A propos de la propagation mondiale de Salmonella chez les volailles

Un article paru dans Nature Communications a pour titre Propagation mondiale de Salmonella Enteritidis via un approvisionnement centralisé et le commerce international de reproducteurs avicoles. L'article est en accès libre.

Résumé

Une pandémie à Salmonella enterica sérotype Enteritidis est apparue dans les années 1980 en raison de produits avicoles contaminés. La façon dont Salmonella Enteritidis s'est propagée rapidement à travers les continents reste une énigme historique alors que l'agent pathogène continue de provoquer des épidémies et que l'approvisionnement en volaille se mondialise.

Nous émettons l'hypothèse que le commerce international de reproducteurs infectés provoque la propagation mondiale de l'agent pathogène. En intégrant plus de 30 000 génomes de Salmonella Enteritidis de 98 pays entre 1949 et 2020 et le commerce international de volailles vivantes des années 1980 à la fin des années 2010, nous présentons des preuves à multiples facettes qui convergent vers une probabilité élevée, une échelle mondiale et une prolongation prolongée de la dissémination de Salmonella Enteritidis via un approvisionnement centralisé et le commerce international des reproducteurs.

Nous avons découvert des isolats récents, génétiquement presque identiques, provenant de volailles élevées en Amérique du Nord et du Sud. Nous avons obtenu des caractéristiques phylodynamiques des populations mondiales de Salmonella Enteritidis qui apportent un soutien spatio-temporel à sa dispersion à partir d'origines centralisées pendant la pandémie.

Nous avons identifié des modèles concordants de commerce international de stocks de reproducteurs et établi quantitativement un rôle moteur du commerce dans la dispersion géographique de Salmonella Enteritidis, suggérant que les origines centralisées étaient des stocks reproducteurs infectés.

Ici, nous démontrons la valeur de l'exploration de données intégrative et fondée sur des hypothèses pour démêler la dissémination d'agents pathogènes autrement difficiles à sonder à partir d'origines cachées.