Dans une étude publiée dans le Journal of Antimicrobial Chemotherapy, une équipe de chercheurs suisses a découvert que la prévalence des gènes de résistance aux antimicrobiens (ARGs pour antimicrobial resistance genes) et de la multirésistance aux médicaments (MDR pour multidrug resistance) chez Escherichia coli obtenus à partir d'animaux producteurs d'aliments est en augmentation depuis 1980.
Pour l'étude, des chercheurs de l'Institut suisse de biologie intégrative et de l'Institut des décisions environnementales ont récupéré 7 632 génomes de E. coli de volailles, de bovins et de porcs à partir de bases de données publiques et les ont analysés pour les ARGs. Ils ont ensuite comparé les tendances de résistance déduites des données génomiques avec les tendances signalées par les systèmes de surveillance phénotypique aux États-Unis et en Europe. Les génomes provenaient principalement des États-Unis (63,4%), suivis de l'Europe (17,3%), de l'Asie (13,2%), de l'Afrique (1,7%), de l'Amérique centrale et du Sud (1,7%) et de l'Océanie (1,2%).
L'analyse a montré une augmentation de la multirésistance aux médicaments (MDR) au fil du temps. En 1980, les génomes de E. coli hébergeaient, en moyenne, des gènes conférant une résistance à 1,69 classe d'antimicrobiens chez le porc, 1,41 chez le porc et 1 chez le bovin. En 2018, les taux de MDR ont augmenté de 1,6 fois, les génomes de E. coli hébergeant en moyenne des gènes conférant une résistance à 2,65 classes d'antimicrobiens chez les porcs, 2,22 chez les volailles et 1,58 chez les bovins.
Les niveaux de résistance les plus élevés ont été observés pour les tétracyclines (42,2% à 69,1%), les pénicillines (19,4% à 47,5%) et la streptomycine (28,6% à 56,6%). Les tendances étaient cohérentes avec les tendances de résistance signalées par les programmes internationaux de surveillance phénotypique.
Parmi les ARGs spécifiques dans lesquels une augmentation a été observée, il y avait le gène de la céphalosporine à spectre étendu blacmy-2, ce qui est remarquable car les antibiotiques de la famille des bêta-lactamines à spectre étendu ne sont pas approuvés pour une utilisation comme stimulateurs de croissance en Europe ou aux États-Unis. Les auteurs de l'étude affirment que la présence de cet ARG pourrait être liée à l'utilisation de ces antimicrobiens chez les animaux producteurs d'aliments avant leur interdiction ou à la co-sélection avec d'autres gènes de résistance.
«En outre, l'augmentation de blaCMY-2 est préoccupante car ce gène a été communément identifié dans des plasmides qui pourraient faciliter sa dissémination chez les animaux destinés à l'alimentation», écrivent-ils.
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