Un
article récent vient de paraître dans Eurosurveillance,
A systematic review of source attribution of human campylobacteriosis
using multilocus sequence typing ou Revue
systématique de l'attribution de
l’origine de
la campylobactériose humaine à l'aide du typage par
multilocus
sequence typing
(MLST).
Je
serais tenté de dire étude systématique mais aussi critique de
l'attribution de
l’origine de
la campylobactériose humaine.
Voici, pour vous, quelques extraits de l’introduction et de la discussion.
Introduction
La
gastro-entérite à Campylobacter est l'une des principales
causes de gastro-entérite bactérienne aiguë dans les pays à
revenu élevé, faible et moyen.
Le
nombre de cas confirmés a continué d'augmenter dans tous les pays
de l'Union européenne (de 214 000 en 2013 à 246 000 en 2016 et
2017) et on estime que plus de 800 000 cas se produiraient chaque
année aux États-Unis (données de 2000 à 2008). Dans les pays à
faible revenu, Campylobacter est de plus en plus impliqué
dans le ralentissement de la croissance chez les enfants de moins de
2 ans.
Les
produits de poulet ont été identifiés comme un facteur de risque
important d'infection humaine par diverses techniques, notamment des
expériences naturelles, des études cas-témoins et, de plus en
plus, par l'application de méthodes génotypiques. Les autres
sources d'infection identifiées par les études épidémiologiques
d'observation incluent les bovins, les ovins, les porcins, les
oiseaux sauvages et l'environnement.
Parallèlement
aux études épidémiologiques, on a eu de plus en plus recours à
des analyses génétiques de population pour attribuer des cas
humains à des sources probables. Dans ces analyses, la diversité
génétique des isolats humains est comparée à celle des
collections d’isolats de Campylobacter provenant de sources
d’infection possibles, ce qui permet une attribution quantitative à
ces sources.
Discussion
Cette
revue considère que les volailles et les ruminants sont les
principales sources de campylobactériose humaine dans les milieux
étudiés, plus de la moitié des cas de campylobactériose humaine
étant attribués à la volaille.
Les
études variaient selon les populations étudiées, les algorithmes
utilisés et les méthodes de choix des jeux de données de référence
pour les sources potentielles, mais ont systématiquement identifié
l’importance de la volaille en tant que source. Toutes les études
portaient sur des pays à revenu élevé, avec un écart de preuves
substantiel pour les pays à revenu faible et intermédiaire.
(...)
Cette
revue systématique rassemble des preuves irréfutables selon
lesquelles la volaille est la principale source de campylobactériose
humaine et donne des résultats cohérents dans plusieurs pays et
périodes, et utilise différents algorithmes et approches
analytiques pour rassembler des données isolées à partir de
sources potentielles. Les études ont principalement été réalisées
en Europe et en Nouvelle-Zélande et mettent en évidence le manque
de preuves pour les pays à revenu faible et intermédiaire dans
lesquels Campylobacter pourrait avoir un fardeau de santé
particulièrement important.
Cette
revue montre également des limites marquées en termes de qualité
et de comparabilité, la plupart des études n'évaluant pas leur
propre précision. De plus, aucune des études ayant mesuré la
précision et les biais n’a utilisé cela pour ajuster les
estimations de la proportion d’infections humaines provenant de
chaque source potentielle ou d’une analyse de sensibilité.
L'absence d'évolution vers des méthodes optimales convenues dans le
contexte de presque toutes les études utilisant les mêmes données
MLST est frappante.
À
mesure que les données WGS deviennent de plus en plus disponibles,
permettant l'utilisation de données génétiques différentes d'une
étude à l'autre, il peut être encore plus difficile d'adopter une
approche cohérente ou optimale, bien que cela soit important pour
assurer la comparabilité. La réalisation de tests de précision et
de biais tels que l'auto-attribution et les analyses de sensibilité
pour prendre en compte l'imputation imparfaite de la source sera
encore plus importante. Nous recommandons que les validations,
utilisant des approches telles que l'attribution d'isolats de sources
connues, et l'ajustement pour les biais identifiés, soient incluses
dans les futures études et rapports d'attribution de sources
génétiques de population.
NB :
Cet article est dédié à la DGAL, qui considère que la présence
de Campylobacter y compris supérieur à 1000 UFC/g dans des
carcasses de poulets de chair au stade de l’abattoir, il n’y a
« aucunemesure de gestion mise en œuvre suite aux résultats ».
