Découverte de nouvelles protéines chez Salmonella

La combinaison de différentes méthodes bioinformatiques a mis en lumière de nouvelles petites protéines de Salmonella. (Image:Sandy Westermann / Scigraphix)

«Découverte de nouvelles protéines chez Salmonella», source Université de Würzburg.

Une seule petite protéine doit manquer et les salmonelles ne sont plus infectieuses. Cela a été découvert dans une étude dans laquelle les agents pathogènes ont été ré-analysés à l'aide de la bioinformatique.

Les salmonelles sont des bactéries qui peuvent provoquer une intoxication alimentaire avec une diarrhée sévère. Si elles pénètrent de l'intestin vers le système sanguin, cela peut entraîner une septicémie, des réactions inflammatoires potentiellement mortelles dans tout l'organisme. Les salmonelles étant également de plus en plus résistantes aux antibiotiques, de nouvelles approches sont recherchées pour les combattre.

Une équipe de recherche internationale, dirigée par des scientifiques de Würzburg, montre comment réussir cette recherche dans la nouvelle revue de recherche microLife.

Plus de 100 nouvelles protéines trouvées

Dans le cadre d'une réévaluation bioinformatique du génome de Salmonella, l'équipe dirigée par la doctorante du Julius-Maximilians-Universität Würzburg, Elisa Venturini, a identifié de nombreuses petites protéines inconnues susceptibles de jouer un rôle crucial dans l'infection. En conséquence, le nombre de petites protéines connues de Salmonella a augmenté de 139 à plus de 600.

La petite protéine MgrB, composée de 47 acides aminés, s'est démarquée dans les analyses. Si le gène contenant le schéma directeur de cette protéine est désactivé, les salmonelles ne peuvent plus infecter les cellules humaines. Bien que la protéine ait été étudiée auparavant, cette fonction importante n'avait pas été reconnue. Cela n'a été réalisé que maintenant grâce à une nouvelle approche combinatoire. Entre autres choses, trois ensembles de données qui avaient été générés lors d'études antérieures sur l'infection ont été utilisés à cette fin.

Plan directeur pour d'autres bactéries aussi?

«Nous espérons que notre approche fournira un plan qui pourra également être appliqué à d'autres organismes pour lesquels des ensembles de données existent déjà», déclare Venturini. L'étude a clairement montré que la méthode peut encore mettre en lumière de nouveaux gènes pertinents, même dans des organismes étudiés de manière approfondie tels que les salmonelles: La communauté scientifique dispose désormais d'une liste prioritaire de protéines de petites salmonelles liées à une infection auparavant inconnues pour une investigation plus approfondie.

Publication

Elisa Venturini, Sarah L Svensson, Sandra Maaß, Rick Gelhausen, Florian Eggenhofer, Lei Li, Amy K Cain, Julian Parkhill, Dörte Becher, Rolf Backofen, Lars Barquist, Cynthia M Sharma, Alexander J Westermann, Jörg Vogel: A global data-driven census of Salmonella small proteins and their potential functions in bacterial virulence. microLife. 17 October 2020, https://doi.org/10.1093/femsml/uqaa002