Covid-19: l'OMS et la Chine ont agi trop lentement au début de la pandémie, selon un rapport

«Covid-19: l'OMS et la Chine ont agi trop lentement au début de la pandémie, selon un rapport», source British Medical Journal.

L'Organisation mondiale de la Santé a tardé à agir lorsque le SRAS-CoV-2 est apparu et aurait dû déclarer une pandémie plus tôt pour s'assurer que les pays comprennent la gravité de la situation, a conclu un rapport d'un groupe d'experts.

Le Groupe indépendant pour la préparation et la riposte aux pandémies (Independent Panel for Pandemic Preparedness and Response) a été créé par l'OMS pour examiner la riposte sanitaire internationale au Covid-19. Dans son rapport, publié le 19 janvier, le groupe d'experts a déclaré que le système mondial d'alerte à la pandémie n'était «pas adapté à son objectif», avec des éléments critiques jugés «lents, encombrants et indécis».

Il a dit que le système devait être mis à jour pour le faire entrer dans l'ère numérique, mais que cela devait s'accompagner d'un «changement radical dans la volonté des pays de se responsabiliser pour prendre toutes les mesures nécessaires dès qu'une alerte est donnée».

Le rapport du groupe d'experts, qui a été éclairé par des centaines de documents et d'entretiens avec des experts, indique qu'il n'est pas clair pourquoi le comité d'urgence de l'OMS a attendu le 22 janvier 2020 pour se réunir ou pourquoi il n'a pas été en mesure de déclarer une urgence de santé publique de portée internationale lors de cette première réunion. Il s'est ensuite demandé si «cela aurait aidé si l'OMS avait utilisé le mot pandémie plus tôt qu'elle ne l'a fait».

En examinant la réponse en Chine, les experts ont déclaré que les mesures de santé publique auraient dû être appliquées «avec plus de force par les autorités sanitaires locales et nationales» en janvier.

Ils ont également critiqué de nombreux autres pays pour ne pas avoir déployé des interventions non pharmaceutiques, telles que la recherche de contacts, la distanciation physique, les limites de déplacement et de rassemblement et le port du masque. «Dans de trop nombreux pays, le fait de ne pas appliquer de telles mesures continue d'entraîner un bilan inacceptable de décès, de maladies et de transmission», a-t-il dit.

Le panel, coprésidé par l'ancien Premier ministre de Nouvelle-Zélande, Helen Clark, et l'ancienne présidente du Libéria, Ellen Johnson Sirleaf, a dit: «Le système a eu du mal à relever le défi de la pandémie. Le leadership mondial a été exercé faiblement. L’OMS a été plus que jamais dépendante, et de nouveaux besoins majeurs se sont faits jour en matière d’approvisionnement coordonné, de développement accéléré de vaccins et d’autres contre-mesures et de financement rapidement déployable.»

Le panel a souligné plusieurs faiblesses dans la réponse, notamment l'absence de cadres efficaces pour assurer un accès équitable aux fournitures, ce qui conduit à un mauvais stockage, à une dépendance excessive à des sources uniques, à la thésaurisation et à des problèmes logistiques. En outre, il a appelé à la collecte de données en temps réel et à des outils de prise de décision, pour permettre une action plus rapide.

«Lorsqu'il existe une menace potentielle pour la santé, les pays et l'OMS doivent continuer à utiliser les outils numériques à leur disposition pour suivre le rythme des nouvelles qui se propagent instantanément sur les réseaux sociaux et des pathogènes infectieux qui se propagent rapidement lors des voyages», a dit Clark. «La détection et l'alerte ont peut-être été rapides par rapport aux normes des nouveaux pathogènes antérieurs, mais les virus se déplacent en quelques minutes et en quelques heures plutôt qu'en jours et en semaines.»

Le panel a déclaré que cette pandémie «doit être un catalyseur pour un changement fondamental et systémique dans la préparation à de tels événements futurs». Il formulera des recommandations pour l'avenir dans un rapport attendu en mai.

Danemark : la présence de résidus médicamenteux ou de pesticides dans les aliments a été rare en 2019

«Danemark : La présence de résidus médicamenteux est rare dans les aliments», source Fødevarestyrelsen.

Les chiffres de l'administration vétérinaire et alimentaire danoise montrent qu'il y a rarement des résidus d'antibiotiques illégaux dans les œufs, le fromage, la viande et le lait du Danemark.

Ainsi, en 2019, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise n'a constaté aucun dépassement des valeurs limites applicables, par exemple, traces d'antibiotique que les éleveurs peuvent légalement donner à leurs animaux s'ils sont malades.

Chaque année, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise examine plus de 12 000 échantillons d'aliments danois à la recherche de résidus de médicaments ou de substances interdites: environ 8 500 provenant de porcs, près de 2 000 provenant de bovins et environ 1 500 échantillons provenant de volailles, œufs et lait.

Les échantillons sont analysés au laboratoire de l'administration vétérinaire et alimentaire danoise. En 2019, l'administration vétérinaire et alimentaire danoise n'a trouvé que deux échantillons avec un contenu illégal. Les découvertes ont été faites dans deux fermes piscicoles.

«Danemark : Seuls quelques résidus de pesticides dans les fruits et légumes» source Fødevarestyrelsen.

Il est extrêmement rare que des résidus de pulvérisation soient au-dessus de la valeur limite dans les fruits et légumes achetés par les Danois. C'est ce qu'il se lit dans le rapport annuel sur les pesticides de l'Administration vétérinaire et alimentaire danois en collaboration avec le DTU Food Institute.

Lorsque les Danois ajoutent des carottes, des poires et des flocons d'avoine au panier, il est très rare qu'ils contiennent des résidus de pulvérisation supérieurs aux valeurs limites autorisées.

En 2019, un total de 2 055 échantillons ont été prélevés sur différents types de fruits et légumes, ainsi que de céréales, de gruau et de farine, de soi-disant céréales.Dans 98% des aliments, il n'y avait pas de résidus de pulvérisation ou des résidus de pulvérisation inférieurs à la valeur limite. Dans ce contexte, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise conclut que les aliments sur le marché danois sont généralement conformes aux règles en vigueur dans le domaine:

«Nous devons pouvoir être sûrs que les aliments que nous consommons ne contiennent pas de substances dangereuses. Par conséquent, il est très positif que l’inspection montre à nouveau cette année qu’il y a généralement une faible teneur en résidus de pesticides dans les fruits et légumes qui sont vendu dans les supermarchés danois », a dit Henrik Dammand Nielsen, chef d'unité à l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise.

Les valeurs limites sont fixées aussi faibles que possible et à un niveau où les résidus de pesticides ne sont pas dangereux pour l'homme.

Dans huit échantillons de fruits, 12 échantillons de légumes et trois échantillons de céréales, des pesticides supérieurs à la valeur limite ont été retrouvés. Parmi eux, deux échantillons étaient danois et 21 échantillons étrangers. Trois échantillons ont été évalués comme présentant un risque pour la santé et ont donc été retirés du marché. L'administration vétérinaire et alimentaire danoise suit en permanence tous les résultats d'analyses.

«Tous les dépassements des valeurs limites sont inacceptables. Par conséquent, nous traitons les constatations supérieures aux valeurs limites avec une interdiction de commercialisation. Il est de la responsabilité du fabricant qu'il n'y ait pas de résidus de pesticides au-dessus de la valeur limite dans les aliments», a dit Henrik Dammand Nielsen.

Il souligne que l'administration vétérinaire et alimentaire danoise mène une campagne cette année, qui met un accent particulier sur les aliments importés, car c'est là que l'Agence danoise pour les aliments trouve souvent le plus de résidus de pulvérisation.

Les consommateurs danois qui souhaitent réduire la probabilité de consommer des pesticides peuvent réduire leur consommation d'environ un tiers s'ils achètent des produits récoltés au Danemark lorsque cela est possible - et encore plus s'ils achètent également des produits bio.

Le nickel comme contaminant chimique dans les aliments

Un avis 01-2021 du Comité scientifique institué auprès de l’AFSCA traite des limites d’action pour des contaminants chimiques dans les denrées alimentaires : le nickel.

Contexte et question

Afin de donner à l’AFSCA une base scientifique en vue de préserver la sécurité de la chaîne alimentaire, il est demandé au Comité scientifique (SciCom) de proposer des limites d’action pour le nickel dans les préparations pour nourrissons (à base de céréales ou de légumes), les noisettes, les graines oléagineuses (lin, etc.), les boissons (boissons alcoolisées, lait, etc.), le chocolat, les moules, le froment et la farine de froment et les légumes (laitue, poireaux, etc.).

Une EAC en nickel pour chaque denrée alimentaire d’intérêt est calculée en divisant la dose journalière tolérable (DJT) du nickel (13 µg/kg pc/j) par la donnée de consommation au 95ème percentile (P95) de chaque denrée alimentaire d’intérêt. Les valeurs d’EAC sont ensuite arrondies selon les règles de mathématique et de l’OCDE.

Conclusions

Le SciCom a établi des concentrations acceptables estimées (EAC) en nickel sur base de données scientifiques dans chacune des denrées alimentaires d’intérêt. Il est à noter que ces EAC pourraient cependant ne pas assurer la protection des personnes souffrant de dermatite de contact systémique au nickel. Les EAC peuvent être utilisées comme limite d’action. Les mesures ou actions, appliquées lorsque ces limites sont dépassées, sont déterminées par le gestionnaire des risques.

Recommandations

Le cacao est responsable de la présence d’une quantité non négligeable de nickel dans les produits à base de cacao (chocolat, etc.). Le SciCom recommande donc d’encourager le secteur à surveiller la teneur en nickel dans les fèves de cacao. En outre, la contamination importante de la poudre de cacao par le nickel devrait être prise en compte dans l’établissement des recommandations nutritionnelles, et en particulier à l’attention des femmes enceintes, puisque le fœtus est particulièrement sensible au nickel. Le SciCom constate que les fruits secs, le beurre de cacahuètes, les pâtes à tartiner aux noisettes, les céréales pour petit déjeuner et les produits à base de soja sont pertinents à être analysés pour leur teneur en nickel. Il a été estimé que les produits à base de soja et les céréales pour petit déjeuner étaient responsables respectivement de 14% et 11% de l'apport en nickel chez les enfants âgés de 3 à 9 ans. Il serait donc pertinent d’étudier si des EAC ne devraient pas être calculées pour ces denrées alimentaires également.

Infections à Campylobacter en France : données épidémiologiques 2019

Santé publique France publie le 21 janvier 2021 les données de surveillance des infections à Campylobacter en France en 2019.

Résumé

L’infection à Campylobacter est l’une des causes les plus fréquentes de gastro-entérites bactériennes dans les pays développés. Une grande partie des infections à Campylobacter restent asymptomatiques. Pour les cas symptomatiques, les symptômes généralement observés sont ceux d’une gastro-entérite aiguë le plus souvent bénigne et spontanément guérie en moins d’une semaine. Les complications associées à une infection à Campylobacter sont rares, de même que les décès (<0,1 %), et surviennent surtout chez les personnes fragiles (personnes âgées, patients immunodéprimés).

Chaque année, Santé publique France publie un bilan complet des données de surveillance des infections à Campylobacter. Cette surveillance repose sur le Centre national de référence (CNR) des Campylobacters et Hélicobacters et la déclaration obligatoire des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC).

Points clés

Le nombre de souches de Campylobacter rapporté par le CNR est en augmentation depuis 2013, année de la mise en place de la saisie directe des données en ligne par les laboratoires. Cette augmentation pourrait être un reflet d’une augmentation des infections à Campylobacter en France. Toutefois, cette augmentation du nombre de souches rapportées doit être considérée dans le cadre des spécificités du système de surveillance. 

En 2019, la surveillance des infections à Campylobacter a confirmé les tendances épidémiologiques et biologiques déjà observées ces dernières années. Plus particulièrement, les données montrent : 

• une prédominance de l’espèce C. jejuni ;
• un nombre de cas et incidence plus élevés chez les enfants ;
• une prédominance des infections chez les hommes, sauf chez les personnes âgées de 20 à 29 ans ;
• un pic saisonnier pendant la période estivale ;
• une résistance élevée aux fluoroquinolones et aux tétracyclines, restée stable ces dernières années ;
• pas d’augmentation notable des taux de résistances des six antibiotiques testés en routine ;
• une consommation de produits de volaille en tant que premier aliment (incriminé ou suspecté) identifié comme source de contamination dans les épisodes de toxi-infections alimentaires collectives.

Le nombre de souches de Campylobacter rapporté par le CNR est en augmentation depuis 2013, année de la mise en place de la saisie directe des données en ligne par les laboratoires. Cette augmentation pourrait être un reflet d’une augmentation des infections à Campylobacter en France. Toutefois, cette augmentation du nombre de souches rapportées doit être considérée dans le cadre des spécificités du système de surveillance. Plusieurs facteurs, comme une augmentation de l’activité des laboratoires du réseau ou des prescriptions de coprocultures, pourraient provoquer une augmentation du nombre d’isolements et de la notification au cours du temps. La mise en place de PCR multiplex dans de nombreux laboratoires a aussi facilité la détection de Campylobacter sp. dans les prélèvements de selles.

Les infections à Campylobacter en France

En France, la surveillance épidémiologique des infections à Campylobacter repose sur deux systèmes : le Centre national de référence (CNR) des Campylobacters et Hélicobacters et la déclaration obligatoire des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). Les cas d’infections rapportés par ces systèmes de surveillance ne constituent toutefois qu’une partie des cas réellement survenus. En France, le nombre annuel moyen de cas symptomatiques d’infections à Campylobacter a été estimé à 493 000 (ICr90% : 273 000-1 080 000). Campylobacter serait responsable de 26 % du nombre total estimé des infections d’origine alimentaire et de 31% des hospitalisations associées à ces infections.

A noter que le scan sur Campylobacter par Santé publique de France indique que nombre de cas d’infections à Campylobacter d’origine alimentaire en France estimé à 392 000 ...

Les éléments en gras dans le texte sont soulignés par moi -aa.

Principales caractéristiques des souches de Campylobacter spp rapportées par le CNR isolées en 2019

Le CNR a rapporté 8 309 souches de Campylobacter et bactéries apparentées ayant été isolées en 2019 : 4 560 souches de Campylobacter et bactéries apparentées reçues au CNR, auxquelles s’ajoutent les 3 749 souches identifiées par les laboratoires pour lesquelles les informations épidémiologiques et bactériologiques ont été saisies en ligne. La proportion de souches ayant fait l’objet d’une saisie en ligne en 2019 a été de 45% (Figure 1).

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Parmi les 8 309 souches rapportées, 7 712 souches étaient identifiées comme Campylobacter spp, 89 comme Arcobacter spp (81 A. butzleri et 8 A. cryaerophilus) et 5 comme Helicobacter spp (503 souches sont arrivées mortes et n’ont pas pu être identifiées).

Parmi les 7 712 souches de Campylobacter spp rapportées par le CNR, C. jejuni était la souche la plus fréquemment identifiée (n=6 526, 84,6%), suivi par C. coli (n=1 061, 13,8%) et C. fetus (n=75, 1,0%).

Principales caractéristiques des patients infectés rapportés par le CNR

L’âge à l’infection variait entre 0 ans et 100 ans, avec une moyenne à 35 ans et une médiane à 28 ans.

En 2019, l’incidence la plus élevée était rapportée dans la classe d’âge 0-9 ans, avec une incidence de 21 cas pour 100 000 habitants. L’incidence la plus faible était rapportée dans la classe d’âge 40-59 ans (7 cas/100 000 habitants).

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Surveillance des toxi-infections alimentaires collectives dues à Campylobacter spp

Les infections à Campylobacter peuvent aussi faire l’objet d’une déclaration aux autorités de santé dans le cadre de la déclaration obligatoire des TIAC. En 2019, 55 foyers de TIAC dues à Campylobacter (avec confirmation biologique) ont été déclarés, comptabilisant un total de 241 malades. Les aliments incriminés ou suspectés comme source de contamination pour la plupart des foyers déclarés étaient des produits de volaille (40% des foyers, n=22) ou des viandes autres que volaille (22% des foyers, n=12). Le nombre de foyers déclarés en 2019 étant similaire à 2018 mais le nombre de malades déclarés en 2019 était inférieur à 2018.

Prévention des infections à Campylobacter

Les infections à Campylobacter sp chez les humains sont majoritairement des cas isolés. La colonisation par Campylobacter sp du système digestif d’animaux destinés à la consommation humaine est très répandue dans la filière volaille et dans une moindre mesure dans les filières bovine et porcine. En France, des travaux de recherche sur l’attribution des cas humains à différents réservoirs (volailles, ruminants, environnement) ont montré que les réservoirs principaux de contaminations humaines par C. jejuni seraient autant les volailles que les ruminants, tandis que le réservoir principal de contaminations humaines par C. coli serait les volailles. Ainsi, les principaux facteurs de risque de l’infection sont la manipulation de viande fraîche de volaille ou de bœuf, la contamination croisée d’aliments par des surfaces contaminées en cuisine, et la consommation de viande de volaille ou bœuf (et dans une moindre mesure de viande de porc) insuffisamment cuite. La prévention des infections à Campylobacter repose donc sur les bonnes pratiques d’hygiène en cuisine (lavage des mains, nettoyage des surfaces et ustensiles de cuisine après la manipulation de volaille ou viande crue) afin d’éviter la transmission croisée, et la cuisson suffisante de viande de volaille, de bœuf et de porc (cuit à cœur).

Mise à jour du 6 février 2021. On lira l'article publié par Food Safety News, La France note une légère hausse de Campylobacter en 2019.

Une contamination par Listeria tracée jusqu'au fournisseur de viande en Nouvelle-Zélande

«Une contamination par Listeria tracée jusqu'au fournisseur de viande», source article de Joe Whitworth paru le 22 janvier 2021 dans Food Safety News.

Une investigation menée par des responsables en Nouvelle-Zélande a retracé l'origine de plusieurs cas d'infection à Listeria jusqu'à un fournisseur de viande.

Le New Zealand Food Safety du Ministry for Primary Industries (MPI) etle Nelson Marlborough Public Health Service ont enquêté sur six patients atteints de listériose répartis sur quatre ans.

L'incident a conduit à des rappels de jambon dans un certain nombre de supermarchés du sud de l'île et dans trois magasins de la grande région de Wellington à la fin de 2020. Les investigations sur l'origine impliquaient un suivi auprès des fournisseurs de viandes cuites prêtes à consommer vers les supermarchés.

La contamination provenait de Rai Bacon Company Ltd. de Pestell, où Listeria a été retrouvée dans des produits et dans l'environnement de transformation. Cela a été confirmé par des tests ADN. Après le rappel de décembre, Pestell a cessé de produire et de vendre des produits de jambon prêt à consommer.

En octobre, des analyses de routine effectués par le supermarché Pak’n Save Blenheim ont détecté Listeria dans certains produits carnés emballés et ces articles ont été rappelés. L’analyse a révélé que Listeria retrouvé était identique à Listeria des produits Pestell.

L'Institut des sciences et recherches environnementales (ESR) a effectué le séquençage du génome sur des échantillons.

Source commune d'aliment

Melinda Sando, directrice nationale des services de conformité alimentaire de la Nouvelle-Zélande pour la sécurité des aliments, a dit: «Nous savions où le supermarché s'approvisionnait. Nous sommes allés chez Pestell et avons prélevé des échantillons à tester dans leur environnement de transformation et leurs produits.»

«Le séquençage de ces isolats a montré qu'ils étaient identiques, ce qui signifie qu'ils proviennent d'une source spécifique. Personne ne veut mettre ses clients en danger. Nous avons travaillé rapidement pour minimiser les risques pour le public et résoudre les problèmes.»

Le service de santé publique de Nelson Marlborough a reçu quatre rapports récents de listériose. Un en décembre 2019 et en août, septembre et novembre 2020. Il y a aussi deux patients historiques de 2016 et 2018.

Le Dr Andrew Lindsay, médecin hygiéniste du service de santé publique de Nelson Marlborough, a dit que l'agence surveillerait la situation avec New Zealand Food Safety pour voir si d'autres cas apparaissent.

«À ce jour, aucun autre cas associé aux produits rappelés n'a été identifié. Cependant, comme Listeria peut survivre à la congélation, il est rappelé aux consommateurs de vérifier les aliments dans leurs réfrigérateurs et congélateurs et s'ils ont l'un des produits rappelés, suivez les conseils de New Zealand Food Safety.

La Food Standards Agency publie un avertissement sur la sécurité sanitaire de la viande vendue sur Facebook

«Les consommateurs sont informés à propos des produits de viande fournis par un vendeur de viande fraîche du Wiltshire via Facebook», source Food Standards Agency (FSA).

Les produits de viande (principalement de l'agneau, de la chèvre, du veau, du bœuf), de toutes les espèces de viande, fournis par un vendeur non enregistré et non approuvé basé dans le Wiltshire n'ont pas été produits conformément aux exigences législatives en matière de sécurité des aliments et d'hygiène.

Ces produits ne sont pas conformes aux exigences d'hygiène alimentaire, de sécurité, d'étiquetage et de traçabilité et sont jugés dangereux. Ils ne doivent pas être consommés.

Nous avons demandé aux autorités chargées de l'application de la loi de contacter les responsables locaux de leur région susceptibles de recevoir les produits concernés afin de s'assurer qu'ils sont retirés du marché et rappelés aux consommateurs.

Détails du produit

• Tous les produits à base de viande fournis avant le 15 janvier 2021 via Facebook.
• Toutes les DLC
• Description du lot : Ushqime Organike, Bio UK; Ushqime BIO UK; Ushqime BIO; Wiltshire Farm Products
  

Risque lié au produit

Comme ces produits n'ont pas été préparés conformément aux exigences législatives en matière de sécurité alimentaire et d'hygiène, ils peuvent être dangereux.

Nos conseils aux consommateurs

Il est conseillé aux clients qui ont acheté ces produits de ne pas les consommer, et de se débarrasser de ces produits.

COVID-19: Le risque associé à l'introduction et à la propagation préoccupante de variants en Europe a été porté à élevé/très élevé, selon l'ECDC

«Des responsables mettent en garde contre la menace pour l'Europe du variant COVID-19», source article de Lisa Schnirring de CIDRAP News.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update, a le 21 janvier élevé le risque de propagation des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 à très élevé, car l'activité du COVID-19 au Royaume-Uni, où la variante B117 est dominante, maintient une emprise serrée malgré le troisième confinement du pays.

Pendant ce temps, des pays d'autres parties du monde, dont la Chine, ont annoncé de nouvelles mesures pour contrer la propagation tenace du virus.

L'ECDC augmente la menace du variant à 'très élevée'

Dans sa première mise à jour de son évaluation des risques des variants du SRAS-CoV-2 le 21 janvier, l'ECDC a dit que les variants les plus transmissibles ont conduit à une détérioration des situations épidémiologiques. Sur la base de nouvelles informations, le risque d'introduction du B117 et de sa propagation dans la communauté est très élevé et son impact sur les systèmes de santé est considéré comme élevé.

Pour le variant 501Y.V2 retrouvé pour la première fois en Afrique du Sud, des cas ont été confirmés dans 10 pays européens, avec un cluster en cours d'investigation en France et au Royaume-Uni et en Israël signalant également des cas ou des groupes d'infections 501Y.V2 non liées aux voyages.

Bien que le Royaume-Uni ait récemment vu des cas reculer par rapport à des sommets quotidiens records, salués comme un signe prometteur, une analyse mise à jour par l'Imperial College de Londres publiée le 20 janvier a dit que la prévalence du SRAS-CoV-2 est toujours très élevée, sans preuve de déclin. L'analyse du groupe couvre les 10 premiers jours du troisième confinement du pays.

Ils ont dit avoir vu une légère baisse initiale, suivie d'un plateau ou d'une augmentation possible des cas. Ils notent que les données de mobilité de Facebook montrent une baisse marquée d'ici la fin décembre, suivie d'une hausse qui a suivi le début de l'année de travail début janvier.

L'augmentation de la prévalence était associée aux grands ménages, aux quartiers les plus pauvres et à l'appartenance ethnique noire et asiatique. Les taux de positivité étaient plus élevés chez les personnels de la santé et des centre de santé, ainsi que chez d'autres personnels clés.

«Tant que la prévalence dans la communauté ne sera pas considérablement réduite, les services de santé resteront sous une pression extrême et le nombre cumulé de vies perdues pendant cette pandémie continuera d'augmenter rapidement», ont-ils écrit.

Dans un autre développement au Royaume-Uni, des chercheurs de l'Université d'Oxford ont dit le 20 janvier que les tests à flux latéral, également appelés aussi tests immunochromatographiques à flux latéral ou tests rapides identifieraient probablement les cas les plus infectieux chez des personnes ayant une charge virale plus élevée, malgré les préoccupations concernant la précision des tests, selon Reuters. La nouvelle survient alors que les responsables de la santé britanniques considèrent les tests rapides de masse comme un moyen de sortir du confinement actuel.

La Grande-Bretagne a été le premier pays d'Europe à subir une poussée qui était en partie liée au variant B117, qui alimente maintenant des épidémies dans d'autres parties du continent. Le Portugal fait partie des pays qui connaissent un tel pic, et la ministre de la Santé du pays, Marta Temido a déclaré le 20 janvier lors d'une émission de radio qu'environ 20% des cas consistaient au variant le plus transmissible, selon Reuters. Elle a prédit que ce nombre pourrait atteindre 60% dès la semaine prochaine.

Un représentant de l'un des syndicats de médecins du Portugal a dit le 21 janvier que les hôpitaux sont débordés, sans personnel suffisant pour ajouter plus de lits dans les unités de soins intensifs (USI), selon un autre article de Reuters. Le gouvernement a annoncé la fermeture de toutes les écoles et universités pendant 2 semaines afin de freiner la propagation du virus.

Pendant ce temps, l'Espagne voisine aujourd'hui - pour la deuxième journée consécutive - a signalé un record en une seule journée de 44 357 nouveaux cas, selon l'agence Anadolu, qui a dit que de nombreux hôpitaux du pays étaient débordés et que 157 variants de cas avaient été identifiées. Les responsables de la santé espagnols ont averti que le B117 pourrait devenir la souche dominante d'ici la mi-mars.

Vaccinations en France, faut-il croire le ministre de la santé le matin ou le soir ?

Décidément la vaccination suscite bien des controverses, jugez plutôt, comme pour les posologies médicamenteuses, faut-il prendre la pilule du Dr Véran le matin ou bien le soir ?

Dans tous les cas, ne pas prendre en même temps les deux pilules, tant ses propos sont contradictoires, à vous de voir ...

Selon Public Sénat, le ministre de la Santé était auditionné par la commission des lois du Sénat jeudi 21 janvier 2021 sur la prolongation de l'Etat d'urgence sanitaire (vidéo sur YouTube):

Auditionné ce jeudi matin (21 janvier 2021-aa) par la commission des lois du Sénat, le ministre de la Santé a dévoilé que la France pourrait ne pas «avoir vacciné tous les publics fragiles d’ici à l’été». «Nous ciblons 15 millions de personnes vaccinées d’ici avant l’été. Cela représente une grosse partie de la population à risque de formes graves. Quoique, si on ajoute toutes les personnes qui sont en maladies chroniques, plus les personnes âgées de 60 ans et plus, on est plus proche des 25 à 30 millions de personnes», a-t-il commencé par expliquer.

«Ce qui veut dire que même avec la meilleure organisation et tous les approvisionnements qui arriveraient en temps et en heure, nous ne pourrions avoir vacciné tous les publics fragiles d’ici à l’été», a-t-il poursuivi. Raison pour laquelle, «nous demandons la poursuite de mesures sanitaires jusqu’à l’automne», a-t-il justifié. Il insiste : «C’est mathématiquement défendable.»

Mais voici qu'à 20h38 de la même journée, selon BMMTV,

Le ministre de la Santé a déclaré, ce jeudi soir sur TF1, que l'objectif est «d'avoir vacciné 70 millions de personnes fin août» en France «si la totalité des vaccins commandés sont validés par les autorités sanitaires européennes et mondiales».

Le ministre, qui était l'invité du 20 heures de TF1, a dit s'attendre à ce que «probablement 1,3 à 1,4 million de personnes soient vaccinées fin janvier, soit plus que le million annoncé».

«Ensuite, le nombre de personnes vaccinées monterait à 4 millions fin février, 9 millions au mois de mars, 20 millions à la fin d'avril, 30 millions à la fin mai, 43 millions à la fin du mois de juin, 57 millions à la fin du moins de juillet et 70 millions, c'est-à-dire la totalité de la population française, d'ici à la fin août», a-t-il énuméré.

A suivre ...

Complément du 22 janvier avec cette projection du journal Le Parisien,

Complément du 23 janvier 2021. Merci à Mme Emmanuelle Ducros ...

Et ce qu'on nous cache: tous ceux qui seront vaccinés contre la covid mourront. Tous. Sans exception. pic.twitter.com/tEEtOIzH8b

— Emmanuelle Ducros (@emma_ducros) January 22, 2021

Une mauvaise santé intestinale serait reliée à un COVID-19 grave, selon une nouvelle étude

«Une mauvaise santé intestinale serait reliée à un COVID-19 grave, selon une nouvelle étude», source ASM News.

Faits saillants

• Les cas graves de COVID-19 incluent souvent des symptômes gastro-intestinaux
• Les maladies chroniques associées au COVID-19 grave sont également associées à une modification du microbiote intestinal
• De plus en plus de preuves suggèrent qu'une mauvaise santé intestinale affecte négativement le pronostic.
• Si des études démontrent empiriquement un lien entre le microbiote intestinal et la gravité du COVID-19, des interventions comme les probiotiques ou les transplantations fécales peuvent aider les patients.

Des personnes infectées par le COVID-19 présentent un large éventail de symptômes et de sévérités, les plus fréquemment rapportés comprenant des fièvres élevées et des problèmes respiratoires. Cependant, l'autopsie et d'autres études ont également révélé que l'infection peut affecter le foie, les reins, le cœur, la rate et même le tractus gastro-intestinal. Une fraction non négligeable des patients hospitalisés pour des problèmes respiratoires ont également des diarrhées, des nausées et des vomissements, ce qui suggère que lorsque le virus est impliqué dans le tube digestif, il augmente la gravité de la maladie.

Dans une revue publiée cette semaine par mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology, le microbiologiste Heenam Stanley Kim, du Laboratoire de l'Université de Corée pour les interactions humain-microbien, à Séoul, a examiné des preuves émergentes suggérant qu'une mauvaise santé intestinale affecte négativement le pronostic du COVID-19. Sur la base de son analyse, Kim a proposé que le dysfonctionnement intestinal, et son intestin associé, peut exacerber la gravité de l'infection en permettant au virus d'accéder à la surface du tube digestif et des organes internes. Ces organes sont vulnérables à l'infection car ils ont de l'ACE2 répandu, une protéine cible du SRAS-CoV-2, à la surface.

«Il semble y avoir un lien clair entre le microbiome intestinal modifié et le COVID-19 grave», a déclaré Kim.

Des études ont démontré que les personnes souffrant de problèmes médicaux sous-jacents, notamment l'hypertension artérielle, le diabète et l'obésité, courent un risque plus élevé de COVID-19 grave. Le risque augmente également avec l'âge, les personnes âgées étant les plus vulnérables aux complications les plus graves et à la probabilité d'hospitalisation. Mais ces deux facteurs - âge avancé et maladies chroniques - ont une association bien connue avec un microbiote intestinal altéré. Ce déséquilibre peut affecter l'intégrité de la barrière intestinale, a noté Kim, ce qui peut permettre aux pathogènes et aux pathobiontes d'accéder plus facilement aux cellules de la muqueuse intestinale.

Jusqu'à présent, le lien entre la santé intestinale et le pronostic du COVID-19 n'a pas été démontré empiriquement, a noté Kim. Certains chercheurs ont fait valoir, a-t-il déclaré, que des microbiomes intestinaux malsains peuvent être une raison sous-jacente pour laquelle certaines personnes ont des infections aussi graves.

Les études menées suggèrent une relation compliquée. Une étude sur des patients symptomatiques de COVID-19 à Singapour, par exemple, a révélé qu'environ la moitié avait un niveau détectable du coronavirus dans les tests fécaux - mais seulement environ dans la moitié de ces symptômes gastro-intestinaux. Cette étude suggère que même si le SRAS-CoV-2 atteint le tube digestif, il peut ne pas causer de problèmes. Kim a également noté que la santé intestinale d'une personne au moment de l'infection peut être critique pour le développement des symptômes.

De nombreuses études récentes ont trouvé une diversité bactérienne réduite dans les échantillons d'intestin prélevés sur des patients atteints de COVID-19, par rapport aux échantillons de personnes en bonne santé. La maladie a également été liée à un épuisement des espèces bactériennes bénéfiques et à l'enrichissement des espèces pathogènes. Un déséquilibre similaire a été associé à l'infection par la grippe A, bien que les 2 virus diffèrent dans la façon dont ils modifient la composition microbienne globale.

Les espèces bactériennes appauvries associées à l'infection au COVID-19 comprennent certaines familles responsables de la production de butyrate, un acide gras à chaîne courte, qui joue un rôle central dans la santé intestinale en renforçant la fonction de barrière intestinale.

Kim a déclaré qu'il avait commencé à analyser les études après avoir réalisé que les pays riches dotés d'une bonne infrastructure médicale, y compris les États-Unis et les pays d'Europe occidentale, étaient parmi les plus durement touchés par le virus. Le «régime occidental» qui est courant dans ces pays est pauvre en fibres, et «un régime pauvre en fibres est l'une des principales causes de la modification des microbiomes intestinaux», a-t-il dit, «et une telle dysbiose du microbiome intestinal conduit à des maladies chroniques.»

La pathogenèse du COVID-19 n'est toujours pas entièrement comprise. Si les études futures montrent que la santé intestinale affecte le pronostic du COVID-19, a soutenu Kim, alors les cliniciens et les chercheurs devraient exploiter ce lien pour de meilleures stratégies visant à prévenir et à gérer la maladie. Manger plus de fibres, a-t-il dit, peut réduire le risque d’une maladie grave. Et la transplantation de microbiote fécal pourrait être un traitement à considérer pour les patients présentant les pires cas de COVID-19.

Le problème de la santé intestinale va au-delà du COVID-19, a-t-il déclaré. Une fois la pandémie passée, le monde devra encore tenir compte des maladies chroniques et d'autres problèmes associés à une mauvaise santé intestinale.

«Le monde entier souffre de cette pandémie du COVID-19», a déclaré Kim, «mais ce que les personnes ne réalisent pas, c'est que la pandémie de microbiomes intestinaux endommagés est bien plus grave maintenant.»

Le séquençage des eaux usées est utile pour le contrôle du SRAS-CoV-2

En France, nous avons le réseau Obépine, dont vous trouverez les objectifs ici, et qui nous dit à propos de ses réalisations,

Le réseau en cours de construction repose sur l’identification des quelques 150 STEU (Station de Traitement des Eaux Usées) dans lesquelles une analyse bi-hebdomadaire sera réalisée. Si, dans l’une d’entre elle, on mesure une augmentation de la concentration en trace de génome SARS-Cov-2, la première réaction, après la vérification qui s’impose, sera d’augmenter la fréquence des analyses. Ensuite, le réseau étant construit de façon hiérarchique, nous irons observer une dizaine de stations complémentaires, que nous pensons statistiquement semblables, pour y évaluer la dynamique de la concentration en génome.

C'est un bon début, mais comme nous allons le voir, il faut aussi vérifier quel type de variant se trouve dans les eaux usées car le «Séquençage des eaux usées est utile pour le contrôle du SRAS-CoV-2», source ASM News.

Le séquençage du génome viral des eaux usées peut détecter de nouveaux variants du SRAS-CoV-2 avant qu'ils ne soient détectées par séquençage clinique local, selon une nouvelle étude publiée dans mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology. La capacité de suivre les mutations du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées pourrait être particulièrement utile pour suivre de nouveaux variants, comme la souche B.1.17 qui est désormais répandue au Royaume-Uni et qui a déjà été introduite aux États-Unis. (en France aussi hélas -aa).

«Le virus du SRAS CoV-2 est excrété par les individus infectés par le COVID-19 et les déchets fécaux se retrouvent dans les systèmes de traitement des eaux usées. En prélevant les eaux usées, nous pouvons obtenir des informations sur les infections pour toute une population. Certains systèmes d'assainissement desservent plusieurs milliers de personnes. Certains servent des centaines de milliers de personnes», a déclaré la chercheuse principale de l'étude, Kara Nelson, professeur de génie civil et environnemental, au College of Engineering de l'Université de Californie-Berkeley. «Le prélèvement des eaux usées est un moyen très efficace d'obtenir des informations. C'est aussi une source d'information moins biaisée, car nous pouvons obtenir des informations de toutes les personnes du bassin d'égouts, qu'elles soient ou non testées dans une clinique. Nous savons qu'il y a des personnes qui ont des infections asymptomatiques qui pourraient ne jamais être testées.»

Dans la nouvelle étude, les chercheurs ont développé et utilisé une nouvelle méthode d'échantillonnage des eaux usées. Lorsque les chercheurs séquencent l'ARN concentré et extrait des échantillons d'eaux usées, de nombreuses souches différentes peuvent être présentes car de nombreuses personnes contribuent à l'échantillon. Cependant, il est difficile de distinguer le signal génétique du SRAS-CoV-2 des milliards de bactéries et de virus que les humains excrètent chaque jour. Les chercheurs doivent identifier le SRAS CoV-2 au milieu d'une soupe entière d'autres matériels génomiques.

«La manière dont nous devons traiter les informations de séquence est complexe. Une contribution de cet article est la capacité de préparer des échantillons pour le séquençage à partir des eaux usées. Au lieu de séquencer directement tout ce qui est présent, nous avons utilisé une approche d'enrichissement où vous essayez d'abord d'enrichir l'ARN qui vous intéresse», a dit le Dr Nelson. «Nous avons ensuite développé une nouvelle approche d'analyse bioinformatique suffisamment sensible pour détecter une seule différence nucléotidique. Vous ne pouvez pas être plus sensible que cela.»

Les chercheurs ont séquencé l'ARN directement à partir des eaux usées collectées par les districts municipaux de la baie de San Francisco pour générer des génomes complets et presque complets du SRAS-CoV-2. Les chercheurs ont découvert que les principaux génotypes de consensus SRAS-CoV-2 détectés dans les eaux usées étaient identiques aux génomes cliniques de la région. Alors que les variants d'eaux usées observés étaient plus similaires aux génotypes locaux dérivés de patients californiens qu'ils ne l'étaient à ceux d'autres régions, ils ont également détecté des variants de nucléotides uniques qui n'avaient été signalés qu'ailleurs aux États-Unis ou dans le monde. Ainsi, les chercheurs ont découvert que le séquençage des eaux usées peut fournir des preuves d'introductions récentes de lignées virales avant qu'elles ne soient détectées par séquençage clinique local. En comprenant quelles souches de SRAS-CoV-2 sont présentes dans les populations au fil du temps, les chercheurs peuvent avoir un aperçu de la façon dont la transmission se produit et si de nouveaux variants, comme le B.1.1.7, dominent la transmission.

«Parmi tous ceux qui sont testés, seule une fraction de ces échantillons est séquencée. Lorsque vous échantillonnez les eaux usées, vous obtenez des données plus complètes et moins biaisées sur votre population», a dit le Dr Nelson. «Il semble que nous pourrions être en mesure d'obtenir un signal plus tôt dans les eaux usées si un nouveau variant apparaît par rapport au fait de ne compter que sur le séquençage des échantillons cliniques. Le simple fait de savoir que le SRAS-CoV-2 est présent dans une population est la première étape pour fournir des informations pour aider à contrôler la propagation du virus, mais savoir quels variants sont présents fournit des informations supplémentaires mais très utiles.