Le 20 février 2019, PulseNet, le réseau de sous-typage moléculaire pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire, a identifié six cas d'infections à Escherichia coli productreurs de shigatoxines (STEC) O26:H11 avec la même combinaison de schémas par électrophorèse en champ pulsé (PFGE). Cette combinaison de modèles PFGE correspondait à celle des infections d'une éclosion de juillet 2018 associée à de la viande bovine hachée. En réponse, le CDC a lancé une investigation avec des partenaires fédéraux, des Etats et locaux pour identifier la source de l'épidémie et mettre en œuvre des mesures de prévention.
Le CDC a défini un cas comme une infection à STEC O26 avec un isolat correspondant à la souche de l'épidémie par PFGE ou apparenté par le typage cgMLST avec des dates d'apparition de la maladie du 11 décembre 2018 au 21 mai 2019. Les enquêteurs ont initialement émis l'hypothèse que la viande bovine hachée a été la cause de l'éclosion en raison de la correspondance PFGE avec l'éclosion de juillet 2018 et parce que lors des premiers entretiens, les patients ont souvent déclaré avoir consommé de la viande bovine hachée et des légumes verts à feuilles. Les enquêteurs ont utilisé le cgMLST pour comparer les séquences génétiques des isolats des deux éclosions et ont déterminé qu'ils appartenaient à des clades génétiques distincts (différant de 6 à 11 allèles), ce qui suggère que quelque chose d'autre que le viande bovine hachée a causé la maladie en 2019. Le CDC a noté qu'un patient en avait consommé de la pâte crue pour cookies et que la plupart des patients étaient de jeunes femmes adultes, ce qui est similaire à la répartition démographique des éclosions antérieures de STEC associées à de la farine. Les enquêteurs ont élaboré un questionnaire supplémentaire axé sur les expositions à la viande bovine, aux légumes verts à feuilles et à la farine.
Vingt et un cas ont été signalés dans neuf États. L'âge médian des patients était de 24 ans (intervalle = 7 à 86 ans); 71% étaient des femmes. Trois patients ont été hospitalisés et aucun n'est décédé. Parmi les 13 patients interrogés sur l'exposition à la farine, six ont déclaré avoir mangé, léché ou goûté de la pâte maison ou de la pâte crue au cours de la semaine précédant le début de la maladie. Trois patients ont déclaré avoir mangé de la pâte crue ou de la pâte faite avec la même marque de magasin de farine tout usage, y compris un patient qui a déclaré avoir mangé de la pâte crue dans une boulangerie du Rhode Island. Dans l'ensemble, sur 18 patients ayant des informations sur le magasin, 11 ont déclaré faire des achats dans cette même chaîne de magasin.
Le Rhode Island Department of Health a visité la boulangerie signalée par le patient et a collecté de la farine pour les tester. Le 21 mai 2019, des tests ont identifié STEC O26 à partir d'un sachet intact de farine tout usage, qui était la même marque de magasin rapportée par d'autres patients. PulseNet a confirmé que STEC O26 isolé de la farine était étroitement lié aux isolats cliniques utilisant cgMLST (0–1 allèles). Les registres de distribution des produits recueillis par la Food and Drug Administration indiquaient que la farine de la marque du magasin achetée par six patients dans trois États était produite dans une seule minoterie à Buffalo, New York. Sur la base des résultats de l'enquête, la chaîne de magasins a rappelé tous les lots de produits de ses points de vente dans 11 États. La minoterie a également rappelé tous les lots de ce produit et plusieurs autres lots de farine produits dans cette usine, ce qui a entraîné le rappel de marques et de produits supplémentaires distribués dans plusieurs États.
La farine est de plus en plus reconnue comme une cause d'épidémies de STEC. La farine crue n'est pas un produit prêt à consommer, et cette épidémie met en évidence le risque continu de maladie associé à la consommation de farine et de pâte crue ou de pâte à frire. L'enquête a été facilitée en tenant compte des informations démographiques au début de l'enquête, car ces caractéristiques étaient similaires à celles des éclosions antérieures associées à la farine. Ces similitudes, associées au pouvoir discriminatoire du cgMLST, ont aidé à orienter l'examen d'hypothèses alternatives concernant la source de l'épidémie et l'identification réussie de la farine comme cause de cette épidémie.
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