Le Comité
Scientifique auprès de l’AFSCA de Belgique s’est auto-saisi
dans un Avis 18-2021 du «Whole Genome Sequencing pour la détection
des toxi-infections alimentaires et l'évaluation du risque
bactérien» (dossier SciCom 2020/08 – auto-saisine). 43 pages. Il
me semble que traduction de Whole Genome Sequencing serait entre autres, séquençage complet du génome ou
bien séquençage du génome entier.
Contexte
et termes de référence
Cet
avis traite du Whole Genome Sequencing (WGS), qui consiste à
déterminer la séquence d'ADN du génome d'un organisme à partir
d'un isolat. La «métagénomique», dans laquelle les séquences
d'ADN sont déterminées à partir d'un échantillon biologique qui
peut contenir plusieurs micro-organismes, n'entre pas dans le scope
du présent avis. Les virus, bien qu'également importants pour les
infections d'origine alimentaire, n'entrent pas dans le champ
d'application de cet avis. Cet avis concerne le WGS des bactéries,
car les bactéries sont également la première priorité de l'EFSA
et de l'ECDC.
Le
développement technologique du Whole Genome Sequencing (WGS) offre
de nouvelles possibilités pour l'identification des causes des
infections et intoxications d’origine alimentaire, la
caractérisation génotypique de la résistance antimicrobienne, la
détermination de la virulence, le sérotypage des agents pathogènes
et l'échange standardisé de données. Cependant, la mise en œuvre
du WGS suscite également un certain nombre de préoccupations.
Le
présent avis a été préparé par le Comité Scientifique dans le
cadre d'un mandat d'autosaisine. L'avis aborde les termes de
référence suivants, en mettant l'accent sur le contexte belge :
1.
Les avantages de l'utilisation du WGS pour l'enquête des foyers
épidémiques
2.
Les avantages de l'utilisation du WGS pour l'évaluation de la
sécurité alimentaire en matière de risque bactérien
3.
L’interprétation du lien entre les aliments contaminés, les
infections humaines et la source de contamination dans la chaîne
alimentaire
4.
Les recommandations sur la (poursuite de la) mise en œuvre du WGS
pour la gestion de la sécurité alimentaire en Belgique
5.
La validation de la méthodologie de WGS : importance, état actuel
et évolutions attendues
6.
Exigences - sur le plan technique et organisationnel - pour partager
des données de WGS dans le contexte de la sécurité alimentaire
Avis
Le
whole genome sequencing (WGS) offre de nouvelles possibilités pour
améliorer la sécurité alimentaire bactérienne. Néanmoins, un
certain nombre de préoccupations accompagne la mise en œuvre du WGS
dans le cadre de la surveillance (inter)nationale et de la gestion de
la sécurité alimentaire. L'avis porte sur différents agents
pathogènes d'origine alimentaire, notamment les bactéries
Salmonella, Listeria monocytogenes et Escherichia
coli producteurs
de shigatoxines (STEC). Ces trois agents pathogènes sont exposés
plus en détail dans la partie consacrée aux enquêtes des foyers
épidémiques (Annexe
1, en anglais), parce qu'ils sont le premier et le véritable
objet de la base de données de WGS commune développée par l'EFSA
et l'ECDC.
Conclusion
Dans
cet avis, le Comité scientifique a situé l'utilisation du WGS pour
la détection des foyers de toxiinfection alimentaires et
l'évaluation des risques bactériens. Le Comité scientifique a
également réfléchi à la mise en œuvre du WGS dans le contexte
belge. À l'avenir, le WGS deviendra la méthode privilégiée pour
les enquêtes sur la sécurité alimentaire en matière de risque
bactérien, en raison de son pouvoir discriminatoire élevé et de la
disparition au niveau international de diverses méthodes de typage
plus anciennes. Bien que les méthodes WGS et les pipelines d'analyse
des données soient encore en constante évolution et amélioration,
le WGS est prêt à être utilisé dans les enquêtes
épidémiologiques de routine et les activités de surveillance. Le
Comité scientifique formule plusieurs recommandations concernant la
mise en œuvre du WGS dans le contexte belge. Pour faciliter la
transition vers le WGS pour l'analyse des isolats alimentaires, y
compris la surveillance de la RAM, une période de transition peut
être mise en place. Cela laisse aux laboratoires le temps d'acquérir
de l'expérience et de préparer les infrastructures nécessaires. Le
Comité scientifique conseille à l'AFSCA de passer (progressivement)
au WGS pour l'analyse des isolats alimentaires.
Cependant,
en dépit des avantages du WGS, certaines limites doivent encore être
prises en compte pour une mise en œuvre systématique et uniforme.
Des efforts doivent être faits pour valider la méthodologie de WGS
et pour faciliter le partage des données. Dans les enquêtes des
foyers épidémiques, il est recommandé que les résultats du WGS
relatifs à la comparaison des souches soient interprétés par une
équipe multidisciplinaire (microbiologistes, biologistes
moléculaires, bioinformaticiens, épidémiologistes) disposant d'une
expertise suffisante. Il est également recommandé que, lors du WGS
pour le sous-typage des souches dans le cadre d’une enquête des
foyers épidémiques, des méthodes de WGS et des outils
bioinformatiques validés ou reconnus au niveau international soient
utilisés et interprétés en fonction de la clonalité de l'agent
pathogène considéré. En outre, les preuves épidémiologiques et
les métadonnées sur les souches doivent être prises en compte. Ces
métadonnées comprennent des caractéristiques telles que les
données de géolocalisation, la source d'isolement, la date de
collecte, l'organisation effectuant la collecte, les noms des
échantillons et des souches. Il est recommandé d'être vigilant
quant à l'interprétation et la communication correctes des
responsabilités des différents acteurs (autorité compétente,
exploitants
du secteur alimentaire, consommateurs) en
cas de foyers. À cet égard, il est important de faire savoir que le
risque zéro en matière de sécurité alimentaire bactérienne
n'existe pas.
Par
ailleurs, le Comité scientifique émet plusieurs recommandations. On
trouvera un glossaire en Annexe
2.
Enfin,
l’Annexe
3 comprend des réponses du Comité scientifique aux remarques
formulées lors de la consultation ouverte. Ces remarques sont
exclusivement de la FEVIA, Fédération de l’industrie alimentaire
belge.
Remarque
sur des considérations pratiques et technologiques
Fevia
craint que si le WGS devient à terme «la technique standard» pour
l'identification des isolats, cela ne soit restrictif pour la mise en
œuvre pratique des contrôles. Puisque le WGS, comme d'autres
techniques, se définit par ses avantages et inconvénients
techniques. En excluant les autres techniques disponibles, nous
perdrions les avantages de ces techniques.
Comité
scientifique auprès de l’AFSCA
Comme
indiqué dans l'avis, il est probable qu'à l'avenir, le WGS devienne
la méthode privilégiée pour les enquêtes sur la sécurité
alimentaire en matière de risque bactérien, en raison de son
pouvoir discriminatoire élevé et de la disparition au niveau
international de diverses méthodes de typage plus anciennes.
Toutefois, les méthodes de typage moléculaire non WGS peuvent
encore s'avérer précieuses. Par exemple, pour effectuer un premier
tri afin de déterminer un sous-ensemble de souches d'intérêt pour
les analyses WGS. Le Comité Scientifique est d'avis que la technique
la plus appropriée doit être choisie en fonction de l'objectif
poursuivi.
Remarques économiques-financières
Si l'on décide maintenant de passer (généralement) au WGS et si
l'on souhaite conserver le nombre d'échantillons prélevés à
l'aide des techniques d'analyse traditionnelles pour la surveillance
de l'environnement, les coûts pour les entreprises alimentaires
augmenteront considérablement. Tout coût supplémentaire constitue
une menace pour la position concurrentielle des entreprises belges.
Fevia craint également que si le coût du WGS devient trop élevé,
certains opérateurs choisissent de réduire le nombre de noms
d'échantillons pour réduire les coûts. Ce ne serait pas une
évolution favorable pour la sécurité alimentaire.
Comité
scientifique auprès de l’AFSCA
Cet avis a mis en évidence les avantages et les inconvénients du
WGS. Il n'est pas du ressort du Comité scientifique de prendre
une décision concernant le passage au WGS. Le Comité scientifique
est d'avis que la technique la plus appropriée doit être choisie en
fonction de l'objectif poursuivi.
NB: On trouvera en France sur
la Plateforme
de surveillance de la chaîne alimentaire un article sur le Whole
Genome Sequencing.
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