« Problèmes
rencontrés dans quatre laboratoires au cours d'essais
d'intercomparaison relatifs à la Listeria », source Food
Safety News du 24 mai 2019
L’objectif
était d’aider les laboratoires nationaux de référence de santé
publique à effectuer un typage basé sur le séquençage du génome
complet à générer des assemblages génomiques de bonne qualité et
comparables pour Listeria monocytogenes.
Les
assemblages peuvent être utilisés pour des analyses comprenant des
données de typage de séquence multilocus de génome complet et de
base ou core genome (wg/cgMLST). Des assemblages de bonne qualité
sont nécessaires pour produire des données wg/cgMLST comparables
entre laboratoires. Les laboratoires déclarants doivent s'assurer
que leur processus d'assemblage est concordant afin d'éviter les
problèmes de comparabilité et pouvant potentiellement affecter la
détection et la vérification des épidémies, selon le rapport de
l'ECDC.
L'ECDC
est favorable à l'intégration des données de séquençage du
génome complet (WGS pour whole genome sequencing) dans la
surveillance et les investigations épidémiologiques dans plusieurs
pays de maladies d'origine alimentaire, notamment la listériose.
Dix
des 14 participants à l'essai de 2018 avaient au moins un pipeline
(ensemble
d’outils d’analyse, d’algorithmes et d’étapes de calcul. )
concordant
et les quatre autres ont bénéficié d'une assistance après l'essai
d'intercomparaison afin d'identifier la cause première du problème
et améliorer les résultats. Les laboratoires ne disposant pas d'un
pipeline d'assemblage concordant devraient envisager de le mettre à
jour pour éviter les problèmes de détection d'épidémie et, dans
l'intervalle, partager les lectures brutes avec l'ECDC.
Les
quatre laboratoires qui ont eu des problèmes ont été informés des
causes possibles. Deux d'entre eux ont depuis mis à jour leur
pipeline et généré des résultats concordants. Pour le troisième
laboratoire, la cause dépend d'une mise à niveau logicielle, ce qui
pourrait être le cas pour le quatrième laboratoire.
Les
14 participants ont soumis des génomes assemblés pour 15 séries de
lectures de séquences brutes. Plus d'un pipeline d'assemblage a été
autorisé par participant et les résultats par pipeline ont été
comparés à l'assemblage de référence généré par l'ECDC sur
plusieurs métriques de qualité.
Seize
organisations, dont 14 laboratoires nationaux de référence de santé
publique, l'Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa)
et l'Anses en tant que laboratoire de référence de l'Union
européenne (EURL) pour Listeria monocytogenes, ont founi des
résultats pour 29 pipelines d'assemblage.
Pour
les lectures avec Illumina,
les assemblages de référence ont été jugés appropriés. Pour les
lectures avec Ion Torrent, il n’a pas été possible d’établir
une concordance.
Pour
la surveillance européenne de la listériose, l'ECDC n'acceptera que
des assemblages de laboratoires générés par un pipeline concordant
tel que vérifié selon la méthodologie exposée dans le rapport.
Faire
avancer le séquençage du génome complet
Dans
le même temps, un rapport de l'ECDC du mois dernier a proposé de
donner la priorité à la mise en œuvre du WGS en fonction de la
maladie et des applications de santé publique.
Il
a présenté les options de mise en œuvre pour l'intégration à
moyen terme des informations sur le typage moléculaire/génomique
dans la surveillance au niveau de l'UE et les investigations sur les
épidémies dans plusieurs pays.
Le
rythme d'absorption du WGS varie entre les agents pathogènes, les
maladies et les pays de l'Union européenne. L'ECDC aide les pays à
utiliser progressivement le typage séquentiel afin de pouvoir
participer à des opérations conjointes de réponse et de
surveillance avec les États membres.
Le
typage basé sur le WGS pour la surveillance de routine d'au moins un
agent pathogène humain est passé de aucun pays en 2013 à 20 en
2017. Les résultats de l'enquête indiquent qu'à la fin de cette
année, 29 États membres ont l'intention d'utiliser le typage basé
sur le WGS pour la surveillance de la santé publique. au moins un
agent pathogène dont la mise en œuvre est commune à Listeria
monocytogenes.
De
novembre 2015 à juin 2018, l'ECDC a aidé à investiguer sur 41
épidémies présumées d'origine alimentaire dans plusieurs pays
causées par Salmonella enterica, Listeria monocytogenes
ou E. coli producteurs de shigatoxines (STEC). Dans le cadre
de ce travail, plus de 2 000 génomes bactériens ont été
séquencés. Les investigations ont confirmé 31 épidémies touchant
plusieurs pays et identifié la source alimentaire pour 12 épidémies.
Le
cadre proposé révise la liste des agents pathogènes et des
maladies prioritaires à intégrer à moyen terme de 2019 à 2021.
Pendant cette période, l'ECDC prévoit de préparer et/ou de mettre
en œuvre un soutien aux investigations épidémiques dans plusieurs
pays, une surveillance continue et une surveillance sentinelle au
sein de l'UE.
Campylobacter
spp., le virus de l'hépatite A, Legionella spp., Listeria
monocytogenes, Salmonella enterica et STEC sont listés
dans l'aide aux investigations épidémiques menées dans plusieurs
pays par le biais d'une catégorie de typage par séquençage.
Listeria
monocytogenes, Salmonella enterica et STEC font également
partie de la catégorie de la surveillance continue basée sur le
séquençage à l'échelle de l'UE.