Évaluation des propriétés antimicrobiennes de 46 désinfectants pour les mains du commerce

Quelle est l’efficacité de votre désinfectant pour les mains? L'étude publiée sur les essais de 46 désinfectants pour les mains disponibles dans le commerce a trouvé une grande variabilité dans la performance antibactérienne. Cependant, il n’existe pas de corrélation entre les performances antibactériennes et antivirales.

«Évaluation des propriétés antimicrobiennes des désinfectants pour les mains du commerce», source mSphere. L'article est disponible en intégralité.

Résumé

Les désinfectants pour les mains ont été mis au point comme un moyen pratique de décontaminer les mains d’un individu des bactéries pathogènes dans des situations où l’eau et le savon ne sont pas disponibles.

Pourtant, à notre connaissance, aucune étude n'a comparé l'efficacité antibactérienne d'une grande série de désinfectants pour les mains. En utilisant des analyses de la zone d'inhibition de la croissance et la courbe de destruction, nous avons évalué les performances de 46 désinfectants pour les mains disponibles dans le commerce qui ont été obtenus dans les grandes chaînes de magasins nationales, les stations-service, les pharmacies et les boutiques pour l'activité antibactérienne contre le prototypique Gram-positif, Staphylococcus aureus et un pathogène bactérien Gram négatif (Escherichia coli).

Les résultats ont révélé une variabilité substantielle de l'efficacité de nombreux désinfectants évalués. Les formulations suivant les ingrédients recommandés par l'Organisation mondiale de la santé (80% d'éthanol ou 75% d'alcool isopropylique) ou celles contenant du chlorure de benzalkonium comme ingrédient principal actif ont montré une excellente activité antibactérienne, tandis que d'autres ont montré une activité modeste ou médiocre dans les essais effectués.

Les résultats ont également révélé que E. coli était généralement plus sensible à la plupart des désinfectants que S. aureus et qu'il y avait une variabilité significative d'une souche à l'autre de l'efficacité antimicrobienne des désinfectants pour les mains, quel que soit l'organisme évalué.

En outre, les essais d'un sous-ensemble de désinfectants pour les mains contre le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) n'ont révélé aucune corrélation directe entre les performances antibactériennes et antivirales, toutes les formulations d'alcool éthylique fonctionnant aussi bien et affichant une activité améliorée par rapport au chlorure de benzalkonium, contenant un désinfectant.

Pris ensemble, ces résultats indiquent qu'il y a probablement une variabilité substantielle dans la performance antimicrobienne des désinfectants disponibles pour les mains dans le commerce, en particulier envers les bactéries pathogènes, et il y a un besoin d'évaluer l'efficacité des désinfectants en cours de développement.

Importance

En réponse à la pandémie de coronavirus 2019 (COVID-19), l'hygiène des mains a joué un rôle de premier plan dans les efforts visant à réduire la transmission et l'infection du SARS-CoV-2, ce qui a conduit à une augmentation radicale du nombre et des types de désinfectants pour les mains fabriqués pour répondre à la demande du public. À notre connaissance, aucune étude n'a évalué ou comparé les performances antimicrobiennes des désinfectants pour les mains produits sous autorisation d'urgence liée au COVID-19. Les essais de 46 désinfectants pour les mains disponibles dans le commerce achetés dans les magasins physiques à l'échelon national ont révélé une variabilité considérable de leur performance antibactérienne vis-à-vis de deux bactéries pathogènes présentant un problème de santé immédiat, S. aureus et E. coli. Des essais approfondis d'un sous-ensemble de désinfectants pour les mains n'ont révélé aucune corrélation directe entre les performances antibactériennes des désinfectants individuels et leur activité contre le SARS-CoV-2. Ces résultats indiquent qu'à mesure que la pandémie se réduira, il sera nécessaire de valider l'efficacité antimicrobienne des produits désinfectants.

Dans la conclusion de l'article, les auteurs notent,

Pris ensemble, les résultats de cette étude suggèrent que tous les désinfectants pour les mains ne sont pas des agents bactéricides aussi efficaces contre E. coli et S. aureus, comme en jugent les essais effectués. Comme indiqué, certains désinfectants semblaient efficaces contre l'un ou les deux organismes, tandis que les effets antibactériens d'autres désinfectants semblaient diminuer. En outre, il peut y avoir des différences mineures, mais appréciables, dans l'efficacité des formulations à base de chlorure de benzalkonium et d'alcool éthylique vis-à-vis du SARS-CoV-2. Ainsi, à mesure que la pandémie de COVID-19 se réduira aux États-Unis, il peut être judicieux de mettre en œuvre des exigences formelles pour les données d'efficacité comme condition préalable à la production continue de désinfectants pour les mains qui ont été introduits sur le marché sous autorisation d'urgence liée au COVID-19. Les résultats de cette étude indiquent que les essais antibactériens devraient probablement être effectués en utilisant plusieurs espèces et souches et pourraient être effectués en utilisant soit des essais sur gélose avec une haute densité microbienne et/ou des essais de cinétique de destruction pour les désinfectants aqueux, alors que les études de e cinétique de destruction sont moins révélatrices pour les désinfectants visqueux. De même, il peut être important d'évaluer l'efficacité des désinfectants contre plusieurs souches de SARS-CoV-2.

Les séquenceurs d'ADN portables sont prometteurs pour la surveillance des micro-organismes pendant la production alimentaire

«Les séquenceurs d'ADN portables sont prometteurs pour la surveillance des micro-organismes pendant la production alimentaire», source Phys.org.

Des appareils portables sont bien adaptés à la surveillance de l'environnement pendant la production alimentaire et présentent des avantages clés en termes de facilité d'utilisation et d'identification d'une grande variété de bactéries, selon une nouvelle étude publiée dans la revue npj Science of Food.

L'étude, menée par des chercheurs du Teagasc Food Research Program et du APC Microbiome Ireland SFI Research Center, est la première à tester des séquenceurs d'ADN portables en tant que solution de surveillance microbienne de routine pour les installations de production alimentaire.

Identifier les microbes présents dans nos aliments est important. Après tout, ils peuvent entraîner une altération des aliments et des maladies, de sorte que des contrôles de routine de la vie microbienne dans les installations de production alimentaire sont une nécessité. Cependant, les techniques actuelles pour y parvenir, bien qu'essayées et testées, présentent certaines limites.

«Les analyses microbiologiques dans la chaîne alimentaire reposent et continuent de s'appuyer sur des analyses microbiologiques classiques plus anciennes, tels que l'utilisation de mileiu gélosé et de boîtes de Pétri», a expliqué l'auteur principal de l'étude, le professeur Paul Cotter. «C'est une approche qui prend du temps et seuls les micro-organismes qui sont spécifiquement analysés sont identifiés.»

Le séquençage de l'ADN offre une alternative. Au lieu de cultiver des prélèvements bactériens dans des boîtes de Pétri, il peut analyser rapidement l'ADN bactérien et identifier l'espèce dans un échantillon.

Le piège?

Le séquençage conventionnel de l'ADN implique un équipement de laboratoire coûteux et seuls des techniciens de laboratoire hautement qualifiés peuvent effectuer la procédure et analyser les résultats.

Ce n'est pas un bon choix pour la surveillance microbienne de routine dans les installations de production alimentaire très fréquentées. Une technologie plus récente offre un séquençage rapide de l'ADN avec un appareil portatif facile à utiliser, mais personne n'avait testé son potentiel dans la production alimentaire - jusqu'à présent.

Le professeur Cotter et ses collègues, dirigés par le Dr Aoife McHugh, ont entrepris d'étudier comment une telle technologie de séquençage portable se comparerait au séquençage en laboratoire, en utilisant des échantillons sur écouvillon dans une laiterie en activité.

Il est frappant de constater que l'appareil portatif s'est avéré similaire au système de séquençage plus grand en laboratoire en termes de nombre d'espèces bactériennes qu'il pouvait identifier dans les échantillons, ce qui suggère qu'il a un potentiel en tant que dispositif de surveillance de routine dans la production alimentaire. Cependant, le petit appareil nécessite une quantité minimale d'ADN avant de pouvoir fonctionner correctement.

Dans la laiterie bien nettoyée, il n'y avait tout simplement pas assez de bactéries dans la plupart des échantillons, de sorte que les chercheurs ont dû effectuer une étape supplémentaire pour amplifier l'ADN bactérien avant qu'il n'y en ait assez à analyser. Il s'agit d'un obstacle mineur, et les développements ultérieurs de la technologie peuvent aider à le surmonter.

«En tant que microbiologistes, l'utilisation du séquençage de l'ADN a révolutionné notre compréhension des fascinantes communautés microbiennes au fond des océans, au sommet des icebergs et dans une vaste gamme d'autres environnements», a dit le professeur Cotter. «Bien que de telles études aient le potentiel d'avoir un impact sur nos vies à long terme, l'utilisation de ces technologies pour améliorer la qualité et la sécurité des aliments peut avoir un impact très rapide sur la vie quotidienne. Cette étude représente une étape clé vers un jour où les les experts peuvent utiliser des outils de séquençage de l'ADN pour effectuer des tests microbiologiques dans la chaîne alimentaire.»

Les bactéries s'adaptent aux conditions changeantes de l'appareil digestif

Afin d'augmenter les chances de survie au contact des cellules hôtes eucaryotes, les bactéries symbiotiques et pathogènes ont développé des méthodes pour influencer le comportement des cellules hôtes. L'injectisome du système de sécrétion de type III (T3SS) est une machinerie moléculaire utilisée par divers genres bactériens pathogènes, notamment Salmonella, Shigella, Escherichia pathogène, Pseudomonas et Yersinia pour délivrer des toxines moléculaires, protéines effectrices, directement dans les cellules hôtes eucaryotes. Des chercheurs du laboratoire d'Andreas Diepold du MPI pour la microbiologie terrestre ont maintenant découvert qu'une dynamique élevée de cet appareil permet aux bactéries de s'adapter rapidement aux conditions changeantes du tube digestif. © Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology.

«Les bactéries s'adaptent aux conditions changeantes de l'appareil digestif», source Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology.

Une étude montre comment les bactéries pathogènes peuvent s'adapter à diverses conditions du tube digestif. Source Nature Communications.

Basique, acide, basique encore, pour les bactéries pathogènes telles que Salmonella, le tube digestif humain est un changement radical.

Alors, comment les bactéries parviennent-elles à réagir à ces changements?

Une équipe de chercheurs de l'Institut Max Planck (MPI) pour la microbiologie terrestre à Marburg dirigée par Andreas Diepold a désormais fourni une explication possible: les bactéries pathogènes peuvent changer des composants de leur appareil d'injection à la volée, comme changer des pneus d'une voiture en mouvement, pour permettre une réponse rapide.

Certains des pathogènes humains les plus connus - de la bactérie de la peste Yersinia pestis au pathogène de la diarrhée Salmonella - utilisent une minuscule aiguille hypodermique pour injecter des protéines pathogènes dans les cellules de leur hôte, les manipulant ainsi. Cette aiguille fait partie du système de sécrétion dit de type III (T3SS), sans lequel la plupart de ces agents pathogènes ne peuvent pas se répliquer dans l'organisme.

Ce n'est que récemment qu'il a été découvert que de grandes parties du T3SS ne sont pas fermement ancrées à la partie principale du système, mais sont constamment échangées pendant le fonctionnement. Cependant, la signification de ce phénomène n'est pas claire. Des chercheurs du laboratoire d'Andreas Diepold de l'Institut Max Planck de microbiologie terrestre ont maintenant découvert que ce comportement dynamique permet aux bactéries d'adapter rapidement la structure et la fonction de l'appareil d'injection aux conditions extérieures.

La digestion humaine commence par un environnement neutre à légèrement alcalin dans la bouche et l'œsophage, que l'ajout d'acides gastriques change soudainement en fortement acide dans l'estomac - un environnement dans lequel de nombreux pathogènes ne survivent pas. La cible réelle de Yersinia enterocolitica, la bactérie pathogène étudiée dans l'étude, est l'intestin. Ici, les conditions de pH neutre sont rétablies.

Mais comment les bactéries parviennent-elles à s'adapter si rapidement aux conditions changeantes et comment cela est-il contrôlé? Le doctorant Stephan Wimmi, premier auteur de l'étude, a pu démontrer qu'une protéine dans la membrane de la bactérie agit comme un capteur de la valeur du pH. Dans une collaboration avec le laboratoire d'Ulrike Endesfelder à l'Institut Max Planck, il a découvert que cette protéine devient plus mobile à un pH bas (= acide) et transmet ainsi le signal aux composants du T3SS à l'intérieur de la bactérie.

La flexibilité empêche les ratés

Dans un environnement acide comme l'estomac, les composants mobiles ne se lient pas au reste de l'appareil (y compris l'aiguille elle-même), de sorte que le système d'injection reste inactif. Dès que les bactéries pénètrent dans un environnement au pH neutre, comme on le trouve dans l'intestin, les protéines dynamiques se réassemblent, de sorte que le T3SS puisse rapidement devenir actif sur ces sites, au désarroi éventuel de la personne infectée.

Les chercheurs pensent que l'effet nouvellement découvert pourrait permettre aux bactéries d'empêcher un «raté» consommateur d'énergie du système de sécrétion dans le mauvais environnement, ce qui pourrait même activer la réponse immunitaire de l'hôte. D'autre part, la mobilité et la dynamique de la structure permettent au système d'être rapidement remonté et activé dans des conditions appropriées.

La mobilité et l'échange de protéines sont de plus en plus découverts dans les complexes et les nanomachines dans tous les domaines de la vie ; cependant, l'utilité de ces dynamiques n'est généralement pas comprise. Les nouveaux résultats de Marburg montrent comment l'échange de protéines permet de répondre de manière flexible aux circonstances extérieures - un immense avantage, pas seulement pour les bactéries.

Epidémie à Salmonella en Norvège liée à de la viande bovine importée d'Allemagne

Une notification au RASFF de l'UE, référence 2021.1274, du 11 mars 2021 par la Norvège fait état de cas d'intoxication d'origine alimentaire causés par et Salmonella enterica sérovar Enteritidis (présence dans 25g) dans des carcasses de bovins réfrigérées d'Allemagne.

C'est dans ce contexte qu'intervient cet article de Joe Whitworth paru le 13 mars 2021 dans Food Safety News, «Epidémie à Salmonella en Norvège».

Les autorités norvégiennes sont remontées jusqu'à l'origine d'une épidémie à Salmonella liée à de la viande bovine en provenance d'Allemagne.

Salmonella Enteritidis présentant le même profil génétique que la souche du foyer épidémique a été détecté dans un lot de viande bovine importée d'Allemagne. Ce lot importé en Norvège par Prima Jæren a été retiré du marché. Il a été utilisé dans la production de viande hachée et dans la même usine comme hamburgers.

Le Folkehelseinstituttet (Institut norvégien de la santé publique) avait précédemment signalé que 20 personnes avaient été malades.

On sait désormais que 22 personnes sont tombées malades et 19 cas confirmés pour avoir été infectés par la souche épidémique. Pour trois personnes, la confirmation est en attente mais des analyses préliminaires indiquent qu'elles appartiennent à l'épidémie.

Produits correspondants et prélèvements des patients

Les malades sont âgés de 11 à 91 ans et près des deux tiers sont des femmes. Dix personnes ont été hospitalisées. Des échantillons ont été prélevés de la fin janvier à la fin février.

Les patients sont répartis géographiquement sur de grandes parties de la Norvège. Les personnes infectées vivent à Viken (11), Oslo (3), Innlandet (2), Vestfold et Telemark, Agder, Rogaland, Vestland, Møre og Romsdal et Nordland. 10 des cas ont été hospitalisés.

Plusieurs patients ont mentionné de la viande hachée, qui, selon les autorités, a été produite avec des matières premières du lot concerné.

Une enquête sur l'épidémie est en cours, impliquant l'industrie, les services de santé locaux concernés, l'Institut vétérinaire et l'Autorité norvégienne de sécurité des aliments (Mattilsynet).

Un échantillon positif à Salmonella provenait de l'importateur Prima Jæren. Il a été prélevé à la fin du mois de janvier de cette année et a été réalisée par l'entreprise.

L'Institut vétérinaire a identifié le type de Salmonella par séquençage du génome entier. Folkehelseinstituttet a analysé des échantillons de personnes infectées et a découvert que les bactéries étaient identiques et provenaient de la même source.

Rappel de produit

NorgesGruppen a rappelé de la viande hachée et des hamburgers avec certaines dates d'expiration. Les articles ont été fournis par Norfersk et ont sur leur étiquetage les marques Folkets, Meny, Spar ou Kiwi. Tous ont une DLC dépassée avec des dates allant du 7 au 9 février, mais lespersonnes pourraient toujours les avoir à la maison dans leur congélateur. Les consommateurs sont encouragés à les jeter ou à rapporter les produits au magasin.

Tous les hamburgers utilisent des matières premières norvégiennes, mais sont inclus dans le rappel en raison de la production sur la même chaîne que la matière première importée.

Une partie du lot concerné a également été vendue à d'autres sociétés et Mattilsynet essaie toujours de tout retracer.

Chaque année, entre 900 et 1 300 cas de salmonellose sont signalés à Folkehelseinstituttet, la plupart des personnes étant infectées à l'étranger.

Une analyse préliminaire n'indique aucun lien entre cette épidémie et celle à Salmonella Enteritidis en Suède qui a touché 12 personnes, dont huit sont des enfants de moins de 10 ans. Des enquêtes sont en cours en Suède pour identifier la source.

NB : On notera que la viande a été retrouvée positive le 18 janvier 2021, les autorités ont été un peu en retard sur les évènements ... notamment eu égard à la notification au RASFF de l'UE le 11 mars 2021 !

A noter que la viande a été aussi distribuée en France, Danemark et Norvège ...

Le SRAS-CoV-2 est passé de la chauve-souris à l'homme sans grand changement

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Selon un article paru dans PLOS Biology, La sélection naturelle dans l'évolution du SRAS-CoV-2 chez les chauves-souris a créé un virus généraliste et un agent pathogène humain hautement capable. Source EurekAlert!

Dans quelle mesure le SRAS-CoV-2 a-t-il dû changer pour s'adapter à son nouvel hôte humain? Dans un recherche publiée dans la revue en libre accès PLOS Biology Oscar MacLean, Spyros Lytras de l'Université de Glasgow et ses collègues montrent que depuis décembre 2019 et pendant les 11 premiers mois de la pandémie de SRAS-CoV-2, il y a eu très peu changements génétiques «importants» observé dans les centaines de milliers de génomes viraux séquencés.

L'étude est une collaboration entre des chercheurs du Royaume-Uni, des États-Unis et de Belgique. Les auteurs principaux, le professeur David L. Robertson (au MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research, Écosse) et le professeur Sergei Pond (à l'Institute for Genomics and Evolutionary Medicine, Temple University, Philadelphie) ont pu mettre à profit leur expérience de l'analyse des données du VIH et d'autres virus jusqu'au SRAS-CoV-2. Le cadre analytique de pointe de Pond, HyPhy, a joué un rôle déterminant dans la découverte des signatures de l'évolution intégrées dans les génomes du virus et repose sur des décennies de connaissances théoriques sur les processus évolutifs moléculaires.

Le premier auteur, le Dr Oscar MacLean, explique: «Cela ne signifie pas qu'aucun changement ne s'est produit, des mutations sans importance évolutive s'accumulent et «surfent» le long des millions d'événements de transmission, comme elles le font dans tous les virus.» Des changements peuvent avoir un effet, par exemple, le remplacement de Spike D614G qui s'est avéré améliorer la transmissibilité et certaines autres modifications de la biologie virale dispersées sur son génome. Dans l'ensemble, cependant, les processus évolutifs «neutres» ont dominé. MacLean ajoute: «Cette stase peut être attribuée à la nature hautement sensible de la population humaine à ce nouveau pathogène, avec une pression limitée de l'immunité de la population et un manque de confinement, conduisant à une croissance exponentielle faisant de presque tous les virus un gagnant.»

Pond commente: «Ce qui a été si surprenant, c'est à quel point le SRAS-CoV-2 a été transmissible depuis le début. Habituellement, les virus qui sautent vers une nouvelle espèce hôte mettent un certain temps à s'adapter pour être aussi capables que le SRAS-CoV-2 de se propager, et la plupart ils ne parviennent jamais au-delà de ce stade, ce qui entraîne des débordements sans issue ou des épidémies localisées.»

En étudiant les processus de mutation du SRAS-CoV-2 et des sarbécovirus apparentés (le groupe de virus SARS-CoV-2 appartient aux chauves-souris et pangolins), les auteurs ont trouvé des preuves d'un changement assez significatif, mais tout avant l'émergence du SRAS-CoV- 2 chez l'homme. Cela signifie que la nature «généraliste» de nombreux coronavirus et leur facilité apparente à sauter entre les hôtes, imprégnaient le SRAS-CoV-2 d'une capacité toute faite à infecter les humains et d'autres mammifères, mais ces propriétés ont probablement évolué chez les chauves-souris avant le débordement chez l'homme.

Spyros Lytras, premier auteur et étudiant en doctorat, ajoute: «Fait intéressant, l'un des virus de chauve-souris les plus proches, RmYN02, a une structure génomique intrigante composée à la fois de segments de type SRAS-CoV-2 et de virus de chauve-souris. Son matériel génétique contient les deux signatures de composition distinctes (associées à l'action de l'immunité antivirale de l'hôte), soutenant ce changement de rythme d'évolution, se sont produites chez les chauves-souris sans avoir besoin d'une espèce animale intermédiaire.»

Robertson commente, «la raison du 'changement de vitesse' du SRAS-CoV-2 en termes de son taux d'évolution accru à la fin de 2020, associé à des lignées plus fortement mutées, est que le profil immunologique de la population humaine a changé.» Le virus vers la fin de 2020 entrait de plus en plus en contact avec l'immunité existante de l'hôte, car le nombre de personnes précédemment infectées est maintenant élevé. Cela sélectionnera des variants qui peuvent esquiver une partie de la réponse de l'hôte. Associées à l'évasion de l'immunité dans les infections à long terme dans les cas chroniques (par exemple, chez les patients immunodéprimés), ces nouvelles pressions sélectives augmentent le nombre de mutants viraux importants.

Il est important de comprendre que le SRAS-CoV-2 reste un virus aigu, éliminé par la réponse immunitaire dans la grande majorité des infections. Cependant, il s'éloigne maintenant plus rapidement du variant de janvier 2020 utilisé dans tous les vaccins actuels pour augmenter l'immunité protectrice. Les vaccins actuels continueront de fonctionner contre la plupart des variants en circulation, mais plus le temps passera et plus l'écart entre le nombre de personnes vaccinées et non vaccinées sera grand, plus il y aura d'opportunités pour échapper au vaccin. Robertson ajoute: «La première course a été de développer un vaccin. La course est maintenant de faire vacciner la population mondiale le plus rapidement possible.»

Un nouveau petit ARN (ARNs) favorise la motilité et la virulence de Escherichia coli entérohémorragique O157: H7 en réponse à l'ammonium

Des chercheurs identifient un nouvel sARN (petits ARN régulateurs ou sARN)) chez E. coli O157: H7 qui contribue à la motilité et à la virulence bactériennes en régulant la synthèse flagellaire. Son expression est induite par la forte concentration d’ammonium dans le côlon. L'étude lest parue dans mBio, une revue de l'American Society for Microbiology.

Résumé

Escherichia coli entérohémorragiquede sérotype O157:H7 (O157) est un pathogène intestinal humain critique, d'origine alimentaire, qui provoque une diarrhée hémorragique aiguë grave, des crampes abdominales et même la mort. Les petits ARN (ARNs) sont des molécules régulatrices non codantes qui détectent les changements environnementaux et déclenchent diverses voies de signalisation liées à la virulence; cependant, peu de ces ARNs ont été identifiés dans O157.

Ici, nous rapportons un nouvel ARNs, EsrF qui détecte des concentrations élevées d'ammonium dans le côlon et améliore la pathogénicité de O157 en favorisant la motilité bactérienne et l'adhésion aux cellules hôtes.

Plus précisément, EsrF s'est avéré interagir directement avec la région 5' non traduite de l'ARNm de la flagelline, flhB et augmenter son abondance, régulant ainsi à la hausse de l'expression des gènes flagellaires essentiels, y compris flhD, flhC, fliA et fliC, conduisant à une augmentation de la motilité et de la virulence de O157. Pendant ce temps, un modèle de lapin infantile d'infection à O157 a montré que la suppression de esrF et de flhB atténue considérablement la pathogénicité de O157. En outre, NtrC, le régulateur de réponse du système à deux composants NtrC/B, s'est avéré exercer une régulation directe et négative de l'expression de esrF.

Pendant ce temps, des concentrations élevées d'ammonium dans le côlon libèrent l'effet inhibiteur du NtrC sur esrF, améliorant ainsi son expression et favorisant par la suite la colonisation bactérienne dans le côlon de l'hôte.

Nos travaux révèlent une nouvelle voie de signalisation, centrée sur l'ARNs, liée à la virulence de O157 qui détecte des concentrations élevées d'ammonium. Ces résultats fournissent de nouvelles perspectives pour les recherches futures sur la pathogenèse de O157 et les stratégies de traitement ciblées.

Importance

Le processus par lequel les bactéries détectent les signaux environnementaux pour réguler leur virulence est complexe. Plusieurs études se sont concentrées sur la régulation de l'expression du locus de l'île de pathogénicité d'effacement des entérocytes chez la bactérie pathogène intestinale typique, O157. Cependant, peu d'études ont abordé la régulation d'autres facteurs de virulence en réponse aux signaux intestinaux.

Dans cette étude, nous rapportons notre découverte d'un nouvel ARNs O157, EsrF, et démontrons qu'il a contribué à la motilité bactérienne et à la virulence in vitro et in vivo grâce à la régulation de la synthèse flagellaire bactérienne. En outre, nous montrons que des concentrations élevées d'ammonium dans le côlon induisaient l'expression de esrF pour favoriser la virulence bactérienne en libérant la répression de esrF par NtrC. Cette étude met en évidence l'importance de l'ARNs dans la régulation de la motilité et de la pathogénicité de l'O157.

Une analyse par intelligence artificielle de la façon dont l'attaque des bactéries pourrait aider à prédire les résultats de l'infection

«Une analyse par intelligence artificielle de la façon dont l'attaque des bactéries pourrait aider à prédire les résultats de l'infection», source Imperial College London.

Des informations sur la façon dont les protéines bactériennes fonctionnent en tant que réseau pour prendre le contrôle de nos cellules pourraient aider à prédire les résultats de l'infection et à développer de nouveaux traitements.

Tout comme un pirate informatique prend le contrôle du logiciel d'une entreprise pour provoquer le chaos, des bactéries pathogènes, telles que E. coli et Salmonella, utilisent des seringues moléculaires miniatures pour injecter leurs propres agents induisant le chaos (appelés effecteurs) dans les cellules qui gardent notre intestin en bonne santé.

Ces effecteurs prennent le contrôle de nos cellules, écrasant leurs défenses et bloquant les principales réponses immunitaires, permettant à l'infection de s'installer.

Auparavant, des études ont étudié des effecteurs uniques. Désormais, une équipe dirigée par des scientifiques de l'Imperial College de Londres et de l'Institute of Cancer Research de Londres, et comprenant des chercheurs du Royaume-Uni, d'Espagne et d'Israël, a étudié des ensembles entiers d'effecteurs dans différentes combinaisons.

L'étude, publiée dans Science, a examiné les données d'expériences sur des souris infectées par la version murine de E. coli, appelée Citrobacter rodentium, qui injecte 31 effecteurs.

Les résultats montrent comment les effecteurs fonctionnent ensemble en tant que réseau, leur permettant de coloniser leurs hôtes même si certains effecteurs sont supprimés. L’enquête a également révélé comment le système immunitaire de l’hôte peut contourner les obstacles créés par les effecteurs, déclenchant des réponses immunitaires complémentaires.

Force et flexibilité inhérentes

Les chercheurs suggèrent que savoir comment la composition des réseaux effecteurs influence la capacité des infections à s'installer pourrait aider à concevoir des interventions qui perturbent leurs effets.

Le professeur Gad Frankel, responsable de l'étude, du Département des sciences de la vie de l'Impériale, a dit: «Les données représentent une percée dans notre compréhension des mécanismes des infections bactériennes et des réponses de l'hôte. Nos résultats montrent que les effecteurs injectés ne fonctionnent pas individuellement, mais en tant que pack.»

«Nous avons constaté qu'il existe une force et une flexibilité inhérentes au réseau, ce qui garantit que si un ou plusieurs composants ne fonctionnent pas, l'infection peut continuer. Surtout, ces travaux ont également révélé que nos cellules ont un pare-feu intégré, ce qui signifie que nous pouvons faire face aux réseaux corrompus du pirate informatique et mettre en place des réponses immunitaires efficaces qui peuvent éliminer l'infection.»

Le professeur Jyoti Choudhary, co-directeur de l'étude, du Functional Proteomics Lab de l'Institute of Cancer Research de Londres, a dit: «Notre étude montre que nous pouvons prédire comment une cellule réagira lorsqu'elle sera attaquée par différentes combinaisons de protéines effectrices bactériennes. La recherche nous aidera à mieux comprendre comment les cellules, le système immunitaire et les bactéries interagissent, et nous pouvons appliquer ces connaissances à des maladies comme le cancer et les maladies inflammatoires de l'intestin où les bactéries dans l'intestin jouent un rôle important.»

«Nous espérons, grâce à une étude plus approfondie, tirer parti de ces connaissances et déterminer exactement comment ces protéines effectrices fonctionnent et comment elles fonctionnent ensemble pour perturber les cellules hôtes. À l'avenir, cette meilleure compréhension pourrait conduire au développement de nouveaux traitements.»

Prédire l'issue de l'infection

Au cours de leurs expériences, l'équipe a pu éliminer différents effecteurs lors de l'infection de souris avec le pathogène, en suivant le succès de chaque infection. Cela a montré que le réseau effecteur produit par le pathogène pouvait être réduit jusqu'à 60 pour cent tout en produisant une infection réussie.

L'équipe a collecté des données sur plus de 100 combinaisons synthétiques différentes des 31 effecteurs, que le professeur Alfonso Rodríguez-Patón et Elena Núñez-Berrueco de l'Universidad Politécnica de Madrid ont utilisé pour construire un algorithme d'intelligence artificielle (IA).

Le modèle d'IA a pu prédire les résultats de l'infection par Citrobacter rodentium exprimant différents réseaux effecteurs, qui ont été testés avec des expériences sur des souris. Comme il est impossible de tester en laboratoire tous les réseaux possibles que 31 effecteurs peuvent former, l'utilisation d'un modèle d'IA est la seule approche pratique pour étudier des systèmes biologiques de cette complexité.

Le co-premier auteur, le Dr David Ruano-Gallego, du Département des sciences de la vie de l'Impérial College London, a dit «L'IA nous permet de nous concentrer sur la création des combinaisons d'effecteurs les plus pertinentes et d'apprendre d'elles comment les bactéries sont contrées par notre système immunitaire. Ces combinaisons ne seraient pas évidentes à partir de nos seuls résultats expérimentaux, ouvrant la possibilité d'utiliser l'IA pour prédire les résultats de l'infection.»

La co-première auteure, le Dr Julia Sánchez-Garrido, du Département des sciences de la vie de l'Imperial College London, a ajouté: «Nos résultats signifient également qu'à l'avenir, en utilisant l'IA et la biologie synthétique, nous devrions être en mesure de déterminer quelles fonctions cellulaires sont essentielles pendant l'infection, ce qui nous permet de trouver des moyens de lutter contre l'infection non pas en tuant le pathogène avec des antibiotiques, mais en modifiant et en améliorant nos réponses de défense naturelles à l'infection.»

Ce projet a été soutenu par le Wellcome Trust.

Un champignon d'origine alimentaire nuit à la cicatrisation des plaies intestinales dans la maladie de Crohn

«Un champignon d'origine alimentaire nuit à la cicatrisation des plaies intestinales dans la maladie de Crohn», source Washington University School of Medicine à St. Louis.

Une étude chez la souris suggère de nouvelles approches pour traiter les symptômes.

Manger est une entreprise dangereuse. Les toxines naturellement présentes dans les aliments et les microbes d'origine alimentaire potentiellement dangereux peuvent influencer sur nos intestins, entraînant des blessures mineures à répétition. Chez les personnes en bonne santé, ces dommages guérissent généralement en un jour ou deux. Mais chez les personnes atteintes de la maladie de Crohn, les plaies s’infectent, provoquant des douleurs abdominales, des saignements, de la diarrhée et d’autres symptômes désagréables.

Des chercheurs de l’école de médecine de l’Université de Washington à Saint-Louis et de la Cleveland Clinic ont découvert qu’un champignon présent dans des aliments tels que le fromage et les viandes transformées peut infecter les sites de lésions intestinales chez les souris et les personnes atteintes de la maladie de Crohn et empêcher la guérison. De plus, le traitement des souris infectées avec des médicaments antifongiques élimine le champignon et permet aux plaies de guérir.

Les résultats, publiés le 12 mars dans la revue Science, suggèrent que les médicaments antifongiques et les changements alimentaires sont de nouvelles approches potentielles pour améliorer la cicatrisation des plaies intestinales et réduire les symptômes de la maladie de Crohn.

«Nous ne suggérons pas que les personnes arrêtent de manger du fromage et de la viande transformée; cela irait bien au-delà de ce que nous savons à l'heure actuelle», a dit le premier auteur Umang Jain, instructeur en pathologie et immunologie à l'École de médecine. «Ce que nous savons, c'est que ce champignon d'origine alimentaire pénètre dans les tissus inflammés et blessés et cause des dommages. Nous prévoyons de mener une étude plus large chez l’homme pour déterminer s’il existe une corrélation entre le régime alimentaire et l’abondance de ce champignon dans l’intestin. Si tel est le cas, il est possible que la modulation du régime alimentaire puisse abaisser les niveaux du champignon et réduire ainsi les symptômes de la maladie de Crohn.»

La maladie de Crohn est un sous-type de maladie inflammatoire de l'intestin. Comme son nom l'indique, il est entraîné par une inflammation chronique du tube digestif et principalement traité avec des médicaments immunosuppresseurs. Les patients atteints d ela maladie de Crohn subissent des cycles répétés de poussées et de rémission de symptômes gastro-intestinaux. Lors d'une poussée, leur tube digestif est parsemé de plaies enflammées et ouvertes qui peuvent persister pendant des semaines, voire des mois.

Pour comprendre pourquoi les ulcères intestinaux mettent si longtemps à guérir chez certaines personnes, Jain et l'auteur principal, Thaddeus Stappenbeck, anciennement de l'Université de Washington et désormais à la Cleveland Clinic, ont étudié des souris dont les intestins avaient été blessés. En séquençant l'ADN microbien sur le site de la lésion, ils ont découvert que le champignon Debaryomyces hansenii était abondant dans les plaies mais pas dans les parties intactes de l'intestin.

Les personnes acquièrent le champignon grâce à leur nourriture et à leurs boissons, a déclaré Jain. D. hansenii se trouve couramment dans toutes sortes de fromages, ainsi que dans les saucisses, la bière, le vin et d'autres aliments fermentés.

D'autres expériences ont montré que l'introduction du champignon chez des souris présentant des intestins blessés ralentissait le processus de guérison et que l'élimination de D. hansenii avec le médicament antifongique amphotéricine B l'accélérait.

Les personnes atteintes de la maladie de Crohn sont porteuses du même champignon que les souris. Jain et Stappenbeck ont ​​examiné les biopsies intestinales de sept personnes atteintes de la maladie de Crohn et de 10 personnes en bonne santé. Les sept patients hébergeaient le champignon dans leur tissu intestinal, comparativement à une seule des personnes en bonne santé. Dans une analyse distincte de 10 patients atteints de la maladie de Crohn portant sur des échantillons de tissus de zones à la fois inflammées et non inflammées de l'intestin, les chercheurs ont trouvé le champignon dans des échantillons de tous les patients, mais uniquement sur les sites de blessure et d'inflammation.

«Si vous regardez des échantillons de selles provenant de personnes en bonne santé, ce champignon est très abondant», a dit Jain. «Il entre dans votre corps et ressort à nouveau. Mais les personnes atteintes de la maladie de Crohn ont un défaut de la barrière intestinale qui permet au champignon de pénétrer dans les tissus et d'y survivre. Et puis cela se fait à la maison dans les ulcères et les sites d'inflammation et empêche ces zones de guérir.»

Les résultats suggèrent que l'élimination du champignon pourrait restaurer la cicatrisation normale des plaies et raccourcir les poussées. Bien que le médicament amphotéricine B ait été efficace pour éliminer le champignon dans les études sur la souris, il n'est pas largement utilisé chez l'homme car il ne peut être administré que par voie intraveineuse. Les chercheurs travaillent avec des chimistes pour développer un antifongique efficace qui peut être pris par voie orale. Ils étudient également s’il existe un lien entre le régime alimentaire et la quantité de champignon dans le tube digestif des personnes.

«La maladie de Crohn est fondamentalement une maladie inflammatoire, donc même si nous trouvions comment améliorer la cicatrisation des plaies, nous ne guéririons pas la maladie», a déclaré Jain. «Mais chez les personnes atteintes de la maladie de Crohn, une cicatrisation altérée entraîne beaucoup de souffrances. Si nous pouvons montrer que l'épuisement de ce champignon dans le corps des personnes - que ce soit par des changements alimentaires ou avec des médicaments antifongiques - pourrait améliorer la cicatrisation des plaies, alors cela pourrait affecter la qualité de vie d'une manière que nous n'avons pas pu faire avec des approches plus traditionnelles.»

Complément. Une bactérie Fusobacterium nucleatum contribue aussi à l'inflammation de l'intestin, source mBio.

Norovirus en Suède lié à des crevettes d'Estonie

Smörgåstårta

«Norovirus en Suède lié à des crevettes d'Estonie», source article de Joe Whitworth paru le 12 mars 2021 dans Food Safety News.

Des épidémies à norovirus en Suède liées à des crevettes d'Estonie pourraient avoir touché une centaine de personnes.

Les rapports des autorités locales n'ont pas encore été entièrement compilés mais, sur la base d'informations préliminaires, les responsables estiment que plus de 100 personnes sont tombées malades.

Il s'agit principalement d'épidémies locales sur les lieux de travail où des personnes ont consommé des sandwichs aux crevettes ou un produit populaire en Scandinavie appelé «smörgåstårta». Cet aliment, également appelé gâteau sandwich, ressemble à un gâteau, il utilise du pain et comprend souvent du fromage, des légumes, de la charcuterie et du poisson.

Les crevettes pelées dans la saumure du lot impliqué étaient principalement distribuées dans une région qui a été nommée par les médias locaux comme Varnamo dans le comté de Jönköping, dans le sud de la Suède.

Enquête sur l'épidémie

L'épidémie a commencé le dernier week-end de février. Le lot en cause a été retiré du marché le 1er mars lorsque la société distributrice a reçu des informations sur les premiers cas de maladie.

Mats Lindblad, de Livsmedelsverket (l'Agence suédoise de l'alimentation), a déclaré que le lien avait été établi par des entretiens avec des patients avec des résultats d'analyses de produits en attente.

«Jusqu'à présent, cela est basé sur des entretiens avec des cas et de la traçabilité en amont et en aval des aliments. Les résultats des analyses de produits sont toujours en attente, mais des échantillons de crevettes du lot concerné ont été envoyés à l'Agence alimentaire suédoise pour une analyse microbiologique pour la recherche de norovirus», a-t-il déclaré.

«Le produit n'a été vendu qu'aux exploitants alimentaires produisant des sandwichs aux crevettes ou du smörgåstårta. Par conséquent, aucun rappel public n’a été jugé nécessaire.»

Lindblad a déclaré qu'en raison de la distribution limitée et des mesures de retrait, on ne s'attend pas à plus de cas de maladie.

Les symptômes les plus courants de norovirus sont la diarrhée, les vomissements, les nausées et les douleurs à l'estomac. D'autres symptômes peuvent inclure une fièvre légère, des maux de tête, des frissons, des douleurs musculaires et une sensation de fatigue.

Une personne développe généralement des symptômes 12 à 48 heures après avoir été exposée au norovirus. La plupart des personnes atteintes de maladie guérissent en un à trois jours. Les personnes malades devraient boire beaucoup de liquides pour remplacer les liquides corporels perdus et éviter la déshydratation.

Norovirus se transmet par des aliments ou de l'eau contaminés ou d'une personne à l'autre par contact avec la peau, des objets ou par inhalation de particules en suspension dans l'air.

Mise à jour du 15 mars 2021. Dans le cadre d'un suivi sur Salmonella Enteritidis en Suède, l'Agence suédoise de la santé publique a désormais signalé 25 cas confirmés dans 14 régions du sud et du centre du pays depuis décembre 2020. Source Oubreak News Today.

Entreprise alimentaire non enregistrée pendant la pandémie de COVID-19, un exemple en Belgique

Entreprises alimentaires non enregistrées pendant la pandémie de COVID-19 : il n'y a pas qu'en Irlande que cela arrive ou en Angleterre, sans doute aussi en France, chut, sujet tabou ou top secret …

Voici ci-après un cas en Belgique où «Une boucherie-traiteur clandestine fermée par la police et l’AFSCA à Gosselies».

Les services de police et l’AFSCA ont procédé ce mercredi à la fermeture d’un atelier de boucherie et de traiteur clandestin situé dans un sous-sol à Gosselies. L’activité économique se déroulait sans la moindre autorisation. Sans parler de problèmes d’hygiène… L’atelier livrait des plats préparés aux résidents de certains homes de la région!

Les homes sont des maisons de repos ou de santé. 

Selon ce site,

Un atelier de préparation de repas a fait l’objet d’une fermeture judiciaire. Deux ouvrières ont pris la fuite à l’arrivée des agents de l’AFSCA.

Ce mercredi, une activité clandestine d’atelier de boucherie et de préparation de repas a fait l’objet d’une fermeture judiciaire à la rue François-Léon Bruyerre à Gosselies. L’activité qui n’avait aucune autorisation économique ou de l’AFSCA pour exercer semble avoir produit des repas depuis quelques années, sans éveiller les moindres soupçons. «Il y avait un atelier de découpe de viande et de préparation de repas, comme un traiteur», précise le parquet de Charleroi.

Bien sûr, les mesures indispensables pour ce genre d’activités n’étaient pas présentes. Pire, des problèmes d’hygiènes ont été constatés par les agents de l’agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire. «Les murs étaient en piteux état avec des taches de moisissure et des fissures. Il y avait, certes, du matériel professionnel et adéquat pour ce genre d’activités, mais dans un local inadapté. C’était loin d’être propre.»

Des repas livrés à des homes

Lors de l’intervention des agents de l’AFSCA et de la police, deux ouvrières ont pris la fuite. «L’auditorat du travail, puisque c’est leur domaine, a été avisé de cette fuite.» Selon le parquet de Charleroi, l’activité clandestine était chargée de livrer des homes de la région, dont un sur Gosselies. «Mais ces établissements ne sont pas impliqués dans ces faits. Un des directeurs a d’ailleurs confirmé à l’AFSCA qu’il n’était pas au courant de cette pratique.»

Une vingtaine de kilos de nourritures ont été saisis, ainsi que plusieurs produits. «Certains d’entre eux étaient périmés et auraient dû se retrouver dans les poubelles depuis décembre dernier», signale le parquet de Charleroi. Le suspect, à la tête de cette activité, a été auditionné et devra comparaître devant le tribunal correctionnel. «Il risque une peine de prison et une peine d’amende pour travail frauduleux. Il n’a pas été arrêté, mais son activité a fait l’objet d’une fermeture judiciaire et le local a été mis sous scellés.»