Des scientifiques ont évalué l'utilisation des méthodes de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour norovirus dans les coquillages.
Ils ont découvert que ces techniques sont prêtes à remplacer les méthodes actuelles malgré certaines limitates.
La contamination des mollusques bivalves (MB) par norovirus est un risque important pour la santé publique. Les aliments contaminés, tels que les huîtres, peuvent héberger des concentrations de génomes viraux et une grande diversité de séquences lorsqu'ils sont contaminés par des eaux usées humaines.
«Sur la base des résultats présentés, il est clair que trop d'échantillons de coquillages européens sont exposés à la pollution par les eaux usées, comme en témoignent les multiples séquences détectées dans les échantillons de coquillages, soulignant que nous devons encore améliorer la qualité des eaux côtières», ont dit les chercheurs.
À l'aide d'échantillons préparés en laboratoire de composition connue de norovirus, les scientifiques ont évalué la sensibilité, la reproductibilité, la répétabilité et la sélectivité du métabarcodage, de la métagénomique basée sur la capture et du séquençage d’amplicons longs.
Les trois méthodes ont permis le séquençage du norovirus dans la plupart des échantillons testés, cependant, les performances de récupération de la diversité attendue différaient. Les experts ont également comparé les avantages et les inconvénients de chaque méthode, le coût par échantillon et du matériel, le délai d'obtention des résultats et s'ils étaient adaptés à la surveillance ou au séquençage des épidémies.
Le consortium de l'Ifremer), du Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science (Cefas) du Royaume-Uni, le Technical University of Denmark (DTU), et l’Erasmus University Medical Center, Pays-Bas, s'est concentré sur les huîtres contaminées par les norovirus échantillons. Les résultats ont été publiés par l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), Application of Next Generation Sequencing on Norovirus-contaminated oyster samples.
Les travaux ont porté sur norovirus dans des coquillages et des échantillons de patients, du suivi et de la surveillance de routine et d'une investigation sur la contamination des huîtres dans l'Espace économique européen de novembre 2016 à décembre 2018.
Il y avait deux ensembles d'échantillons créés artificiellement, 212 échantillons d'huîtres de l'investigation, des paires d'échantillons humains et de coquillages de 16 épidémies d'origine alimentaire en France et au Danemark de 2012 à 2019, et des séquences de norovirus humains soumises au réseau de surveillance mondial Noronet.
Une approche de métabarcodage utilise la technologie Illumina et l'autre est basée sur le séquençage d'amplicons longs avec la technologie Oxford Nanopore. Le métabarcoding est très sensible et permet une meilleure capture de la diversité des norovirus présents dans les coquillages.
Les experts ont dit que le métabarcodage semble être la méthode la plus fiable, avec une sensibilité et une reproductibilité élevées, et qu'il est facile à utiliser pour l'analyse de séquences.
D'autres méthodes telles que la métagénomique sont prometteuses, mais nécessitent des améliorations supplémentaires en termes de sensibilité.
Le séquençage métagénomique est suffisamment sensible pour étudier les échantillons d'épidémie humaine, mais pas ceux de coquillages. La méthode de métagénomique VirCapSeQ nécessite une optimisation et doit être utilisée sur des échantillons très contaminés ou collectés récemment.
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