L'EFSA revoit les options de maîtrise de Campylobacter chez le poulet

L’EFSA publie le 30 avril 2020 une « mise à jour et une revue des options de maîtrise de Campylobacter dans les poulets en production primaire par le groupe scientifique de l'EFSA sur les risques biologiques (BIOHAZ) ».

L'avis de l'EFSA de 2011 sur Campylobacter a été mis à jour à l'aide de données scientifiques plus récentes.

La réduction du risque relatif de campylobactériose humaine dans l'UE attribuable à la viande de poulet a été estimée pour des options de maîtrise en élevage en utilisant la FAP ou fraction attribuable au risque (fraction de tous les cas d'une maladie particulière ou d'une autre affection indésirable dans une population attribuable à une exposition spécifique -aa) pour les interventions qui réduisent la prévalence de Campylobacter dans les troupeaux de poulets, en mettant à jour l'approche de modélisation pour les interventions qui réduisent les concentrations caecales et en examinant la littérature scientifique.

Selon les analyses de la FAP calculées pour six options de maîtrise, les réductions de risque relatives moyennes qui pourraient être obtenues en adoptant individuellement chacune de ces six options de maîtrise sont estimées de façon substantielle, mais la largeur des intervalles de confiance de toutes les options de maîtrise indique un degré élevé d'incertitude sur les potentiels spécifiques de réduction des risques.

Le modèle mis à jour a entraîné des estimations d'impact plus faibles que le modèle utilisé dans l'avis précédent. Une réduction de 3 log₁₀ des concentrations caecales de poulets a été estimée afin de réduire le risque relatif de campylobactériose humaine attribuable à la viande de poulet de 58% par rapport à une estimation supérieure de 90% dans l'avis précédent.

L'expertise des connaissances a été utilisée pour classer les options de maîtrise, pour pondérer et intégrer les différents flux de preuves et évaluer les incertitudes. Les médianes des réductions de risque relatives des options de maîtrise sélectionnées avaient des intervalles de probabilité se chevauchant largement, de sorte que l'ordre de classement était incertain: vaccination, 27% (intervalle de probabilité (IP) 90% 4-74%); additifs dans les aliments et dans l’eau de boisson, 24% (90% PI 4-60%); dépopulation partielle, 18% (90% PI 5-65%); emploi de peu de personnel mais bien formé, 16% (90% IP 5-45%); éviter les abreuvoirs qui permettent à l'eau de stagner, 15% (90% IP 4-53%); ajout de désinfectants dans l'eau potable, 14% (90% IP 3-36%); sas hygiène, 12% (90% PI 3-50%); outils dédiés à chaque poulailler, 7% (90% PI 1-18%). Il n'est pas possible de quantifier les effets des activités de maîtrise combinées car les estimations fondées sur des preuves sont interdépendantes et il existe un niveau élevé d'incertitude associé à chacune.

Résumé

Les FAP ont été calculés pour six options de maîtrise à partir de plusieurs études et comprenaient un sas hygiène, une lutte efficace contre les nuisibles, ne pas avoir d'animaux à proximité du poulailler, l’ajout de désinfectant à l'eau potable, employer peu de personnel mais bien formé et en évitant les abreuvoirs qui permettent l'eau stagnante. La variation était plus grande entre les différentes options de maîtrise que pour les mêmes options de maîtrise dans différentes études, ce qui a accru la confiance dans le potentiel d'extrapolation des résultats à l'Union européenne (UE).

Selon les analyses de la FAP, les réductions de risque relatives moyennes qui pourraient être obtenues par l’adoption de chacune de ces six options de maîtrise individuellement est substantielle, mais la largeur des intervalles de confiance de toutes les options de maîtrise indique un degré élevé d'incertitude dans les potentiels de réduction des risques spécifiques. Par exemple, l'estimation moyenne de la réduction du risque relatif pour l'option de maîtrise, ‘Ajout de désinfectants à l'eau de boisson’ se situait entre 5 (IC 95% 0,6-8,2) et 32% (IC 95% 6,0-54,9) sur la base de trois études disponibles.

L'approche de modélisation des réductions des risques relatifs obtenue par une réduction des concentrations de Campylobacter dans les cæca, précédemment utilisée dans l'avis de 2011, a été mise à jour.

Une plus grande variété de modèles de phase de consommation et un modèle dose-réponse récemment publié ont également été inclus. De plus, des données publiées récemment et plus complètes sur la relation entre les concentrations de Campylobacter dans les caeca et les échantillons de peau de carcasses de poulets correspondants ont été utilisées. Le modèle mis à jour a entraîné des estimations plus faibles de la pente de la droite de régression linéaire décrivant la relation entre les concentrations dans le contenu caecal et sur la peau. En raison de la diminution de cette pente, des estimations plus faibles ont été obtenues pour l'efficacité des options de maîtrise visant à réduire les concentrations caecales. Par exemple, pour une réduction de 2 log₁₀ des concentrations caecales, l'estimation médiane était désormais une réduction du risque relatif de campylobactériose attribuable à la consommation de viande de poulet produite dans l'UE de 42% (IC à 95% 11-75%), alors que dans l'avis précédent, cette réduction du risque relatif était de 76 à 98% sur la base des données de quatre États membres. De même, une réduction de 3 log₁₀ des concentrations caecales de poulet a été estimée afin de réduire le risque relatif de campylobactériose humaine attribuable à la viande de poulet de 58% (IC à 95% de 16 à 89%), par rapport à une estimation de la réduction du risque relatif de plus de 90% dans quatre États membres, ce qui a été constaté précédemment.

Dans l'ensemble, le classement des options de maîtrise a été éclairé par trois flux de preuves différents: effet des options de maîtrise pour réduire la prévalence des troupeaux (étayé par les calculs du FAP basés sur les données de la littérature), effet des options de maîtrise pour réduire les concentrations dans les caecas (étayé par les estimations obtenues par une combinaison de modèles) et l'effet des options de maîtrise directement obtenues à partir de la littérature (non soutenu par la FAP ou la modélisation). En outre, les preuves issues d'études régionales et d'expériences en laboratoire devaient être traduites en effets à l'échelle de l'UE dans les conditions de terrain, et l'application actuelle des mesures de maîtrise, ainsi que les hypothèses de modélisation, devaient être prises en compte lors de l'évaluation de l'efficacité des optionsde maîtrise. Par conséquent, un jugement d'expert était nécessaire pour classer les options de maîtrise compte tenu des incertitudes associées. Le groupe scientifique a convenu de l'utilisation d'une approche structurée, fondée sur les orientations de l'EFSA (2014) sur l'élicitation des connaissances d’experts  (ECE), pour garantir que toutes les preuves et incertitudes identifiées ont été prises en compte de manière équilibrée et pour améliorer la rigueur et la fiabilité du jugements en cause.

L'efficacité de 20 options de maîtrise, si elles sont mises en œuvre par toutes les élevages de poulets de l'UE, en tenant compte du niveau de mise en œuvre actuel, a été estimée à l'aide d'un processus ECE en deux étapes reposant sur les résultats de la modélisation des preuves scientifiques mises à jour, une revue de la littérature (y compris l'avis précédent de l'EFSA) ainsi que les connaissances et l'expérience des experts. Dans le délai imparti pour cet avis, les experts ont effectué des sélections à travers la première étape où toutes les options ont été examinées et pour la deuxième étape où huit options de maîtrise ont été classées par ordre de priorité pour une évaluation plus approfondie de l'ampleur de leurs effets.

Dans la première étape de l'ECE, pour chacune des options de maîtrise, les experts (c'est-à-dire les membres du groupe de travail et certains membres de l'EFSA) ont estimé individuellement la probabilité que la réduction du risque relatif soit supérieure à 10%. Ce 10% a été choisi pour son pouvoir discriminant à différencier l'efficacité des options de maîtrise. La réduction du risque relatif a été jugée plus susceptible d'être supérieure à 10% pour 12 options de maîtrise: sas hygiène à l'entrée du poulailler, pas d'animaux à proximité des poulaillers; employer peu de personnel mais bien formé, ajout de désinfectants à l'eau de boisson, éviter les abreuvoirs qui permettent à l'eau de stagner, nettoyage et désinfection efficaces entre les troupeaux, âge d'abattage réduit, dépopulation partielle, des outils conçus pour chaque poulailler, additifs pour l'alimentation et l'eau de boisson, bactériophages et vaccination.

Les huit options de maîtrise restantes, qui ont été jugées comme ayant une probabilité plus faible de réduire le risque relatif de plus de 10%, comprenaient: une maîrtise efficace des nuisibles, ajuster les temps d'arrêt entre les troupeaux, système de destruction des insectes volants et garder les insectes hors du poulailler, litière propre, densité de peuplement et taille du troupeau, nombre de poulaillers sur le site, élevage sélectif et structure alimentaire.

Parmi les 12 options de maîtrise sélectionnées, huit options ont été sélectionnées pour une priorisation du risque basée sur la qualité des preuves disponibles et la faisabilité pratique de la mise en œuvre de l'option de maîtrise.

Les valeurs médianes de la réduction du risque relatif des huit options de maîtrise prioritaires ont été jugées comme suit; vaccination, 27% (intervalle de probabilité (IP) 90% 4-74%); additifs dans les aliments et dans l’eau de boisson, 24% (90% PI 4-60%); dépopulation partielle, 18% (90% PI 5-65%); emploi de peu de personnel mais bien formé, 16% (90% IP 5-45%); éviter les abreuvoirs qui permettent à l'eau de stagner, 15% (90% IP 4-53%); ajout de désinfectants dans l'eau potable, 14% (90% IP 3-36%); sas hygiène, 12% (90% PI 3-50%); outils dédiés à chaque poulailler, 7% (90% PI 1-18%).Il n'a pas été possible de classer les options de maîtrise sélectionnées en fonction de leur efficacité sur la base des jugements de l’ECE car il existe un chevauchement substantiel des intervalles de probabilité, en raison des grandes incertitudes impliquées.

Il y a des avantages et des inconvénients associés à chaque option de contrôle.

Les avantages comprennent la facilité d'application (par exemple sas hygiène, ajout d'additifs aux aliments pour les animaux), l'amélioration de la santé des oiseaux (par exemple actions de biosécurité), meilleur bien-être des poulets (par exemple, dépopulation partielle), une protection croisée contre d'autres agents pathogènes (par exemple traitements de l'eau potable, additifs alimentaires).

Les inconvénients d'une option de maîtrise donnée peuvent inclure une exigence d'investissements (par exemple, si des changements structurels sont nécessaires pour installer un sas), un manque de maîtrise (par exemple, l'agriculteur peut ne pas être le propriétaire des champs adjacents au poulailler et ne peut donc pas empêcher d'autres animaux d'être à proximité), une croissance réduite des poulets due à une diminution de la consommation d'aliments et/ou d'eau (par exemple si un additif affecte les propriétés sensorielles (odeur, goût ou apparence) rendant l'aliment ou l'eau moins agréable au goût).

De multiples activités de maîtrise devraient avoir un effet plus élevé sur Campylobacter spp. d'entrer dans le poulailler et d'infecter les oiseaux. Pour minimiser le risque de colonisation par Campylobacter, toutes les activités de maîtrise liées à la biosécurité devraient être mises en œuvre intégralement. Il n'est pas possible d'évaluer de manière fiable l'effet des activités combinées de maîtrise car elles sont interdépendantes et il existe un niveau élevé d'incertitude associé à chacune. Certaines options de maîtrise s'améliorent tandis que d'autres réduisent l'effet des autres. La combinaison de deux mesures de maîtrise ciblant respectivement la prévalence et la concentration peut entraîner un effet additif si leurs cibles spécifiques ne sont pas liées.

NB : Le terme ‘control’ en anglais a été traduit par ‘maîtrise’ dans le texte proposé.