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mercredi 17 mai 2023

Le virus de la peste porcine africaine est très probablement résistant à la chaleur, selon une étude

«Le virus de la peste porcine africaine est très probablement résistant à la chaleur, selon une étude», source Meatingplace.

Ceux qui espéraient qu’un traitement thermique aiderait à tuer le virus de la peste porcine africaine (PPA) pourraient être déçus, selon une étude de l'Université du Minnesota.

Des chercheurs ont découvert qu'un virus physiquement similaire au virus de la PPA à bien des égards, appelé souche 86 du virus Emiliania huxleyi (EhV-86), généralement présent dans le phytoplancton marin, peut résister à des températures élevées. Les chercheurs ont également découvert que lorsque le virus de la PPA est exposé à des températures élevées, il peut être altéré d'une manière qui le rend non infectieux, mais toujours viable, ce qui signifie que le virus peut rester en vie mais ne peut pas provoquer de maladie.

L’étude a révélé que les deux virus se sont avérés capables de survivre à des températures allant jusqu'à 100°C, la température d’ébullition de l’eau, ont dit les chercheurs dans un communiqué de presse sur l'étude. Cela a des implications importantes pour la santé animale et la sécurité des aliments pour animaux, car cela montre que le virus de la peste porcine africaine est beaucoup plus difficile à détruire qu'on ne le pensait auparavant, ce qui suggère que les protocoles de biosécurité actuels aux États-Unis pourraient être inadéquats.

Les chercheurs ont également utilisé EhV-86 comme substitut du virus de la PPA dans des essais pour tester la capacité du virus à survivre dans l'alimentation animale. Ils ont découvert que les virus de type PPA peuvent rester vivants dans les aliments jusqu'à 23 jours.

NB : Photo de Getty Images.

lundi 15 mai 2023

Un virus transmis aux bovins par des moucherons émerge en Europe

«Un virus transmis aux bovins par des moucherons émerge en Europe», source Anses.
La maladie hémorragique épizootique est une maladie virale qui a été détectée pour la première fois en Europe fin 2022. Plusieurs troupeaux de bovins ont été touchés en Italie et en Espagne. L’Anses a contribué à identifier et à surveiller la propagation du virus, qui est transmis par des moucherons piqueurs.
L'article met en avant une conséquence du changement climatique
Le virus est transmis par des moucherons piqueurs du genre Culicoides. « Il y a une quinzaine d’années on n’imaginait pas que la maladie puisse un jour arriver en Europe, raconte Stéphan Zientara, directeur de l’unité mixte de recherche Virologie, qui associe des scientifiques de l’Anses, d’Inrae et de l’École nationale vétérinaire d’Alfort. Son extension est une conséquence directe du changement climatique, qui permet aux moucherons vecteurs de survivre dans nos régions.»

Les premiers cas en Europe ont été détectés le 25 octobre 2022 en Sardaigne. Quelques jours plus tard, des cas ont été signalés en Sicile, puis deux foyers se sont déclarés en Andalousie mi-novembre. «Même s’il est possible que le virus ait été introduit par le transport de bovins infectés, l’hypothèse la plus probable est que des moucherons ont été transportés à travers la Méditerranée par le vent», poursuit le scientifique. «Cela expliquerait l’apparition simultanée de la maladie dans plusieurs endroits d’Europe du sud.» Le virus est identique à celui qui a été détecté en Tunisie en 2021.

L’hypothèse du changement climatique a été aussi repris dans un article en Suisse, «Vaches européennes menacées par une maladie liée au réchauffement».

Pourtant, l’article cité en référence paru dans EID, «Epizootic Hemorrhagic Disease Virus Serotype 8, Italy, 2022», ne propose pas de lien avec le changement climatique.

L’article rapporte :
La confirmation de l'incursion du nouvel Orbivirus dans l'UE, soutenue par l'EHDV-8, était prévisible, compte tenu de la distribution de ce virus en Tunisie et probablement dans les pays voisins. Le 18 novembre 2022, l'EHD (Epizootic haemorrhagic disease ou ou maladie hémorragique épizootique) a également été signalée dans la région d'Andalousie en Espagne, dans les villes de Cadix et de Séville. Prévoir des scénarios futurs pour le système de production bovine de l'UE est difficile, mais l’EHD posera probablement de nouveaux défis aux autorités vétérinaires de l'UE. Les leçons apprises avec la fièvre catarrhale ovine devraient être une référence pour choisir des stratégies appropriées de contrôle et de prévention de l’EHD. Dans l'ensemble, ces événements soulignent davantage l'importance pour les pays d'Europe d'avoir des collaborations solides avec les autorités d'Afrique du Nord en matière de santé publique et animale. La détection rapide de l'EHDV-8 (Epizootic haemorrhagic disease virus ou virus de la maladie hémorragique épizootique) en Sardaigne et en Sicile est l'exemple le plus récent des avantages que de telles relations pourraient apporter. Cette collaboration s'est avérée cruciale ; il a conduit au développement d'un test moléculaire spécifique et précis pour la détection de l'EHDV-8, étant donné que la connaissance de la constellation du génome et de la parenté génomique de l'EHDV-8 avec les sérotypes existants de l'EHDV était déjà acquise. Le développement de vaccins doit être stimulé car la vaccination est la seule stratégie pour réduire la circulation du virus et prévenir les pertes économiques directes et indirectes.
Par ailleurs l’hypothèse de vents de moucherons est signalée. Il faut souligner la proximité géographique entre la Tunisie et la Sicile.
Enfin dire que «Son extension est une conséquence directe du changement climatique, qui permet aux moucherons vecteurs de survivre dans nos régions.» est assez curieux, car tous les cas cités ont eu lieu dans des régions bien connues pour leur temps chaud, Sicile, Andalousie, Sardaigne ...

jeudi 11 mai 2023

Un veau créé grâce à l’édition génomique montre une résistance à un virus courant du bétail

«Un veau créé grâce à l’édition génomique montre une résistance à un virus courant du du bétail », source article de Chris Dall paru le 10 mai 2023 dans CIDRAP News.

Des scientifiques américains rapportent qu'ils ont produit un veau cré grâce à l'édition génomique avec une sensibilité réduite au virus de la diarrhée virale bovine (BVDV pour bovine viral diarrhea virus), une innovation qui, selon eux, pourrait potentiellement réduire l'utilisation d'antimicrobiens chez les bovins.

Dans un article de preuves du concept publié dans PNAS Nexus, une équipe dirigée par des scientifiques de l’Agricultural Research Service (ARS) de l’USDA) décrit comment ils ont utilisé la technologie d'édition de gènes CRISPR pour produire un veau vivant avec une substitution de six acides aminés. dans le domaine de la liaison du BVDV au CD46, le principal récepteur cellulaire du BVDV. Les scientifiques ont édité des cellules de peau de bovins pour développer des embryons porteurs du gène modifié, puis ont transplanté les embryons dans des vaches porteuses.

Le veau, nommé Ginger, est né en juillet 2021 et, après plusieurs mois d'observation, a été hébergé pendant une semaine avec un veau laitier infecté par le BVDV afin de déterminer s'il pouvait être infecté. Des tests de suivi ont montré que les cellules de Ginger présentaient une sensibilité considérablement réduite au BVDV. Les scientifiques disent qu'ils continueront à surveiller sa santé.

Bien qu'un vaccin contre le BVDV soit disponible depuis plus de 50 ans, la maladie reste courante chez les bovins et peut causer de graves dommages respiratoires et intestinaux aux bovins de boucherie et laitiers. De plus, lorsque des vaches gestantes sont infectées, le BVDV peut traverser le placenta et infecter les veaux en développement, entraînant un avortement, une malformation congénitale ou des bovins infectés de manière persistante qui excrètent constamment le virus et sont à risque d'infections bactériennes secondaires.

Les auteurs de l'article disent que si l'approche s'avère viable, elle pourrait améliorer le bien-être des animaux et réduire la dépendance de l'industrie bovine aux antimicrobiens.

«La version la plus réussie de l'avenir que je peux voir est celle où nous n'avons pas à faire face à la résistance aux antimicrobiens parce que nous n'utilisons tout simplement pas autant d'antimicrobiens», a dit le co-auteur de l'article, Brian Vander Ley de l'Université du Nebraska-Lincoln, dans un communiqué de presse de l’université. «C'est mieux pour tout le monde. Cela signifie que nous avons éliminé la cause d'une grande partie de l'utilisation d'antimicrobiens et nous avons éliminé cette dépense pour les éleveurs de bétail.»

NB : La photo représente l'épidémiologiste vétérinaire Brian Vander Ley et Ginger. Source Craig Chandler. Université du Nebraska-Lincoln.

samedi 22 avril 2023

Le virus de la grippe aviaire se propage en catimini

«Ce que les précédentes épidémies de grippe aviaire nous apprennent », source communiqué de  Ecole polytechnique fédérale de Zurich (ETHZ).

Des chercheurs de l'EPF Zurich ont analysé l'épidémie de grippe aviaire causée par la souche H7N9 qui a touché la Chine de 2013 à 2017. De nouveaux arbres phylogénétiques permettront d'améliorer la surveillance des futures épidémies de grippe aviaire.

Résumé
- L'épidémie de grippe aviaire en Chine de 2013 à 2017 a montré que des agents pathogènes peuvent circuler dans les élevages avicoles pendant plusieurs mois avant d'être détectés.
- Les virus se propagent rapidement sur les marchés de volailles vivantes.
- Les auteurs de l'étude suggèrent de surveiller en permanence la santé des animaux.

L’étude a été publié dans PNAS.

Il existe de nombreux virus différents de la grippe aviaire. Outre le sous-type H5N1, qui se propage dans la population d'oiseaux sauvages européens depuis plusieurs années et constitue une menace pour les élevages avicoles locaux, il existe également, par exemple, le sous-type H7N9. Celui-ci a provoqué des épidémies de volailles en Chine de 2013 à 2017 et a également infecté des humains qui ont été en contact étroit avec des volailles vivantes.

Au total, 616 personnes en Chine seraient mortes d'une infection par ce sous-type.

Les experts suivent l'évolution des différents virus de la grippe aviaire. Avec H7N9 et d'autres sous-types, il existe un risque que des mutations dans leur génome puissent permettre une transmission interhumaine, augmentant ainsi la menace d'une pandémie.

C'est pourquoi Claire Guinat, ancienne post-doctorante dans le groupe de la professeure de l’ETHZ Tanja Stadler, a étudié les vagues de l'épidémie de H7N9 en Chine entre 2013 et 2017. Cela a impliqué les chercheurs analysant des séquences génétiques publiées de virus H7N9 isolés d'humains et de volailles infectés pour construire des arbres phylogénétiques. . Les chercheurs du Département des sciences et de l'ingénierie des biosystèmes de l'ETH Zurich à Bâle visaient à comprendre comment la maladie se propageait sur les marchés de la volaille et à tirer des conclusions qui aideraient à améliorer les efforts futurs pour surveiller et contrôler les épidémies de grippe aviaire.

Les marchés de volailles vivantes jouent un rôle clé
En Chine, les poulets et autres volailles sont souvent vendus vivants sur les marchés. On sait depuis longtemps que ces marchés jouent un rôle clé dans la transmission de la grippe aviaire, à la fois d'animal à animal et d'animal à humain.

Grâce à leurs analyses phylogénétiques, les chercheurs de l'ETH Zurich ont confirmé que le virus H7N9 circulait probablement dans les volailles pendant plusieurs mois avant d'être découvert à la fois sur les marchés de la volaille et chez l'homme. Leurs résultats suggèrent également que davantage de marchés de volailles pourraient avoir été touchés qu'on ne le pensait auparavant. Surtout entre 2013 et 2016, lorsque le virus a provoqué peu de symptômes chez les volailles, ce qui a rendu difficile la détection des épidémies. Comme le virus a muté et provoqué des symptômes plus graves chez les volailles à partir de 2016, il est devenu plus facile de reconnaître les volailles atteintes.

«Nos résultats montrent qu'il est préférable de ne pas attendre jusqu'à l'apparition des premiers cas, car le virus circule alors vraisemblablement depuis plus longtemps», indique Tanja Stadler. «Il conviendrait plutôt selon elle de procéder à des tests réguliers dans les élevages ou sur les marchés de volailles.»

Toujours en alerte
Les chercheurs se sont principalement concentrés sur l'analyse des virus des régions métropolitaines de Shanghai et du Guangdong. Leurs découvertes suggèrent que le virus avait largement circulé dans les marchés de volailles de ces régions. Bien qu'il existe une possibilité théorique que le virus soit introduit à plusieurs reprises entre les régions en raison du transport d'oiseaux infectés, les arbres phylogénétiques n'ont indiqué aucun schéma clair d'une introduction aussi régulière du virus entre les régions. Cela indique que les marchés de volailles vivantes dans les régions urbaines ont joué un rôle clé dans l'incidence de la maladie. «Compte tenu de la gravité d'épidémies comme celle-ci, il est crucial que chaque région touchée prenne des mesures immédiates pour arrêter la propagation du virus», dit Guinat, qui travaille désormais à l'INRAE de Toulouse.

L'épidémie de H7N9 était limitée à la Chine ; le pays a commencé à vacciner les volailles contre cet agent pathogène en 2017. Parallèlement à l'amélioration des mesures d'hygiène sur les marchés de volailles, les autorités ont pu réduire l'épidémie chez les animaux et réduire considérablement les cas de transmission à l'homme. Mais des épidémies isolées de la maladie se produisent encore. Le dernier décès humain résultant de complications d'une infection par le H7N9 remonte à 2019. Étant donné que les génomes du virus mutent constamment, il subsiste un risque que le virus H7N9 redevienne une menace pour l'homme. Les experts de la santé publique restent donc en alerte.

lundi 3 avril 2023

Une nouvelle preuve que l'édition génomique peut améliorer la durabilité de l'agriculture avec l'exemple de la betterave à sucre

jeudi 30 mars 2023

Lavage des mains : le savon et le gel hydroalcoolique, selon l'Anses

Article très pédagogique qui intéressera nombre de lecteurs du blog. 

Une seule réserve, il n'est pas fait état du rôle désinfectant du gel gel hydroalcoolique vis-à-vis de norovirus, principal virus responsable de la gastro.

Si l'on en croit le CDC des Etats-Unis à propos de norovirus, 
Un désinfectant pour les mains ne fonctionne pas bien contre norovirus. Le lavage des mains est toujours préférable. Lavez-vous les mains à l'eau et au savon pendant au moins 20 secondes. Vous pouvez utiliser un désinfectants pour les mains en plus du lavage des mains, mais le désinfectant pour les mains ne remplace pas le lavage des mains à l'eau et au savon. voir «Handwashing: Clean Hands Save Lives.»

jeudi 2 mars 2023

Une nouvelle mise à jour sur les origines de la COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves scientifiques

Connaîtra-t-on un jour les origines de la COVID 19 ? Probablement pas si l’on en juge ce qui suit ...

«Une nouvelle mise à jour sur les origines de la COVID-19 souligne l'importance d'une enquête fondée sur des preuves», source ASMNews du 1er mars 2023.

Le Département de l'énergie (DOE pour Department of Energy) a publié un nouveau rapport classifié sur les origines de la COVID-19, déterminant avec une «faible confiance» que la pandémie de la COVID résultait très probablement d'une fuite de laboratoire. Quatre autres agences fédérales et un panel national de renseignement soutiennent toujours que la pandémie était probablement le résultat d'un débordement naturel d'un hôte zoonotique, et deux agences sont indécises, tandis que l'enquête du FBI s'aligne sur le rapport du DOE.

L'American Society for Microbiology soutient une enquête scientifique, ouverte et complète sur les origines de la pandémie. Nous sommes encouragés par le fait que le gouvernement et les agences de renseignement poursuivent leur diligence raisonnable dans l'enquête. Les agences peuvent parvenir à des conclusions différentes, ce qui est cohérent avec le processus d'enquête scientifique, et leurs déterminations peuvent changer à mesure que de nouvelles informations deviennent disponibles. L'identification de l'origine de la pandémie de la COVID-19 est un élément important de notre travail pour améliorer les stratégies de préparation et de protection contre les futures pandémies et épidémies. Il est essentiel que ce travail d'investigation suive la science et implique les experts scientifiques appropriés.

Les conclusions que nous tirons sur les origines de la COVID-19 éclaireront l'avenir de la recherche sur les agents pathogènes à hautes conséquences dans le monde et la préparation à une pandémie ici aux États-Unis, il est donc crucial que nous menions une enquête gratuite, ouverte et complète et que nous ne tirions pas conclusions prématurées. Parce que les agents pathogènes ne connaissent pas de frontières, nous appelons également à une collaboration internationale, dans la mesure du possible, dans la recherche de preuves et de réponses.

Mise à jour du 25 mars 2023
On lira aussi l’article de l’Institut Pasteur du 22 mars 2023, «Origine du SARS-CoV-2 : les recherches se poursuivent».

samedi 18 février 2023

Un nouvel épisode d'un mauvais feuilleton de l'ARS : Ce n'est pas une intoxication alimentaire mais une gastro !

Dans la soirée du vendredi 10 au samedi 11 février 2023, 35 enfants de l’école Molière, située dans le quartier de l’Eure, au Havre (Seine-Maritime), ont été pris de maux de ventre et de vomissements. Source actu.fr du 14 février 2023.

Cela a bien évidemment suscité l’inquiétude des parents d’élèves qui, ce lundi, s’interrogeaient sur l’origine de cette épidémie de symptômes. L’un d’eux nous a sollicité pour en savoir plus.

«Le directeur de l’école a immédiatement appelé le 15 dès qu’il a eu connaissance de la situation et les consignes des urgentistes ont été transmises aux parents d’élèves grâce à l’application de l’école», assure la direction des services départementaux de l’Éducation nationale de la Seine-Maritime.

Ce n’est pas une intoxication alimentaire
La Ville du Havre a procédé à la déclaration auprès de l’Agence régionale de santé (ARS) de la situation conformément à la procédure existante, dès suspicion d’une intoxication alimentaire. Seulement, après examens, l’organisme est en mesure d’écarter l’hypothèse de l’intoxication alimentaire collective.

Selon l’ARS, il s’agirait plutôt d’une transmission virale interhumaine, c’est-à-dire que les écoliers se seraient transmis un virus, a priori une gastro-entérite, tout au long de la semaine.

Commentaire
La position de l’ARS le montre, il s’agit d’un nouvel exemple d’une triste série, ce n’est pas intoxication alimentaire, mais une gastro …
Peut-être que l’ARS pourrait rechercher l’origine de ce virus …, rotavirus, norovirus, il est ainsi commode de classer l’affaire, impayable ARS !
Récemment, le blog vous a proposé un article sur norovirus dans lequel est mentionné les aspects suivants :
La transmission se produit soit de personne à personne, soit par contamination des aliments ou de l'eau. [1, 15, 33] Les statistiques du CDC montrent que l’aliment est le véhicule de transmission le plus courant de norovirus ; sur 232 éclosions à norovirus entre juillet 1997 et juin 2000, 57% étaient d'origine alimentaire, 16% se sont propagées d'une personne à l'autre et 3% étaient d'origine hydrique. [6, 31] Lorsque l’aliment est le véhicule de transmission, la contamination se produit le plus souvent par un manipulateur d'aliments manipulant incorrectement un aliment juste avant qu'il ne soit mangé. [4, 9, 10]
Complément
Voilà désormais 16 jours qu’«Une cinquantaine d’athlètes de l’Insep ont été atteints par une intoxication alimentaire» et toujours pas d’information de l’ARS ou de Santé publique France, ce doit être encore une gastro ...

mercredi 15 février 2023

Trois ans après son apparition, l'OMS abandonne son plan pour la phase 2 de l'étude sur l'origine du SARS-CoV-2

«L'OMS abandonne son plan pour la phase 2 de l'étude sur l'origine du SARS-CoV-2», source article de Lisa Schnirring paru le 14 février 2023 dans CIDRAP News.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a abandonné les plans pour la deuxième phase de son étude sur les origines du virus SARS-CoV-2 en raison des difficultés rencontrées pour mener des études clés en Chine, a rapporté la revue Nature, citant Maria Van Kerkhove, responsable technique de l'OMS pour le COVID-19.

Une équipe internationale dirigée par l'OMS a passé 4 semaines en Chine en janvier 2021 pour enquêter sur la source du virus. Ils ont publié leurs conclusions complètes en mars 2021, qui couvraient quatre possibilités, avec un saut vers l'homme à partir d'un porteur animal intermédiaire très probablement. Tout en faisant pression sur la Chine pour plus de transparence, le groupe prévoyait de faire une deuxième phase de l'étude.

L'étude des origines du virus a cependant été entravée par des tensions politiques à plusieurs niveaux. En juillet, l'OMS a envoyé à la Chine un plan proposé pour la deuxième phase de l'étude, qui comprenait des prélèvements sur les marchés d'animaux sauvages et des audits de laboratoires dans la région de Wuhan, mais la Chine a rejeté les plans, selon Nature.

Les prélèvements sur des chauves-souris se poursuit
D'autres efforts sont toujours en cours pour apprendre de nouveaux indices sur la propagation initiale, tels que des prélèvements chez les chauves-souris, ainsi que des tests sanguins et des eaux usées archivés, a rapporté Nature, ajoutant que des chercheurs disent que trop de temps s'est écoulé pour recueillir des données qui pourraient aider à mieux identifier la source.

Sur twitter, Peter Daszak, qui faisait partie de la mission conjointe de l'OMS et est le président d'EcoHealth Alliance, a dit qu'une politisation intense a fait dérailler la phase 2 de l'étude. «Un barrage constant de harcèlement médiatique, motivé par une politique polarisée, a effectivement stoppé le progrès scientifique. Il ne nous reste AUCUNE nouvelle donnée, juste des intrigues, des rumeurs, des ouï-dire et des postures politiques vindicatives.»

À l'été 2021, l'OMS a créé un groupe permanent appelé le Groupe consultatif scientifique sur les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO pour Scientific Advisory Group for Origins of Novel Pathogens) afin de poursuivre la recherche de la source du SARS-CoV-2 et d'autres nouveaux agents pathogènes.

La société a déclaré que l'essai était également destiné à soutenir des licences en Europe et au Brésil.

dimanche 29 janvier 2023

Au moins 200 malades recensés : l’eau du robinet reste déconseillée à Bar-sur-Seine

«Au moins 200 malades recensés : l’eau en bouteille toujours conseillée à Bar-sur-Seine», source L’Est éclair du 28 janvier 2023.

Au moins 200 malades ont déjà été recensés depuis huit jours, mais on ne connaît toujours pas avec certitude l’origine de la contamination.

Toute une organisation s’est mise en place cette semaine. Bénévoles, élus et salariés ont fait en sorte de satisfaire la population.

Une réunion de crise s’est tenue vendredi matin à la mairie de Bar-sur-Seine. En attendant les résultats de nouvelles analyses sur le réseau, en principe mercredi, il convient toujours de ne pas consommer l’eau du robinet. (...)

Pour rappel, dès jeudi 19 janvier, un grand nombre d’élèves du lycée des métiers Val-Moré a été pris de maux de ventre et de vomissements. Des cas similaires ont été signalés au collège Paul-Portier. En conséquence, l’Agence régionale de santé, qui avait identifié comme «dénominateur commun» la consommation d’eau potable, a demandé des prélèvements et analyses sur les réseaux d’eau de la ville. «Une levée de doute a été faite quant à la présence de monoxyde de carbone ou une intoxication alimentaire sur les deux établissements», précise le maire «Au total toutefois, ce ne sont pas moins de 200 personnes qui ont été recensées comme malades dans les deux établissements scolaires et l’Ehpad avec comme seul lien possible l’eau», ajoute-t-il.

«Le pic des contaminations est atteint et le nombre des malades est à la baisse»
Des mesures de restriction et une distribution d’eau en bouteille en lien avec Suez ont alors été mises en place. Les élus se sont relayés pour assurer cette distribution à la mairie. Des bouteilles ont été apportées aux personnes vulnérables. «À ce jour, l’origine de la contamination n’est toujours pas connue avec certitude. Au vu des analyses réalisées sur l’eau potable, la piste privilégiée de l’épidémie survenue à Bar-sur-Seine peut être, pour une part, due à la teneur dans l’eau de parasites et, d’autre part, à une période propice au développement des virus hivernaux provoquant des gastro-entérites. Le pic des contaminations est atteint et le nombre des malades est à la baisse. Plusieurs dizaines de prélèvements ont été réalisées sur l’ensemble du réseau d’eau. Le retour à la normale est proche. Les résultats définitifs sont attendus mercredi», pointe le maire.

«L’eau du robinet ne doit pas être utilisée pour la boisson et les préparations des aliments non cuits, et même le brossage des dents. L’usage du gel est même recommandé pour le lavage des mains ainsi que le respect des gestes barrières. L’usage de l’eau pour la toilette corporelle et les sanitaires est possible», insiste le maire.

Les résultats d’analyses sont consultables en mairie. Un registre est à la disposition des personnes contaminées afin de pouvoir évaluer le nombre de cas.

Commentaire
Comme parasite, on peut penser à Cryptosporidium et comme virus hivernal, norovirus, what else ?
On nous dit qu’il y eu «Une levée de doute a été faite quant à la présence de monoxyde de carbone ou une intoxication alimentaire sur les deux établissements». Soit, mais une intoxication alimentaire peut survenir après avoir mangé des aliments ou bu de l'eau contaminés par des bactéries, des virus, des parasites ou des substances chimiques. 

NB : L’image provient du Petit Aubois sur Facebook.

mardi 24 janvier 2023

Estimation des paramètres d'inactivation du bactériophage MS2 pendant le chauffage au four à micro-ondes de fraises surgelées

Il n’existe pas en France, à ma connaissance, de protocole validé permettant d’éliminer le risque de norovirus potentiellement présent dans des baies surgelées.

Le réseau INOSAN de l’OMS avait, en novembre 2022, pointé du doigt le risque d’hépatite A liée aux baies.

On lira sur le blog, Norovirus, virus de l'hépatite A et les baies, à propos d'un article scientifique paru dans Critical Reviews in Food Science and Nutrition concernant les éclosions, l'occurrence et la maîtrise de la contamination par norovirus et le virus de l'hépatite A dans des baies : une revue.

Un autre article indiquait, «Virus d’origine alimentaire inside : Pourquoi faut-il faire bouillir les petits fruits rouges surgelés ?»

D’autres articles d’une ancienne version du blog, aujourd’hui censurés par la revue PROCESS Alimentaire, rapportaient de faire bouillir pendant au moins une minute les baies congelées importées afin d’éviter norovirus et le virus de l’hépatite A.

Voici qu’un nouvel article, «Estimation des paramètres d'inactivation du bactériophage MS2 pendant le chauffage au four à micro-ondes de fraises surgelées», apporte des réponses, source article paru dans Journal of Food Protection. Article disponible en intégralité.

Faits saillants
- Trois baies chauffées pendant 60 secondes à 100% de puissance ont entraîné une réduction de 3,8 ± 0,2 log de MS2.
- Les instructions écrites sur les emballages de baies observés pour le chauffage au four à micro-ondes sont très diverses.
- L'inactivation du virus pourrait être modélisée à l'aide d'une valeur D dépendante de la température.
- Le modèle correspond bien aux données, avec une RMSE* de 0,5 ufp/g pour une réduction de 6 log.
- Il s'agit d'une première étape de modélisation de l'inactivation du virus au four à micro-ondes sur des fraises congelées.

Résumé
Des baies congelées ont été associées à plusieurs reprises des cas de gastro-entérite aiguë causée par norovirus, la cause la plus fréquente de maladie d'origine alimentaire aux États-Unis. De nombreuses directives recommandent que les baies congelées soient traitées au four à micro-ondes pendant au moins 2 minutes, mais on ne sait pas si ce traitement thermique est efficace pour inactiver norovirus.

L'objectif de cette étude était de modéliser l'effet du chauffage d’un four à micro-ondes à différents niveaux de puissance sur la survie du bactériophage MS2, un substitut du norovirus, lorsqu'il est inoculé sur des fraises congelées. Le bactériophage MS2 a été inoculé à la surface des fraises congelées avec une concentration de départ d'environ 10 log ufp/g. Des échantillons (3 ou 5 fraises entières) ont été chauffés dans un four à micro-ondes domestique d’une puissance de 1 300 watts (fréquence de 2 450 MHz) à des niveaux de puissance de 30, 50, 70 et 100% (pleine puissance), pendant des durées allant de 15 à 300 secondes pour déterminer l'inactivation. Les températures à la surface des baies ont été surveillées pendant le chauffage à l'aide de la thermométrie à fibre optique. Toutes les expériences ont été réalisées en triple. Le modèle principal d'inactivation thermique était un modèle log-linéaire de logN en fonction du temps. Le modèle secondaire était pour une valeur D diminuant linéairement avec la température et un terme ajouté qui dépendait de l'histoire thermique. Les paramètres du modèle ont été estimés à l'aide de l'historique dynamique de la température à la surface de la baie, via une régression non linéaire utilisant toutes les données simultanément. La RMSE* était ∼0,5 ufp/g avec une réduction totale de 6 log. Des réductions logarithmiques de 1,1 ± 0,4, 1,5 ± 0,5, 3,1 ± 0,1 et 3,8 ± 0,2 log ufp/g ont été observées pour des niveaux de puissance de chauffage au four à micro-ondes de 30, 50, 70 et 100% lorsque trois baies ont été chauffées pendant 60 secondes. Les valeurs D étaient respectivement de 21,4 ± 1,95 secondes et 10,6 ± 1,1 secondes à 10 et 60°C.

Ce travail démontre une approche pour estimer les paramètres d'inactivation des virus à partir des données de température dynamique pendant le chauffage par four à micro-ondes. Ces résultats seront utiles pour prédire l'effet sur la sécurité sanitaire du chauffage par four à micro-ondes des baies à la maison ou dans la restauration commerciale.

En conclusion, les auteurs notent,
Nos résultats laissent présager que la validation de la cuisson par four à micro-ondes via la modélisation seule pourrait être possible. Jusqu'à ce que davantage d’études soient effectuées pour expliquer le mécanisme dépendant de la valeur D et pour confirmer nos résultats de modélisation, des expériences d'étude de challenge seront nécessaires pour confirmer les réductions de virus pendant la cuisson au four à micro-ondes.

*RMSE (root-mean-square error), racine de l'erreur quadratique moyenne ou racine de l'écart quadratique moyen est une mesure fréquemment utilisée des différences entre les valeurs prédites par un modèle et les valeurs observées. Wikipédia.

mercredi 18 janvier 2023

Le moustique, ennemi public n° 1 ?

Dengue, chikungunya, fièvre jaune, Zika… Tant de noms de maladies que l’on a appris à redouter, mais sans forcément comprendre comment elles peuvent arriver jusqu’à nous. C’est l’objet du livre Le moustique, ennemi public n°1 ?, paru le 1er décembre 2022 aux éditions Quae. Ce livre a été coécrit par Anna-Bella Failloux, cheffe de l’unité Arbovirus et insectes vecteurs à l’Institut Pasteur. Ses travaux se concentrent principalement sur les façons dont les arbovirus, un ensemble de virus transmis par les moustiques, peuvent par ce biais contaminer les animaux vertébrés tels que les humains. 

Contrairement à ce que l’on peut penser, les moustiques ne se nourrissent pas de sang, mais de nectar de fleurs. Seules les femelles peuvent avoir besoin de sang pour, spécifiquement, fabriquer leurs œufs. «Sur les 3500 espèces de moustiques présentes sur terre, seul 15% d’entre elles piquent les humains» explique Anna-Bella Failloux. «Or, un seul moustique peut porter près de dix milliards de particules virales sans subir lui-même d’effets délétères. C’est pour cela que l’on peut appeler ces moustiques des réservoirs à virus.»

Gardons cependant en tête qu’un moustique ne pique pas l’humain avec pour intérêt de transmettre le virus : c’est plutôt le virus qui infecte le moustique pour finalement être transmis à l’humain. Hormis cela, les moustiques sont des pollinisateurs qui permettent à des espèces florales de se développer. Ils sont aussi un maillon de la chaîne alimentaire, et participent en outre à la régulation des populations animales.

Deux espèces de moustiques représentent indirectement une menace pour les populations humaines : le moustique tigre Aedes albopictus et son cousin Aedes aegypti. Ce sont les vecteurs d’arbovirus responsables de maladies graves telles que la dengue, le chikungunya, ou encore Zika. Leurs œufs peuvent survivre plusieurs mois dans des milieux secs tels que les pneus, ce qui leur permet de franchir rapidement les distances. Les moustiques du genre Culex peuvent quant à eux être transportés par les oiseaux migrateurs, et transmettre des virus comme celui de la Fièvre du Nil Occidental ou le virus d’Usutu.

Référence. Lecollinet, S., Fontenille, D., Pagès, N., & Failloux, A. (2022). Le moustique, ennemi public n° 1 ? Quae.

NB : Le texte est issue d’une communication de l’Institut Pasteur.

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vendredi 13 janvier 2023

France : Hépatite A en 2021

Deux documents à consulter, «Hépatite A en France : les chiffres et résultats clés 2021» et «Hépatite A en France : les chiffres clés 2021», source Santé publique France du 13 janvier 2023.

Santé publique France publie les données annuelles de surveillance du virus de l’hépatite A en France. Publiées également en open data sur Géodes, les données indiquent, un niveau bas du nombre des déclarations en France, pour la seconde année consécutive,probablement dû aux effets de la pandémie de Covid-19.

Maintien à un niveau bas du nombre de cas des déclarations, marqué par les effets de la pandémie de COVID-19
En 2021, le nombre de cas déclarés d’hépatites aiguës A s’est maintenu à un niveau bas après une année 2020 déjà marquée par les effets de la pandémie de COVID-19.  En effet, 423 cas d’hépatite aiguë A ont été notifiés (contre 411 en 2020 et 1 379 en 2019) avec un taux de déclaration inchangé par rapport à 2020 de 0,6 pour 100 000 habitants.
Ce faible niveau d’incidence était, comme en 2020, lié notamment à :
- une proportion plus faible de cas en lien avec un voyage à l’étranger par rapport aux années précédant la pandémie (28 % en 2021, 21 % en 2020 et 39 % entre 2006 et 2019) et ce malgré les moindres restrictions de déplacement internationaux lors de l’année 2021.
- Une meilleure hygiène des mains et les mesures de distanciation sociale promues dans le cadre de la lutte contre la pandémie de Covid-19, qui pourraient avoir contribué à une plus faible circulation du virus de l’hépatite A.

Quel était le profil des cas déclarés d’hépatite A en France en 2021 ?
En 2021, les taux de déclaration étaient comparables chez les femmes et les hommes (0,6/100 000 habitants).

La moyenne d’âge des cas rapportés était de 37 ans (de 1 à 95 ans). Les taux d’incidence par classe d’âge étaient plus élevés chez les 6 à 15 ans (1,1 pour 100 000 habitants) et les 0 à 6 ans (1 pour 100 000 habitants) comme observé habituellement (à l’exception de l’année 20171).

Cas d’hépatite A : les principales expositions à risque
En 2021, les principales expositions à risque rapportées dans les 2 à 6 semaines avant le début des signes étaient, dans l’ordre : 
- un séjour à l’étranger (sans qu’il soit possible d’affirmer le caractère importé de l’infection) (28% des cas) ;
- la consommation de fruits de mer (28 %) ;
- un contact avec un cas dans l’entourage (22 %) ;
- le fait de vivre dans le foyer d’un enfant de moins de 3 ans (20 % des cas).

Quelles sont les mesures pour prévenir l’hépatite A ?
Afin de limiter toute reprise épidémique de l’hépatite aigüe A, l’application des recommandations vaccinales reste de vigueur, préconisant un renforcement de la vaccination des HSH (hommes qui ont des rapports sexuels avec d'autres hommes) suite à l’épidémie de 2017, mais également dans l’entourage familial d’un cas confirmé, et lors d’un séjour dans une zone de moyenne ou haute endémie.

Le respect de l’hygiène personnelle et collective, en particulier le lavage fréquent des mains à l’eau et au savon, reste également primordial pour limiter le risque de transmission de l’hépatite A.

lundi 12 décembre 2022

De la chasse au prochain virus pandémique

source ASM

Des scientifiques peuvent-ils trouver des virus animaux susceptibles de déclencher une pandémie avant de nous trouver ? Il s'avère que la découverte de virus n'est qu'une partie du puzzle de la prévention des pandémies zoonotiques. Apprenez-en plus dans cet article en accès libre du dernier numéro de Microcosm, «Chasse au prochain virus pandémique». Microcosm est un magazine de l’Améerican Society for Microbiology.
Le blog vous propose un extrait de cet article et n'hésitez pas à poursuivre votre lecture ...

Et si des chercheurs pouvaient trouver le prochain virus pandémique avant qu'il ne trouve les humains ? C'est la base des initiatives de découverte de virus, qui impliquent la recherche et le catalogage des virus dans les populations animales pour découvrir les menaces zoonotiques potentielles. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des agents pathogènes zoonotiques dont ils ignorent l'existence ? Plus important encore, comment peuvent-ils utiliser les connaissances acquises grâce aux efforts de chasse aux virus pour prévenir les pandémies ? C'est compliqué.

D'une part, les outils informatiques ont renforcé l'utilité des données de découverte en identifiant de nouveaux virus animaux (et leurs hôtes) qui présentent le plus grand risque zoonotique. En revanche, prévenir la prochaine pandémie, qui comme toute pandémie virale depuis le début du XXe siècle, proviendra probablement d'un virus d'origine animale, est une tâche colossale. Selon le Dr Gregory Albery, écologiste des maladies à l'Université de Georgetown et co-fondateur de la Viral Emergence Research Initiative (Verena), la découverte de virus n'est qu'un seul engrenage dans un système complexe de procédures et de comportements de réduction des risques zoonotiques.

Le rôle de la découverte des virus dans la prévention des pandémies zoonotiques
Selon le Dr Neil Vora, ancien agent du service de renseignement sur les épidémies aux Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis et médecin chez Conservation International, il existe deux branches de la prévention des pandémies : primaire et secondaire. Ce dernier est largement réactionnaire ; la surveillance des maladies préoccupantes et les efforts associés pour contenir la propagation de cette maladie ont lieu après qu'un événement de débordement s'est produit.

À l'inverse, la prévention primaire se concentre sur la prévention des retombées de l'animal sur l'hôte humain. La découverte virale s'aligne sur cette stratégie. Idéalement, en profilant les virus circulant parmi les animaux, les chercheurs espèrent savoir quels virus existent à proximité des humains et comment ces virus peuvent évoluer ou acquérir la capacité d'infecter les humains. De telles informations pourraient aider les scientifiques à développer des stratégies pour éviter les retombées sur la route. Ils pourraient également éclairer les tactiques de prévention secondaire, y compris le développement de vaccins et de diagnostics pour les menaces zoonotiques émergentes.

Cette vision ramifiée de la découverte de virus en tant que tremplin pour la préparation à une pandémie a éclairé plusieurs initiatives au cours de la dernière décennie. Un exemple frappant est PREDICT, un projet mené par l'Agence américaine pour le développement international (USAID) en partenariat avec l'Université de Californie (UC) Davis One Health Institute. PREDICT, qui s'est déroulé de 2009 à 2020, a permis une surveillance mondiale des agents pathogènes qui peuvent se propager des animaux hôtes aux humains. Les chercheurs ont identifié 958 nouveaux virus, dont un nouveau virus Ebola et plus de 100 nouveaux coronavirus provenant de plus de 160 000 animaux et personnes à des interfaces animal-humain à haut risque dans plus de 30 pays. Les découvertes ont mis en lumière la distribution des virus à potentiel zoonotique et ont fourni une base pour étudier leur virologie, leur pathogenèse et leur évolution.

De nouvelles initiatives sont également en préparation. En octobre 2021, l'USAID a annoncé un projet de 125 millions de dollars sur 5 ans (Discovery & Exploration of Emerging Pathogens-Viral Zoonoses ou DEEP VZN) visant à renforcer la capacité mondiale à détecter et à comprendre les risques de propagation virale de la faune à l'homme qui pourrait causer une autre pandémie. Le National Institute of Allergy and Infectious Disease (NIAID) des États-Unis a également lancé récemment les Centers for Research in Emerging Infectious Diseases (CREID), qui réunit des équipes multidisciplinaires de chercheurs du monde entier pour étudier les maladies infectieuses émergentes et réémergentes. Bien que CREID ne se concentre pas spécifiquement sur la découverte de virus, les projets du réseau comprennent l'échantillonnage de la faune pour les virus à fort potentiel zoonotique en Malaisie et en Thaïlande, et la surveillance des populations animales dans diverses régions pour les virus connus et inconnus.

Comment chasser un virus ?
Lorsque des scientifiques partent à la chasse aux virus, ils prélèvent généralement des échantillons d'animaux (par exemple, du sang et des matières fécales) et utilisent des méthodes de biologie moléculaire (par exemple, la PCR et/ou le séquençage à haut débit) pour détecter les virus présents dans l'échantillon. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des virus à potentiel zoonotique, et quels types de virus devraient-ils rechercher ? Le risque de propagation d'un virus dépend de facteurs liés au virus lui-même, à son ou ses hôtes animaux et à l'environnement, qui façonnent tous les stratégies de découverte.

Cibler les interfaces homme-animal dans les points chauds de débordement
Les retombées sont intimement liées aux impacts anthropiques sur l'environnement et aux modifications de celui-ci. La déforestation, par exemple, augmente les chances que les humains rencontrent des animaux auparavant isolés et leurs virus. Elle contribue également au changement climatique, qui (avec sa myriade d'autres effets négatifs) favorise les retombées en forçant les animaux à quitter des environnements de plus en plus inhospitaliers vers des régions peuplées. En tant que tels, les points chauds de débordement sont centrés sur des régions tropicales riches en biodiversitén subissant des changements d'utilisation des terres (par exemple, la déforestation), en particulier en Asie du Sud-Est, en Afrique de l'Ouest et centrale et dans le bassin amazonien, où le changement climatique a, et continuera d'avoir, des effets prononcés.

Au sein de ces points chauds, les efforts de découverte de virus se concentrent sur les interfaces animal-humain. Les chercheurs recueillent des échantillons de bétail et d'animaux domestiques qui peuvent servir de réservoirs pour que les virus se propagent aux humains. Ils ciblent également les animaux sauvages faisant l'objet d'un commerce d'espèces sauvages (l'une des principales voies de transmission virale entre les animaux et les humains) et ceux qui vivent avec ou à proximité des humains. Par exemple, le virus Bombali, un nouveau virus Ebola découvert via le projet PREDICT, a été isolé chez des chauves-souris à queue libre qui se perchent dans les maisons des habitants de la Sierra Leone. Le Dr Christine Johnson, directrice de l'EpiCenter for Disease Dynamics à l'UC Davis One Health Institute, a souligné que le virus a depuis été détecté dans d'autres pays et que les chercheurs étudient actuellement s'il pourrait infecter les humains (ou l'a déjà fait).

Une plus grande proximité entre les animaux sauvages et les humains, via les changements d'affectation des terres et le commerce des espèces sauvages, entre autres, crée des opportunités de retombées. Singes à Bali, Indonésie. Source : Iker Martiarena/iStock.

Prélèvements à partit d'animaux susceptibles d'héberger des virus zoonotiques
La proximité des humains avec les animaux n'est qu'un des facteurs du risque de propagation d'un virus ; la physiologie, le comportement et la répartition géographique de son ou ses hôtes jouent également un rôle. Par exemple, la parenté génétique entre l'hôte animal d'un virus et l'homme peut influencer si les humains possèdent la machinerie cellulaire pour faciliter l'entrée et la réplication virales. C'est l'une des nombreuses raisons pour lesquelles les maladies zoonotiques émergent souvent chez les mammifères sauvages. À cette fin, Johnson et ses collègues ont récemment découvert que 3 ordres de mammifères, rongeurs, chauves-souris et primates, hébergeaient près de 76% des virus zoonotiques connus. Les chauves-souris et les rongeurs sont particulièrement connus pour héberger des agents pathogènes zoonotiques, bien que les raisons ne soient pas tout à fait claires. Cela peut être lié, en partie, au grand nombre d'espèces de chauves-souris et de rongeurs réparties dans le monde (respectivement, environ 1 400 et 2 500).

En effet, les animaux avec une grande diversité d'espèces et de larges aires géographiques ont un plus grand risque de transmission virale inter-espèces. Alors que le changement climatique force les animaux dans de nouveaux habitats, le partage viral entre diverses espèces de mammifères (y compris les humains) devrait augmenter. Ainsi, concentrer les initiatives des découverte de virus sur certains groupes d'animaux (c'est-à-dire de mammifères) est utile pour découvrir les menaces zoonotiques. Bien que ce ne soit pas une mince tâche (on estime que les scientifiques ne connaissent qu'environ 1% des virus de mammifères), cela permet une chasse plus ciblée.

Focus sur les virus à fort potentiel de propagation
Tous les virus ne sont pas égaux dans leur potentiel de propagation vers et parmi les humains. Par exemple, la variabilité génétique, l'adaptabilité et la large gamme d'hôtes des virus à ARN, comme les coronavirus et les virus de la grippe, en font des candidats de choix pour les retombées. Les virus à ADN ont un taux d'évolution inférieur à 1% de celui des virus à ARN, ce qui rend moins probable l'infection réussie et l'adaptation à de nouveaux hôtes (par exemple, les humains). En effet, les virus à ARN sont les coupables des récentes pandémies, de la pandémie de grippe H1N1 au COVID-19. Étant donné qu'il est probable que le prochain virus pandémique présentera des similitudes avec ceux déjà connus pour infecter les humains, les experts estiment que la recherche de virus ayant un potentiel de propagation démontré est une approche avantageuse. Pour cette raison, PREDICT a principalement utilisé la PCR consensus (cPCR) pour la découverte ciblée des coronavirus, filovirus, paramyxovirus et virus de la grippe ; chaque groupe comprend des virus de «préoccupation zoonotique connue» avec un «risque élevé de provoquer de futures épidémies ou pandémies». L'accent mis sur l'étude de certains agents pathogènes «prototypes» hautement prioritaires afin de réduire les menaces futures a également gagné du terrain dans le plan de préparation à la pandémie du NIAID, annoncé plus tôt cette année.