nouveau principe de la méthode de référence du JCR pourrait être étendu pour intégrer également d’autres méthodes de mesure des allergènes alimentaires.

Il contribuera à garantir que les denrées alimentaires mises sur le marché de l'UE sont sûres pour les personnes souffrant d'allergies spécifiques.

Article: A reference method for determining the total allergenic protein content in a processed food: the case of milk in cookies as proof of concept. Article disponible en intégralité.

Résumé

L'établissement d'une méthode de référence pour la détermination de la teneur en protéines allergènes dans une matière alimentaire transformée a été explorée. Une approche analytique a été développée pour permettre la comparabilité des résultats de mesure des allergènes alimentaires exprimés de manière décisionnelle. Une preuve de concept est présentée ici, aboutissant à des valeurs de quantité pour lune grandeur mesurée, à savoir la 'mass of total allergen protein per mass of food' ou la masse de protéine allergène totale par masse d'aliment. Les quantités sont déterminées avec la traçabilité SI pour permettre la comparabilité des résultats rapportés. L'invention concerne un procédé de quantification de la teneur totale en protéines du lait dans un aliment cuit au four à un niveau de concentration cliniquement pertinent. La stratégie sur la façon d'obtenir le résultat analytique final est décrite. Les défis associés à cette méthode sont discutés, en particulier l'extraction optimale des protéines marqueurs, la digestion complète et la libération des peptides de manière équimolaire, l'utilisation de facteurs de conversion pour traduire la quantité de protéines mesurées en protéines totales du lait et l'estimation des contributions à l'incertitude ainsi que de l'incertitude combinée du résultat final. La mise en œuvre d'une telle méthode de référence pour la détermination de la teneur totale en allergènes dans un aliment transformé est une étape importante, qui fournira des données de mesure comparables pertinentes pour les évaluateurs des risques.

Mots clés

Détection des allergènes alimentaires; Traçabilité métrologique; Spectrométrie de masse; quantification des protéines; Quantification des protéines; Aliments transformés.

Evaluation du système de contrôle en place régissant la production et la mise sur le marché de viande bovine, y compris la traçabilité en Allemagne, selon un audit de l'UE

Voici le résumé d'un Rapport final d'un audit réalisé en Allemagne du 25 novembre 2019 au 6 décembre 2019 afin d'évaluer le système de contrôle de la sécurité des aliments en place régissant la production et la mise sur le marché de viande bovine, y compris la traçabilité.

Cet audit faisait partie d'une série d'audits prévus dans les États membres, lancés en 2019 après des allégations médiatiques d'abattage, dans plusieurs États membres, dont l'Allemagne, de vaches impropres à l'abattage pour la consommation humaine ou d'infractions aux règles en matière de bien-être animal pendant le transport et l'abattage.

Le rapport conclut que les autorités compétentes allemandes ont mis en place un système de contrôle officiel de la production et de la mise sur le marché de la viande bovine, y compris sa traçabilité, qui comprend tous les éléments nécessaires pour effectuer ces contrôles.

La mise en œuvre du système relève principalement de la responsabilité des autorités compétentes de contrôle des aliments et vétérinaires des districts et des villes en dehors des districts (Lebensmittelüberwachungs- und Veterinärämter der Kreise und kreisfreie Städte). Le manque d'harmonisation à des degrés divers, entre les Länder et les districts, des procédures en place pour effectuer les contrôles officiels pose des problèmes au système et des impacts sur l'exécution et la vérification de l'efficacité de ces contrôles. À cet égard, et dans le cadre de la diffusion médiatique d'incidents de non-conformités du bien-être animal dans certains abattoirs, alors que les autorités compétentes des districts et des Länder touchés par de tels incidents ont réagi rapidement et ont renforcé de manière satisfaisante les contrôles officiels, y compris la vérification de leur efficacité, les Länder et les districts non concernés n'ont pas, au moment de cet audit, renforcé ces contrôles de la même manière.

La coopération, la coordination et le partage d'informations entre les autorités compétentes à différents niveaux ne sont pas toujours adéquats, et en particulier ne garantissent pas que les contrôles officiels et les actions associées en matière de traçabilité et de bien-être des bovins sont efficaces. En outre, les mesures coercitives appliquées en cas de manquement aux règles relatives au bien-être animal, notamment en ce qui concerne le transport de bovins, incapables de se déplacer indépendamment sans douleur ou incapables de marcher, ne sont dans certains cas ni proportionnées, ni dissuasives.

Les dispositions contractuelles des vétérinaires privés qui travaillent en tant que vétérinaires officiels ne facilitent pas la régularité des contrôles officiels du bien-être animal et de l'hygiène d'abattage. De plus, cet audit a révélé que l'inspection post mortem du tractus gastro-intestinal n'est pas toujours effectuée comme requis.

Les contrôles officiels d'identification et d'enregistrement des bovins effectués à la ferme et chez les concessionnaires sont satisfaisants. En revanche, ces contrôles, y compris les informations sur la chaîne alimentaire au niveau des abattoirs, sont limités. Si les autorités compétentes ont mis en place des mesures générales pour garantir l'impartialité et les conflits d'intérêts, il manque, dans certains cas et au niveau des abattoirs, des mesures de sauvegarde pour minimiser les risques à cet égard.

Bien que des contrôles officiels sur l'analyse des dangers et les procédures fondées sur les points critiques pour leur maîtrise (HACCP), y compris les exigences microbiologiques, soient en place, les contrôles ne garantissent pas que les exigences spécifiques relatives aux procédures fondées sur HACCP dans les abattoirs, telles que la mise en œuvre de procédures garantissant que les animaux sont propres, conformément au règlement (CE) n°853/2004, sont effectivement appliquées.

Le rapport contient des recommandations aux autorités compétentes allemandes afin de remédier aux lacunes identifiées et d'améliorer le système de contrôle.

Danemark : L'origine des cas d'infection dans une éclosion à Shigella élucidée

Le 30 septembre 2020, je faisais part que « Le Danemark enquête sur une éclosion à Shigella comprenant plus de 40 personnes malades ».

Voici que l'origine des cas d'infection pour cette éclosion à Shigella a été trouvée, source Fødevarestyrelsen du 7 octobre 2020.

En août et septembre, 44 Danois sont tombés malades de la bactérie intestinale Shigella. L'enquête a montré que la source de l'infection était probablement de la menthe fraîche importée.

Le Statens Serum Institut (SSI) a, en collaboration avec l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise et le DTU Food Institute, enquêté sur une épidémie liée à une bactérie intestinale, Shigella.

L'épidémie comprenait 44 patients. Il s'agit de 30 femmes et 14 hommes âgés de 0 à 75 ans. Les patients ont présenté des symptômes entre le 22 août 2020 et le 9 septembre 2020. Au total, 13 personnes ont été hospitalisées. Les malades vivent principalement dans la région de la capitale.

Rincer toujours les fruits et légumes

Le rapport épidémiologique des patients et des cas dans des entreprises a montré que la majorité des patients avaient consommé de la menthe fraîche achetée chez un marchand de légumes ou un bazar local dans et autour de la région de Copenhague.

« Les fruits et légumes prêts à consommer ne doivent pas contenir de bactéries, ni de virus, mais cela peut se produire dans de rares cas. Cette épidémie est une bonne occasion de rappeler aux consommateurs que les herbes fraîches doivent toujours être soigneusement lavées avant de les manger », explique l'épidémiologiste Luise Müller de SSI.

La traçabilité a montré que 'aliment contaminé était probablement de la menthe fraîche étrangère vendue de la mi-août à la fin août.

L'enquête indique que la menthe étrangère est à l'origine de cette épidémie. Le travail a été caractérisé par un manque de factures chez les maraîchers locaux. La menthe fraîche a une courte durée de conservation, donc heureusement, le produit n'est plus sur le marché. Il n'y a donc aucun risque que davantage de consommateurs soient infectés, déclare Nikolas Kühn Hove, responsable des urgences, de l'administration vétérinaire et alimentaire danoise.

Conclusion du SSI

La menthe fraîche peut expliquer 24 des 36 (67%) cas interrogés et est soupçonnée d'être la source de l'épidémie. Il est rare que tous les cas d'une flambée puissent être expliqués à partir de la source suspectée d'infection, mais dans ce cas, on s'attend surtout à ce que tous les cas ne puissent pas être expliqués car la définition de cas est large (comprend à la fois les espèces de Shigella et les E. coli entéroinvasifs). L'épidémie est considérée comme close, car aucun nouveau cas n'a été observé depuis le 15 septembre 2020. La durée de l'épidémie indique qu'il y a probablement eu un ou quelques lots contaminés d'un aliment à courte durée de conservation - ce qui est compatible avec la menthe.

Voir le détail épidémiologique sur le lien du SSI, ici.

Dans la série baisse des contrôles de la DGCCRF, 'Étiquetage et traçabilité des viandes' où le taux d’anomalies s’élève à plus de 30%

Dans un document du ministère de l’agriculture et de l’alimentation du 28 mai 2020, « La transparence de l’information du consommateur sur les produits agricoles et alimentaires est renforcée », on peut y lire …

Agnès Pannier-Runacher, secrétaire d’État auprès du ministre de l’Économie et des Finances a quant a elle déclaré que « l’amélioration de l’étiquetage des produits alimentaires est indispensable pour permettre aux consommateurs de devenir de véritables «consom-acteurs». Nombreux sont les Français qui ont à cœur de favoriser les circuits courts, les productions de qualité et de soutenir nos agriculteurs. Cette traçabilité renforcée conforte notre politique en faveur du «Fabriqué en France» ».

En attendant que tout cela soit réalisé, un jour peut-être, la DGCCRF publie le 6 août 2020, « Étiquetage et traçabilité des viandes bovines, ovines, porcines et de volaille ».

Et qu’apprend-on ?

Au cours de l’année 2018, les enquêteurs ont contrôlé 1 926 établissements (grandes et moyennes surfaces, boucheries, grossistes, ateliers de découpe et de transformation, abattoirs, éleveurs pratiquant la vente directe, restaurants) et réalisé près de 2 150 actions de contrôle portant essentiellement sur l’étiquetage et la traçabilité des produits. Le taux d’anomalies s’élève à plus de 30 %.

Quel que soit le mode de distribution, les enquêteurs ont relevé des anomalies concernant l’origine nationale (des cas de « francisation »), des allégations relatives aux races, des messages quant à l’origine régionale des animaux et des signes de qualité utilisés de manière abusive. Dans près de 40 % des établissements contrôlés, les actions visant à vérifier la conformité aux règles d’origine et le respect des règles de traçabilité ont donné lieu à des suites (avertissements, injonctions, procès-verbaux).

Les constatations diffèrent selon le stade de la commercialisation.

Les procédures de gestion de la traçabilité sont parfois insuffisantes

Dans le cas des grandes et moyennes surfaces, chaque enseigne dispose de son propre logiciel de gestion de la traçabilité. Au sein d’une même enseigne, les procédures peuvent ne pas être appliquées uniformément.

Les enquêteurs ont constaté que parfois  :

• les responsables des rayons boucherie ne savent pas analyser les données enregistrées,
• il n’existe pas d’autocontrôles des procédures de traçabilité,
• ni les mentions d’étiquetage (numéro de lot, numéros d’agrément) ni la cohérence des lots ne sont vérifiées,
• les erreurs de saisies lors de l’enregistrement des lots à l’arrivée ou au moment de l’emballage ne sont pas détectées,
• les personnels ne sont pas formés.

La loyauté de l’information n’est pas garantie en l’absence de traçabilité

Lorsque des manquements sont constatés dans les procédures de traçabilité des viandes,  cette  traçabilité ne permet plus d’assurer la loyauté de l’information fournie au consommateur, les caractéristiques alléguées n’étant pas garanties.

Dans le cadre de cette enquête qui date de 2018, il y a eu 1 926 établissements contrôlés avec 951 avertissements, 214 suites administratives et 164 procès-verbaux administratifs ou pénaux

Mais dans une précédente enquête de novembre 2014 de la DGCCRF, « Étiquetage et traçabilité de la viande bovine », il était rapporté 5 461 contrôles (50% de contrôles dans la restauration) et 4 798 établissements, ce qui a entraîné 1 978 avertissements, 271 procès-verbaux et 61 mesures de police administrative.

Dans une autre enquête de mars 2016 de la DGCCRF, « Étiquetage et traçabilité des viandes », on apprend qu’il y a eu 2 474 établissements visités et 2 804 contrôles effectués, ce qui a entraîné 1 134 avertissements, 102 mesures administratives et 210 procès-verbaux.

Ce rappel des enquêtes précédentes montre à l’évidence la baise de la pression de la DGCCRF sur les contrôles et les établissements, mais de cela, il n’en est toujours pas question …

On est passé ainsi d’année en année …

Année	Etablissements	Contrôles
2018	1 926	2 150
2016	2 474	2 804
2014	4 798	5 461

Mise à jour du 7 septembre 2020. Mieux vaut tard que jamais, selon Food Navigator du 4 septembre 2020, « One-third of meat products in France breach labelling and traceability requirements » (Un tiers des produits carnés en France enfreignent les exigences d'étiquetage et de traçabilité).

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

La FDA publie un ‘plan directeur’ pour ‘une nouvelle ère de la sécurité des aliments’, mais les détails sont insuffisants

« La FDA publie un ‘plan directeur’ pour ‘une nouvelle ère de la sécurité des aliments’, mais les détails sont insuffisants », source article de Coral Beach paru le 14 juillet 2020 dans Food Safety News.

Invoquant des images d'une comptine pour enfants et d'un classique de John Lennon, les dirigeants de la FDA ont dévoilé ce qu'ils appellent un plan pour une «Nouvelle ère d’une sécurité des aliments plus intelligente» de l'agence.

Plan directeur de la FDA

Comme la comptine Jack Be Nimble (Jack est agile), les «approches agiles» sont présentes parmi les promesses du plan directeur publié par la Food and Drug Administration (FDA).

Et, comme la chanson très connue de Lennon, la conclusion du plan directeur a exhorté, «imaginez», ou comment la vie serait si le système alimentaire pouvait être suffisamment agile pour tracer efficacement les aliments pendant les épidémies et les rappels. «Imaginez donc que ces aspirations deviennent la norme … » dit ainsi la conclusion du plan directeur.

Le plan directeur, qui devait être publié ce printemps, a été bloqué tandis que l'agence a réduit ses opérations pendant le confinement du COVID-19. Lorsque la «nouvelle ère de la sécurité des alimentaire» a été annoncée par le sous-commissaire de la FDA pour la politique et la réponse alimentaire, Frank Yiannas, au début de 2019, le contenu a été promis pour le début de 2020.

Maintenant que le plan directeur est sorti, il est clair que certaines parties du projet ne sont pas encore claires.

Jusqu'à présent, les informations sur la «nouvelle ère» comprenaient de nombreuses expressions telles que de nouvelles approches, des changements planifiés, des approches modernes et plus d'efficacité. Avec le déploiement du plan directeur, la FDA continue de s'appuyer sur ces phrases ainsi que sur des concepts tels que la «technologie de levier» et l'évolution de l'industrie alimentaire.

Il y a peu de détails dans le plan en termes de ce qu'est spécifiquement le dénouement et comment spécifiquement y arriver. Mais ce n'est pas ce que le plan est censé faire.

« Le plan n'est pas un plan d'action détaillé », a dit Yiannas aux journalistes lors d'une téléconférence de presse lundi après-midi. « L’objectif est de décrire une décennie de travail. »

Avant que l'un des détails de ce travail puisse être déterminé, le plan directeur de la FDA indique que le gouvernement devra recueillir des informations auprès des parties prenantes, y compris les entreprises, les gouvernements, les universités et le public.

Yiannas a dit aux journalistes que pendant que le plan était en cours d'exécution, la pression d'une industrie à l'autre entraînerait la réalisation de certains des objectifs ultimes de la «nouvelle ère» (New Era) avant que le gouvernement ne puisse rechercher, proposer, réviser et publier des directives ou des règles de l'industrie.

Les distributeurs exigent de plus en plus de traçabilité pour certains aliments, a dit Yiannas. À mesure que cette pratique se développera, les entités du système alimentaire qui approvisionnent les distributeurs et les restaurants devront mettre en œuvre une technologie de traçabilité moderne pour rester viables sur le marché.

La traçabilité n'est qu'un aspect du plan directeur publié par la FDA. Il comporte quatre éléments clés.

« Ce sont les piliers fondamentaux de la nouvelle ère de la sécurité des aliments plus intelligente, couvrant une gamme de technologies, d'analyses, de modèles commerciaux, de modernisation et de valeurs qui en sont les éléments constitutifs », selon le plan directeur.

« Il y a beaucoup de synergie; une idée dans un élément peut être pertinente pour un ou plusieurs autres. Par exemple, l'analyse se transforme en traçabilité et en nouveaux modèles commerciaux. Les thèmes de la confiance mutuelle entre les partenaires fédéraux et étatiques et l'importance de la culture de la sécurité des aliments sont tissés partout. Il existe des besoins communs en termes de mesures et d'audits tierce partie fiables. Ces éléments, en travaillant ensemble, nous feront entrer dans la nouvelle ère de la sécurité des aliments plus intelligente. »

Les critères utilisés pour exclure des personnes pourraient modifier les conclusions d'une épidémie

« Les critères utilisés pour exclure des personnes pourraient modifier les conclusions d'une épidémie », source article de Joe Whitworth paru le 5 juin 2020 dans Food Safety News.

Des chercheurs ont utilisé une épidémie il y a dix ans pour examiner comment les décisions d'exclure des personnes malades et en bonne santé des investigations pourraient changer les conclusions auxquelles ils sont parvenues.

Les critères d'inclusion ou d'exclusion des cas peuvent aider à accroître l'efficacité des analyses épidémiologiques et de traçabilié, mais ils peuvent également affecter la capacité de l'investigateur à impliquer un véhicule alimentaire suspect.

Une éclosion de 2010 à Salmonella Hvittingfoss associée àSubway en Illinois était l'étude de cas.

Des conclusions inexactes ou ambiguës dans les investigations sur les éclosions peuvent avoir des implications financières importantes pour l'industrie, selon l'étude publiée dans la revue Epidemiology and Infection.

L'exclusion en raison de visites multiples a changé les conclusions

Des chercheurs ont examiné comment l'exclusion de cas et de personnes qui ont mangé avec eux mais qui ne sont pas tombés malades avec plusieurs dates de repas ont eu un impact sur les résultats des analyses épidémiologiques.

Dans l'investigation initiale, une étude cas-témoins des cas associés aux restaurants et des compagnons de repas non malades a été réalisée au niveau des ingrédients pour identifier un véhicule alimentaire suspect; cependant, 21% des cas et 22% des compagnons de repas en bonne santé ont été exclus pour avoir mangé plus d'une fois dans la chaîne de restaurants à service rapide pendant l'épidémie.

En mai 2010, le département de la santé publique de l'Illinois (IDPH) a investigué une épidémie à Salmonella Hvittingfoss associée à plusieurs restaurants Subway dans de nombreux comtés entre avril et juin. Il y avait 97 cas et 12 manipulateurs d'aliments avec des infections confirmées, avec début de maladie allant du 25 avril au 30 juin.

Début juin, les restaurants Subway de la zone où l'épidémie s'est déclarée a reçu l'ordre de retirer quatre produits suspects: oignons, laitue, tomates et poivrons verts sur la base d'un examen précoce des articles les plus fréquemment consommés par les cas.

Pleins feux sur les poivrons verts

Au début de l'investigation, des poivrons verts ont été suspectés sur la base d'entretiens avec des cas et des compagnons de repas bien, ainsi que des données de traçabilité des produits. Cependant, les cas et les personnes en bonne santé qui ont mangé chez Subway plusieurs fois pendant l'épidémie ont été exclus, car il n'a pas été possible de déterminer la date du repas à l'origine de l'exposition. En dernière analyse, les poivrons verts n'étaient pas statistiquement associés à la maladie, contrairement à la laitue, les olives et les tomates. Tous les cas exclus qui ont consommé des poivrons verts sont tombés malades.

«Bien que l'analyse par ingrédient ne puisse pas clairement impliquer un seul véhicule alimentaire, y compris ceux avec plusieurs dates de repas, cela a montré que les poivrons verts étaient associés à la maladie comme cela a été constaté au début de l'investigation initiale sur l'épidémie. Cette découverte aurait pu aider à éclairer l'investigation sur l'éclosion en temps réel et, en conjonction avec la traçabilité et/ou des preuves de laboratoire, cela aurait éclairé une conclusion moins ambiguë», ont dit les chercheurs.

Sur les 85 cas et les 32 compagnons de repas bien, l'IDPH a exclu 18 cas et sept compagnons de repas avec plusieurs dates de repas avec des informations d'entretien. L'analyse ultime cas-témoins de l'IDPH comprenait 67 cas et 25 compagnons de repas. Dans certains cas, seules des expositions alimentaires positives ont été enregistrées.

En excluant les personnes qui avaient mangé chez Subway plus d'une fois pendant l'épidémie, trois aliments étaient statistiquement associés à la maladie, la laitue, les tomates et les olives. En incluant ceux avec plusieurs repas, les poivrons verts étaient également significativement associés à la maladie.

Le retrait des quatre aliments (laitue, tomates, poivrons verts et oignons) qui avaient été consommés par au moins 36% des cas a semblé arrêter la maladie. L'investigation initiale sur l'éclosion n'a pas impliqué un seul véhicule alimentaire, mais a énuméré la laitue, les tomates ou les olives comme des possibilités parce qu'elles étaient statistiquement associées à la maladie.

Les produits, y compris les tomates et la laitue, provenaient d'un centre de distribution du centre de l'Illinois qui desservait plusieurs restaurants clients, dont Subway.

Les poivrons verts n'ont été livrés qu'à Subway. Des cas confirmés ont rapporté avoir mangé dans 49 de ces restaurants dans 28 comtés de l'Illinois. La combinaison de données de traçabilité avec l'épidémiologie a fortement suggéré que les poivrons verts étaient le véhicule probable, mais ils n'étaient pas impliqués lorsque ceux ayant plusieurs dates de repas ont été exclus.

«Cette étude a montré que l'exclusion des clients avec plusieurs dates de repas des analyses de cas-compagnon de repas a changé les conclusions qui pourraient être tirées des résultats de l'investigation initiale. Utiliser toutes les informations disponibles pour construire un récit cohérent de ce qui s'est passé et pourquoi cela est un élément essentiel d'une investigation sur une épidémie», ont dit les chercheurs.

A propos du système de contrôle de la sécurité alimentaire en place régissant la production et la mise sur le marché de viande bovine, y compris la traçabilité animale en Pologne

Voici le résumé du rapport final d'un audit réalisé en Pologne du 25 mars 2019 au 5 avril 2019 afin d'évaluer le système de contrôle de la sécurité alimentaire en place régissant la production et la mise sur le marché de viande bovine, y compris la traçabilité animale.

L'audit DG (SANTE) 2019-6839, réalisé du 4 au 8 février 2019 par la DG Santé et sécurité alimentaire en Pologne à la suite de la diffusion publique à la télévision polonaise des pratiques d'abattage dans un abattoir impliquant des vaches qui ne pouvaient pas se tenir debout (« vaches abattues ») ou qui étaient blessées, ont constaté de graves lacunes dans la mise en œuvre des contrôles dans l'abattoir concerné et dans la supervision globale, les problèmes de personnel et de traçabilité des animaux.

Compte tenu de la nature spécifique de cet audit, ses résultats ne constituaient qu'une évaluation limitée de la conception et de la mise en œuvre du système de contrôle officiel polonais. La nature des constatations justifiait cependant un audit plus approfondi couvrant les contrôles officiels de l'abattage des bovins et de la traçabilité des bovins en Pologne.

Ce rapport décrit les résultats de cet audit ultérieur, réalisé par la DG Santé et sécurité alimentaire en Pologne du 25 mars au 5 avril 2019. En termes de plan d'action soumis par les autorités compétentes à la suite de l'audit DG (SANTE) 2019-6839, cet audit a établi que, bien qu'ambitieux et à réaliser dans un court délai, il a été mis en œuvre dans une large mesure grâce aux efforts substantiels et supplémentaires des vétérinaires officiels et de l'ensemble de l'Inspection vétérinaire, et la mise en œuvre est en cours.

En conséquence, la situation s'est certes améliorée, mais il y a encore de la place à l’amélioration, notamment en ce qui concerne la sensibilisation aux questions de bien-être animal relatives au transport des animaux blessés, l'évaluation et l'enregistrement précis à la fois ante-mortem et les découvertes post-mortem afin d'identifier les problèmes de bien-être animal et l'abattage d'urgence à la ferme des animaux blessés impropres au transport. De même, en ce qui concerne l'identification et l'enregistrement des animaux, et en particulier l'utilisation et l’ergonomie de la base de données centrale en tant qu'outil pour vérifier la bonne application des règles ainsi que l'éligibilité des bovins, un travail reste à faire.

Cependant, l'audit a identifié des problèmes liés aux ressources, qui compromettent gravement le bon fonctionnement du système de contrôle et, par conséquent, la capacité des autorités compétentes à faire appliquer correctement la législation pertinente.

Premièrement, les départs de personnel officiel sont importantes et le recrutement de nouveaux fonctionnaires est très problématique, notamment en raison des salaires relativement bas, et les postes restent vacants. Ceci, conjugué à la nécessité de traiter d'autres priorités, affecte sérieusement la capacité des vétérinaires officiels à superviser de manière adéquate l’augmentation du nombre de vétérinaires autorisés (praticiens privés exerçant des fonctions officielles), tandis que les audits à cet effet sont actuellement exclus.

Deuxièmement, la structure de rémunération des vétérinaires autorisés est directement liée au débit des établissements qu'ils desservent. En conséquence, et dans le cas où ce sont des établissements à haut débit, ils gagnent beaucoup plus que les fonctionnaires exerçant les mêmes fonctions; mais lorsqu'ils ont un débit très faible, ils gagnent très peu. Outre le fait que cette situation inéquitable soit signalée comme une source d'inquiétude considérable au sein du service, elle a des implications qui peuvent avoir un impact significatif en termes de performance des contrôles, d'indépendance et de prévention des conflits d'intérêts ; un débit élevé dissuade d'intervenir et d'appliquer des mesures correctives qui réduisent ce débit, tandis qu'un débit très faible est une incitation à laisser d'autres activités mieux rémunérées l'emporter sur les contrôles officiels. Dans ces conditions, et étant donné qu'il n'y a pas de formation centrale pour les vétérinaires autorisés, la qualité, la cohérence et l'impartialité des contrôles ne sont pas assurées, alors que dans le même temps le niveau de supervision requis par le personnel officiel ne peut être atteint. Dans ce contexte, il convient de noter que les autorités polonaises facturent des frais d'inspection dans ce domaine, qui sont nettement inférieurs aux redevances minimales fixées par le règlement (CE) n°882/2004. Non seulement cela offre sans doute un avantage économique injuste à l'industrie polonaise de la viande, mais cela limite également davantage les ressources financières nécessaires dont dispose l'Inspection vétérinaire. Un niveau accru de recettes provenant des honoraires aiderait à résoudre les problèmes de rémunération et aiderait à créer des conditions pour rendre l'emploi plus attrayant pour les vétérinaires pour occuper les postes officiels chroniquement vacants. L'augmentation des revenus permettrait également de fournir une rémunération aux vétérinaires autorisés dans les abattoirs à très faible débit, ce qui atténuerait les conflits d'intérêts à ce niveau. Tant que les problèmes de personnel ne sont pas ajoutés la durabilité des actions proposées et prises à ce jour reste discutable.

Enfin, cet audit a révélé que les mesures nationales pour les établissements à faible débit sont largement conformes aux dispositions en matière de flexibilité prévues dans la législation du « paquet Hygiène » et qu'il n'y a donc pas besoin d'une marque de santé nationale comme actuellement appliqué en Pologne pour ces abattoirs. Le rapport contient des recommandations à l'autorité centrale compétente pour remédier aux lacunes identifiées et améliorer encore le système de contrôle.

Retour sur l'épidémie de listériose en Afrique du Sud associée à de la viande transformée ».

Voici un article, disponible intégralement et gratuitement, qui vient de paraître dans le New England Journal of Medicine à propos de « Épidémie de listériose en Afrique du Sud associée à de la viande transformée ».

Contexte

Une épidémie de listériose a été identifiée en Afrique du Sud en 2017. La source était inconnue.

Méthodes

Nous avons mené des investigations épidémiologiques, de traçabilité et environnementales et utilisé le séquençage du génome complet pour typer les isolats de Listeria monocytogenes. Un cas a été défini comme une infection à L. monocytogenes confirmée en laboratoire au cours de la période du 11 juin 2017 au 7 avril 2018.

Résultats

Au total, 937 cas ont été identifiés, dont 465 (50%) étaient associés à une grossesse; 406 des cas associés à la grossesse (87%) sont survenus chez des nouveau-nés. Sur les 937 cas, 229 (24%) sont survenus chez des patientes de 15 à 49 ans (à l'exclusion de celles qui étaient enceintes). Parmi les patientes chez qui le statut de virus d'immunodéficience humaine (VIH) était connu, 38% de celles ayant des cas associés à la grossesse (77 sur 204) et 46% des patientes restantes (97 sur 211) étaient infectées par le VIH.

Parmi 728 patients dont l'issue était connue, 193 (27%) sont décédés. Les isolats cliniques de 609 patients ont été séquencés et 567 (93%) ont été identifiés comme étant de séquence type 6 (ST6).

Dans une analyse cas-témoins, les patients infectés par ST6 étaient plus susceptibles d'avoir consomé de la saucisse polony (une viande transformée prête à consommer) que ceux présentant des infections non ST6 (odds ratio, 8,55; intervalle de confiance à 95%, 1,66 à 43,35).

La saucisse polony et les échantillons environnementaux ont également produit des isolats ST6, qui, avec les isolats des patients, appartenaient au même groupe par typage MLST avec pas plus de 4 différences alléliques ; ces résultats ont montré que la saucisse polony produite dans une seule installation était la source de l'épidémie. Un rappel de produits de viande transformés prêts à consommer de cette installation a été associé à une baisse rapide de l'incidence des infections à L. monocytogenes ST6.

Conclusions

Cette investigation a montré que dans un pays à revenu intermédiaire avec une prévalence élevée d'infection par le VIH, L. monocytogenes provoquait une maladie disproportionnée chez les filles et les femmes enceintes et les personnes infectées par le VIH. Le séquençage du génome complet a facilité la détection de l'épidémie et a guidé les recherches de traçabilité qui ont conduit à l'identification de la source.

Commercialisation des viandes et abats de veau, selon la DGCCRF

Parfois, on se perd dans l'étiquetage:
s'agit-il de porc,  de boeuf ou de
dinde ? source Oulah!
Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

« Commercialisation des viandes et abats de veau », selon un communiqué de la DGCCRF du 6 février 2020.

Les enquêteurs de la DGCCRF ont vérifié la loyauté des dénominations de vente utilisées pour les viandes de bovins jeunes. Ils n’ont pas constaté de fraude massive. Les abattoirs distinguent les âges sur l’étiquetage comme dans la facturation. Les principales infractions ont été relevées aux stades des traiteurs et des grossistes de la restauration commerciale.

Pourquoi parler de termes blessants comme 'fraude massive' plutôt que de simples anomalies …car selon la DGCCRF, « les abattoirs distinguent correctement les veaux des jeunes bovins, aussi bien sur l’étiquetage que sur la facturation. »

On nous explique l'enjeu de l'enquête qui a concernés 30 établissements et 32 visites :

Les abats de veau sont parfois vendus à un prix quatre fois plus élevé que celui des abats de jeune bovin. Les enquêteurs de la DGCCRF ont donc vérifié que de la viande ou des abats de jeune bovin n’étaient pas vendus comme de la viande ou des abats de veau. Ils ont contrôlé 30 établissements dont 13 grossistes spécialisés et 10 abattoirs.

Trois anomales constatées :

• Un opérateur indiquait toutefois sur ses factures : « tête désossée très jeune bovin », termes pouvant prêter à confusion. Il lui a été demandé de rectifier les dénominations sur les étiquetages et les factures.
• Dans un gros abattoir n’abattant que des veaux, l’opérateur validait automatiquement la catégorie « veau » alors qu’en deux ans d’abattage, 40 animaux avaient en fait plus de huit mois. L’entreprise a reçu un avertissement.
• Un grossiste client de l’un des abattoirs contrôlés facturait systématiquement comme têtes de veau des têtes de très jeunes bovins. Une procédure contentieuse pour facturation non conforme sera rédigée.

On nous dit que trois fabricants de plats cuisinés et traiteurs ont été aussi contrôlés pendant les fêtes de fin d’année, mais nous avons l'information que pour deux,

• Un traiteur industriel facturait des « têtes de veau » sans autre indication alors que les documents commerciaux de traçabilité mentionnaient « Catégorie Veau IGP d’Aveyron et Ségala ». De plus, il mélangeait des ris de jeune bovin (majoritaires) et des ris de veau, et indiquait seulement dans la dénomination de vente la présence des ris de veau. L’information transmise au consommateur final par les bouchers était vraisemblablement « ris de veau », sans autre précision. Enfin, les pourcentages annoncés sur l’étiquetage ne correspondaient pas aux données de production.
• Des investigations complémentaires seront menées sur l’âge à l’abattage et l’emploi de la catégorie « veau » en dehors de l’indication géographique protégée (IGP) Veau d’Aveyron et du Ségala. L’entreprise recevra un procès-verbal.

Dans une enquête de la DGCCRF très lointaine (2014) sur l'étiquetage et la traçabilité de la viande bovine, « Les contrôles de la DGCCRF ont fait apparaître, en distribution comme en restauration, un grand nombre d’anomalies par rapport à la réglementation relative à la traçabilité et à l’étiquetage de la viande bovine. »

Au cours d'une autre enquête sur l'étiquetage et la traçabilité de la viande bovine de 2016, la DGCCRF a constaté, « La DGCCRF a procédé à des contrôles dans toute la France et les a renforcés depuis l’été 2015. Même s’il y a peu de tromperies, elle constate que l’information du consommateur sur l’ensemble des viandes à la distribution reste perfectible dans de nombreux cas et appelle les professionnels à renforcer leur vigilance. Les contrôles se poursuivront tout au long de l’année. »

Ainsi,

En amont de la filière, lors des actions de contrôle concernant l’étiquetage et la traçabilité de la viande bovine, 24 % des grossistes contrôlés ont reçu un avertissement.

Le taux d’anomalie en matière d’affichage des mentions d’étiquetage obligatoire de l’origine demeure élevé : 19 % des GMS. Il progresse même de sept points en un an dans les boucheries traditionnelles : de 28 % à 35 %

Tant qu'on y est au niveau des viandes hachées fournies à la distribution, enquête diffusée le 26 janvier 2017, la DGCCRF a pointé un taux de non-conformité des prélèvements de 38 %

A la recherche de l'origine de la contamination dans des éclosions à STEC liées à des graines germées, de la salade et des légumes à feuilles vertes

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

Voici un article qui se présente comme une revue systématique des éclosions à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) liées à des graines germées, de la salade et des légumes à feuilles vertes.

Résumé

Des éclosions à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) impliquant des produits de salade prêts à consommer sont décrites dans la littérature scientifique depuis 1995.

Ces produits ne font généralement pas l'objet d'une étape finale de maîtrise, telle que la cuisson pour éliminer les pathogènes.

Pour réduire le nombre d'infections à STEC dues à des produits de salade, des efforts devront être axés sur la prévention et la réduction de la contamination tout au long de la chaîne alimentaire.

Nous avons effectué un examen systématique des éclosions à STEC impliquant des graines germées, de la salade ou des produits à feuilles vertes pour déterminer s'il existait des caractéristiques récurrentes, telles que la disponibilité de preuves microbiologiques ou l'identification de la contamination, susceptibles d'informer les investigations futures et les stratégies de prévention et de maîtrise.

Trente-cinq éclosions à STEC liées à des légumes-feuilles contaminés ont été identifiées pour inclusion. Les éclosions ont eu lieu de 1995 à 2018 et ont varié de 8 à plus de 8 500 cas. La détection de STEC dans le produit alimentaire était rare (4 éclosions sur 35). Pour les foyers restants, la détermination des légumes-feuilles comme source du foyer reposait principalement sur l'épidémiologie analytique (20 sur 35) ou des preuves descriptives (11 sur 35).

L'investigation de traçabilité dans 21 des 32 foyers n'a pas permis d'identifier les voies possibles menant à l'origine des STEC, ni comment les feuilles ont été contaminées. Les investigations dans huit foyers ont révélé des mauvaises pratiques au cours de la transformation qui auraient pu contribuer au foyer, telles qu'une désinfection insuffisante après récolte du produit. Six investigations sur des éclosions ont permis d'identifier la souche épidémique dans des excréments d'animaux proches des champs en culture ; deux d’entre elles ont également pu trouver la souche épidémique dans l’eau d’irrigation des exploitations agricoles, ce qui constitue une voie de contamination probable.

Ces résultats mettent en évidence les limites du recours à la confirmation microbiologique comme base pour lancer des investigations sur la production en amont afin de comprendre la source de la contamination. Cette revue montre également l’importance des études de traçabilité de la chaîne alimentaire, ainsi que les difficultés associées à ces études, pour éclairer les mesures de maîtrise et la prévention future.

Faits saillants

• Un examen systématique a identifié 35 épidémies à STEC liées à des légumes-feuilles contaminés.
• La plupart des épidémies (20 sur 35) reposaient sur des preuves épidémiologiques pour identifier les légumes-feuilles.
• Dans 21 des 35 études, aucune preuve de la manière dont la contamination initiale s'est produite n'a été retrouvée.
• Dans 11 études, l'eau a été identifiée comme le vecteur probable de la contamination du produit.
• Seules deux études ont pu identifier l’origine et la voie de contamination probables.

Référence

ERICA KINTZ, LISA BYRNE, CLAIRE JENKINS, NOEL McCARTHY, ROBERTO VIVANCOS, and PAUL HUNTER (2019) Outbreaks of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Linked to Sprouted Seeds, Salad, and Leafy Greens: A Systematic Review. Journal of Food Protection: November 2019, Vol. 82, No. 11, pp. 1950-1958. https://doi.org/10.4315/0362-028X.JFP-19-014