Bacillus cereus sous la loupe des scientifiques

L'utilisation de techniques avancées de traçage génétique et le partage des données produites en temps réel pourraient limiter la propagation de bactéries, comme Bacillus cereus, responsables de maladies d'origine alimentaire, selon des chercheurs.

Dans le cadre d'une étude récente, des chercheurs de la Penn State University ont mis en œuvre le séquençage du génome complet lors d'une innvestigation sur une épidémie liée au pathogène, à la suite d'une épidémie de maladies d'origine alimentaire à New York en 2016.

« Ici, dans notre étude, nous utilisons cette approche pour la première fois sur Bacillus cereus », explique Jasna Kovac, professeur assistant en sciences des aliments à Penn State. « Nous espérons que nos recherches permettront de réaliser plus souvent le séquençage du génome entier de Bacillus, car cela nous permettra de différencier les différentes espèces de Bacillus cereus et de mettre en avant le risque de sécurité des aliments qui leur est associé. »

Le projet signale pour la première fois que des chercheurs ont effectué un séquençage du génome entier pour enquêter sur une épidémie de Bacillus cereus afin de relier des isolats provenant de cas cliniques humains à des aliments. L'épidémie de New York en 2016 a duré moins d'un mois et provenait de haricots frits contaminés servis par une petite chaîne de restaurants mexicains.

Aux États-Unis, on estime que la bactérie productrice de toxines est à l’origine de 63 400 cas de maladies d’origine alimentaire par an, mais Bacillus cereus ne reçoit pas l’attention portée aux agents pathogènes d’origine plus mortels tels que Listeria et Salmonella.

Étant donné que les maladies causées par Bacillus cereus disparaissent généralement en quelques jours et que les épidémies sont spontanément résolutives, les maladies d'origine alimentaire causées par des membres de ce groupe d'agents pathogènes sont souvent sous-déclarées. Bien que des cas d'infections graves ayant entraîné la mort subite du patient aient été signalés, les isolats du groupe Bacillus cereus liés à des cas cliniques de maladie d'origine alimentaire chez l'homme ne font généralement pas l'objet d'un séquençage du génome complet, ce qui est en train de devenir la règle pour d'autres agents pathogènes d'origine alimentaire.

Dans ce cas, le département de la santé de l'État de New York a coordonné les investigations épidémiologiques. Les méthodes employées comprenaient une étude de cohorte, une revue de la préparation des aliments, une traçabilité des produits alimentaires, des analyses de l'environnement, des aliments et de l'eau et une investigation dans une usine de production en Pennsylvanie ayant produit les haricots frits contaminés. Les chercheurs ont séquencé la majorité des isolats de Bacillus cereus, provenant d'aliments et d'humains, au Penn State Genomic Core Facility, qui fait partie du Huck Institutes of Life Sciences.

Bacillus cereus. Image Mogana Das Murtey et Patchamuthu Ramasamy

Le Comité scientifique de l'AFSCA (Belgique) a procédé à une « Évaluation du risque pour le consommateur de la présence de Bacillus cereus dans les denrées alimentaires (dossier SciCom 2018/04) », document de 29 pages.

Contexte & Questions

Il est demandé au Comité scientifique sur base de quels éléments scientifiques le risque pour le consommateur peut être évalué, lorsque des concentrations élevées de Bacillus cereus (B. cereus) (> 10⁵ ufc/g ou ml) présentant un potentiel de production de toxines sont constatées dans une denrée alimentaire. Il est également demandé sur la base de quels critères des mesures devraient être prises suite à la constatation de nombres élevés de B. cereus. Une attention particulière est, en outre, également demandée concernant la sécurité d'utilisation de B. thuringiensis comme biopesticide. 

Résultats

L'étude bibliographique n'a livré aucune nouvelle information par rapport à l'opinion de l'EFSA de 2016 relative aux éléments permettant d'évaluer les risques que représente la présence de B. cereus dans les denrées alimentaires, tant pour les cellules végétatives que pour les spores et les toxines. Pour cette raison, le Comité scientifique n'a effectué aucune réévaluation des risques pour B. cereus. De manière générale, les souches commerciales de B. thuringiensis utilisées comme biopesticide sont considérées comme sûres en raison de leur long historique d'utilisation. Il reste toutefois important d'évaluer la sécurité de ces souches de manière individuelle. Il n'existe actuellement pas de marqueurs permettant de distinguer facilement ces souches de celles de B. cereus.

Conclusions

Sur la base d'une étude bibliographique et de l'opinion d'experts, le Comité scientifique n'a pas trouvé de nouveaux éléments scientifiques permettant de mieux évaluer le risque de B. cereus dans les denrées alimentaires. Par conséquent, le comité scientifique propose , compte tenu des incertitudes, d’appliquer une limite d’action pragmatique pour le B. cereus (10⁵ ufc/g ou ml) et de prendre des mesures sur la base de cette limite d’action. Le Comité scientifique recommande également d’envoyer des échantillons de denrées alimentaires contenant des concentrations élevées (> 10⁵ ufc/g ou ml) de B. cereus présumé au laboratoire de référence, pour une identification plus approfondie de l’espèce afin d'accroître les connaissances sur les souches en circulation.

Cela étant,

Le Comité scientifique souhaite également attirer l'attention sur le fait que certaines souches de B. cereus sensu stricto ne sont pas les seules à pouvoir représenter un risque potentiel pour la sécurité alimentaire, mais que cela peut être également le cas de certaines souches d'autres espèces du groupe B. cereus, comme B. thuringiensis, B. pseudomycoides ou B. cytotoxicus. Le Comité scientifique recommande donc d'appliquer la même limite d'action (10⁵ ufc/g ou ml) aux autres espèces du groupe B. cereus, comme B. thuringiensis (y compris les souches utilisées comme biopesticide), car aucune information concluante ne peut être donnée sur leur pouvoir infectieux pour l'homme. Le Comité scientifique recommande également de réévaluer la limite d'action pour B. cereus et les autres espèces du groupe B. cereus si, le cas échéant, de nouvelles informations devenaient disponibles. Enfin, le Comité scientifique recommande de séquencer les souches de B. thuringiensis utilisées comme biopesticides et d'analyser ces souches pour la présence de gènes de résistance aux antibiotiques cliniquement pertinents.