Retour sur une épidémie à Salmonella Newport associée à du fromage au lait cru de chèvre distribué à l'international, France, 2018.

Voici un article intéressant pour nous Français car cela concerne une épidémie à Salmonella Newport associée à du fromage au lait cru de chèvre distribué à l'international, France, 2018.

Résumé

Les fromages au lait cru sont couramment consommés en France et sont également une source fréquente de toxi-infections alimentaires (TIA). Un système de surveillance des TIA et un système de surveillance en laboratoire visent à détecter les épidémies à Salmonella. Début août 2018, 5 TIA familiales dues à Salmonella spp. ont été rapportées à une agence régionale de santé (ARS). L’investigation a identifié une exposition commune avec un fromage au lait cru de chèvre, à partir duquel Salmonella spp. a également été isolé, ce qui a entraîné un rappel international de produits.

Trois semaines plus tard, le 22 août, une augmentation nationale de Salmonella Newport ST118 a été détectée grâce à une surveillance en laboratoire. Les isolats concomitants des clusters familiaux antérieurs ont été confirmés comme étant S. Newport ST118.

Des entretiens avec une sélection de cas identifiés en laboratoire ont révélé une exposition au même fromage, y compris une exposition à des lots non inclus dans le rappel précédent, ce qui a entraîné une expansion du rappel.

L'épidémie a touché 153 cas, dont 6 en Écosse. S. Newport a été détecté dans le fromage et dans le lait d’une des chèvres du producteur.

La différence entre les deux alertes générées par cette épidémie met en évidence la rapidité du système des TIA et la précision du système de surveillance en laboratoire. C'est aussi un rappel des risques associés aux fromages au lait cru.

Le blog vous avait parlé de cette épidémie dans De l'information sur deux ou trois crises sanitaires en 2018.

Dans cet article, je faisais référence au rapport d'activité de la DGAL 2018 … où l'on apprenait de façon stupéfiante qu'il y a eu « Une centaine de cas de salmonelloses dus à des fromages pélardons ». On verra loin qu’il y a eu beaucoup plus de cas … 153 cas au moins ...

Un retrait/rappel des lots identifiés chez les malades a été lancé le 10 août, accompagné d'un communiqué de presse afin de toucher des consommateurs potentiels au niveau national pendant cette période de vacances avec une importante mobilité des personnes. La distribution dépassant les frontières de l'Hexagone, l'alerte a été notifiée sur le réseau européen d'alerte (Rasff) le 13 août 2018.

Le 22 août, Santé Publique France rapporte l'existence de nouveaux cas humains de salmonelloses, répartis sur l'ensemble du territoire, dus à une souche de Salmonella Newport, souche génétiquement identique à celle trouvée dans les pélardons impliqués, début août, dans les Tiac des Bouches du Rhône. Les ministères de l’Agriculture et de la Santé décident alors de publier un second communiqué de presse national élargissant les mesures de retrait/rappel à tous les pélardons sur le marché fabriqués par l'entreprise lozérienne.

Au total, 104 malades ont été recensés en France entre le 11 juillet et le 22 août 2018. L'absence de détection de nouveaux cas après le 25 août montre l'efficacité des mesures de retrait-rappel mises en œuvre. Des analyses du lait ont permis d'identifier un animal à l'origine de la contamination. Des opérations rigoureuses de nettoyage et désinfection ont été effectuées dans l'établissement. Un suivi renforcé sur plusieurs semaines a accompagné la reprise de son activité.

Les deux rappels dont il est question sont les suivants :

• 10/08/2018. L’EARL Mounier procède au retrait de la vente et au rappel du produit « Pélardons »
• 24/08/2018. Contamination de fromages « Pélardon » de l’entreprise Mounier par des salmonelles : élargissement du retrait-rappel suite à plusieurs cas de salmonelloses

Dans l’article du blog précité j’indiquais :

Notons que le communiqué du 10 août 2018 du ministère de l'agriculture indique que les produits ont été commercialisés « à partir du 21/07/2018 sur l’ensemble du territoire national, dans les commerces de détail et sur les marchés locaux. »

Beaucoup de temps s'est donc écoulé entre la commercialisation et le premier rappel … et nous verrons plus loin, dans la discussion de l’article scientifique proposé en début d’article, que cela peut poser problème.

Je relaie l'ensemble du texte de la discussion pour une meilleure compréhension de cette épidémie.

Discussion

Nous avons décrit une importante éclosion à S. Newport susceptible liée à un fromage au lait de chèvre cru artisanal distribué à l'international produit en France. L'ampleur de l'épidémie est probablement sous-estimée.

En France, un facteur de multiplication de 20 a été estimé entre les cas de Salmonella constatés par le système de surveillance en laboratoire et les cas dans la communauté.

Le taux d'attaque élevé observé dans les clusters familiaux, et le fait que plus de 23 000 unités potentiellement contaminées ont été distribuées en France et à l'international, suggère en outre une sous-estimation de l'ampleur tant en France qu'à l'international.

Aucun cas international n'a été signalé, à l'exception de ceux signalés en Écosse.

Étant donné que seulement 24 unités impliquées dans le premier rappel ont été vendues en Écosse et que quatre cas connus pour avoir été exposés à ces unités ont été identifiés, il semble probable que des cas se soient également produits dans d'autres pays qui ont reçu le produit.

Cependant, le premier rappel a probablement atténué une éclosion beaucoup plus importante. Alors que 5 des 6 foyers à S. Newport identifiés en France sont désormais associés à des fromages au lait de chèvre cru, nous n'avons pas connaissance d'affinité particulière entre ce sérotype et les chèvres ou les produits laitiers.

Ailleurs, les sources des éclosions à S. Newport ont été éclectiques, y compris des produits frais (fruits, légumes à feuilles, à racines et à tiges de vigne, graines germées, fruits à coque), la viande bovine hachée et d'autres aliments d'origine animale, suggérant des réservoirs variés.

Deux autres foyers liés à la consommation de fromages au lait cru ont été signalés - tous deux aux États-Unis et associés à des fromages au lait de vache non pasteurisés. Fait intéressant, aux États-Unis, les isolats de S. Newport avec un profil pansusceptible sont souvent associés à des produits frais et à des réservoirs environnementaux potentiels tandis que les isolats multirésistants sont associés à des produits d'origine animale, ce qui conduit à l'hypothèse que la pansusceptibilité est un indicateur d'un réservoir environnemental, ou d'un environnement avec moins d'exposition aux antibiotiques. Le contact avec les amphibiens et les reptiles s'est également avéré être associé à une infection pansusceptible, conformément à l'hypothèse de l'association entre la pansusceptibilité et les réservoirs environnementaux.

Les isolats de cette éclosion étaient sensibles. Pour se conformer aux exigences AOP, les chèvres produisant le fromage impliqué doivent passer la majorité du temps à l'extérieur et se nourrir de végétation naturelle et peuvent donc avoir été exposées à un réservoir environnemental.

L'épidémie a mis à nouveau en évidence les risques potentiels associés aux produits laitiers crus. Le lait cru de chèvre peut être contaminé par des pathogènes gastro-intestinaux humains similaires au lait cru de vache. En France, six autres foyers à Salmonella ont été liés à des fromages français au lait cru de chèvre et trois foyers à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) ont été liés à des fromages au lait cru de chèvre et de vache.

Des foyers gastro-intestinaux à STEC, Cryptosporidium parvum, Campylobacter spp. et Salmonella spp. associés à la consommation de lait cru de chèvre ou de son fromage ont été signalés par d'autres pays. En outre, la consommation a également été associée à d'autres infections zoonotiques non gastro-intestinales, notamment l'encéphalite à tiques, la brucellose, la toxoplasmose, la fièvre Q, la de Streptococcus equi sous-espèce zooepidemicus, la fièvre de la vallée du Rift et la tuberculose.

Comme pour le lait de vache, la contamination du lait de chèvre peut être due à une excrétion directe dans le lait par le pis ou à une contamination externe pendant ou après la traite, selon l'agent pathogène. On pense cependant que la contamination fécale est moins probable que pour le lait de vache car les fèces de chèvre sont granulées et plus sèches, donc moins susceptibles de contaminer le pis. De plus, par rapport aux vaches au pâturage, les pis des chèvres sont moins susceptibles d’entrer en contact avec de la boue contaminée par des matières fécales.

Dans 4 des 7 épidémies à Salmonella documentées en France associées au fromage au lait de chèvre (y compris l'épidémie actuelle), une ou plusieurs chèvres se sont révélées être des excréteurs de pis asymptomatiques, tandis que dans une cinquième, une chèvre avec une mammite clinique s'est avérée être la source.

Dans les foyers à STEC associés au lait cru mélangé, l'agent pathogène a été retrouvé dans les fèces d'un ou plusieurs animaux des deux espèces ou dans l'installation de production, mais pas dans le lait excrété. La consommation de produits laitiers de chèvre est moins courante que celle de lait de vache, bien qu’il puisse y avoir des variations géographiques.

Dans l’Union européenne, la production de lait de chèvre ne représentait que 1,4% de la production totale de lait. Dans une enquête nutritionnelle française 0,4% des personnes ont déclaré avoir bu du lait de chèvre. Quinze pour cent des personnes ont déclaré manger tout type de fromage au lait de chèvre et 3% ont déclaré avoir mangé du fromage au lait cru de chèvre. Cela se compare aux 27% des personnes qui ont déclaré avoir mangé du fromage de lait de vache cru. Les fromages au lait de chèvre cru représentent environ 9% des fromages au lait cru français produits. Alors que les flambées associées au lait cru de chèvre en France sont moins fréquentes que pour le lait de vache, ce chiffre semble disproportionné compte tenu des différences de consommation.

Sur les 18 foyers à Salmonella liés aux fromages au lait cru en France entre 2004 et 2018, six ont été liés à un fromage au lait de chèvre. En outre, les fromages au lait cru de chèvre ont représenté 26% des 101 alertes de sécurité des aliments (pour la plupart des non-conformités dans les contrôles de qualité par le producteur) concernant les fromages au lait cru notifiés à la DGAL. La disproportionnalité des agents pathogènes et des maladies associées aux fromages au lait de chèvre peut s'expliquer par le fait que les fromages au lait cru de chèvre sont plus susceptibles d'être des fromages à pâte molle, dans lesquels la forte teneur en eau et le pH permettent la survie et améliorent les conditions de croissance des agents pathogènes.

En 2018, la DGAL a entrepris une étude qui impliquait un échantillonnage aléatoire sur les sites de production de fromages au lait cru de toutes les espèces pour déterminer la prévalence ou Listeria, Salmonella et STEC dans les produits. Les résultats de cette étude fourniront une image plus claire du risque posé par les fromages crus de différentes espèces. La France produit la moitié de la production totale de fromage de l'UE à partir de lait pur de chèvre. Vingt-deux pour cent du lait de chèvre produit en France est transformé à la ferme, principalement sans pasteurisation, avec 18-20 000 tonnes de fromages artisanaux produits chaque année. Cette flambée souligne comment même un producteur à relativement petite échelle peut contribuer à une flambée internationale de grande ampleur. Un tiers du fromage de chèvre français est exporté. Le marché artisanal du fromage de chèvre au lait cru serait en croissance dans d’autres régions comme le Royaume-Uni et l’Australie.

Bien que de nouvelles techniques non thermiques pour améliorer la qualité microbiologique puissent être une option pour les producteurs industriels de fromages au lait cru, il est peu probable qu'elles soient réalisables par des producteurs artisanaux. Beaucoup de ces producteurs ne pouvaient pas se permettre d'investir dans ces technologies. Plus important encore, il est peu probable qu'elles soient acceptées par le producteur ou les consommateurs, qui souhaitent souvent conserver les méthodes de production traditionnelles. Les réglementations concernant les produits AOP/IGP exigent également le respect des méthodes de production traditionnelles.

Dans les pays européens, la production et la vente de fromages crus sont soumises aux réglementations de l'UE en matière de sécurité alimentaire. Alors que des lignes directrices supplémentaires sur les bonnes pratiques ont été élaborées en collaboration avec l'industrie dans certaines régions, les producteurs artisanaux et leurs fournisseurs, en France et ailleurs, peuvent avoir besoin d'un soutien particulier pour entreprendre les évaluations des risques requises et mettre en œuvre des procédures de maîtrise critique pour maximiser la sécurité microbiologique de leur produit.

Cependant, alors que l'amélioration des pratiques d'élevage et de production en combinaison avec des protocoles de tests microbiologiques peuvent réduire les produits contaminés, le risque ne peut pas être éliminé et les consommateurs de tous les produits laitiers crus doivent être conscients des risques potentiels, en particulier ceux à risque accru de maladie grave.

En juin 2019, la DGAL a recommandé aux jeunes enfants, notamment de moins de 5 ans, aux femmes enceintes et aux personnes immunodéprimées de ne pas consommer de fromages au lait cru. L'autre aspect intéressant de cette épidémie est le décalage horaire, de plus de deux semaines, entre sa détection dans le système de surveillance syndromique des TIA et le système de surveillance de laboratoire, mettant en évidence certaines des forces et des faiblesses des deux.

Le système de surveillance des TIA offre une opportunité, car les cas groupés doivent être déclarées avant la confirmation microbiologique des cas.

En 2016, 31% des cas groupés ont été signalées le jour ou le lendemain de l'apparition des premiers symptômes du premier malade. Cette notification rapide peut faciliter l'investigation et la mise en œuvre rapide des mesures de maîtrise. De plus, en cas d'alerte provenant du système de laboratoire, une recherche des clusters du même sérotype au sein du système de surveillance des TIA est entreprise, et lorsqu'elle est présente peut aider à la génération d'hypothèses.

Une étude (couvrant la période 1995-2000) , ont estimé que 26% des cas groupésde salmonellose avec des cas confirmés microbiologiquement ont été capturées par le système syndromique des TIA. De plus, la lien avec des cas groupés signalées, en particulier lorsqu'ils s'étendent sur plusieurs régions géographiques, est limitée par des informations imprécises ou absentes sur l'agent pathogène ou la source suspectée.

Trois autres cas groupés familiaux à Salmonella au sein de cette éclosion, qui étaient liées rétrospectivement microbiologiquement, ont été notifiées dans différentes régions avant la deuxième alerte. Un repas contenant du fromage était le véhicule suspect pour chacun, mais le fromage impliqué n'était pas spécifiquement identifié. Par conséquent, ils n'étaient pas liés aux cas groupés du département 13, et une occasion de reconnaître plus tôt l'étendue réelle de l'épidémie a été manquée. De même, la liaison des cas groupés sur la base d'un pathogène causal commun peut être entravée par le fait que dans environ la moitié des cas groupés de salmonellose, le sérotype n'est pas confirmé au moment de la notification. En revanche, la surveillance en laboratoire offre une plus grande sensibilité, avec environ 66% des infections confirmées capturées. Il fournit également des informations détaillées sur les agents pathogènes, un avantage qui a été encore amélioré depuis l'introduction du WGS (séquençage du génome complet).

Cependant, cela se fait au détriment de l'actualité, avec un délai d'analyse moyen (réception au Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella jusqu’à la validation du sérotype) de 26 jours contre 6 jours lorsque le sérotypage se faisait par agglutination. Bien que le premier rappel provenant du système de surveillance FBO était inadéquat car l'étendue de l'épidémie et la contamination n'étaient pas entièrement évidentes, il s'est toujours produit près de 2 semaines avant que l'épidémie ne soit même détectée par le biais d'une surveillance en laboratoire. La rapidité d'exécution peut être l'une des limites de l'utilisation du WGS pour la détection des épidémies. Les délais d'exécution dépendront de la demande et des ressources disponibles et la forte incidence de Salmonella peut être l'un des défis à la mise en œuvre systématique du WGS dans certains pays. Cependant, les retards diminueront probablement à l'avenir à mesure que les progrès méthodologiques et la réduction des coûts amélioreront la capacité. Cela dit, la disponibilité du WGS a permis une collaboration internationale opportune et la confirmation des cas internationaux lors de cette épidémie.

Cette épidémie met en évidence la valeur des deux systèmes de surveillance. Tout en poursuivant et en investissant dans la surveillance par WGS, les autorités de santé publique devraient continuer à soutenir ces systèmes traditionnels dans le cadre de programmes de surveillance multiformes afin d'optimiser la rapidité et la réactivité de la surveillance.

Ces résultats rappellent également les risques liés aux fromages au lait cru et que les mesures visant à prévenir l'entrée d'agents pathogènes dans la chaîne de production artisanale de fromages au lait cru et l'optimisation de la surveillance visant à prévenir les épidémies d'origine alimentaire comme en France devraient être étendu ou renforcé dans d'autres régions d'Europe avec une tradition dans la production de fromages à base de lait cru.

Complément. A propos des fromages au lait cru, on lira, "Investigation d’une épidémie nationale de Salmonella Dublin associée à une consommation de fromages au lait cru, France, 2015 à 2016", source Santé publique de France du 26 mai 2019.

Mise à jour du 15 mai 2020. On lira l'article de Food Safety News du 15 mai consacré à l'article précité ci-dessus, Large Salmonella outbreak from raw goats’ milk cheese revealed.