Évolution des stratégies de caractérisation et de catégorisation des risques chez les STEC. Un article de référence !

Le Journal of Food Protection propose dans un article technique à paraître une revue sur l’évolution des stratégies de caractérisation et de catégorisation des risques chez Escherichia coli producteurs de shigatoxine (The Evolution of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Characterization and Risk Categorization Strategies).

Faits marquants

- Les souches de Escherichia coli producteurs de shigatoxine (STEC) présentent un risque variable de maladie grave.

- Des méthodes d'évaluation du risque lié aux souches de STEC ont été mises au point.

- Les facteurs de virulence susceptibles de contribuer à la virulence de STEC sont décrits.

- Un risque accru est associé aux sous-types de shigatoxine, Stx2a, Stx2c et Stx2d.

- Un risque accru est associé à l'effacement des entérocytes ou à l'attachement entéro-agrégatif.

Résumé

Les Escherichia coli producteurs de shigatoxine (STEC) constituent un groupe de E. coli responsables de maladies entériques d'origine alimentaire et hydrique. Les STEC présentent une grande diversité génotypique et phénotypique, car ils n'ont pas une origine évolutive unique ; de multiples lignées de STEC sont apparues indépendamment suite à des transferts horizontaux de gènes. Cette diversité se traduit également par une variabilité apparente du potentiel des différentes souches de STEC à provoquer des maladies graves (diarrhée sanglante ou syndrome hémolytique et urémique) ou à être impliquées dans d'importantes épidémies d'origine alimentaire.

Dans le contexte de la prise de décision en matière de sécurité des aliments, les caractéristiques variables des souches de STEC et leurs conséquences potentielles sur la santé alimentent un débat permanent sur la manière de les classer en groupes de risque.

L'objectif de cette revue est d'éclairer ce débat en examinant comment les stratégies de caractérisation et de catégorisation des risques liés aux STEC ont évolué au fil du temps, en réponse aux progrès des techniques analytiques, à l'amélioration de la compréhension de l'épidémiologie des STEC et des mécanismes de leur pathogénicité. L'origine des perspectives et pratiques établies est explorée, depuis la reconnaissance de STEC O157:H7 comme pathogène émergent dans les années 1980, en passant par l'identification et la caractérisation de STEC basées sur le sérotype, jusqu'aux approches contemporaines fondées sur des marqueurs moléculaires de virulence. Les données probantes concernant le rôle de facteurs de virulence spécifiques dans la pathogénicité de STEC sont examinées et leur utilité dans la catégorisation des risques liés à STEC est évaluée. Enfin, un système de catégorisation binaire est proposé, fondé sur la corrélation entre le syndrome hémolytique et urémique et la présence des sous-types de shigatoxines Stx2a, Stx2c et Stx2d, ainsi que des facteurs de colonisation, notamment le locus d'effacement des entérocytes ( intimime/eae ) et l'attachement entéro-agrégatif ( aggR/aaiC ).

Commentaire

L’article est très technique et très documenté et qui doit servir de référence. L’article montre que les STEC ont bien « en excluant le gène stx , au moins 89 gènes ont été identifiés comme contribuant potentiellement à la virulence. »

Les auteurs font aussi une mise en garde :

La gestion des risques liés à la sécurité des aliments pour les STEC demeure complexe. La diversité génomique et phénotypique des souches de STEC contribue à la variabilité de la fréquence d'association des différents sérotypes de STEC aux épidémies par rapport aux cas sporadiques, ainsi qu'au taux de formes graves (diarrhée bovine et syndrome hémolytique et urémique) observées lors de différentes épidémies. Cependant, le sérotype de STEC présente une valeur prédictive limitée, car des lignées virulentes de STEC sont apparues indépendamment à plusieurs reprises par transfert horizontal de gènes et les loci déterminant les sérotypes O et H sont également sujets à ce type de transfert. L'évaluation du risque posé par les STEC présents dans les aliments est particulièrement problématique lorsque des décisions doivent être prises en l'absence de signalements de maladie, ou lorsque la souche n'appartient à aucun sérogroupe ou sous-type, tel que le type de séquence multilocus (MLST), précédemment associé à la maladie. Ces difficultés ont été décrites dans une étude portant sur les souches de STEC présentes dans les fruits et légumes frais aux États-Unis (Feng, 2014). Idéalement, les décisions relatives à la gestion des risques en matière de sécurité des aliments devraient être prises selon un processus transparent garantissant des résultats cohérents et efficaces.

Pour mémoire, les STEC sont connus historiquement en raison de STEC O157:H7. La plus ancienne épidémie de toxi-infection alimentaire à STEC documentée est survenue à Toronto, Canada, en 1980 ; elle était liée à du jus de pomme non pasteurisé.

Conclusion

L’identification et la caractérisation des souches de STEC ont évolué au cours des 25 dernières années, grâce aux progrès réalisés dans le typage des isolats et à l’accumulation de données sur le génotype des STEC et l’évolution clinique chez les patients. Par conséquent, la conception scientifique des STEC a évolué : on est passé d’un modèle simplifié, dans lequel seuls quelques sérotypes étaient considérés comme présentant un enjeu de santé publique, à un modèle où la probabilité de survenue d’une maladie liée à une souche de STEC donnée est mieux prédite par la présence de facteurs de virulence spécifiques. Toutefois, la relation entre le génotype des STEC et la maladie reste complexe ; elle sera vraisemblablement amenée à être précisée à mesure que s’accumuleront les données sur le typage des souches et l’issue des infections. En attendant, malgré l’amélioration des systèmes de catégorisation des risques liés aux STEC, des incertitudes et une certaine part de subjectivité subsisteront.

Biocides et antibiotiques : des mécanismes de résistance en commun ?

L’Anses publie le 20 octobre 2026 un article, « Biocides et antibiotiques : des mécanismes de résistance en commun ».

Le nettoyage fréquent des surfaces avec certains désinfectants pourrait contribuer, dans certaines conditions, à sélectionner des bactéries résistantes aux antibiotiques.

La résistance aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique. Au-delà du mésusage des antibiotiques, d’autres facteurs peuvent contribuer à la sélection de bactéries résistantes. C’est notamment le cas lors de l’exposition répétée des bactéries à des produits biocides. L'adaptation aux biocides des communautés bactériennes peut entrainer concomitamment un accroissement de leur résistance aux antibiotiques.

Effectivement, ce que rapporte l’Anses n’est en fait pas nouveau, et il est donc bon de se pencher sur la mémoire du blog en la matière …

En août 2020, l’Anses publiait un avis et un rapport l’évaluation de la résistance des biocides antimicrobiens.

Un exemple d’arbre décisionnel pour une mise en œuvre pratique était proposé illustrant le protocole d’évaluation de résistance d’un produit désinfectant pour les surfaces.

De manière générale, afin de prévenir l’apparition de résistance, il convient de limiter les mésusages pouvant notamment conduire à l’exposition des bactéries cibles à des concentrations sub-létales favorisant leur adaptation.

Le blog avait alors indiqué « Si cet avis pouvait faire évoluer les comportements vis-à-vis des désinfectants utilisés dans l’agro-alimentaire …, ce serait une excellente action ... ».

En 2023, le blog relatait : « Des experts préviennent que l'utilisation généralisée de produits antibactériens pourrait favoriser la résistance aux antibiotiques et d'autres menaces pour la santé. »

« Notre examen de la science suggère que la désinfection avec ces produits chimiques dans de nombreux cas est inutile ou même dangereuse », a dit le co-auteur de l'étude Courtney Carignan de la Michigan State University, dans un communiqué de presse du Green Science Policy Institute. « Nous recommandons un nettoyage régulier avec de l'eau et un détergentn et une désinfection uniquement au besoin avec des produits plus sûrs. »

L’Anses dans son communiqué d’octobre 2026 rapporte que « Des scientifiques du Laboratoire de l’Anses Fougères ont exploré les mécanismes en jeu au sein des biofilms de bactéries. »

Des études avaient déjà montré que l’exposition répétée de bactéries à des produits désinfectants pouvaient les rendre plus résistantes à certains antibiotiques. Cependant, peu d’études sur cette question ont été effectuées dans des conditions proches des situations réelles. Or, lorsqu’elles sont sur une surface, les bactéries s’organisent souvent sous forme de biofilms. Il s’agit d'une communauté de microorganismes constituée de plusieurs couches de bactéries. Les bactéries secrètent un mucus, qui les relie entre elles et les protège de l’extérieur. Ces structures sont connues pour être plus résistantes aux produits de nettoyage que les bactéries isolées.

Dans une étude, des biofilms de Escherichia coli ont été soumis à quatre substances actives de produits de désinfection couramment utilisés dans les ateliers industriels de transformation des aliments. Les bactéries ont été exposées quotidiennement pendant un mois. Les chercheurs ont ensuite testé la résistance des bactéries survivantes à un antibiotique, la rifampicine, souvent utilisé comme modèle pour évaluer la résistance aux antibiotiques.

Les résultats de cette étude ont été publiés dans la revue NPJ Antimicrobials and Resistance en mai 2026. Les bactéries qui avaient été exposées à deux des biocides ont été plus nombreuses à résister à l’antibiotique que celles qui avaient seulement été exposées à de l’eau. Ceci est particulièrement vrai pour les bactéries qui avaient été confrontées au N-(3-aminopropyl)-N-dodecylpropane-1,3-diamine (TMN), biocide largement utilisé pour désinfecter les surfaces.

Les auteurs ont indiqué que « Ces connaissances sont essentielles pour comprendre comment les bactéries s'adaptent aux biocides et fournissent des marqueurs potentiels pour la surveillance des résistances croisées dans la chaîne alimentaire. »

Dans une autre étude, parue dans Frontiers in Cellular and Infection Microbiology en 2023, les mêmes scientifiques avaient montré que l’exposition répétée au polyhexaméthylène biguanide, un autre biocide largement utilisé dans les industries agro-alimentaires, entraînait une augmentation de la résistance à un autre antibiotique, la gentamicine. Cependant dans ce cas il ne semblait pas y avoir de sélection génétique : les bactéries cessaient de résister après la fin de l’exposition au biocide.

Selon Arnaud Bridier, de l’unité Antibiotiques, biocides, résidus et résistances au Laboratoire de l’Anses Fougères, « Le risque d’apparition de résistance est potentiellement important dans l’industrie agroalimentaire et le milieu hospitalier, où le nettoyage et la désinfection des surfaces sont très fréquents. »

Huub Lelieveld, pionnier de la sécurité des aliments, mis à l'honneur lors de la cérémonie de remise du Prix Mondial de l'Alimentation 2026

3" />

J’extraie un passage de l’article que le blog Agriculture, alimentation, santé publique... soyons rationnels d’André Heitz a consacré à Huub Lelieveld.

Huub Lelieveld, pionnier de la sécurité des aliments, mis à l'honneur lors de la cérémonie de remise du Prix Mondial de l'Alimentation 2026 (World Food Prize)

Huub Lelieveld a reçu le Prix Mondial de l’Alimentation, d’un montant de 500.000 dollars, pour son travail pionnier dans l’établissement de normes mondiales de sécurité alimentaire et l’harmonisation des réglementations alimentaires visant à garantir une alimentation sûre pour tous.

C’est amplement mérité !

En 1989, Huub Lelieveld a cofondé EHEDG (European Hygienic Deign Group ou Groupe européen pour la conception hygiénique des équipements) avec un groupe restreint de multinationales et de constructeurs industriels, dont le GEA Group.

C’est Huub qui m’a contacté, via Olivier Cerf, au titre de directeur de l’association ASEPT, basé à Laval (Mayenne), pour créer une branche française de EHEDG ; des réunions et des formations sur les mérites de l’EHEDG s’en sont suivies ainsi que la traduction en Français de plus d’une vingtaine de documents EHEDG. De là est né un livre, Conception hygiénique des équipements. Guide pour la rédaction de cahier des charges, paru en 1999.

Huub est aussi venu à Laval à la 4ème conférence internationale ASEPT « Sécurité alimentaire 96 » pour parler de la conception hygiénique et de l’intégration de l'ingénierie hygiénique dès la conception des équipements et machines de l'usine.

Voilà quel Monsieur, Huub Lelieveld !

Les TIAC et Santé publique France

J'écrivais le 26 septembre 2026, ce qui suit ci-dessous ...

Quand on recherche sur le site Internet de Santé publique France une information sur toxi-infections alimentaires collectives en France, voici ce que l’on trouve :

Sur l’image de gauche, le bilan de 2023, publié soi disant le 1er septembre 2026. En fait le document a été publié le 20 mars 2026 et mis à jour le 1er septembre 2026.

Sur l’image de droite, le bilan de 2022, publié le 21 février 2024. 

Le nouveau visuel de Santé publique France est désormais celui-ci :

Sur l’image de gauche, le bilan de 2024, publié le 26 septembre 2026.
Sur l’image de droite, le bilan de 2022, publié le 21 février 2024. 
Exit l'année 2023 ...

Une étude trouve des différences de contamination microbienne entre le bœuf et le porc lors de la transformation

« Une étude trouve des différences de contamination microbienne entre le bœuf et le porc lors de la transformation », source Food Safety Magazine.

Une nouvelle étude a révélé que la contamination microbienne du bœuf et du porc produits dans un même abattoir différait significativement, malgré des charges bactériennes similaires sur les carcasses réfrigérées à leur arrivée et l'utilisation des mêmes équipements de transformation et procédures de nettoyage-désinfection. Ces résultats suggèrent que les surfaces des équipements contribuent fortement à la contamination microbienne lors de la transformation de la viande, soulignant ainsi la nécessité potentielle de stratégies de nettoyage et de désinfection adaptées à chaque espèce.

L’étude, publiée dans Food Research International, a été conduite par des chercheurs de l’Agriculture et Agroalimentaire Canada, l’Agriculture et Irrigation de l’Alberta et de l’Université de Lethbridge.

Pour identifier les sources de contamination bactérienne lors de la transformation du bœuf et du porc, les chercheurs ont examiné les populations microbiennes présentes sur les carcasses réfrigérées, les morceaux de choix, les parures et les surfaces en contact avec les aliments dans une usine de transformation de viande inspectée par le gouvernement fédéral en Alberta, Canada.

Pendant dix semaines, les chercheurs ont prélevé 395 échantillons sur huit sites de prélèvement lors de la production courante de bœuf et de porc. Le matériel échantillonné comprenait des convoyeurs, des étagères en acier inoxydable, des tables de découpe, des couteaux et des gants de protection en maille. Le bœuf et le porc ont été transformés à des jours différents avec le même matériel, qui a été nettoyé et désinfecté conformément aux procédures de l'établissement.

La transformation du porc associée à des charges bactériennes plus élevées

Bien que les carcasses de bœuf et de porc réfrigérées entrantes aient un dénombrement de bactéries aérobies totales (BAT) similaires, respectivement en moyenne de 2,19 et 2,26 unités formant colonies (UFC) par 1 000 centimètres carrés (cm²), les charges bactériennes ont augmenté de manière significative lors de la fabrication du porc, mais pas lors de la fabrication du bœuf.

Plus précisément, la BAT des morceaux de porc et des parures était supérieure d'environ 1 log à celle des carcasses de porc réfrigérées. De plus, la charge bactérienne sur toutes les surfaces des équipements, à l'exception des couteaux, était supérieure de 0,5 à 0,7 log lors de la transformation du porc par rapport à celle du bœuf.

Les chercheurs ont également observé une présence plus fréquente de Enterobacteriaceae et de coliformes lors de la transformation du porc. Les Enterobacteriaceae ont été retrouvés dans 39 % des échantillons de porc, contre 23,5 % pour le bœuf. De même, des coliformes ont été détectés respectivement dans 28,7 % des échantillons de porc et 18,5 % de ceux de bœuf.

Sur les 395 échantillons analysés, seuls 11 ont révélé la présence de Escherichia coli en quantité quantifiable, dont huit provenant de la transformation du porc et trois de celle du bœuf. Lors de la production porcine, les gants en maille et les couteaux ont été identifiés comme des sources importantes de contamination par E. coli.

Les surfaces des équipements ont influencé les communautés microbiennes

En utilisant le séquençage du gène de l'ARN ribosomique 16S, les chercheurs ont également caractérisé les communautés microbiennes présentes dans les carcasses, les produits carnés et les équipements de transformation.

L'analyse a révélé des différences significatives dans la composition des communautés microbiennes entre les carcasses de bœuf et de porc, les produits carnés et les équipements fixes, mais pas au niveau des équipements personnels, tels que les couteaux et les gants.

Les communautés microbiennes présentes sur les produits carnés et les équipements fixes ont varié considérablement selon les périodes d'échantillonnage, tandis que celles présentes sur les carcasses réfrigérées et les équipements personnels sont restées relativement stables. D'après les chercheurs, ces résultats suggèrent que les surfaces des équipements fixes contribuent fortement aux différences observées dans les communautés microbiennes du bœuf et du porc.

Globalement, les genres bactériens les plus abondants identifiés étaient Pseudomonas et Acinetobacter. Lors de la transformation du bœuf, les surfaces des équipements ont été identifiées comme sources de Brevundimonas, Clostridium, Macrococcus, Pseudomonas et Stenotrophomonas . Lors de la transformation du porc, la contamination liée aux équipements impliquait Acinetobacter, Peptostreptococcus, Pseudomonas, Stenotrophomonas et Trueperella.

Notamment, Acinetobacter représentait respectivement 44,4 % et 34,1 % des communautés microbiennes présentes sur les convoyeurs et les étagères en acier inoxydable lors de la transformation du porc. Pseudomonas représentait quant à lui 66,8 % de la communauté microbienne présente sur les gants en maille utilisés lors de la fabrication du porc.

Les résultats suggèrent la nécessité de stratégies de nettoyage-désinfection spécifiques à chaque espèce

Les chercheurs ont suggéré que les différences de caractéristiques physiques entre le bœuf et le porc, notamment la texture et l'aspect de la surface de la viande, pourraient expliquer la charge bactérienne plus élevée observée sur les équipements lors de la transformation du porc. Ils ont toutefois souligné que des recherches supplémentaires seraient nécessaires pour déterminer les causes sous-jacentes.

Les résultats ont mis en évidence l'importance de prendre en compte l'espèce de viande, le type d'équipement et les variations temporelles des communautés microbiennes lors de l'élaboration de stratégies de nettoyage et de désinfection dans les installations de transformation de la viande.

Maîtrise des biofilms de Listeria : traitement enzymatique et par des bactériocines

« Une étude de l'USDA explore le traitement enzymatique et par des bactériocines pour maîtrise les biofilms de Listeria dans les environnements de transformation alimentaire », source Food Safety Magazine.

Une étude menée par des chercheurs de l’ARS de l’USDA et de l'Université de Virginie a démontré le potentiel de l'association d'une enzyme modifiée et de bactériocines de qualité alimentaire pour perturber les biofilms de Listeria monocytogenes et réduire le nombre de cellules bactériennes viables libérées lors du traitement. Cependant, l'efficacité des traitements variait selon la souche de L. monocytogenes et la bactériocine utilisée.

Publiée dans la revue Pathogens, l'étude a évalué les effets d'une enzyme active sur les hydates de carbone (CAase) et de deux bactériocines, la nisine et la thermophiline 110 (T110), individuellement et en combinaison, contre les biofilms formés par 11 souches de L. monocytogenes.

Listeria monocytogenes peut former des biofilms persistants sur les surfaces fréquemment rencontrées dans les installations de transformation alimentaire, notamment l'acier inoxydable, le caoutchouc et le plastique. Au sein de ces biofilms, les cellules bactériennes sont protégées par une matrice de substances polymériques extracellulaires (EPS) qui peut limiter l'efficacité des procédures de nettoyage-désinfection, permettant ainsi à l'agent pathogène de persister et de potentiellement contaminer les produits alimentaires.

Les enzymes qui dégradent la matrice du biofilm peuvent améliorer l'accès des antimicrobiens aux cellules bactériennes incluses. Des recherches antérieures ont démontré que la CAase pouvait perturber les biofilms de L. monocytogenes et renforcer l'activité antimicrobienne du T110, mais ces résultats se limitaient à une seule souche bactérienne.

Le traitement enzymatique a réduit la biomasse du biofilm pour toutes les souches

Afin d'évaluer la portée plus large du traitement enzymatique et de bactériocine, les chercheurs ont cultivé des biofilms à partir de 11 souches de L. monocytogenes. Des biofilms matures, âgés de six jours, ont ensuite été exposés à la CAase, à la nisine, au T110 ou à des combinaisons de CAase avec l'une ou l'autre bactériocine pendant 20 à 24 heures à 30 °C.

Les chercheurs ont constaté que la CAase, à elle seule, réduisait significativement la biomasse du biofilm pour les 11 souches étudiées, démontrant ainsi sa capacité à dégrader la matrice extracellulaire. Cependant, l'enzyme présentait une faible activité antimicrobienne et le traitement augmentait généralement le nombre de cellules bactériennes viables libérées des biofilms.

La nisine seule a réduit de manière significative la biomasse du biofilm dans neuf des onze souches, tandis que le T110 seul a produit des réductions significatives dans seulement deux souches

Pour deux souches, l'association de la CAase et de la nisine a permis d'améliorer davantage la destruction du biofilm par rapport à l'utilisation de la CAase seule. De même, l'association de la CAase et du T110 a amélioré la destruction du biofilm pour deux souches différentes.

Pour la plupart des souches, cependant, l'ajout de bactériocine n'a pas amélioré de manière significative la réduction de la biomasse au-delà de celle obtenue avec la CAase seule.

La nisine est plus efficace pour inhiber les cellules viables de Listeria

Bien que la CAase ait efficacement perturbé les structures du biofilm, les chercheurs ont souligné l'importance d'inactiver les cellules bactériennes libérées lors du traitement enzymatique afin d'empêcher leur propagation potentielle.

La nisine s'est avérée plus efficace que le T110 pour réduire la récupération de cellules viables de L. monocytogenes à partir de biofilms traités. Utilisée seule ou en association avec la CAase, la nisine a réduit la récupération de cellules viables en dessous des niveaux témoins non traités pour les 11 souches étudiées.

En revanche, le traitement par T110 seul a permis une récupération de cellules viables comparable, voire supérieure, à celle des témoins non traités pour cinq souches. Combiné à la CAase, T110 a induit une récupération de cellules viables similaire, voire supérieure, à celle des témoins pour six souches, suggérant que la concentration de bactériocine utilisée était insuffisante pour inactiver systématiquement les cellules libérées.

Des tests complémentaires ont montré que la concentration bactéricide minimale du T110 était d'au moins 2 048 unités arbitraires par millilitre pour de nombreuses souches, dépassant ainsi la concentration utilisée dans les expériences sur les biofilms. En comparaison, la concentration bactéricide minimale de la nisine était de 25 microgrammes par millilitre ou moins pour toutes les souches, ce qui concorde avec sa plus grande efficacité dans les conditions expérimentales.

Implications pour la maîtrise de Listeria dans les installations de transformation alimentaire

Les chercheurs ont conclu que la combinaison d'une enzyme dégradant le biofilm avec une bactériocine pourrait offrir une approche biosourcée pour maîtriser la contamination persistante par L. monocytogenes dans les environnements de production alimentaire.

Les résultats suggèrent notamment que la CAase et la nisine pourraient être intégrées aux procédés de nettoyage en place ou de désinfection par pulvérisation. Cependant, les chercheurs ont constaté la présence de biomasse résiduelle de biofilm après traitement, indiquant que des composés dégradant le biofilm ou d'autres interventions pourraient s'avérer nécessaires.

L’étude a été menée en laboratoire dans des conditions contrôlées, avec des biofilms monospécifiques et des surfaces standardisées. Les chercheurs ont préconisé des investigations complémentaires dans des conditions pertinentes pour l’industrie, notamment avec des biofilms mixtes, différentes surfaces en contact avec les aliments, des charges organiques variées et des variations de température.

Des recherches supplémentaires ont également été recommandées afin de mieux comprendre les facteurs moléculaires et structurels contribuant aux réponses au traitement dépendantes de la souche et d'évaluer les effets d'une exposition répétée à l'enzyme-bactériocine.

Le salon international de l’alimentation (Sial), entre l’épicerie et la pharmacie ?

Il paraît qu’au salon de l’alimentation de Paris (Sial), il y a une déferlante de promesses de santé.

Des sodas « relaxants », du chocolat pour la ménopause et des fibres partout. L'industrie agroalimentaire amplifie ses promesses de santé, brouillant un peu plus la frontière entre l'épicerie et la pharmacie. Source AFP.

Cela me rappelle, moi qui naguère ai travaillé dans l'industrie pharmaceutique, cette chanson (paroles et musique) de Charles Trénet de 1952, Dans les pharmacies …

Dans les pharmacies, Dans les pharmacies... On vend du nougat et du chocolat, Des bonbons au citron, des stylos, Des poupées gentilles Pour les petites filles Et, pour les garçons, Des lapins qui sont Sauteurs et polissons. On vend de tout : Des toutous blancs Qui se tiennent debout, Tout tremblants, Des arlequins, des cailles qui rient Et tout un lot de quincaillerie. Dans les pharmacies, Dans les pharmacies, On entend parfois cet ordre sec : « Garçon ! Des petits pois ou un bifteck Ou des choux farcis. » Dans les pharmacies.

Pour autant, les pharmacies, dont parle Charles Trénet dans chanson, sont ... celles du Canada ...

Campylobacter chez le poulet : le système immunitaire réagit mais n’élimine pas la bactérie

Campylobacter chez le poulet : Le système immunitaire réagit mais n’élimine pas la bactérie. 

Une étude menée conjointement par l'IZSAM et l'Université de Teramo contribue à expliquer pourquoi Campylobacter jejuni colonise les intestins des poulets sans provoquer de symptômes évidents. Source communiqué de l’IZS Terrano.

La campylobactériose , causée par des bactéries du genre Campylobacter , est la gastro-entérite d'origine alimentaire la plus fréquemment signalée dans l'Union européenne. L'infection peut être transmise à l'homme par la consommation d'aliments contaminés, le poulet et les autres volailles constituant l'une des principales sources de contamination.

Contrairement à ce qui se passe chez l'humain, Campylobacter jejuni peut être présent en grand nombre dans l'intestin des poulets sans provoquer de symptômes apparents, ni de lésions importantes. Les poulets peuvent donc être porteurs de la bactérie pendant de longues périodes, ce qui crée un risque de contamination de la viande lors de l'abattage et de la transformation.

Pour mieux comprendre les mécanismes à l'origine de cette persistance, une équipe de chercheurs de l'Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise (IZSAM) et de l' Université de Teramo a suivi l'évolution de la colonisation intestinale et de la réponse immunitaire chez des poulets infectés expérimentalement par Campylobacter jejuni . Cette étude, publiée dans la revue scientifique Foods, a été coordonnée par les chercheuses Chiara Di Pancrazio et Francesca Marotta du Laboratoire national de référence pour Campylobacter de l'IZSAM.

L'étude a porté sur 108 poulets de chair, répartis en un groupe infecté par la bactérie et un groupe témoin. En suivant les animaux pendant 41 jours après l'infection, les chercheurs ont observé l'évolution de la colonisation intestinale et de la réponse immunitaire, en analysant les anticorps et les taux de cytokines et de chimiokines dans le sang.

Les résultats montrent que Campylobacter jejuni colonise rapidement l'intestin et y persiste longtemps. Le nombre de bactéries diminue avec le temps, mais reste élevé après 41 jours.

« Le système immunitaire reconnaît la bactérie et réagit », explique Di Pancrazio, « mais cette réaction est insuffisante pour l’éliminer de l’intestin. Il se crée alors un état d’équilibre qui permet à Campylobacter jejuni de persister sans provoquer de maladie manifeste chez l’animal. »

Les poulets infectés ont présenté une augmentation des anticorps, notamment ceux ciblant spécifiquement Campylobacter jejuni. Certaines molécules impliquées dans la coordination de la réponse immunitaire ont également évolué au fil du temps, indiquant une activation du système immunitaire des volailles. Cependant, la réponse systémique est restée globalement modérée et variable, sans toutefois enrayer la colonisation intestinale.

« Le suivi de la colonisation bactérienne au fil du temps, associé à l’analyse de la réponse immunitaire, nous a permis de constater la persistance de l’infection malgré la production d’anticorps », ajoute Marotta. « Comprendre cet équilibre délicat nous aidera à élaborer des stratégies pour réduire la présence de  Campylobacter dans les élevages, avant l’abattage et la transformation de la viande. »

Ces résultats pourraient orienter les recherches futures sur la réponse immunitaire locale et contribuer à l'évaluation des stratégies préventives, notamment les vaccins et les interventions ciblant le microbiote intestinal. Réduire la présence de la bactérie dans l'intestin des poulets constitue une étape importante pour limiter sa propagation tout au long de la filière avicole et diminuer le risque de transmission à l'homme par voie alimentaire.

NB : Merci à Food Safety News d’avoir signalé cette information.

La petite tomate cerise de Sicile et Salmonella en europe, ça dure depuis trois ans !

L’alerte des tomates cerises continue de se propager au-delà des frontières siciliennes, tandis qu’à Piana di Gela (plaine de Gela en Sicile), les contrôles s’intensifient pour identifier la source possible de la contamination à la salmonelle d’un lot de tomates cerises produites par une entreprise locale et retirées du marché à la demande du ministère de la Santé. Source.

Depuis le début de l'affaire il y a un mois, elle a pris une dimension nationale. En Émilie-Romagne , le président de la région a signé un arrêté interdisant la consommation de tomates datterini et de tomates cerises crues dans les cantines scolaires et les hôpitaux . Cette précaution est également motivée par des cas de salmonellose liés à la consommation de tomates recensés dans cette région ces deux dernières années. Parallèlement, dans la région de Gela, les investigations se poursuivent sur plusieurs fronts afin de reconstituer la chaîne de contamination et de vérifier l'état de l'environnement des zones touchées.

Une épidémie récurrente à Salmonella Strathcona, liée à des tomates, se poursuit en Europe avec plus de 160 cas signalés en 2026. Source.

Au 9 octobre 2026, dix pays de l'UE/EEE avaient rapporté plus de 160 nouveaux cas liés à cette épidémie à Salmonella Strathcona ST2559 en 2026. Les pays concernés sont l'Autriche, le Danemark, la France, l'Allemagne, l'Irlande, l'Italie, le Luxembourg, les Pays-Bas, la Norvège et la Suède. Pour la plupart des cas, l'apparition des symptômes ou le prélèvement des échantillons ont eu lieu entre juillet et septembre 2026. Environ 100 cas supplémentaires étaient en attente de séquençage afin de déterminer s'ils appartenaient bien à ce foyer épidémique.

L'ampleur du phénomène dépasse le cadre d'une seule saison : l'épidémie de Salmonella Strathcona s'étend désormais sur trois ans. Environ 670 cas confirmés ayant été recensés entre 2023 et 2025, il s'agit d'une épidémie prolongée touchant plusieurs pays. Les enquêteurs ont identifié des petites tomates siciliennes comme source probable. L'Allemagne a signalé huit cas et le Luxembourg trois ; dans ces deux pays, toutes les personnes interrogées ayant contracté l'infection avaient consommé des tomates cerises.

Ce problème n'est pas nouveau. La souche a été associée pour la première fois à une importante épidémie au Danemark en 2011, impliquant des tomates de type datterino originaires de Sicile ; elle a resurgi à maintes reprises depuis. Une évaluation conjointe, menée en 2025 par l‘ECDC et l'EFSA, avait recensé des cas dans plus d'une douzaine de pays, l'Italie, l'Allemagne, l'Autriche, le Royaume-Uni et la France figurant parmi les plus touchés. Ce rapport préconisait également des investigations pour déterminer comment la bactérie pénètre dans la chaîne d'approvisionnement, notamment par des contrôles de l'eau d'irrigation et de l'environnement de culture.

Cette question relève autant de l'agriculture que de la santé publique. Les produits frais transitent rapidement des producteurs siciliens vers les grossistes, puis vers les supermarchés et les cuisines professionnelles à travers tout le continent. Un lot contaminé peut atteindre plusieurs pays en quelques jours ; au moment où les premiers cas sont identifiés, le produit a souvent déjà été consommé. L'épidémie à Salmonella Strathcona met donc à l'épreuve les systèmes de traçabilité qui relient les exploitations agricoles aux assiettes des consommateurs.

Pour les producteurs, les enjeux sont à la fois sanitaires et liés à leur réputation. Des producteurs respectant les bonnes pratiques peuvent se retrouver impliqués dans une alerte liée à une épidémie à Salmonella Strathcona ; par le passé, le secteur de la tomate a d’ailleurs remis en question ce lien. Disposer de preuves claires quant au point d’entrée de la contamination permettrait de protéger les producteurs consciencieux et de cibler les contrôles réglementaires là où ils sont réellement nécessaires.

Plusieurs outils sont disponibles. Les États membres peuvent intensifier l’échantillonnage des tomates et de l’eau d’irrigation, partager les données de séquençage du génome entier via le système européen, et exiger des contrôles d’hygiène plus rigoureux sur les sites de conditionnement. La Commission peut, quant à elle, coordonner les alertes rapides afin que les distributeurs retirent promptement les lots concernés.

Rien de tout cela n’est nouveau, mais les chiffres montrent que la réponse actuelle n’a pas permis de mettre fin à l’épidémie à Salmonella Strathcona. Tant que les enquêteurs n’auront pas identifié l’origine de la contamination, cette épidémie restera un test grandeur nature de l’efficacité des contrôles tout au long de la chaîne alimentaire européenne.

L'ECDC a fait état de plus de 800 cas confirmés associés à cette épidémie récurrente entre janvier 2023 et septembre 2026. Des isolats génétiquement très proches ont été identifiés dans le cadre d’épidémies européennes depuis 2011. Des enquêtes antérieures ont, à plusieurs reprises, mis en cause des tomates de petit calibre en provenance de Sicile (Italie).

Les preuves microbiologiques incluent la détection de la souche épidémique dans l’eau d’irrigation sur un site de production de tomates en Sicile, confirmée par la suite par séquençage sur des tomates cerises expédiées d’Italie vers l’Autriche. Les investigations concernant les cas survenus en 2026 sont toujours en cours. Tous les patients interrogés en Allemagne et au Luxembourg, respectivement huit et trois personnes, ont déclaré avoir consommé des tomates cerises ; une consommation de tomates a également été rapportée parmi les cas identifiés en Italie.

L’enquête menée en Allemagne pour la période 2025-2026 a recensé 116 cas, dont 100 confirmés et 16 probables, avec une apparition des symptômes entre juin 2025 et mars 2026. Ces cas ont été signalés dans 13 Länder, principalement entre août et décembre 2025, avec un pic observé entre le 20 et le 26 octobre 2025. L’âge médian des personnes touchées était de 39 ans, avec une fourchette allant de moins d’un an à 87 ans. Sur les 91 patients pour lesquels des informations sur une éventuelle hospitalisation étaient disponibles, 24 (soit 26 %) ont été hospitalisés en raison de salmonellose. Parmi les cas recensés en Allemagne au cours de cette saison, des informations sur le pays d’exposition étaient disponibles pour 80 patients. Sur ce nombre, 48 ont été exposés en Allemagne et 32 à l’étranger, dont 27 en Italie. Par ailleurs, l’Institut Robert Koch (RKI) a fait état de 39 cas associés à la résurgence de l’épidémie depuis juin 2026, au 16 septembre 2026.

Analyse épidémiologique et impact sur la santé publique

La grande proximité génétique des isolats observés au fil des saisons, associée à la détection de la souche épidémique dans des tomates et dans l’eau d’irrigation, suggère l’existence d’une source de contamination persistante ou récurrente liée à l’environnement de production. Ces résultats désignent l’eau d’irrigation comme une voie de contamination possible, bien que la source initiale et les mécanismes à l’origine de cette récurrence ne soient pas encore totalement élucidés.

La survenue de cas liés à des voyages, ainsi que de cas sans antécédent de voyage, concorde avec une exposition tant en Italie que par le biais de produits contaminés distribués dans d'autres pays. Des investigations épidémiologiques et des travaux de traçabilité supplémentaires sont nécessaires pour déterminer si les petites tomates sont à l'origine des nouvelles infections signalées dans tous les pays touchés et si d'autres denrées alimentaires sont impliquées.

Les résultats concernant la consommation alimentaire étayent l'enquête, mais doivent être interprétés à la lumière des preuves microbiologiques et des données de traçabilité. Dans le cadre de l'investigation menée en Allemagne pour la période 2025-2026, seuls 30 des 116 patients ont été interrogés sur leur consommation alimentaire. Le taux de participation limité, le risque de biais de mémorisation et la fréquence élevée de la consommation de tomates au sein de la population générale restreignent la portée des conclusions fondées uniquement sur ces entretiens.

Les hospitalisations signalées en lien avec la salmonellose témoignent de la sévérité clinique de la maladie chez les patients touchés. Le taux d'hospitalisation concerne les cas allemands pour lesquels des informations étaient disponibles durant la saison 2025-2026 ; il ne saurait être généralisé à l'ensemble de l’épidémie dans plusieurs pays, ni aux cas survenus en 2026.

Analyse comparative et perspectives

Le précédent rapport BEACON, daté du 7 septembre 2026, décrivait l’épidémie dans plusieurs pays en cours et son lien avec des petites tomates provenant de Sicile (Italie). Des investigations ultérieures ont renforcé ce lien grâce à la détection de la souche responsable de l’épidémie dans des tomates cerises expédiées d'Italie vers l'Autriche. Les cas signalés en 2026 confirment la persistance de cette maladie liée à la flambée sur une nouvelle saison.

Le caractère saisonnier récurrent suggère une exposition qui varie au fil de l'année, bien que les données disponibles ne permettent pas de préciser la part respective de la récolte, des volumes d'exportation, de la consommation ou des températures. Le pic observé plus tardivement en Allemagne, en octobre 2025, ainsi que les cas sporadiques survenus début 2026, indiquent par ailleurs que la transmission ne se limite pas à la période estivale.

L'ECDC estime que de nouvelles infections restent possibles tant que des produits contaminés continuent d'être distribués, et que de futures éclosions saisonnières sont probables tant que la source de contamination n'aura pas été identifiée et que des mesures de maîtrise n'auront pas été mises en œuvre. Le partage coordonné d'informations épidémiologiques et de données de séquençage du génome entier via la plateforme EpiPulse, complété par des enquêtes sur les denrées alimentaires et l'environnement, ainsi que par des notifications transmises par le biais du RASFF, demeure essentiel pour identifier les cas liés entre eux et orienter les mesures de maîtrise.