Le séquençage des eaux usées est utile pour le contrôle du SRAS-CoV-2

En France, nous avons le réseau Obépine, dont vous trouverez les objectifs ici, et qui nous dit à propos de ses réalisations,

Le réseau en cours de construction repose sur l’identification des quelques 150 STEU (Station de Traitement des Eaux Usées) dans lesquelles une analyse bi-hebdomadaire sera réalisée. Si, dans l’une d’entre elle, on mesure une augmentation de la concentration en trace de génome SARS-Cov-2, la première réaction, après la vérification qui s’impose, sera d’augmenter la fréquence des analyses. Ensuite, le réseau étant construit de façon hiérarchique, nous irons observer une dizaine de stations complémentaires, que nous pensons statistiquement semblables, pour y évaluer la dynamique de la concentration en génome.

C'est un bon début, mais comme nous allons le voir, il faut aussi vérifier quel type de variant se trouve dans les eaux usées car le «Séquençage des eaux usées est utile pour le contrôle du SRAS-CoV-2», source ASM News.

Le séquençage du génome viral des eaux usées peut détecter de nouveaux variants du SRAS-CoV-2 avant qu'ils ne soient détectées par séquençage clinique local, selon une nouvelle étude publiée dans mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology. La capacité de suivre les mutations du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées pourrait être particulièrement utile pour suivre de nouveaux variants, comme la souche B.1.17 qui est désormais répandue au Royaume-Uni et qui a déjà été introduite aux États-Unis. (en France aussi hélas -aa).

«Le virus du SRAS CoV-2 est excrété par les individus infectés par le COVID-19 et les déchets fécaux se retrouvent dans les systèmes de traitement des eaux usées. En prélevant les eaux usées, nous pouvons obtenir des informations sur les infections pour toute une population. Certains systèmes d'assainissement desservent plusieurs milliers de personnes. Certains servent des centaines de milliers de personnes», a déclaré la chercheuse principale de l'étude, Kara Nelson, professeur de génie civil et environnemental, au College of Engineering de l'Université de Californie-Berkeley. «Le prélèvement des eaux usées est un moyen très efficace d'obtenir des informations. C'est aussi une source d'information moins biaisée, car nous pouvons obtenir des informations de toutes les personnes du bassin d'égouts, qu'elles soient ou non testées dans une clinique. Nous savons qu'il y a des personnes qui ont des infections asymptomatiques qui pourraient ne jamais être testées.»

Dans la nouvelle étude, les chercheurs ont développé et utilisé une nouvelle méthode d'échantillonnage des eaux usées. Lorsque les chercheurs séquencent l'ARN concentré et extrait des échantillons d'eaux usées, de nombreuses souches différentes peuvent être présentes car de nombreuses personnes contribuent à l'échantillon. Cependant, il est difficile de distinguer le signal génétique du SRAS-CoV-2 des milliards de bactéries et de virus que les humains excrètent chaque jour. Les chercheurs doivent identifier le SRAS CoV-2 au milieu d'une soupe entière d'autres matériels génomiques.

«La manière dont nous devons traiter les informations de séquence est complexe. Une contribution de cet article est la capacité de préparer des échantillons pour le séquençage à partir des eaux usées. Au lieu de séquencer directement tout ce qui est présent, nous avons utilisé une approche d'enrichissement où vous essayez d'abord d'enrichir l'ARN qui vous intéresse», a dit le Dr Nelson. «Nous avons ensuite développé une nouvelle approche d'analyse bioinformatique suffisamment sensible pour détecter une seule différence nucléotidique. Vous ne pouvez pas être plus sensible que cela.»

Les chercheurs ont séquencé l'ARN directement à partir des eaux usées collectées par les districts municipaux de la baie de San Francisco pour générer des génomes complets et presque complets du SRAS-CoV-2. Les chercheurs ont découvert que les principaux génotypes de consensus SRAS-CoV-2 détectés dans les eaux usées étaient identiques aux génomes cliniques de la région. Alors que les variants d'eaux usées observés étaient plus similaires aux génotypes locaux dérivés de patients californiens qu'ils ne l'étaient à ceux d'autres régions, ils ont également détecté des variants de nucléotides uniques qui n'avaient été signalés qu'ailleurs aux États-Unis ou dans le monde. Ainsi, les chercheurs ont découvert que le séquençage des eaux usées peut fournir des preuves d'introductions récentes de lignées virales avant qu'elles ne soient détectées par séquençage clinique local. En comprenant quelles souches de SRAS-CoV-2 sont présentes dans les populations au fil du temps, les chercheurs peuvent avoir un aperçu de la façon dont la transmission se produit et si de nouveaux variants, comme le B.1.1.7, dominent la transmission.

«Parmi tous ceux qui sont testés, seule une fraction de ces échantillons est séquencée. Lorsque vous échantillonnez les eaux usées, vous obtenez des données plus complètes et moins biaisées sur votre population», a dit le Dr Nelson. «Il semble que nous pourrions être en mesure d'obtenir un signal plus tôt dans les eaux usées si un nouveau variant apparaît par rapport au fait de ne compter que sur le séquençage des échantillons cliniques. Le simple fait de savoir que le SRAS-CoV-2 est présent dans une population est la première étape pour fournir des informations pour aider à contrôler la propagation du virus, mais savoir quels variants sont présents fournit des informations supplémentaires mais très utiles.