vendredi 2 juin 2023

«Biodiversité : de la science au sociétal» par Marcel Kuntz

«Biodiversité : de la science au sociétal», source article de Marcel Kuntz paru le jeudi 1er juin 2023 dans Factuel.

Le terme « biodiversity » semble avoir été utilisé pour la première fois par Raymond F. Dasmann, un biologiste de la conservation, dans son livre A different kind of country paru en 1968. Il s’agit d’une contraction de diversité biologique. La vraie mise en avant de ce néologisme est due au botaniste Walter G. Rosen qui organisa un congrès sur ce thème, qui eut lieu en 1986 à Washington.

Le culte de la «biodiversité» se pratique même pour les plantes les plus communes (c’est-à-dire des espèces qui prolifèrent !) et dans les endroits les plus improbables, comme ici aux abords de la rocade sud de Grenoble. Il est significatif que le terme quasi religieux de «respect» soit utilisé, et non «protection» qui ferait davantage apparaitre ici l’inanité de la démarche.

Le terme fut propagé largement les années suivantes pour servir de slogan scientifique, à la fois pour sensibiliser à la perte de cette diversité biologique et pour … obtenir des financements pour la biologie de la conservation.


Quand un terme scientifique devient un concept sociétal et un enjeu politique
Le Sommet de la Terre de Rio en 1992 inaugura le succès planétaire du néologisme « biodiversité » et lui permis de faire une entrée fulgurante dans la sphère politique : il devint l’un des thèmes de la bataille culturelle menée par l’écologie politique, qui l’éleva au rang de concept sociétal. Pour le professeur de Droit David Takacs, certains y ont vu l'occasion de changer notre « carte mentale » par rapport à la nature en en faisant un « instrument pour une défense zélée d'une construction sociale particulière de la nature ».

Son vrai sens scientifique (diversité dans la nature, à différents niveaux, voir ci-dessous) est oublié dans l’utilisation médiatique du terme, devenu synonyme de Nature et un élément incontournable du culte panthéiste qui lui est rendu en notre ère postmoderne.


Parler de « la » biodiversité » n’a souvent aucun sens
Scientifiquement, l'important dans biodiversité, c'est la diversité ! La diversité des écosystèmes, donc de paysages. Dans les écosystèmes, la diversité d'espèces et de leurs interactions. Et à l'intérieur des espèces, la diversité du patrimoine génétique. Sans oublier « les services rendus » par la biodiversité (pollinisation, fixation de l’azote atmosphérique, du gaz carbonique, épuration des eaux, etc.) : en 1997, Robert Costanza et collègues (Université du Maryland) dans une publication dans Nature l’évaluait à 33 000 milliards de dollars par an.
Pour identifier si le terme « biodiversité » est utilisé dans un sens scientifique (ou pas…), un petit test est facile à réaliser : relire les phrases contenant le terme en omettant « bio », pour ne conserver que « diversité ». Si la phrase a encore du sens, il est raisonnablement utilisé dans son sens scientifique ; dans le cas contraire il s’agit de son sens sociétal.

Vouloir « restaurer la biodiversité » n’a aucun sens
Quelle serait la référence ? Il y a 10 ans, 100 ans, 1000 ans ? C’est tout simplement une construction idéologique (une vision fixiste de la nature, de type Jardin d’Eden). En revanche, on peut tenter d’éviter de nouvelles pertes, ce qui est important, que l’on considère la valeur écologique, patrimoniale, esthétique, ou économique de la nature.

Cependant, il faudra toujours faire des compromis entre les intérêts des humains et la biodiversité. Nous serions ainsi bien inspirés de ne pas dicter notre vision du monde aux pays pauvres, qui aspirent légitimement à l’être moins…

On peut en penser ce que l’on veut, mais il faut reconnaitre que c’est également un choix idéologique que de donner, chez nous, la priorité absolue aux « abeilles » par rapport à la production agricole. Notamment de betteraves sucrières, dont les champs menacent en réalité peu les pollinisateurs, même si le risque d’effet secondaire n’est jamais nul lorsque l’on cherche à protéger les récoltes contre les maladies ou les ravageurs, c’est-à-dire des effets nuisibles de la biodiversité...


La diversité des utilisations politiques de la « biodiversité ».
Mettre en avant « la biodiversité » vous situe confortablement dans le Camp du Bien. Ce qui n’incite pas à faire preuve de nuances. Quels que soient les progrès réalisés, notamment en Europe, la biodiversité ne peut être que « menacée », « effondrée », etc., dans la narration dominante. De même, le terme « écosystème » est généralement associé à « fragile » ou « sensible ». L’autoflagellation est aussi une caractéristique de notre ère postmoderne… Sont rarement mentionnés les progrès réalisés : les nombreuses espèces réintroduites, les milieux désormais protégés, la multiplication des normes environnementales (quelquefois idéologiques), etc.

Pour certains scientifiques aussi (nous aurons l’occasion d’y revenir…), les interprétations catastrophistes de leurs études leur fournissent des arguments pour revendiquer de nouveaux financements pour leurs recherches.

La biodiversité n’a cependant pas le même sens lorsqu’elle est vue par les pays riches ou par les pays pauvres. Pour ces derniers, elle est souvent source de maladies et de pertes de récoltes. Pour les premiers, il existe une « crise de la biodiversité », intimement associée dans le récit médiatique à la « crise climatique ». Il faudrait donc s’engager dans une trajectoire soutenable, ce qui n’est pas faux. Cependant, la démarche porte en elle les causes de son échec si elle n’est conçue que comme une nouvelle façon de remettre en cause le « capitalisme », ou dans une version moins radicale « le modèle économique fondé sur la croissance », qui de plus ne serait pas assez vertueux, égalitaire, etc. La première menace pour la biodiversité ne niche-t-elle pas dans les utopies politiques ?

Marcel Kuntz est biologiste, directeur de recherche au CNRS, enseignant à l’Université Grenoble-Alpes, et  Médaille d’Or 2017 de l’Académie d’Agriculture de France. Son dernier ouvrage :  De la déconstruction au wokisme. La science menacée (VA Editions).  première menace pour la biodiversité ne niche-t-elle pas dans les utopies politiques ?

Pas besoin d'anticipation, les surmulots sont-ils nos amis pour la vie à Paris ?

On nous dit qu’«En 2021, l’Anses créait Zootopique, le podcast d’anticipation qui interroge les liens entre santé humaine et santé animale. Lancée ce 31 mai, la saison 2 de Zootopique rappelle qu’aujourd’hui comme demain, la santé des animaux, c’est aussi la nôtre.»

Désolé l’Anses, pas besoin d’anticipation, c’est là sous nos yeux !

Voici ce qui est sans doute une conséquence de l’article, Entre le bien-être du rat d’égout et la santé publique, faut-il choisir ?

France : L'Agriculture recherche saisonniers désespérément !

 Après France : l'Agriculture manque de bras …, voici hélas une suite ...

Nouvel effet bio : La part des aliments bio dans les achats des Français a diminué de 5,1% en 2022

Confirmation du décalage entre le calendrier européen sur le S-métolachlore et son interdiction en France.

On s’en souvient, s’agissant du S-métolachlore, l’Anses avait engagé la procédure de retrait des principaux usages des produits phytopharmaceutiques à base de S-métolachloreafin de préserver la qualité des eaux souterraines ...

Mais voici ce qui se passe au niveau européen ...

Une étude révèle que des aliments à risque sont souvent disponibles dans les établissements de santé

«Une étude révèle que des aliments à risque sont souvent disponibles dans les établissements de santé», source article de Joe Whitworth paru le 2 juin 2023 dans Food Safety News.

Des aliments dits à risque ont été retrouvés sur les menus des établissements de santé en Allemagne et en Italie, selon une étude.

Des produits pouvant présenter un risque pour les personnes vulnérables – notamment des salades de charcuterie, des charcuteries crues et/ou fermentées, des fromages à pâte molle, du poisson fumé ou des baies surgelées – étaient proposés au menu de tous les établissements en Allemagne et d'un tiers des sites en Italie.

Des chercheurs ont examiné l'utilisation des données électroniques des menus alimentaires pour soutenir les enquêtes sur les épidémies d'origine alimentaire associées aux soins de santé grâce à une enquête auprès de 35 établissements de santé en Allemagne et en Italie. Ils ont constaté que l'utilisation des données sur les menus alimentaires dans les enquêtes sur les éclosions était difficile en raison d'une documentation incomplète.

Une grande variabilité a été signalée dans la durée de stockage des données ded menu, de zéro à 10 ans. Les formats comprenaient le papier, les formats électroniques pdf, Word ou Excel et des bases de données interrogeables.


Besoin de sensibiliser
L'enquête, entre juin 2019 et février 2021, a été complétée par des hygiénistes hospitaliers, des chefs de cuisine, des traiteurs ou des diététiciens en charge de la gestion des menus alimentaires des patients. Il comprenait 22 sites en Italie et 13 en Allemagne. Les résultats ont été publiés dans la revue Epidemiology and Infection, «Catering of high-risk foods and potential of stored food menu data for timely outbreak investigations in healthcare facilities, Italy and Germany».

Le questionnaire couvrait des informations sur la gestion des services de restauration, le format et la durée de stockage des données des menus, la disponibilité des données de menu pour chaque patient, l'historique des données de menu par l'établissement en relation avec une suspicion d'éclosion d'origine alimentaire, et des informations indiquant s'il a fourni des aliments à risque.

L'étude a porté sur 26 hôpitaux et neuf maisons de repos de différentes tailles. Un EHPAD en Allemagne n'a pas participé, en disant que «l'intoxication alimentaire n'était pas un problème» dans son établissement. Cela souligne la nécessité de sensibiliser au risque d'épidémies et de renforcer les recommandations d'hygiène alimentaire parmi le personnel et les entreprises alimentaires, ont déclaré les chercheurs.

Les systèmes de restauration comprenaient des services internes, externes et mixtes. Les activités de restauration étaient principalement externalisées par les hôpitaux italiens, alors qu'en Allemagne, la restauration interne était plus souvent présente dans les hôpitaux et les EHPAD.

Un hôpital en Allemagne, dans lequel une épidémie à Salmonella Derby s'est produite à cause de la saucisse crue fermentée à tartiner (German Teewurst) n'offrait plus cet article, mais d'autres aliments potentiellement à haut risque étaient disponibles pour les patients, tels que du fromage à pâte molle et du poisson fumé.


Utilisation des données du menu pendant les épidémies
La majorité des hôpitaux en Italie ont indiqué qu'un lien direct entre les données du menu alimentaire et les patients individuels pouvait être établi, contrairement à seulement la moitié des hôpitaux en Allemagne. Dans les EHPAD, le lien direct entre les données de menu et les résidents individuels des EHPAD était peu courant en Italie et en Allemagne.

Des bases de données électroniques étaient disponibles pour la plupart des hôpitaux italiens, mais seulement pour quelques hôpitaux allemands. Aucune base de données de ce type n'a été utilisée par les EHPAD.

Les scientifiques ont dit que les données sur les menus alimentaires devraient être documentées pour tous les repas proposés et être liées aux patients individuels ou aux résidents des EHPAD. Une durée minimale de stockage des données d'au moins un an faciliterait l'investigation d'événements de longue durée tels que les épidémies de listériose ou pour les articles ayant une longue durée de conservation, tels que les aliments surgelés.

La numérisation et la collecte de données supplémentaires entraîneront des coûts supplémentaires, y compris en ressources humaines. Le rapport coût-bénéfice de la collecte et de la numérisation des données sur les menus alimentaires doit être évalué, car l'utilisation et l'analyse de ces données peuvent avoir des avantages partagés pour différents professionnels de la santé, selon l'étude.

Des études supplémentaires sont nécessaires pour déterminer si la présence d'aliments à haut risque au menu est liée à un manque de connaissance des recommandations en matière de sécurité des aliments ou reflète la demande des patients et des résidents des EHPAD, ont dit les scientifiques.

Intoxications alimentaires et norovirus, selon l’Anses

Au travers de cet article de l’Anses du 20 janvier 2023, «
Comment éviter les intoxications alimentaires liées aux norovirus ?», vous allez successivment passer des maladies (infectieuses) d’origine alimentaire, aux gastroentérites aigües et enfin aux  toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) ...

Ces termes semblent recouvrir plus ou moins la même notion, mais très souvent dans les médias, quand une épidémie de gastro survient en restauration collective ou en EHPAD, on nous dit ce n’est pas une TIAC, mais une gastro. On lira pour s’en convaincre un article du blog, La France, le pays de la suspicion d'intoxication alimentaire.

En France, les norovirus sont la principale cause de gastroentérites aigües, toutes classes d’âge confondues. On fait le point sur l’origine de ces virus et comment ils se transmettent.

Mais on nous dit aussi,

La majorité des TIAC à nororovirus en France est liée à la consommation de coquillages contaminés, en particulier les huîtres consommées crues.

Dans une moindre mesure, les plats composés, comme les sandwiches ou les salades composées, et certains végétaux consommés crus, comme les fruits rouges, peuvent également être à l’origine de ces intoxications.

Les norovirus en chiffre. Les norovirus sont responsables d’un tiers des infections d’origine alimentaires en France. Avec une estimation de 516 000 cas par an, ils sont associés à 20% des hospitalisations causées par de telles infections.

Mais cela n’apparaît pas dans les «Toxi-infections alimentaires collectives en France : les chiffres 2020» publiés par Santé publique France.

Comme les années précédentes, l’agent pathogène le plus fréquemment confirmé était Salmonella pour 43% des TIAC pour lesquelles un agent a été confirmé (36% en 2019). 
Les autres agents pathogènes les plus couramment suspectés étaient les agents toxiniques Staphylococcus aureusClostridium perfringens et Bacillus cereus (74% des TIAC pour lesquelles un agent a été suspect).

Exit donc norovirus des TIAC, il y en aurait beaucoup trop, semble-t-il, et ils resterons donc dans la rubrique ‘gastroentérites aigües’ ...

Un dernier point pour ceux qui auraient mal intérprété les propos de l’Anses, à propos de la consommation de coquillages, il est préférable de consommer des coquillages issus d’une zone de production autorisée et contrôlée.


Complétons cet article de l'Anses avec quelques données récentes. En France, selon l’application RappelConso, il y aurait eu 31 rappels de décembre 2022 à ce jour :
- 7 rappels le 2 janvier 2023
- 5 rappels le 5 janvier 2023
- 2 rappels le 6 janvier 2023
- 1 rappel le 13 janvier 2023
- 6 rappels le 17 janvier 2023
- 1 rappel le 24 janvier 2023

Dans ce contexe, signalons qu’il y a eu 26 notifications au RASSF de l’UE pour la présence de norovirus dans des huîtres de France, de décembre 2022 à avril 2023,
- 2 notifications en décembre 2022
- 5 notifications en janvier 2023
- 5 notifications en février 2023
- 11 notifications en mars 2023
- 3 notifications en avril 2023

Ces chiffres montrent que 19 notifications sur 26 ont eu lieu en février, mars et avril.

Ces chiffres indiquent qu’il peut donc y avoir des notifications au RASFF de l’UE pour la présence de norovirus dans des huîtres de France et pas nécéssairement de rappel en France, mais comment est-ce possible ?

Signalons enfin que 5 notifications sur 26 sont le fait de la France, vivement une police unique pour protéger le consommateur en France ...

Moisissures dans les aliments : identifier les toxines mutagènes et cancérigènes, selon un outil de prédiction de l'Anses

«Moisissures dans les aliments : identifier les toxines mutagènes et cancérigènes», source Anses.

L’utilisation combinée de différents logiciels informatiques pourrait accélérer l’acquisition de connaissances sur les toxines produites par les moisissures se développant dans les aliments, appelées mycotoxines. Cette approche innovante a été utilisée par des scientifiques de l’Anses pour identifier les mycotoxines qui pourraient être mutagènes et/ou cancérigènes.

Les moisissures dans les aliments, notamment ceux d’origine végétale, peuvent produire des toxines, les mycotoxines, dont certaines peuvent favoriser des mutations génétiques ou des cancers chez l’être humain ou les animaux : «Les moisissures peuvent se développer tout le long de la production de l’aliment, depuis sa culture jusqu’au produit fini», explique Denis Habauzit, chargé de projet au sein de l’unité Toxicologie des contaminants, du laboratoire Anses de Fougères. Céréales, fruits ou légumes : de nombreux aliments sont susceptibles d’être contaminés par les mycotoxines.

La réglementation européenne limite strictement la quantité maximale autorisée pour les principales mycotoxines susceptibles d’être présentes dans les aliments mis sur le marché, mais les données manquent pour les autres : «Des travaux de recherche ont montré que les aliments peuvent contenir des mycotoxines pour lesquelles nous n’avons pas ou peu d’information concernant leur toxicité et qui ne sont ni réglementées ni surveillées», indique Valérie Fessard, cheffe de l’unité.

Des outils informatiques pour repérer les molécules les plus toxiques
Afin d’identifier les mycotoxines ayant une activité mutagène ou cancérigène, les scientifiques de l’unité se sont appuyés sur la modélisation informatique. Ils ont utilisé une combinaison de logiciels de type «Quantitative structure-activity relationship» (QSAR), qui permettent de prédire les effets des molécules sur les êtres vivants selon leur structure. Cette méthode a l’avantage de permettre une première caractérisation des mycotoxines, qui sont difficiles à synthétiser et à purifier. Elle évite d’avoir à les tester et particulièrement à avoir recours à l’expérimentation animale. Les résultats sont parus dans la revue Environmental Pollution en avril 2023.

L’équipe a sélectionné les combinaisons de logiciels les plus performantes en les testant sur des mycotoxines dont le potentiel cancérigène ou mutagène est connu. Tous les logiciels sélectionnés étaient gratuits, pour faciliter leur utilisation par d’autres équipes de recherche. Les scientifiques ont ensuite analysé 904 mycotoxines et métabolites de mycotoxines provenant de la base de données créée par l’équipe. Résultats : 127 auraient un potentiel mutagène et 548 pourraient être cancérigènes.

Selon l’Anses, il s’agit d’«Un premier tri à affiner».

 «Les logiciels sont encore en développement, prévient Denis Habauzit, un risque d’erreur est possible. Mais cela permet d’alerter sur certaines molécules et d’identifier celles sur lesquelles il faudrait faire en priorité des études de toxicologie expérimentale.» 

95 de ces mycotoxines seraient à la fois mutagènes et cancérigènes. De ce fait, elles pourraient représenter un risque pour la santé même en petite quantité.

En parallèle, les effets potentiels des mycotoxines devront être croisés avec les quantités de ces molécules retrouvées effectivement dans l’alimentation humaine et animale, pour déterminer le risque qu’elles représentent réellement. 

Commentaire
Nous n’en sommes pour l’instant qu’au stade des prédictions, mais «le changement climatique et la restriction d’usage des fongicides pourraient favoriser le développement de moisissures et la contamination des aliments par des mycotoxines émergentes.»

Je ne sais pas entre deux maux lequel choisir, des fongicides ou les mycotoxines. On n’a pas fini d’en entendre parler, mais rappelez-vous déjà ce qui était rapporté à propos du datura ou les fleurs du mal dans le bulletin des vigilances de l’Anses, Juin 2018),

Il est probable que la mise en œuvre des nouvelles dispositions réglementaires puisse expliquer que ces plantes se développent en ville ce qui était moins le cas dans le passé.

Y’aurait donc du bien dans le passé, du temps pas si lointain, où il y avait des fongicides ?

Vu dans la rubrique des rappels de produits alimentaires en retard

En attendant, la parution de l'information incessamment sous peu par RappelConso, qui est tout même en retard sur ce rappel, voici que Carrefour et Auchan informent du rappel le 1er juin du produit 'Apérivrais aux noix, noisettes et amandes croquantes'.

La Fromagerie Grièges procède aujourd’hui (avis de rappel daté du 31 mai 2023 -aa) au retrait et rappel de la vente des barquettes Apérivrais aux noix, noisettes et amandes croquantes suite à la mise en évidence de la présence involontaire de l’allergène lait de chèvre non déclaré dans la liste des ingrédients (NB: l’étiquetage mentionne seulement la présence de lait de vache).

Numéro de lot : G23122H32A

L’ensemble du lot est retiré de la commercialisation.

Les personnes allergiques ou intolérantes au lait de chèvre ne doivent pas les consommer et peuvent les ramener en magasin et seront remboursés de la valeur du produit.

Les personnes ne présentant aucune allergie ou intolérance au lait de chèvre peuvent consommer sans risque ces produits.

Les autres lots et les autres produits de la marque ne sont pas concernés par ce rappel.

Complément
Comme attendu, le rappel est enfin opérationnel pour RappelConso le 2 juin.

jeudi 1 juin 2023

La phagothérapie basée sur CRISPR semble prometteuse dans un premier essai chez l'homme

«La phagothérapie basée sur CRISPR semble prometteuse dans un premier essai chez l'homme», source article de Chris Dall paru le 31 mai 2023 dans CIDRAP News.

La société danoise de technologie du microbiome, SNIPR Biome, a annoncé les résultats positifs d'une étude de phase 1 de sa phagothérapie basée sur CRISPR ciblant Escherichia coli dans le tractus gastro-intestinal.

SNIPR001 contient quatre bactériophages (virus tueurs de bactéries) armés de la technologie d’édition de gènes, CRISPR/Cas9, pour l'ADN conçue pour éradiquer sélectivement E. coli dans l'intestin, y compris les souches résistantes aux antibiotiques. Les résultats intermédiaires de l'essai de phase 1 sur 36 personnes, qui visait à examiner le profil d'innocuité et la pharmacodynamique de SNIPR001, ont montré que l'administration orale sur 7 jours était bien tolérée, avec seulement des effets secondaires légers à modérés. De plus, le traitement avec SNIPR001 a réduit numériquement les niveaux de E. coli dans l'intestin.

Le traitement ciblera initialement les patients atteints de cancers hématologiques (comme le lymphome et la leucémie) qui subissent des greffes de cellules souches hématopoïétiques et sont vulnérables aux infections du sang qui se produisent lorsque E. coli diffuse de l'intestin vers le sang. Le traitement antibiotique le plus courant, les fluoroquinolones, est inefficace contre les souches de E. coli résistantes aux fluoroquinolones et a tendance à endommager le microbiome intestinal en éliminant les bactéries bénéfiques.

Les responsables de la société affirment que les résultats démontrent une preuve clinique du principe de la nouvelle technologie.

«Grâce aux effets destructeurs combinés des bactériophages et de la technologie CRISPR-Cas9, SNIPR001 a démontré sa capacité à cibler et à éliminer les souches de E. coli résistantes aux antibiotiques dans l'intestin, offrant une alternative sûre aux traitements traditionnels qui ne fonctionnent pas contre les souches résistantes aux antibiotiques, tout en épargnant le reste du microbiome intestinal», a déclaré le co-fondateur et PDG de SNIPR Biome, Christian Grondahl, dans un communiqué de presse.

«Il s'agit d'une étape importante dans notre mission de développer des solutions révolutionnaires dans la lutte contre la résistance aux antimicrobiens, et nous sommes impatients de faire progresser SNIPR001 grâce à d'autres études cliniques pour en savoir plus et finalement, nous l'espérons, améliorer les résultats pour les patients», a-t-il ajouté.

Les futurs essais viseront à déterminer si SNIPR001 réduit le taux d'infections sanguines à E. coli chez les patients cancéreux.

SNIPR Biome a reçu un financement de 3,9 millions de dollars en mai 2021 de CARB-X (l'accélérateur biopharmaceutique de lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques) pour développer SNIPR001.