La farine n'est pas un aliment prêt à consommer. Un exemple avec une enquête sur le terrain avec STEC O26 et de la farine crue

Dans une note du terrain de Morbidity and Mortality Weekly Report du 23 avril 2021 vient de paraître, Épidémie multistatique d'infections à Escherichia coli O26 liées à la farine crue, États-Unis, 2019.

Le 20 février 2019, PulseNet, le réseau de sous-typage moléculaire pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire, a identifié six cas d'infections à Escherichia coli productreurs de shigatoxines (STEC) O26:H11 avec la même combinaison de schémas par électrophorèse en champ pulsé (PFGE). Cette combinaison de modèles PFGE correspondait à celle des infections d'une éclosion de juillet 2018 associée à de la viande bovine hachée. En réponse, le CDC a lancé une investigation avec des partenaires fédéraux, des Etats et locaux pour identifier la source de l'épidémie et mettre en œuvre des mesures de prévention.

Le CDC a défini un cas comme une infection à STEC O26 avec un isolat correspondant à la souche de l'épidémie par PFGE ou apparenté par le typage cgMLST avec des dates d'apparition de la maladie du 11 décembre 2018 au 21 mai 2019. Les enquêteurs ont initialement émis l'hypothèse que la viande bovine hachée a été la cause de l'éclosion en raison de la correspondance PFGE avec l'éclosion de juillet 2018 et parce que lors des premiers entretiens, les patients ont souvent déclaré avoir consommé de la viande bovine hachée et des légumes verts à feuilles. Les enquêteurs ont utilisé le cgMLST pour comparer les séquences génétiques des isolats des deux éclosions et ont déterminé qu'ils appartenaient à des clades génétiques distincts (différant de 6 à 11 allèles), ce qui suggère que quelque chose d'autre que le viande bovine hachée a causé la maladie en 2019. Le CDC a noté qu'un patient en avait consommé de la pâte crue pour cookies et que la plupart des patients étaient de jeunes femmes adultes, ce qui est similaire à la répartition démographique des éclosions antérieures de STEC associées à de la farine. Les enquêteurs ont élaboré un questionnaire supplémentaire axé sur les expositions à la viande bovine, aux légumes verts à feuilles et à la farine.

Vingt et un cas ont été signalés dans neuf États. L'âge médian des patients était de 24 ans (intervalle = 7 à 86 ans); 71% étaient des femmes. Trois patients ont été hospitalisés et aucun n'est décédé. Parmi les 13 patients interrogés sur l'exposition à la farine, six ont déclaré avoir mangé, léché ou goûté de la pâte maison ou de la pâte crue au cours de la semaine précédant le début de la maladie. Trois patients ont déclaré avoir mangé de la pâte crue ou de la pâte faite avec la même marque de magasin de farine tout usage, y compris un patient qui a déclaré avoir mangé de la pâte crue dans une boulangerie du Rhode Island. Dans l'ensemble, sur 18 patients ayant des informations sur le magasin, 11 ont déclaré faire des achats dans cette même chaîne de magasin.

Le Rhode Island Department of Health a visité la boulangerie signalée par le patient et a collecté de la farine pour les tester. Le 21 mai 2019, des tests ont identifié STEC O26 à partir d'un sachet intact de farine tout usage, qui était la même marque de magasin rapportée par d'autres patients. PulseNet a confirmé que STEC O26 isolé de la farine était étroitement lié aux isolats cliniques utilisant cgMLST (0–1 allèles). Les registres de distribution des produits recueillis par la Food and Drug Administration indiquaient que la farine de la marque du magasin achetée par six patients dans trois États était produite dans une seule minoterie à Buffalo, New York. Sur la base des résultats de l'enquête, la chaîne de magasins a rappelé tous les lots de produits de ses points de vente dans 11 États. La minoterie a également rappelé tous les lots de ce produit et plusieurs autres lots de farine produits dans cette usine, ce qui a entraîné le rappel de marques et de produits supplémentaires distribués dans plusieurs États.

La farine est de plus en plus reconnue comme une cause d'épidémies de STEC. La farine crue n'est pas un produit prêt à consommer, et cette épidémie met en évidence le risque continu de maladie associé à la consommation de farine et de pâte crue ou de pâte à frire. L'enquête a été facilitée en tenant compte des informations démographiques au début de l'enquête, car ces caractéristiques étaient similaires à celles des éclosions antérieures associées à la farine. Ces similitudes, associées au pouvoir discriminatoire du cgMLST, ont aidé à orienter l'examen d'hypothèses alternatives concernant la source de l'épidémie et l'identification réussie de la farine comme cause de cette épidémie.

Si les écologistes veulent aider les paysans, qu’ils leur fichent la paix !» Par Jean-Paul Pelras

«Si les écologistes veulent aider les paysans, qu’ils leur fichent la paix !» Par Jean-Paul Pelras. Tribune libre parue dans L'Opinion du 23 avril 2021.

«Les agriculteurs, dans leur grande majorité, ne supportent plus les leçons qui leur sont assénées par les mouvements environnementalistes», souligne l’auteur, spécialiste du monde agricole

Quarante-six associations, syndicats ou ONG viennent de signer une nouvelle tribune «Politique agricole commune : à quand un virage agroécologique ?» dans Libération. Quarante-six signataires qualifiés pour sauver la planète qui se retrouvent régulièrement afin de phosphorer sur un nouveau modèle agricole… la plupart du temps inadapté aux impératifs techniques et économiques de la profession.

A bien y regarder, nous avons affaire ici à un club plutôt orienté à gauche, qui bénéficie de l’appui de certains médias peu réputés pour héberger des idées de droite. D’où cette question : l’écologie est-elle devenue un parti politique ? Lequel, avec des scores atteignant difficilement 2 % lors des élections présidentielles (et sans candidat en 2017), s’est progressivement installé dans la sphère politique en s’imposant lors des seconds tours par le jeu d’alliance parfois contre nature, en intégrant les gouvernements successifs, en monopolisant le prisme des médias, en utilisant le relais de personnalités issues de la culture ou des milieux intellectuels. Loin du sol…

«Mal-être». Cette nouvelle tribune réclame, entre autres doléances, un virage agroécologique concernant la future Politique agricole commune, avec une réorientation des soutiens. Ce qui, de facto, va susciter la mise en place de nouvelles contraintes, de nouveaux contrôles, de nouvelles normes coercitives et si peu compétitives dans un contexte où les pays concurrents se frottent les mains en observant nos tribulations agro-environnementales franco-françaises.

Etrange prise de position pour des signataires qui évoquent dans leur tribune «le mal-être paysan». Ce mal-être paysan, multifactoriel bien entendu, résulte également depuis quelques années d’une stigmatisation largement précipitée par la campagne de dénigrement que les écologistes instillent, de reportages calibrés en émissions à charge. D’où ces promeneurs qui se bouchent ostensiblement le nez quand ils voient sortir un pulvérisateur, ces riverains qui portent plainte dès qu’ils croisent une tonne à lisier, ce paysan qui se fait tabasser parce qu’il sulfate pour protéger ses cultures, cet autre qui se fait insulter ou condamner parce qu’il ose viser le loup qui vient de décimer le troupeau, parce qu’il fait trop de poussière quand il laboure, parce qu’il allume des feux pour lutter contre le gel, parce qu’il ne peut plus descendre enlever les embâcles dans les rivières pour éviter l’inondation, parce qu’il ne peut plus curer les ruisseaux sans que la police de l’eau brandisse sa verbalisation, parce qu’il n’a pas laissé de haies pour abriter les oiseaux, parce qu’il ose, infraction suprême, élever des animaux pour produire de la viande et, selon ses détracteurs, accentuer les pollutions.

Et patati et patata… Avec des exemples à n’en plus finir sur l’ensemble du territoire et une exaspération qui va crescendo dans les rangs d’une paysannerie française réduite à sa portion congrue.

La question, puisqu’elle est politique, n’est pas de savoir pourquoi les écologistes veulent imposer leurs dogmes aux agriculteurs, mais plutôt pourquoi les agriculteurs, dans leur grande majorité, ne supportent plus les leçons qui leur sont assénées par les mouvements environnementalistes.

Plutôt que de rédiger des tribunes matinées de compassion en prenant à témoin le contribuable-électeur et en réclamant plus de contraintes, que les écologistes laissent travailler les paysans. Ou bien, d’ici quelques années, le criquet importé, le nugget de fourmi lyophilisé et la tartine de tofu congelé auront remplacé ces productions agricoles locales traditionnelles qui, jour après jour, garantissent sur le plan quantitatif et qualitatif une autonomie alimentaire à 67 millions de Français.

Un challenge que l’écologie politicienne, beaucoup moins rompue au maniement des outils qu’à celui des idées, aura certainement beaucoup de mal à remporter.

Jean-Paul Pelras est écrivain, journaliste, ancien arboriculteur et maraîcher.

Un stress test découvre des fissures dans la résistance de microbes hospitaliers dangereux

«Un stress test découvre des fissures dans la résistance de microbes hospitaliers dangereux», source John Innes Centre.

L'étude a identifié des facteurs critiques qui permettent aux bactéries dangereuses de propager des maladies en survivant sur les surfaces des hôpitaux et des cuisines.

L'étude des mécanismes qui permettent à l'agent pathogène humain opportuniste, Pseudomonas aeruginosa de survivre sur les surfaces, pourrait conduire à de nouvelles façons de cibler les bactéries dangereuses.

Pour survivre en dehors de leur hôte, les bactéries pathogènes doivent résister à divers stress environnementaux. Un mécanisme est la molécule de sucre, le tréhalose, qui est associée à une gamme de stress externes, en particulier le choc osmotique,des changements soudains de la concentration de sel entourant les cellules.

Des chercheurs du Centre John Innes ont analysé comment le tréhalose est métabolisé par P. aeruginosa pour définir son rôle dans la protection contre les stress externes.

Combinant la biochimie analytique et la génétique inverse, en utilisant des bactéries mutées dépourvues de fonctions clés, ils montrent que le métabolisme du tréhalose chez P. aeruginosa est lié à la biosynthèse de la molécule de stockage du carbone glycogène.

Des expériences ont montré que la perturbation des voies du tréhalose ou du glycogène réduisait considérablement la capacité de P. aeruginosa à survivre sur des surfaces artificielles telles que les comptoirs de cuisine ou d'hôpital.

L'étude a révélé que si le tréhalose et le glycogène sont tous deux importants pour la tolérance au stress chez P. aeruginosa, ils contrent des stress distincts: le tréhalose aide les bactéries à survivre dans des conditions de sel élevé; le glycogène contribue à la survie dans des environnements secs (déssication).

Les résultats soulèvent la possibilité de cibler les voies du tréhalose et du glycogène pour limiter la survie des agents pathogènes sur les surfaces artificielles.

«Nous avons montré comment un pathogène humain dangereux Pseudomonas aeruginosa répond aux défis environnementaux, tels que le stress salin ou la dessication La perturbation de la production de certains sucres tolérants au stress dans ce bug réduit considérablement sa capacité à survivre sur les surfaces de travail des cuisines et des hôpitaux», a dit auteur correspondant de l'étude Dr Jacob Malone.

Une découverte inattendue a été de savoir comment la bactérie exploite différentes voies pour ces différents stress, a dit le Dr Malone: «La sagesse conventionnelle dit que le tréhalose était responsable des deux phénotypes, mais nous avons montré que le tréhalose ne protège que contre l'osmo-stress et que le glycogène est nécessaire pour se protéger contre la dessiccation. Nous avons également été surpris de voir une baisse aussi marquée de la survie en surface lorsque nous avons perturbé les voies dans les insectes.»

La prochaine étape de la recherche consiste à comprendre comment les voies métaboliques du tréhalose et du glycogène sont régulées chez P. aeruginosa et les espèces étroitement apparentées. Le groupe souhaite également comprendre comment l'accumulation de glycogène permet aux bactéries de survivre dans des environnements secs et expliquer plus en détail comment et quand différentes parties des voies sont activées et désactivées.

P. aeruginosa est un pathogène important tant chez les animaux que chez les humains. Chez l'homme, elle affecte principalement les personnes immunodéprimées, où elle est une cause majeure de pneumonie et d'infections nosocomiales. Les infections chroniques à P. aeruginosa surviennent chez 80% des patients adultes atteints de mucoviscidose, où elle est la principale cause de morbidité et de mortalité.

Comprendre les infections à Salmonella en Floride

Contribution utile à la compréhension des infections à Salmonella, voici, «Comprendre les infections à Salmonella en Floride», source Université de Floride (UF).

Une nouvelle étude menée par des chercheurs de l'UF sur les infections à Salmonella en Floride a mis en évidence l'influence des saisons, de la géographie et de l'âge sur les modes de transmission. L'équipe a également développé de nouvelles méthodes basées sur l'IA pour détecter les épidémies et relier les cas à des sources environnementales ou alimentaires.

Si vous êtes déjà tombé malade d'une salmonellose d'origine alimentaire, vous n'oublierez pas de sitôt les jours de détresse gastro-intestinale - douleurs abdominales, diarrhée et vomissements - plus fièvre et frissons. Malheureusement, les Floridiens supportent une part injuste de cette maladie, connaissant deux fois le taux par habitant du pays, selon une nouvelle étude.

Des chercheurs de l’Institute of Food and Agricultural Sciences (IFAS), du Food Systems Institute et de l'Emerging Pathogens Institute (EPI) de l'UF ont récemment publié deux articles qui proposent l’analyse la plus détaillée à ce jour de la salmonellose en Floride. Le travail était une collaboration avec le Florida Department of Health (FDOH) dans le cadre des Centers of Excellence in Food Safety qui sont financés par le Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.

Dans un article, les chercheurs ont analysé les données collectées par le FDOH pour déterminer les tendances géographiques, démographiques et temporelles des cas et des épidémies au cours de la dernière décennie. Dans le deuxième article, ils ont analysé l'épidémiologie moléculaire des cas en 2017 et 2018 pour comparer la diversité et l'abondance des différents types de Salmonella connus en Floride avec ceux connus au niveau national. Ils ont également développé de nouvelles méthodes pour détecter rapidement les épidémies, les clusters de cas qui surviennent sur une période plus longue ou même les expositions courantes provenant de la nourriture, des animaux ou d'autres réservoirs.

La salmonellose est causée par la bactérie Salmonella, qui comprend environ 2 600 sérotypes différents. Un sérotype fait référence à un ensemble unique d'antigènes de surface sur un micro-organisme, et c'est une façon de regrouper les agents pathogènes dans des catégories plus petites que les espèces. Divers sérotypes de Salmonella sont associés à des aliments spécifiques ou à d'autres sources et peuvent être utilisés pour démontrer les liens entre les cas individuels, détecter les épidémies et même relier les épidémies aux sources.

«L'État enregistre tellement de cas qu'il ne peut effectuer le séquençage du génome entier que pour certains des prélèvements», déclare l'auteur de l'étude Nitya Singh, chercheur à l'IFAS et à l'EPI. «Ce que nous avons fait, c'est analyser leurs données pour mieux comprendre comment ces données pourraient éclairer l'action de santé publique.»

Âge, saisons et régions

L'étude a révélé que les enfants de moins de cinq ans sont infectés plus fréquemment que tout autre groupe d'âge; ils représentent 40,9% des quelque 63 000 cas d'infection à Salmonella signalés dans l’État entre 2009 et 2018. Bien que les chercheurs n’aient pas étudié les raisons de cette différence fondée sur l’âge, Singh affirme qu’il s’agit d’une constatation courante dans le monde entier.

Ils ont également constaté que les cas de salmonellose atteignaient un pic chaque année en Floride entre août et octobre. Singh dit que cela pourrait être lié au climat: ces mois ont tendance à être caractérisés par des températures moyennes et des précipitations élevées. Le calendrier correspond également à la fin de la saison des ouragans, et d'autres recherches relient les pics de maladies d'origine alimentaire à des événements météorologiques extrêmes.

Au fil du temps, les chercheurs ont détecté une légère diminution du taux de salmonellose: de 2009 à 2016, il a baissé de 23% avant de remonter à nouveau. Les régions du nord-est et du nord-ouest de la Floride ont également connu des taux plus élevés de salmonellose au cours des années examinées, voir la figure ci-dessous, bien que les raisons restent incertaines.

Le taux d'incidence de la salmonellose par comté de Floride en 2017 et 2018 (figure fournie par les auteurs de l'étude).

Épidémiologie moléculaire

Les chercheurs ont analysé les données de l’État et ont trouvé peu de différence entre les sérotypes infectant les jeunes enfants et tous les autres groupes d’âge. Mais ils ont trouvé de grandes différences entre les sérotypes communs à l'échelle nationale et ceux communs au Sunshine State (Floride), comme le montre le graphique ci-dessous.

Prévalence des sérotypes de Salmonella retrouvés en Floride et à l'échelle nationale. (Figure fournie par les auteurs de l'étude)

La principale différence en Floride est une prévalence élevée du sérotype Sandiego qui est presque inexistante à l'échelle nationale. Un sérotype nommé Braenderup est également plus important en Floride que dans l'ensemble des États-Unis. Mais les deux premiers sérotypes trouvés en Floride, Enteritidis et Newport, correspondent aux deux premiers à l'échelle nationale.

Étant donné que la Floride enregistre autant de cas à Salmonella chaque année, il n'est pas rentable pour le département de la santé d'effectuer un séquençage génétique dans chaque cas. Mais les auteurs de l'étude ont déterminé que les séquences obtenues par l'État sont probablement très représentatives de tous les cas de Salmonella qui surviennent dans la population générale.

Une nouvelle façon de détecter les épidémies

Divers outils moléculaires aident les chercheurs à étudier la génétique d’un organisme. Un outil qui passe au crible environ 5 millions de paires de bases d'ADN jusqu'à environ sept chiffres clés est le typage par séquençage MLST. Mais bien qu'utile pour identifier les sérotypes de Salmonella, sa résolution est trop grossière pour être comparée si plusieurs isolats sont génétiquement liés, comme cela se produirait en situation d'épidémie.

En d'autres termes, la méthode MLST déterminera si un échantillon est du sérotype Sandiego, mais pas si deux isolats Sandiego distincts sont génétiquement suffisamment proches pour provenir de la même source. Pour ce niveau de détail, de nombreux chercheurs se tournent vers des méthodes basées sur le polymorphisme d'un seul nucléotide, ou analyses SNP, qui identifient des changements uniques dans les paires de bases d'ADN. Mais les travaux basés sur les SNP sont trop longs et trop gourmands en ressources pour être utilisés pour les milliers d'isolats de Salmonella séquencés chaque année en Floride.

«Le but de la détection d'une épidémie est de déterminer quels cas partagent une relation génétique étroite, et de comprendre cela rapidement», dit Singh. «Nous avons dû repenser la manière de procéder. Nous avions besoin d'un outil de résolution fine pour rechercher rapidement les liens génétiques entre les cas et détecter les flambées. Mais les méthodes basées sur SNP sont trop lentes, nos ordinateurs fonctionneraient pendant des mois.»

Le défi: comment analyser des téraoctets de données et découvrir des connexions génétiques en moins de temps?

«Nous devions rétrécir nos filets de pêche», dit Singh. «Trouver des liens génétiques est la preuve ultime que les cas sont liés, et avec notre méthode, vous ne pouvez pas le manquer.»

Tout d'abord, l'équipe a d'abord utilisé une méthode MLST avancée qui ne regarde que les gènes conservés dans le génome central, pour rechercher rapidement des liens entre des milliers d'isolats et les saisir. Deuxièmement, à l'aide d'un algorithme d'apprentissage automatique basé sur l'IA appelé clustering hiérarchique, l'équipe a analysé les données de séquençage de l'état pour regrouper les isolats de Salmonella partageant la caractéristique commune de variations identiques dans jusqu'à cinq allèles, qui sont des variations d'un seul gène qui se produisent dans le même endroit sur un chromosome. Cette approche est au cœur de la nouvelle méthode en deux étapes proposée par les chercheurs.

«Le séquençage du génome entier a permis d'obtenir et d'utiliser des données de séquence à partir de l'ensemble du génome», a dit le co-auteur Arie Havelaar. «Cela offre bien sûr un niveau de résolution beaucoup plus élevé, mais cela ajoute également à la complexité.» Havelaar est professeur à l'UF en évaluation des risques microbiens et épidémiologie des maladies d’origine alimentaire, et il a été embauché dans le cadre de l’initiative de prééminence d’UF. Il est reconnu comme un expert international de la sécurité des aliments.

Le regroupement hiérarchique basé sur l'IA permet aux chercheurs d'affiner leur recherche dans le génome d'un isolat d'environ 5 millions de points de données à environ 3 000. Il compare ensuite ces données de séquence tamisées et utilise l'apprentissage automatique pour identifier les relations génétiques. Enfin, les chercheurs ont ensuite utilisé la phylogénie basée sur le SNP pour explorer davantage la parenté génétique au niveau des paires de bases individuelles et pour valider l'approche de clustering.

Lier les cas aux sources

Les auteurs de l'étude disent que leur nouvelle approche en deux étapes a des utilisations différentes.

«Il peut identifier d'éventuelles épidémies dans la fenêtre de temps traditionnelle de 60 jours. Mais nous avons également utilisé la méthode pour détecter des séries groupées de cas survenant sur des périodes beaucoup plus longues, jusqu'à 18 mois. Et nous avons cherché à identifier les sources possibles de ces épidémies et clusters de cas», dit Singh.

Pour identifier les sources possibles, l'équipe a pris l'étape supplémentaire de relier rétroactivement les cas de clusters de patients de Salmonella Enteritidis en Floride avec des échantillons obtenus à partir d'aliments et de l'environnement en utilisant la même approche en deux étapes.

«La plupart du temps, les cas sont liés à la viande de poulet», dit Singh. Ces isolats de viande de poulet provenaient de Floride, mais aussi de nombreux autres États, ce qui suggère des problèmes persistants dans la chaîne d'approvisionnement en viande de volaille qui causent à plusieurs reprises des maladies humaines.

Havelaar dit que le nouveau travail souligne l'efficacité de l'approche combinée, qui peut être entreprise par n'importe quel laboratoire en utilisant des données de génome et de séquençage accessibles au public.

«Un défi dans les efforts actuels de suivi des sources est que les données génétiques sur les isolats de Salmonella provenant de différentes sources sont limitées», dit-il. «Les données sur le poulet et d'autres viandes sont régulièrement générées par le Food safety Inspection Service de l'USDA, mais beaucoup moins de données sont disponibles sur d'autres aliments. Si nous devions systématiquement rechercher Salmonella dans plus de sources possibles, nous améliorerions considérablement notre capacité à relier rapidement les cas humains aux sources. »

L'UE et les contrôles sur les épices et l'arachide ...

Poivre du Brésil

«L'UE devient plus stricte sur le poivre noir du Brésil et l'arachide d'Inde», source article de Joe Whitworth paru le 23 avril 2021 dans Food Safety News, complété par mes soins -aa.

La Commission européenne a renforcé les contrôles sur le poivre noir du Brésil à cause de Salmonella et l'arachide d'Inde à cause des aflatoxines.

Ces produits et d'autres qui entrent dans l'Union européenne en provenance de pays tiers sont désormais soumis à une augmentation temporaire des contrôles officiels. La législation révisée a également vu certains contrôles devenir moins stricts.

La base des changements est la survenue d'incidents signalés via le système d'alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF) et les informations provenant des contrôles officiels effectués par les États membres sur les denrées alimentaires et les aliments pour animaux d'origine non animale.

Des contrôles plus stricts

La fréquence des contrôles d'identité et physiques sur le poivre noir du Brésil est passée de 20 à 50 pour cent. Cela est dû au grand nombre de non-conformités aux exigences de l'UE en matière de contamination par Salmonella détectées lors des contrôles officiels en 2019 et au début de 2020 et au nombre élevé de rapports dans le RASFF au cours de cette période.

En 2021, il y a eu 29 notifications (au 23 avril 2021 -aa) au RASFF liées à la présence de Salmonella dans du poivre noir du Brésil, la plupart étant signalés par l'Allemagne. Les sérotypes comprennent Rubislaw, Infantis, Saintpaul, Coeln, Matadi, Gaminara et Javiana.

En 2019, il y avait eu 60 notifications au RASFF de l'UE pour du poivre du Brésil lié à la présence de Salmonella. On peut donc dire que l'on a mis du temps avant d'agir ...

La fréquence des contrôles d'identité et physiques des arachides, également connues sous le nom d'arachide moulue, en provenance d'Inde à cause des aflatoxines, est également passée de 10 à 50 pour cent. Les contrôles sur les poivrons de l'espèce Capsicum, autres que doux, pour les résidus de pesticides en provenance de Thaïlande passeront de 10 pour cent à 20 pour cent.

Les poivrons doux de Turquie sont déjà répertoriés dans le règlement en raison du risque de contamination par des résidus de pesticides, mais celui-ci a été modifié pour couvrir tous les poivrons de l'espèce Capsicum.

Mesures réduites

Les contrôles des baies de goji en provenance de Chine en raison des résidus de pesticides et des raisins séchés de Turquie en raison de l'ochratoxine A ont été assouplis en raison de l'amélioration de la conformité au deuxième semestre de 2019 et au premier trimestre de 2020.

Pour les arachides du Brésil, le taux de contrôles d'identité et physiques a été fixé à 10 pour cent en raison du risque de contamination par des aflatoxines. La fréquence du non-respect des règles de l'UE lors des contrôles officiels a diminué au deuxième semestre de 2019 et est restée à de faibles niveaux au cours des premiers mois de 2020. Les contrôles de ce produit en provenance de Chine en raison du même problème sont également de 10%.

La fréquence des contrôles d'identité et physiques des noisettes de Turquie en raison des aflatoxines a été réduite à 5 pour cent.

Les denrées alimentaires contenant des feuilles de bétel originaires ou en provenance du Bangladesh sont interdites depuis juin 2014 en raison de la contamination par Salmonella. Cependant, la Commission européenne a approuvé un plan d'action soumis par le Bangladesh en juillet 2020 couvrant toutes les étapes de la chaîne de production. La fréquence des contrôles d'identité et physiques sera fixée à 50%.

Les denrées alimentaires composées de haricots secs du Nigéria restent suspendues en raison de problèmes de résidus de pesticides. Les arachides et les pistaches des États-Unis sont contrôlées pour les aflatoxines à un taux de 10 pour cent.

Parmi les autres produits encore soumis à une augmentation temporaire des contrôles, citons les arachides de Bolivie en raison des aflatoxines avec des contrôles à une fréquence de 50 pour cent, les poivrons doux de Chine à cause de Salmonella à un taux de 20 pour cent, les graines de sésame d'Ethiopie à cause de Salmonella à 50 pour cent, l'huile de palme du Ghana à cause des colorants Soudan à 50 pour cent et les navets du Liban à cause de la Rhodamine B à une fréquence de 50 pour cent.

Lente décomposition de la DGCCRF, selon le bilan d'activité 2020

Le 27 juillet 2020, j'indiquais dans un artticle, Bilan 2019 de l'action de la DGCCRF, bilan de fin de cycle ...

La DGCCRF présente le «Bilan d'activité 2020 de la DGCCRF», qui témoigne d'une sorte de chef d'oeuvre en péril ou en décomposition ...

Il est rapporté 2 940 agents en administration centrale et dans les services déconcentrés, en métropole et en outre-mer, versus 3 000 en 2019, pas divulgué en 2018 mais on nous parle de la réduction des effectifs de la DGCCRF en 2018 et pas divulgué aussi en 2017.

Au niveau du nombre d'établissements contrôlés nous avons les données suivantes,

- 2017 : 112 585
- 2018: 111 600
- 2019 : 99 500
- 2020 : 94 000

Cela se passe de commentaire, baisse nette des établissements contrôlés sur quatre ans, mais c'est somme toute logique puisque désormais on demande au consommateur de faire le job, via SignalConso.

Au niveau de la gestion des alertes et des crises liées aux produits alimentaires, c'est l'inflation qui prédomine, jugez plutôt ...

- 2020 : 1 256 alertes

1 119 alertes ayant une origine nationale dont 10 % ont concerné d’autres États membres de l’Union européenne.

- 2019 : 793 alertes

615 alertes ayant une origine nationale dont 8 % ont concerné d’autres États membres de l’Union européenne

- 2018 : 706 alertes 543 alertes ayant une origine nationale dont 11 % ont concerné d’autres États membres de l’Union européenne.

- 2017 : 575 alertes

405 alertes ayant une origine nationale dont 10% ont concerné d’autres États membres de l’Union européenne

Gestion de l’alerte sanitaire européenne sur le sésame

C'est une belle histoire que nous compte la DGCCRF, La DGCCRF communique enfin le 12 octobre 2020 sur le sujet avec un «Avis de rappel de produits contenant du sésame», source article du blog du 12 octobre 2020. Le lien de cet avis de la DGCCRF n'exite plus ...

Les autorités sanitaires françaises ont été informées début septembre par leurs homologues belges via le RASFF de la présence d’un produit chimique, l’oxyde d’éthylène, à une teneur supérieure à la limite maximum réglementaire dans certains lots de graines de sésame importées.

Voici la version de la DGCCRF,

Le 9 septembre 2020, la DGCCRF a été alertée par les autorités belges via le système européen d’alerte RASFF15 de la présence d’oxyde d’éthylène dans des graines de sésame en provenance d’Inde. Les résultats d’analyses donnaient un dépassement très important de la limite maximale réglementaire (LMR) fixée pour cette substance sur les graines de sésame à 0,05 mg/kg. L’oxyde d’éthylène est classé cancérogène, mutagène et reprotoxique, il est interdit dans l’Union européenne. Un nombre important de produits et d’opérateurs étaient concernés dans plusieurs États-membres qui se sont donc rapidement concertés pour décider des suites.

Conformément aux mesures de gestion harmonisées décidées au niveau européen, la DGCCRF a procédé au rappel et au retrait des graines de sésame contaminées et des produits transformés en contenant.

Il me faut signaler que les rappels liées aux graines de sésame ont été compilé dans un classure Excel illisible jusqu'au 1er avril 2021. Désormais ils sont présents sur RappelConso, le nouveau site de rappel de nos autorités sanitaires dont le ministère d ela santé est absent

Au 31 décembre 2020, on comptait ainsi 821 produits rappelés, 5 884 établissements contrôlés et 170 anomalies (3 %).

Sur la période de septembre à décembre, 892 fiches alertes pour des produits alimentaires auront ainsi été gérées par la DGCCRF contre 280 sur la même période en 2019, soit une augmentation de 218 %.

Cette alerte de très grande ampleur aura fortement mobilisé la DGCCRF pendant la fin d’année 2020. La gestion de cette alerte se poursuit en 2021.

Sur la gestion de l’alerte sanitaire tant au niveau européen que national, pas d'évluation des risques, étonnant, non ? 

On trouvera aussi dans le bilan des situations déjà listées dans les enquêtes de la DGCCRF

• Étiquetage et composition des produits de charcuterie, de nombreuses anomalies relevées
• Ventes en vrac, loyauté et hygiène pas toujours au rendez-vous

Des classiques sans évolution pertinente pour les consommateurs ...

Dissoudre des bactéries pathogènes avec des nanoparticules

Là où les médicaments classiques échouent : les bactéries résistantes aux antibiotiques. Micrographie électronique colorisée. Image : CDC/NIAID.

Dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques, «Dissoudre des bactéries dangereuses avec des nanoparticules», source Laboratoire fédéral d'essai des matériaux et de recherche ou Empa pour Eidgenössische Materialprüfungs- und Forschungsanstalt.

Les agents pathogènes multirésistants constituent un problème grave et croissant dans la médecine moderne. Lorsque les antibiotiques sont inefficaces, ces bactéries peuvent provoquer des infections mortelles. Les chercheurs de l'Empa et de l'ETH Zurich (Ecole polytechnique fédérale de Zurich) développent actuellement des nanoparticules qui peuvent être utilisées pour détecter et tuer les agents pathogènes multirésistants qui se cachent dans les cellules du corps, écrit l'équipe dans la revue scientifique Nanoscale.

Dans la course à l'armement «l'humanité contre les bactéries», les bactéries sont actuellement en tête. Nos anciennes armes miracles, les antibiotiques, tombent de plus en plus souvent en panne lorsque les germes utilisent des manœuvres délicates pour se protéger des effets des médicaments. Certaines espèces se retirent même à l'intérieur des cellules du corps humain, où elles sont protégées du système immunitaire. Parmi ces agents pathogènes particulièrement redoutables figurent les staphylocoques multirésistants (SARM ou Staphylococcus aureus resistant à la méticilline) qui peuvent provoquer des maladies mortelles telles que l'empoisonnement du sang ou la pneumonie.

Afin de détecter les germes dans leur cachette et de les rendre inoffensifs, une équipe de chercheurs de l'Empa et de l'ETH Zurich développe actuellement des nanoparticules qui utilisent un mécanisme d'action complètement différent de celui des antibiotiques classiques : Alors que les antibiotiques peinent à entrer dans les cellules du corps, ces nanoparticules, en raison de leur petite taille et de leur composition, peuvent être introduites à l'intérieur de la cellule affectée. Une fois sur place, ils combattent la bactérie.

Verre bioactif et métal

L'équipe de d'Inge Herrmann et de Tino Matter a utilisé l'oxyde de cérium, un matériau qui, sous sa forme nanoparticulaire, a un effet antibactérien et anti-inflammatoire. Les chercheurs ont combiné les nanoparticules avec un matériau céramique bioactif appelé verre bioactif. Le verre bioactif est intéressant pour la médecine car il possède des propriétés régénératrices polyvalentes et est utilisé, par exemple, pour la reconstruction des os et des tissus mous.

Enfin, des nanoparticules hybrides d'oxyde de cérium et de verre bioactif ont été produites par synthèse de flamme. Les particules ont déjà été utilisées avec succès comme adhésifs pour blessures, ce qui permet d'utiliser simultanément plusieurs propriétés intéressantes : Grâce aux nanoparticules, les saignements peuvent être stoppés, l'inflammation peut être affaiblie et la cicatrisation des plaies peut être accélérée. De plus, les nouvelles particules ont un effet significatif contre les bactéries, alors que le traitement est bien toléré par les cellules humaines.

Récemment, cette nouvelle technologie a été brevetée avec succès. L'équipe a maintenant publié ses résultats dans la revue scientifique Nanoscale Emerging Investigator Collection 2021.

Des germes malicieux

Parmi les bactéries, il existe des agents pathogènes particulièrement malicieux qui pénètrent dans les cellules du corps et sont invisibles pour le système immunitaire. C'est ainsi qu'ils survivent aux périodes où la défense du corps est en état d'alerte. Ce phénomène est également connu pour les staphylocoques. Ils peuvent se retirer dans les cellules de la peau, du tissu conjonctif, des os et du système immunitaire. Le mécanisme de cette persistance n'est pas encore entièrement compris.

Les staphylocoques sont pour la plupart des germes inoffensifs qui peuvent se trouver sur la peau et les muqueuses. Dans certaines conditions, cependant, la bactérie inonde le corps et provoque une inflammation grave, pouvant aller jusqu'au choc toxique ou à l'empoisonnement du sang. Cela fait des staphylocoques la principale cause de décès par infection avec un seul type d'agent pathogène.

Le nombre croissant d'infections à staphylocoques qui ne répondent plus au traitement par antibiotiques est particulièrement préoccupant. Le SARM, germes multirésistants, est particulièrement redouté dans les hôpitaux où, en tant qu'agents pathogènes nosocomiaux, ils provoquent des infections de plaies mal soignées ou colonisent les cathéters et les équipements. Au total, environ 75 000 infections hospitalières surviennent chaque année en Suisse, dont 12 000 sont mortelles.

Destruction des bactéries

Les chercheurs ont pu montrer les interactions entre les nanoparticules hybrides, les cellules du corps et les germes en utilisant, entre autres, la microscopie électronique. Si les cellules infectées étaient traitées avec les nanoparticules, les bactéries à l'intérieur des cellules commençaient à se dissoudre. Cependant, si les chercheurs ont spécifiquement bloqué l'absorption des particules hybrides, l'effet antibactérien a également cessé.

Le mécanisme d'action exact des particules contenant du cérium n'a pas encore été entièrement clarifié. Il a été prouvé que d'autres métaux ont également des effets antimicrobiens. Cependant, le cérium est moins toxique pour les cellules du corps que l'argent, par exemple. Les chercheurs supposent actuellement que les nanoparticules agissent sur la membrane cellulaire des bactéries, produisant des composés oxygénés réactifs qui conduisent à la destruction des germes. Comme la membrane des cellules humaines est construite différemment, les cellules du corps sont épargnées par ce processus.

Les chercheurs pensent que moins de résistance se développerait probablement contre un tel mécanisme. «De plus, les modifications chimiques de l'oxyde de cérium se régénèrent avec le temps, de sorte que l'effet des nanoparticules sur les bactéries peut recommencer», explique le chercheur de l'Empa Tino Matter. Ainsi, les particules de cérium pourraient avoir un effet durable.

Ensuite, les chercheurs veulent analyser plus en détail les interactions des particules dans le processus d'infection afin d'optimiser davantage la structure et la composition des substances nano-actives. L'objectif est de développer un agent antibactérien simple et robuste, efficace à l'intérieur des cellules infectées.

Un échange d'air plus rapide dans les bâtiments n'est pas toujours bénéfique pour les taux de coronavirus

Il y a quelques jours, le blog vous avait proposé «Le Covid-19 a redéfini la transmission aéroportée» et voici aujourd'hui, «Un échange d'air plus rapide dans les bâtiments n'est pas toujours bénéfique pour les taux de coronavirus», source Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).

Une étude de modélisation suggère qu'une ventilation vigoureuse peut provoquer un pic de concentrations virales.

Selon une nouvelle étude de modélisation, des échanges d'air vigoureux et rapides ne sont peut-être pas toujours une bonne chose pour s'attaquer aux taux de particules de coronavirus dans un bâtiment comprenant plusieurs pièces.

L'étude suggère que, dans un bâtiment avec plusieurs pièces, des échanges d'air rapides peuvent propager rapidement le virus de la pièce source vers d'autres pièces à des concentrations élevées. Les taux de particules augmentent dans les pièces adjacentes en 30 minutes et peuvent rester élevés pendant environ 90 minutes.

Les résultats, publiés en ligne sous leur forme définitive le 15 avril dans la revue Building and Environment, proviennent d'une équipe de chercheurs aux États-Unis du Laboratoire national Nord-Ouest du Pacifique du ministère de l'Énergie. L'équipe comprend des experts en bâtiment et en HVAC (heating, ventilation and air-conditioning, en français, chauffage, ventilation et climatisation) ainsi que des experts en particules d'aérosols et en matériaux viraux.

«La plupart des études ont examiné les taux de particules dans une seule pièce, et pour un bâtiment d'une seule pièce, une ventilation accrue est toujours utile pour réduire leur concentration», a dit Leonard Pease, auteur principal de l'étude. «Mais pour un bâtiment avec plus d'une pièce, les échanges d'air peuvent poser un risque dans les pièces adjacentes en augmentant les concentrations de virus plus rapidement que cela ne se produirait autrement.»

«Pour comprendre ce qui se passe, considérez comment la fumée secondaire est distribuée dans tout un bâtiment. Près de la source, l'échange d'air réduit la fumée près de la personne mais peut distribuer la fumée à des niveaux inférieurs dans les pièces voisines», a ajouté Pease. «Le risque n'est pas nul, pour toute maladie respiratoire.»

L'équipe a modélisé la propagation de particules similaires au SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, via des systèmes de traitement de l'air. Les scientifiques ont modélisé ce qui se passe après qu'une personne a eu une quinte de toux de cinq minutes dans une pièce d'un petit immeuble de bureaux de trois pièces, en exécutant des simulations avec des particules de cinq microns.

Les chercheurs ont examiné les effets de trois facteurs: différents niveaux de filtration, différents taux d'incorporation d'air extérieur dans l'alimentation en air du bâtiment et différents taux de ventilation ou de renouvellement d'air par heure. Pour les pièces en aval, ils ont trouvé un avantage clair attendu de l'augmentation de l'air extérieur et de l'amélioration de la filtration, mais l'effet d'une augmentation du taux de ventilation était moins évident.

Un air extérieur plus propre réduit la transmission

Les scientifiques ont étudié les effets de l'ajout de quantités variables d'air extérieur à l'alimentation en air du bâtiment, de l'absence d'air extérieur à 33% de l'alimentation en air du bâtiment par heure. Comme prévu, l'incorporation d'un air extérieur plus propre a réduit le risque de transmission dans les pièces connectées. Le remplacement d'un tiers de l'air d'un bâtiment par heure par de l'air extérieur propre dans les pièces en aval a réduit le risque d'infection d'environ 20% par rapport aux niveaux inférieurs d'air extérieur généralement inclus dans les bâtiments. L'équipe a noté que le modèle supposait que l'air extérieur était propre et exempt de virus.

«Plus d'air extérieur est clairement une bonne chose pour le risque de transmission, tant que l'air est exempt de virus», a dit Pease.

Lorsque la personne infectée dans le bureau tousse à gauche, des gouttelettes respiratoires contenant des particules virales sortent par l'évent du bureau au plafond. Certaines gouttelettes sortent du bâtiment, tandis que d'autres sont renvoyées dans le bâtiment et dans plusieurs pièces via la centrale de traitement d'air. Une équipe du PNNL a découvert qu'un taux de ventilation élevé peut augmenter les taux de particules virales en aval d'une pièce source.

Une forte filtration réduit la transmission

Le deuxième facteur étudié, une forte filtration, était également très efficace pour réduire la transmission du coronavirus.

L'équipe a étudié les effets de trois niveaux de filtration: MERV-8, MERV-11 et MERV-13, où MERV signifie minimum efficiency reporting value, une mesure courante de la filtration. Un nombre plus élevé se traduit par un filtre plus fort.

La filtration a considérablement réduit les risques d'infection dans les pièces connectées. Un filtre MERV-8 a réduit le niveau maximal de particules virales dans les pièces connectées à seulement 20% par rapport à ce qu'il était sans filtration. Un filtre MERV-13 a abaissé la concentration maximale de particules virales dans une pièce connectée de 93%, à moins d'un dixième de ce qu'elle était avec un filtre MERV-8. Les chercheurs notent que les filtres plus puissants sont devenus plus courants depuis le début de la pandémie.

Augmentation de la ventilation, une image plus complexe

La découverte la plus surprenante de l'étude concernait la ventilation, l'effet de ce que les chercheurs appellent des renouvellement d'air par heure. Ce qui est bon pour la pièce source, réduire le risque de transmission dans la pièce de 75%, n'est pas aussi bon pour les pièces connectées. L'équipe a découvert qu'un taux rapide d'échange d'air, 12 changements d'air par heure, peut provoquer une augmentation des niveaux de particules virales en quelques minutes dans les pièces connectées. Cela augmente le risque d'infection dans ces pièces pendant quelques minutes à plus de 10 fois ce qu'il était à des taux de renouvellement d'air inférieurs. Le risque de transmission plus élevé dans les pièces connectées demeure pendant environ 20 minutes.

«Pour la pièce source, il est clair que plus de ventilation est une bonne chose. Mais cet air va quelque part», a dit Pease. «Peut-être que plus de ventilation n'est pas toujours la solution.»

Interpréter les données

«Il y a de nombreux facteurs à considérer et le calcul du risque est différent pour chaque cas» a dit Pease. «Combien de personnes y a-t-il dans le bâtiment et où se trouvent-elles? Quelle est la taille du bâtiment? Combien de pièces? Il n'y a pas beaucoup de données à ce stade sur la façon dont les particules virales se déplacent dans les bâtiments de plusieurs pièces.»

«Ces chiffres sont très spécifiques à ce modèle - ce type particulier de modèle, la quantité de particules virales rejetées par une personne. Chaque bâtiment est différent et des recherches supplémentaires doivent être effectuées», a ajouté Pease.

Le co-auteur Timothy Salsbury, un expert en contrôle des bâtiments, note que de nombreux compromis peuvent être quantifiés et pondérés en fonction des circonstances.

«Une filtration plus forte se traduit par des coûts énergétiques plus élevés, tout comme l'introduction de plus d'air extérieur que ce qui serait habituellement utilisé dans des opérations normales. Dans de nombreuses circonstances, la pénalité énergétique pour l'augmentation de la puissance du ventilateur requise pour une filtration forte est inférieure à la pénalité énergétique pour le chauffage ou le refroidissement de l'air extérieur supplémentaire», a déclaré Salsbury.

«Il y a de nombreux facteurs à équilibrer, niveau de filtration, niveaux d'air extérieur, échange d'air, pour minimiser le risque de transmission. Les gestionnaires d'immeubles ont certainement du pain sur la planche», a-t-il ajouté.

Des études expérimentales supplémentaires en cours

L'équipe mène déjà une série d'études expérimentales dans le même sens que l'étude de modélisation. À l'instar de l'étude récemment publiée, les analyses supplémentaires portent sur les effets de la filtration, de l'incorporation d'air extérieur et des changements d'air.

Ces études en cours impliquent de vraies particules de mucus (n'incorporant pas le virus SARS-CoV-2) et tiennent compte des différences entre les particules expulsées de diverses parties des voies respiratoires, telles que la cavité buccale, le larynx et les poumons. Les enquêteurs déploient une machine d'aérosolisation qui disperse les particules de type viral au fur et à mesure qu'elles seraient dispersées par une toux, ainsi qu'une technologie de suivi fluorescent pour surveiller où elles vont. D'autres facteurs incluent la taille variable des particules, la durée pendant laquelle les particules virales sont susceptibles d'être infectieuses et ce qui se passe lorsqu'elles tombent et se désintègrent.

L'EFSA, les denrées alimentaires et l'information des consommateurs

Un communiqué de l'EFSA du 22 avril 2021 rapporte, «L'EFSA conseille les fournisseurs alimentaires en matière d’information des consommateurs». Je crois que les fournisseurs alimentaires sont aussi appelés entreprises alimentaires ...

L’EFSA a formulé des conseils pour aider les fournisseurs de denrées alimentaires à décider quelles sont les informations à donner aux consommateurs concernant le stockage des aliments et les délais de consommation.

Une fois qu’un emballage alimentaire est ouvert, des bactéries peuvent être transférées aux aliments par les mains ou par des surfaces ou des équipements contaminés. Fixer un délai de consommation est complexe mais l'outil mis au point par les experts de l'EFSA aidera les fournisseurs alimentaires à décider s'il est opportun de donner aux consommateurs d'autres instructions outre les dates indiquant «à consommer avant» ou «à consommer de préférence avant».

Pour les produits dont l'ouverture pourrait entraîner la prolifération de bactéries nocives, l'outil indique que le délai de consommation doit être plus court que la date limite initiale de consommation ou d’utilisation optimale.

L'avis scientifique comprend également des conseils sur les bonnes pratiques permettant de décongeler des aliments en toute sécurité. La congélation empêche les bactéries de se développer. Toutefois, ces microbes peuvent se regénérer pendant le processus de décongélation et se développer dans les aliments jusqu'à atteindre des niveaux susceptibles de provoquer des maladies d'origine alimentaire. Les experts ont identifié les bonnes pratiques qui minimisent la croissance de tels microbes pendant la décongélation.

La décongélation doit se faire à basse température, par exemple au réfrigérateur ; les aliments décongelés doivent être conservés soit dans leur emballage d'origine soit dans un récipient propre pour éviter toute contamination ; les consommateurs doivent toujours suivre les instructions du fabricant concernant les modalités de conservation et de préparation pour s'assurer que les aliments restent sûrs et, enfin, les aliments décongelés ne doivent jamais être recongelés après la décongélation.

L’indication de la date fournit une information utile sur la durée pendant laquelle les aliments peuvent être conservés avant qu'ils ne commencent à se détériorer ou à devenir impropres à la consommation. Des informations claires sur les emballages peuvent également contribuer à réduire le gaspillage alimentaire dans l'UE.

En décembre 2020, les experts avaient également élaboré un outil pour aider les exploitants du secteur alimentaire à décider quand appliquer une date limite de consommation («à consommer avant») ou une date limite d'utilisation optimale («à consommer de préférence avant») à leurs produits.

Infographie proposée par l'EFSA :

Décongeler les aliments en toute sécurité

Les aliments congelés peuvent contenir des bactéries susceptibles de se développer après la décongélation et de causer des intoxications alimentaires.

De bonnes pratiques de décongélation réduisent le risque de maladies d'origine alimentaire et le gaspillage.

Suivez nos conseils pour décongeler vos aliments surgelés en toute sécurité

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N’OUBLIEZ PAS !

• Conservez les aliments décongelés dans leur emballage d'origine ou dans un récipient approprié pour éviter toute contamination.
• Décongelez les aliments à basse température pour éviter la croissance des bactéries.
• Faites cuire les aliments décongelés avant de les consommer pour éliminer les bactéries.
• Ne recongelez pas les aliments après leur décongélation.
• Suivez toujours les instructions de conservation du fabricant pour vous assurer que les aliments restent sans danger.