mercredi 26 avril 2023

La souveraineté alimentaire en chiffres

Un récent tableau* résume parfaitement la situation du pays par rapport à l’objectif de souveraineté alimentaire. Source article d’Olivier Masbou dans son blog-notes du 25 avril 2023.

10 années et 30 produits sont passés au crible.

La plupart de nos productions agricoles ont connu une évolution négative du taux d’auto-approvisionnement au cours de ces 10 dernières années (2019-2021/2009-2011).

C’est le cas du maïs (recul du taux d’approvisionnement de 34%), des crèmes (-14%), du fromage (-16%), du beurre (-7%), du poulet (-24%), du colza (-21%), des pois (-28%), des fruits tempérés (-14%), et des légumes frais (-3%).

L’évolution est stable pour la viande porcine (0%), légèrement positive pour la viande bovine (+ 1%), le blé tendre (+ 4%), le tournesol (+ 4%).

A noter la jolie performance de la filière ovine qui avec une évolution positive (+9%), retrouve un taux d’auto-approvisionnement positif (+53%).

Enfin, certaines productions connaissent une hausse spectaculaire de ce taux d’auto-approvisionnement : orges (+47%), poudre de lait écrémé (+97%). soja (+33%).

*source étude de FranceAgriMer, «Souveraineté alimentaire : un éclairage par les indicateurs de bilan». Les vins et boissons alcoolisées ne sont pas présentées dans ce document.

Affichages en magasin : Tromperie dans l'origine des fruits

Un article du blog rapportait en avril 2023, Affichages en magasin : Légumes de France dénonce des «tromperies», et voici une nouvelle tromperie ...

Greenpeace honteux d'avoir gagné pour obtenir l'interdiction du riz doré !

Le blog vous avait parlé du riz doré dans un article de décembre 2022, Riz doré les graines ont germé, mais depuis à cause de Greenpeace, tout est remis en cause, bien triste ...

Si Greenpeace avait tellement honte d'avoir gagné devant la Cour suprême des Philippines, alors pourquoi ont-ils poursuivi cette affaire en premier lieu ? 

NB : Pour ceux qui n'aurait pas bien compris, l'animal représente Greepeace ... 

MIse à jour du 25 mai 2023
On lira sur le blog d’André Heitz, Riz Doré : une Greenpeace honteuse.

Les agriculteurs sont de plus en plus inquiets face à la multiplication des contrôles des agents de l’Office français de la biodiversité

Il peut être ‘trompeur’ de comparer les données des pays sur les maladies d'origine alimentaire, selon des experts

«Il peut être ‘trompeur’ de comparer les données des pays sur les maladies infectieuses d'origine alimentaire, selon des experts», source article de Joe Whitworth paru le 26 avril 2023 dans Food Safety News.

Selon une étude, la comparaison des taux de maladies d'origine alimentaire entre les pays peut être trompeuse en raison des différences de méthodologie et de sources de données.

Les modèles d'estimation des maladies d'origine alimentaire sont propres à chaque pays, ce qui rend les comparaisons internationales problématiques. Certaines disparités dans les taux estimés peuvent être attribuées à des variations de méthodologie plutôt qu'à de réelles différences de risque, ont déclaré les scientifiques.

Les chercheurs ont examiné les estimations des maladies d'origine alimentaire pour le Royaume-Uni, l'Australie, le Canada et les États-Unis. Les résultats ont été publiés dans la revue BMJ Open Gastroenterology.

Les taux de maladie publiés au Royaume-Uni étaient plus faibles qu'ailleurs. Cependant, une fois ajustées à une approche plus comparable des autres pays, les différences étaient plus petites et se chevauchaient souvent.

Tromper ou déformer les faits
À la suite de la décision du Royaume-Uni de quitter l'Union européenne, l'une des nombreuses questions soulevées était de savoir si des changements de partenaires commerciaux pourraient augmenter les risques en matière de sécurité des aliments. Plusieurs commentateurs ont cité des taux de maladies d'origine alimentaire accessibles au public, en particulier au Royaume-Uni et aux États-Unis.

Le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis estime que 48 millions de personnes, soit une personne sur six, tombent malades à cause des aliments chaque année. Au Royaume-Uni, la Food Standards Agency (FSA) indique que 2,4 millions de cas, soit 1 personne sur 28, tombent malades chaque année.

Cela confirme l'affirmation selon laquelle le risque de maladie d'origine alimentaire aux États-Unis est plus de quatre fois et demie plus élevé qu'au Royaume-Uni. Cependant, ces chiffres cachent des différences dans la manière dont les données sont collectées, les agents pathogènes inclus, la manière dont la charge globale de morbidité est attribuée à la transmission d'origine alimentaire et d'autres calculs. Les comparaisons peuvent être trompeuses ou utilisées pour déformer délibérément les faits, ont déclaré les scientifiques.

Pour Salmonella, les États-Unis et le Canada avaient des taux significativement plus élevés que le Royaume-Uni. Cette différence peut être due à la vaccination massive des volailles au Royaume-Uni à partir de la fin des années 1990, ont dit les chercheurs.

Dans les modèles britanniques pour E. coli O157, on a supposé qu'il n'y avait pas de sous-déclaration de la gravité de la maladie, ce qui explique les estimations inférieures par rapport à d'autres pays, où des ajustements pour sous-déclaration ont été inclus dans les modèles.

Des études en Australie, au Canada et aux États-Unis ont utilisé des enquêtes téléphoniques avec un rappel de 28 jours pour estimer les maladies intestinales infectieuses. Le Royaume-Uni a produit trois estimations, une étude de cohorte et deux études téléphoniques avec un rappel respectivement, de 7 jours et de 28 jours. Au Royaume-Uni, les estimations sont basées sur les données de 2018, c'était 2010 pour l'Australie et 2006 pour les États-Unis et le Canada.

Examiner individuellement les agents pathogènes
Des comparaisons pour des agents pathogènes individuels entre les quatre études sont possibles mais nécessitent une interprétation prudente. Une considération est l'année pour laquelle les estimations sont et voir si des mesures d'intervention ont été prises.

Les estimations britanniques des maladies intestinales infectieuses, également connues sous le nom de gastro-entérite aiguë, sont basées sur une étude de cohorte, tandis que les trois autres études principales examinées ont utilisé l'un des deux modèles différents pour chaque agent pathogène en fonction de la disponibilité des données.

Des études australiennes et canadiennes ont utilisé l'élicitation d'experts pour estimer les proportions d'origine alimentaire, tandis que le Royaume-Uni et les États-Unis ont utilisé des données sur les épidémies pour juger de la proportion de cas d'épidémies d'origine alimentaire.

L'approche, telle qu'une étude de cohorte ou une enquête téléphonique, a le plus grand impact sur les estimations des maladies d'origine alimentaire. Pour ces derniers, la durée de la période de rappel est un contributeur majeur aux différences. Les scientifiques ont recommandé que seules les estimations utilisant la même approche soient comparées et, idéalement, réalisées à une période similaire.

«Les différences réelles dans les taux de maladies d'origine alimentaire entre les pays sont également susceptibles d'être influencées par des facteurs tels que les préférences des consommateurs en termes de consommation d'aliments et de mode de préparation, de régime alimentaire, de pratiques d'hygiène à la fois dans le secteur alimentaire et à la maison et des facteurs environnementaux plus larges. comme le climat», ont dit les chercheurs.

Répondant à l'étude, Elaine Walter, Martyn Kirk et Shannon Majowicz ont dit que la comparaison des estimations entre les pays doit être faite avec prudence, mais qu'elle est faisable et peut fournir des informations importantes.

Le trio, qui est membre du Foodborne Disease Burden Epidemiology Reference Group (FERG) de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), a cité des études antérieures où le groupe avait travaillé.

Ils ont dit qu'il y avait plus à faire pour améliorer l'interprétabilité, la comparabilité et la reproductibilité. Cela profiterait aux pays qui souhaitent comparer les estimations dans le temps et contribuer à des efforts internationaux plus importants pour estimer la charge des maladies d'origine alimentaire. Le FERG est en train de mettre à jour les estimations des maladies d'origine alimentaire publiées en 2015.

Commentaire
En France, «Le fardeau des infections d’origine alimentaire reste important avec entre 1,28 à 2,23 millions de personnes affectées chaque année, dont la majorité des cas surviennent de façon sporadique sans lien apparent entre eux.»

Canada : Nouvelle politique sur la présence de Listeria monocytogenes dans les aliments prêts à consommer

Je vais tenter de vous faire un résumé de ce que propose Santé Canada en ce qui concerne la «Politique sur la présence de Listeria monocytogenes dans les aliments prêts-à-manger (2023) : Aperçu.»

En attendant l'UE ou le Royaume-Uni, il s'agit du premier pays à dégainer une nouvelle réglementation sur ce que nous appelons les aliments prêts à consommer et Listeria monocytogenes. Par ailleurs, le terme contôler (to control) signifie le plus souvent maîtriser que contrôler. Les sous-titres des paragraphes sont du blog.

Préambule
La politique sur la Listeria (2023) qui remplace la version datée du 1er avril 2011, a été élaborée par Santé Canada, avec la participation de l'Agence canadienne d'inspection des aliments et l'Agence de la santé publique du Canada, et elle tient compte des rôles et des responsabilités de l'industrie, du gouvernement et des consommateurs. La politique sur la Listeria (2023) vise à faciliter l'application et la vérification d'activités concernant Listeria monocytogenes dans les aliments prêts-à-manger pour protéger la santé et la sécurité des Canadiens. Sa mise en œuvre devrait permettre de déceler rapidement la persistance de l'espèce Listeria dans l'environnement de transformation des aliments et d'évaluer l'efficacité des mesures de contrôle mises en place pour lutter contre Listeria monocytogenes dans les aliments prêts-à-manger.

Listeria monocytogene
La bactérie Listeria monocytogenes est unique parmi les agents pathogènes d'origine alimentaire. Elle est très répandue dans la nature, peut proliférer à des températures de réfrigération et peut survivre dans l'environnement des usines de transformation des aliments pendant des mois, voire des années. Bien que rares, les infections à L. monocytogenes peuvent entraîner des maladies graves et sévères, en particulier chez les personnes vulnérables. Les éclosions d'origine alimentaire de listériose ont été pour la plupart liées à des aliments prêts-à-manger (PAM) qui ne nécessitent normalement aucune préparation complémentaire avant d'être consommés. Par conséquent, ce document décrit la politique de Santé Canada liée à l'application, à la mise en œuvre et à la vérification des mesures de maîtrise pour L. monocytogenes dans les aliments PAM.

Les aliments prêts à consommer
Les aliments PAM sont des aliments qui sont normalement consommés dans le même état que celui dans lequel ils sont achetés. Ils ne nécessitent normalement aucune préparation complémentaire avant d'être consommés, sauf peut-être d'être lavés ou rincés, décongelés ou réchauffés (c'est-à-dire, un traitement thermique permettant une réduction de moins de 5-log du nombre de L. monocytogenes).

Les aliments PAM assujettis à la politique sur la Listeria doivent souvent être réfrigérés (c'est-à-dire, emballage portant la mention 'Garder réfrigéré') ou congelés (c'est-à-dire, emballage portant la mention 'Garder congelé') pour leur conservation jusqu'au moment de la consommation.

Les fruits et légumes crus frais et coupés qui ont été pelés, tranchés, hachés ou râpés avant d'être emballés pour la vente et qui sont destinés à être consommés dans le même état que celui dans lequel ils sont achetés sont considérés PAM et sont assujettis à la politique sur la Listeria. Exemples : laitue coupée finement en sac, champignons tranchés, chou râpé pour la salade de chou, melons frais coupés et salade de fruits.

Objectif et portée
La politique sur la Listeria vise à faciliter l'application et la vérification d'activités concernant L. monocytogenes dans les aliments PAM pour protéger la santé et la sécurité des Canadiens. La mise en œuvre de la politique sur la Listeria devrait permettre de déceler rapidement la peristance de l'espèce Listeria (Listeria spp., cela comprend L. monocytogenes) dans l'environnement de transformation des aliments et d'évaluer l'efficacité des mesures de contrôle mises en place pour lutter contre L. monocytogenes dans les aliments PAM. Dans ce contexte particulier, la politique sur la Listeria guide l'industrie sur les façons de se conformer à la législation fédérale en lien avec les aliments et peut servir de ressource à l'organisme de réglementation concerné pour une telle mise en vigueur. Les détails concernant les fréquences d'échantillonnage, de vérification et d'attestation de conformité fondées sur le risque sont laissés à la discrétion de l'organisme de réglementation concerné.

Pour ce faire, il faut :
- respecter les bonnes pratiques agricoles (BPAs) et/ou les BPFs
- suivre un plan HACCP ou un plan de contrôle préventif (PCP)
- réaliser un échantillonnage environnemental de Listeria spp. dans l'usine
- contrôler les étapes de transformation qui éliminent ou réduisent le nombre de L. monocytogenes pendant la fabrication
- prévenir l'introduction de L. monocytogenes dans les aires de post-transformation où les aliments sont exposés à l'environnement avant l'emballage.

Fabricants d'aliments prêts-à-manger
Puisque la bactérie L. monocytogenes est très répandue dans la nature et peut se trouver dans l'environnement de transformation des aliments, les fabricants d'aliments PAM devraient être en mesure de démontrer que leur système de salubrité des aliments contrôlera L. monocytogenes. Les fabricants devraient procéder à un échantillonnage environnemental, tel que décrit aux figures 2 à 4 (voir la section Échantillonnages environnementaux à des fins d'analyses ou tableau 1), compte tenu du principe selon lequel l'environnement où se trouvent des aliments à risque élevé devrait faire l'objet d'une fréquence d'échantillonnage accrue. Ceci devrait être effectué à des fins de vérification de l'efficacité de leurs programmes d'assainissement (c'est-à-dire, nettoyage et désinfection) et de leurs contrôles des procédés. La présence de Listeria spp. peut être une indication de la présence de L. monocytogenes et devrait entraîner une intensification du nettoyage et de la désinfection. Un examen du système de salubrité des aliments peut également être nécessaire.

Sur cette partie, on se référera au chapitre, Mesures de contrôle pour se conformer aux critères microbiologiques pour L. monocytogenes dans les aliments prêts-à-manger.

Bien entendu, «Les aliments importés doivent être préparés avec au moins le même niveau de contrôle de la salubrité des aliments que les aliments préparés au Canada, car ils doivent satisfaire aux mêmes résultats en matière de salubrité des aliments.»

NB : Le document «Politique sur la présence de Listeria monocytogenes dans les aliments prêts-à-manger ». Date d’entrée en vigueur : 1er octobre 2023 comprend 52 pages et est disponible ici.

Etats-Unis : L'USDA propose de déclarer Salmonella comme contaminant dans du poulet cru, pané et farci

Food Safety News propose deux articles sur le même sujet, il est vrai d’imprtance aux Etats-Unis, concernant les produits (le plus souvent des nuggets mais pas seulement) de poulets crus, panés et farcis (ils peuvent être aussi surgelés) et Salmonella.

Pour nous, vu de France, cela peut paraître quelque peu surréaliste, mais c’est ainsi ...

Le premier article est de Thomas Gremillion et a pour titre New USDA policy will pave the way toward safer poultry (une nouvelle règle de l’USDA va paver le chemin vers des produits de volaille plus sûrs).

Le second article a pour titre, «L'USDA propose de déclarer Salmonella comme contaminant dans le poulet cru pané et farci », source article de Dan Flynn paru le 25 avril 2023 dans Food Safety News.

L'USDA a franchi aujourd'hui une autre étape pour rendre les produits qu'il réglemente plus sûrs en interdisant à certains produits de volaille d'être contaminés par un agent pathogène qui provoque des maladies d'origine alimentaire chez les humains. Depuis mai 2022, on savait que l'administration Biden allait sortir une nouvelle initiative sur Salmonella dans la volaille.

L'annonce par le Food Safety and Inspection Service (FSIS) de l'USDA concerne une proposition de détermination visant à déclarer Salmonella comme contaminant dans les produits de poulet crus panés et farcis lorsqu'ils dépassent un très faible niveau de contamination par Salmonella.

Le FSIS considère cette annonce comme une première étape importante qui s'appuie sur le cadre réglementaire proposé par l'USDA pour réduire les infections à Salmonella liées aux produits de volaille, publié en octobre 2022.

«Compte tenu du nombre d'épidémies liées à ce type de produit, je suis ravi, mais pas surpris, que le FSIS ait franchi cette étape», a déclaré l'avocat de Seattle, Bill Marler. «Il est peut-être temps que le FSIS adopte la position selon laquelle tous les agents pathogènes qui peuvent vous tuer dans la viande sont des contaminants. Le FSIS a l'autorité, il n'a qu'à l'utiliser.»

Marler, l'avocat le plus connu du pays pour les victimes de maladies d'origine alimentaire, est également l'éditeur de Food Safety News. Il a demandé au FSIS d'interdire toutes les souches de Salmonella qui causent des maladies humaines à partir de la viande et de la volaille.

Le Centers for Disease Control and Prevention estime que Salmonella cause environ 1,35 million d'infections humaines et 26 500 hospitalisations aux États-Unis chaque année.

Parmi ces infections, plus de 23% sont attribuées à la consommation de volaille. Les maladies d'origine alimentaire peuvent avoir un impact dévastateur, à la fois personnel et financier, sur la vie des gens, dont le coût se répercute sur l'économie. Les données de l’Economic Research Service (ERS) de l'USDA montrent que le coût total des infections à Salmonella d'origine alimentaire aux États-Unis est de 4,1 milliards de dollars par an et que le coût de la perte de productivité pour l'économie est de 88 millions de dollars. Ce sont des coûts réels pour de vraies personnes qui peuvent et doivent être évités.

«L'USDA prend des mesures décisives fondées sur la science pour réduire les infections à Salmonella liées aux produits avicoles», a déclaré le secrétaire à l'Agriculture, Tom Vilsack. «La proposition d'aujourd'hui représente la première étape d'un effort plus large visant à contrôler la contamination par Salmonella dans tous les produits de volaille, ainsi qu'un engagement continu à protéger les consommateurs américains contre les maladies d'origine alimentaire.»

Il y a deux mois, lors d'un témoignage devant le House Agriculture Committee, le président du National Chicken Council, Mike Brown, a exprimé son opposition à l'action prévue par l'USDA.

Comme l'USDA l'a toujours reconnu, Salmonella n'est pas un contaminant dans la volaille crue car ce n'est pas une substance ajoutée et se produit naturellement dans le biome du poulet», a déclaré Brown. «Salmonella peut exister dans la peau, les tissus musculaires et l’intestin d'un poulet, et des oiseaux sains et asymptomatiques sont connus pour être porteurs de Salmonella

Comme l'USDA l'a également constamment reconnu, Salmonella n'est pas présent à des niveaux qui rendent habituellement le poulet dangereux pour la santé, car les pratiques de cuisson habituelles exigent une cuisson à cœur du poulet cru, ce qui détruit toute Salmonella pouvant être présente. La cuisson du poulet cru à une température interne de 74°C permet d'obtenir une réduction de 7 log de Salmonella.

Selon la proposition, le FSIS considérerait que tous les produits de poulet cru farcis et panés qui incluent un composant de poulet qui a été testé positif pour Salmonella à 1 unité formant colonie (UFC) par gramme avant la farce et la panure sont considérés comme contaminés.

Le FSIS propose également de mettre en œuvre des procédures de vérification, dont l'échantillonnage et l'analyse du composant de poulet des produits de poulet crus, farcis et panés avant la farce et la panure, pour s'assurer que les établissements de production contrôlent Salmonella dans ces produits. Si le composant de poulet de ces produits ne respecte pas cette norme, le lot de produit représenté par le composant échantillonné ne pourra pas être utilisé pour produire les produits finaux de poulet crus, farcis et panés. Le composant de poulet représenté par le lot échantillonné devrait être détourné vers une utilisation autre que les produits de poulet crus farcis et panés.

Les produits de poulet cru farcis et panés sont pré-cuits et peuvent sembler cuits, mais le poulet est cru. Ces produits sont farcis d'ingrédients, comme des crudités, du beurre, du fromage ou de la viande comme le jambon. Les produits sont généralement cuits par les consommateurs à partir d'un état surgelé, ce qui augmente le risque que les produits n'atteignent pas la température interne nécessaire pour détruire Salmonella. De plus, il peut être difficile pour un consommateur de déterminer la température interne précise de ces produits car ils contiennent plusieurs ingrédients qui peuvent cuire à des vitesses différentes.

En proposant de déclarer Salmonella comme contaminant dans les produits de poulet crus, panés et farcis, le FSIS a fondé sa décision sur plusieurs facteurs, notamment le fait que depuis 1998, le FSIS et ses les partenaires de la santé ont enquêté sur 14 épidémies à Salmonella et environ 200 cas de maladie associés à ces produits. L'épidémie la plus récente a eu lieu en 2021 et a entraîné des cas de maladie dans 11 États.

L'étiquetage de ces produits a subi d'importantes modifications au fil du temps afin de mieux informer les consommateurs qu'ils sont crus et de fournir des instructions sur la façon de les préparer en toute sécurité. Malgré ces efforts pour améliorer l'étiquetage, ces produits continuent d'être associés à des éclosions de salmonellose. De plus, les données des épidémies et les études de consommation du FSIS montrent que certaines personnes peuvent ne pas se rendre compte que ces produits contiennent du poulet cru car l'extérieur peut sembler bruni et cuit, ce qui les amène à croire que le produit peut être consommé tel quel ou à ne pas le cuire à une température interne sûre.

Le FSIS sollicite les commentaires du public sur la détermination et le programme d'échantillonnage de vérification proposé.

Les commentaires sur les procédures de détermination et de vérification proposées doivent être reçus dans les 60 jours suivant la publication au Federal Register.

Les commentaires peuvent être soumis en ligne via le portail Federal eRulemaking, disponible sur https://www.regulations.gov.

Mise à jour du 27 avril 2023
Ce qui devait arriver arriva, voici dans Food Safety News, un article de Dan Flynn, «The chicken industry has ‘grave concerns’ about the new USDA Salmonella regulation» (L'industrie du poulet a de ‘graves inquiétudes’ concernant la nouvelle réglementation de l'USDA sur Salmonella).

L'utilisation d'antimicrobiens dans l'agriculture peut engendrer des bactéries résistantes aux défenses humaines de première ligne

«L'utilisation d'antimicrobiens dans l'agriculture peut engendrer des bactéries résistantes aux défenses humaines de première ligne», source Université d’Oxford.

Une nouvelle étude menée par l'Université d'Oxford a montré que la surutilisation d'antimicrobiens dans la production animale peut entraîner l'évolution de bactéries plus résistantes à la première ligne de la réponse immunitaire humaine. Les résultats, publiés dans la revue eLife, indiquent que les porcs et les poulets d'élevage pourraient héberger de grands réservoirs de bactéries à résistance croisée, capables d'alimenter de futures épidémies.

Les infections résistantes aux antimicrobiens sont l'une des menaces les plus graves pour la santé mondiale, et il est urgent de développer de nouveaux antimicrobiens efficaces. Une solution prometteuse pourrait être les peptides antimicrobiens (AMPs pour antimicrobial peptides). Ce sont des composés naturellement produits par la plupart des organismes vivants, y compris les animaux, et ils jouent un rôle important dans l'immunité innée, notre première ligne de défense contre les infections bactériennes.

Cependant, certains AMPs sont également largement utilisés dans la production animale, à la fois pour contrôler les infections et comme promoteurs de croissance. Cela a soulevé des inquiétudes quant au fait que l'utilisation d'AMPs agricoles peut générer des bactéries à résistance croisée qui pourraient alors surmonter la réponse immunitaire innée humaine.

Dans cette nouvelle étude, menée par l'Université d'Oxford, des chercheurs ont démontré que l'évolution de ces bactéries à résistance croisée est non seulement possible, mais aussi très probable.

Pour tester l'idée, les chercheurs ont utilisé la colistine, un AMP produit par une bactérie (Bacillus polymyxa) qui est chimiquement et fonctionnellement similaire aux AMPs produits chez les animaux. La colistine est devenue de plus en plus importante en tant que «dernière ligne de défense» pour le traitement des infections causées par des bactéries multirésistantes. Cependant, l'utilisation intensive de la colistine dans la production animale depuis les années 1980 a entraîné la propagation de bactéries E. coli portant des gènes de résistance mobile à la colistine (MCR pour mobile colistin resistance).

Dans cette étude, E. coli portant un gène MCR (MCR-1) a été exposé à des AMPs connus pour jouer un rôle important dans l'immunité innée chez les poulets, les porcs et les humains. Les bactéries ont également été testées pour leur sensibilité au sérum humain, qui contient un cocktail complexe de composés antimicrobiens, et pour leur capacité à infecter les larves de la fausse teigne de la cire (Galleria mellonella).

Faits saillants
- En moyenne, le gène MCR-1 a augmenté la résistance aux AMPs de l'hôte de 62%, par rapport aux bactéries dépourvues du gène. Cette résistance accrue a fourni un fort avantage sélectif au gène MCR-1 en présence d'AMPs.
- De même, E. coli porteur du gène MCR-1 étaient au moins deux fois plus résistants à la destruction par le sérum humain.
- E. coli porteur du gène MCR-1 avait une virulence accrue sur les larves de teigne de la cire, par rapport aux souches témoins dépourvues du gène. Les larves injectées avec E. coli porteurs du gène MCR-1 ont montré une survie réduite d'environ 50%, par rapport aux larves injectées avec E. coli témoin.

Les résultats démontrent que l'utilisation d'AMPs bactériens dans l'agriculture peut générer une large résistance croisée à la réponse immunitaire innée humaine.

Cette étude suggère cependant que la résistance à ces antimicrobiens peut avoir des conséquences imprévues sur la capacité des agents pathogènes à provoquer une infection et à survivre chez l'hôte. Ceci est particulièrement inquiétant car cela suggère que E. coli porteur du gène MCR-1 pourrait avoir un net avantage sélectif même si l'utilisation de la colistine est soigneusement contrôlée.

NB : Merci à Joe Whitworth d’avoir signalé cette étude.

mardi 25 avril 2023

Des chiens à l'odorat très précis dréssés pour détecter le COVID-19 dans des écoles

Le 16 avril 2021, le blog vous proposait un article intitulé, Des chiens capables de renifler l'urine et la salive de COVID positifs dans une étude pilote.

Ce n’était pas un essai en l’air car voici «Des chiens à l'odorat très précis dréssés pour détecter le COVID-19 dans des écoles», source article de Mary Van Beusekom paru le 24 avril 2023 dans CIDRAP News.

Des chiens entraînés à l'odeur ont détecté une infection au COVID-19 avec une sensibilité de 83% et une spécificité de 90% lors de près de 3 900 dépistages dans es écoles californiennes de la maternelle à la 12e année au printemps 2022, selon une lettre de recherche publiée dans JAMA Pediatrics.

Une équipe dirigée par des chercheurs du Département de la santé publique de Californie, qui parraine également un programme de dépistage de l'antigène du COVID-19 à l'échelle de l'État, a utilisé deux chiens dressés lors de 50 visites dans 27 écoles du 1er avril au 25 mai 2022, une période dominée par le variante Omicron du SARS-CoV-2. Les chiens d'alerte médicale avaient suivi 2 mois d'entraînement à l’odeur du COVID-19 dans un laboratoire, où ils avaient atteint une sensibilité et une spécificité supérieures à 95%.

La sensibilité est la probabilité d'identifier correctement tous les cas positifs ; plus la sensibilité est élevée, plus la probabilité de résultats faussement négatifs est faible. La spécificité, d'autre part, est la capacité d'identifier avec précision ceux qui n'ont pas de condition ; plus la spécificité est élevée, plus le risque de résultats faussement positifs est faible.

Les auteurs de l'étude ont noté que le programme de test d'antigène de la Californie est efficace mais qu'il nécessite du personnel, des fournitures de test et une collecte d'échantillons et produit des déchets médicaux, tandis que la détection basée sur les chiens ne prend que quelques secondes et est généralement exempte de déchets médicaux. «Les chiens entraînés par l'odeur sont une stratégie de dépistage COVID-19 rapide, non invasif, peu coûteux et respectueux de l'environnement», ont-ils écrit.

90% de précision globale
Les chercheurs ont piloté le programme dans un sous-ensemble d'écoles bénévoles les jours de test d'antigène. L'âge médian des 1 558 participants était de 13 ans ; 55,8% étaient de sexe féminin, 89% étaient des étudiants et 68% ont été dépistés au moins deux fois.

Au cours des 3 897 dépistages appariés chien-antigène , les participants se tenaient à 1,80 m l'un de l'autre, face aux chiens, tandis que les chiens conduits par leur maître reniflaient leurs chevilles et leurs pieds, s’asseynat lorsqu'ils ont détecté une infection potentielle au COVID-19. Les participants ont ensuite subi un test d'antigène rapide BinaxNOW.

Si un chien signalait qu'un participant était positif au COVID mais que les résultats des tests d'antigène étaient négatifs, le signal était considéré comme un faux positif. Si un chien ne signalait pas et que les résultats des tests antigéniques étaient positifs, le signal était considéré comme un faux négatif. 

Les chiens ont identifié avec précision 85 infections et exclu 3 411 infections, pour une précision globale de 90%. Cependant, ils ont signalé une infection de manière inexacte 383 fois et manqué 18 cas, pour une sensibilité de 83% et une spécificité de 90%.

Méthode de dépistage efficace et non invasive
Les chercheurs ont dit que leur étude différait des autres études sur les chiens COVID-19 en ce que les chiens dépistaient les personnes plutôt que les échantillons. «Notre méthode était associée à une meilleure efficacité des tests, mais présentait une légère diminution de la sensibilité et de la spécificité par rapport aux résultats de laboratoire», ont-ils écrit.

La diminution de la sensibilité et de la spécificité sur le terrain par rapport au laboratoire pourrait être due à des distractions telles que les bruits et les jeunes enfants et à des facteurs environnementaux tels que le vent et les odeurs ambiantes, ont-ils dit.

«Nous avons envisagé d'autres options, y compris une stratégie de collecte d'échantillons utilisée par d'autres enquêteurs ; cependant, ces options sacrifieraient l'efficacité en termes de coût et de temps», ont écrit les auteurs.

Bien que l'étude ait été limitée par une faible prévalence du SRAS-CoV-2 et un faible nombre d'infections, les chercheurs veulent un jour effectuer des dépistages à grande échelle de variants préoccupants avec des chiens renifleurs de COVID, réservant  les tests d'antigène aux seuls participants avec un chien identifiant une infection potentielle. Ils ont estimé que cette décision réduirait le nombre de tests antigéniques effectués d'environ 85%.

«Bien que des modifications soient nécessaires avant une mise en œuvre généralisée, cette étude soutient l'utilisation de chiens pour un dépistage efficace et non invasif du COVID-19 et pourrait être utilisée pour d'autres agents pathogènes», ont-ils conclu.

NB : Photo d'illustration.

Mise à jour du 19 mai 2023
Selon une méta analyse, Studies: Dogs can detect COVID-19 with greater than 80% sensitivity.
Des chiens ont plus de 80% de sensibilité et plus de 90% de spécificité pour détecter la COVID-19 chez les humains.

Mise à jour du 18 juillet 2023

Les chiens odorants peuvent détecter la COVID-19 plus rapidement et plus précisément que les tests actuels. Une revue de la recherche révèle que les chiens odorants peuvent détecter avec succès la COVID-19, y compris les cas asymptomatiques, les nouveaux variants et les longs COVID. Source EurekAlert!

Quand les phages attaquent : Un taux de réussite élevé pour la phagothérapie, selon des chercheurs

«Des chercheurs israéliens signalent un taux de réussite élevé pour la phagothérapie à usage compassionnel», source article de Chris Dall paru 24 avril 2023 dans CIDRAP News.

Un traitement compassionnel permet l'utilisation thérapeutique de médicaments sans autorisation de mise sur le marché (AMM) pour des malades en impasse thérapeutique.

Des chercheurs de l’Israeli Phage Therapy Center (IPTC)  ont rapporté la semaine dernière dans Open Forum Infectious Diseases que 78% des traitements avec des bactériophages à usage compassionnel administrés aux patients depuis 2018 ont abouti à un résultat favorable.

Depuis sa création en 2018 par le Hadassah Medical Center et l'Hebrew University de Jérusalem, l'IPTC a reçu 159 demandes d'utilisation compassionnelle de la phagothérapie pour des infections qui avaient précédemment échouées, 145 en Israël et le reste aux États-Unis, en Finlande et en Allemagne. Parce qu'il n'y a pas de normalisation sur l'autorisation ou l'approbation des phages, qui sont des virus spécifiques aux bactéries qui sont apparus comme une thérapie prometteuse pour les infections résistantes aux antibiotiques, tous les traitements de phagothérapie sont considérés comme une thérapie compassionnelle.

Les infections osseuses et respiratoires étaient les indications les plus courantes des demandes de phages, et les bactéries les plus courantes étaient Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii et Staphylococcus aureus. Dans les cas où la phagothérapie a été administrée, la résistance aux antibiotiques représentait 50% des cas, les bactéries multirésistantes étant la raison la plus fréquente (38%) de la demande de phages.

Dans 53 cas, des correspondances potentielles de phages ont été trouvées, mais seulement 20 traitements chez 18 patients ont été administrés ; dans les 33 cas restants, la phagothérapie n'a pas été poursuivie pour diverses raisons. Sur les 18 patients ayant reçu une phagothérapie intraveineuse, 14 (78%) ont obtenu une rémission clinique et 4 (22%) ont été classés comme échec thérapeutique. Aucun effet secondaire majeur n'a été signalé.

«L'utilisation de phages avec une thérapie supplémentaire a entraîné un taux de réponse élevé», ont écrit les auteurs de l'étude. «Le succès observé a également entraîné une augmentation substantielle des demandes de phagothérapie, ce qui est difficile en raison de la disponibilité réduite des phages de qualité humaine et du manque d'indications autorisées appropriées.»

Les auteurs disent que bien que la taille de l'échantillon soit petite, ils espèrent que le partage de ces informations, ainsi que la conduite d'essais cliniques, aideront à mieux définir les indications futures de la phagothérapie et à améliorer les résultats.