Le premier restaurant expérimental Zéro Covid ?

Séparation anti-postillons

Merci à Bruno Longhi de m'avoir fait connaître l'article ci-après.

L'article du site info du jour du 2 mars 2021 nous informe sur «Le premier restaurant expérimental Zéro Covid est en Alsace».

Il s'agit plus d'un restaurant truffé de modules expérimentaux pa toujours validé scientifiquement par des publications à comité de lecture, mais l'essentiel n'est sans doute pas là, mais plutôt de découvrir des idées innovantes ...

La Maison des Têtes à Colmar est le premier restaurant innovant qui concentre des solutions technologiques uniques au monde autour de 5 axes de prévention. 

Face au contexte sanitaire actuel et au constat du risque autour du repas commun mis en lumière par de nombreux travaux épidémiologiques, des acteurs de terrain se mobilisent pour apporter les meilleures solutions avant la réouverture que tout le monde souhaite prochaine. Le restaurant étoilé «La Maison des Têtes» à Colmar tenu par le chef Eric et son épouse Marilyn Girardin est devenu un petit «laboratoire de l’innovation». L’Alsace en général et Colmar en particulier sont les endroits où les premiers cas auraient été identifiés dès novembre 2019 !

1-L’hygiène des mains et des surfaces : de l’entrée des clients à la table en passant par la cuisine et les sanitaires, l’hygiène est pensée globalement.

Ainsi, dès l’entrée du restaurant, le distributeur de gel hydro-alcoolique (GHA) sans contact est bien visible avec sa signalétique qui invite à son utilisation dès l’arrivée. Sur chaque table, un petit flacon individuel de GHA est mis à disposition du client.

Je suppose aussi que dans ce restaurant , il est aussi possible de se laver les mains avec de l'eau et du savon ...

2-Un revêtement auto-décontaminant : Coversafe

Les poignées de portes touchées par tous les clients sont traitées par un revêtement auto-décontaminant, une solution de protection antimicrobienne qui est un film auto-adhésif doté de caractéristiques spécifiques. Elles sont installées dans les sanitaires, dans la zone commune du restaurant et de l’hôtel afin de réduire le facteur de contamination. Coversafe^TM est fabriqué et commercialisé par Gergonne Industrie et utilise la technologie naturelle antimicrobienne de Pylote. Elle revendique la destruction des bactéries, de la souche du SARS-CoV-2 (virus responsable de la COVID-19) et des virus comme la gastro-entérite et la grippe H1N1. Coversafe^TM est une solution qui agit en continu et en permanence et permet ainsi de réduire fortement le risque de transmission microbienne.

Je n'ai pas trouvé sur le site Internet de la société une validation microbiologique mais cela doit sans doute exister ... 

3-Des séparations de tables design anti-postillons : Nora distribution

Alors que l’émission d’aérosols par la parole d’un asymptomatique ne comporte sans doute que très peu de particules virales, celui d’un postillon peut contenir plusieurs dizaines voire centaines de milliers de virions. Son comportement est balistique sur quelques dizaines de centimètres et la barrière séparative proposée protège l’assiette, le verre et les couverts des convives en vis-à-vis. Le décret du 28 janvier 2021 pour la restauration collective prévoit d’ailleurs qu’une même table ne peut regrouper que des personnes venant et ayant réservé ensemble, dans une limite désormais fixée à 4 personnes au lieu de 6. Une distance minimale de 2 m doit être garantie entre chaque personne assise, sauf si une paroi fixe ou amovible assure une séparation physique.

4-Mise en place d’une solution en Trilogie LED UV à différentes étapes par Concept Light

... le restaurant dispose d’un tunnel unique au monde permettant un traitement quasi instantané de chaque assiette dressée avant d’être servie à table. SterilUV Compact a un allumage instantané par détection : il revendique une efficacité en moins de 5 secondes sur bactéries et virus dont le Sars-Cov 2 avec une validation par le CNRS et les laboratoires Barrand sur les bactéries (staphylocoque aureus). La solution UV LED a été conçue par Conceptlight.

«L'arme principale» nous dit-on,

La solution de désinfection de toutes les surfaces par un appareil portatif trilogie LED UV permet la désinfection des lecteurs de cartes bancaires, des tables, des écrans tactiles ou objets touchés en commun pour éviter toute contamination entre collaborateurs ou entre clients : cette désinfection est effectuée avant et après service pour garantir un environnement sain.

Pourquoi pas, mais la désinfection ces surfaces peut très bien se faire avec de l'alcool ... des articles scientifiques de validation serait utile malgré les noms du CNRS et de laboratoires ...

5-Le pré-testing salivaire : EasyCov par Skillcell

 ... le prlèvement de la salive semble être une alternative tout aussi sensible et moins coûteuse qui pourrait remplacer les écouvillons nasopharyngés pour la collecte d’échantillons cliniques pour le dépistage du SRAS-CoV-2.

Et l'article de conclure, « En attendant le vaccin » et c'est bien là le vrai problème de la situation actuelle en France et dans l'UE, selon le ministre des affaires étrangères, Jean-Yves Le Drian, qui a concédé mercredi des «manques parfois lourds» dans la politique des vaccins de l'UE. ...

Ah bon ?

La Norvège analyse l'impact du COVID-19 sur les maladies infectieuses d'origine alimentaire

«La Norvège analyse l'impact du COVID-19 sur les maladies infectieuses d'origine alimentaire», source article de Joe Whitworth paru le 4 mars 2021 dans Food Safety News.

Selon une analyse en Norvège, la baisse des envois d'analyses pour certaines maladies au cours de la pandémie de coronavirus était la plus importante pour les infections d'origine alimentaire et hydrique.

Le projet compare le nombre d'envois pour des tests diagnostiques de pathogènes à déclaration obligatoire sélectionnés et la proportion qui ont été retrouvés positifs pendant six mois de la pandémie COVID-19 - de mars à septembre 2020 - avec des travaux normaux de laboratoire avant son début, définis comme octobre 2019 à février 2020 .

Les résultats ont montré que les mesures de contrôle liées au COVID-19 conduisaient à une réduction du risque d'infection et à moins de consultations pour les cas suspects, mais il y avait également des signes d'une performance réduite dans la surveillance des maladies.

Depuis avril 2020, l'Institut norvégien de santé publique (FHI) étudie l'impact du COVID-19 sur le système norvégien de surveillance des maladies transmissibles (MSIS). Il y a eu une réduction de 50 à 60% des déclarations d'autres maladies transmissibles entre mars et septembre 2020, par rapport à la période correspondante de 2019.

Le nombre de références provenant des soins de santé primaires tels que les médecins généralistes et les cliniques ambulatoires a été réduit après mars 2020 pour tous les pathogènes. Le déclin le plus important a été celui de Cryptosporidium spp., En baisse de 44 pour cent, suivi de Salmonella spp. avec 41% et Campylobacter spp. avec 40%. La réduction la plus élevée des envois à l'hôpital a été observée pour Campylobacter, qui était en baisse de 44%, et Salmonella avec une baisse de 46%.

Une étude précédente, publiée dans le Journal of the Norvegian Medical Association, a révélé une baisse des autres maladies infectieuses à déclaration obligatoire pendant la pandémie de coronavirus.

Envois réduits mais plus positifs

La FHI a demandé à 22 laboratoires microbiologiques en Norvège d'envoyer des informations sur les références pour des tests de diagnostic de 11 agents pathogènes qui représentent les maladies infectieuses les plus fréquemment diagnostiquées dans le pays. Onze laboratoires ont soumis des données et neuf pathogènes ont été inclus dans le rapport.

Les tendances pour Campylobacter, Cryptosporidium, Staphylococcus aureus (SARM) et rotavirus montrent des données contradictoires avec une forte réduction du nombre d'analyses de laboratoire demandées pendant la pandémie de COVID-19 mais une proportion croissante de tests positifs.

Le nombre d'envois pour la campylobactériose a diminué au début du COVID-19 de mars à mai, mais a augmenté pendant les mois d'été. La proportion de tests positifs est passée de 3% en mai à 16% en juillet 2020.

Pour Cryptosporidium, de mars à mai, 40 à 50% de moins de tests ont été adressés. De juin à septembre, l'activité des tests a augmenté, mais était toujours d'environ 20% en dessous du niveau d'avant la pandémie de COVID-19. La part des positifs a été multipliée par 10 de janvier à août, ce qui pourrait être dû à la variation saisonnière de l'exposition au parasite.

Une réduction des envois à des tests et une augmentation de la proportion de tests positifs peuvent indiquer une sensibilité de surveillance réduite qui pourrait affecter l'interprétation du risque de maladie ou l'identification d'une éclosion. Cela peut signaler un changement dans les comportements de recherche en santé, la disponibilité des soins de santé ou des ressources limitées de laboratoire, ce qui pourrait conduire à une référence pour le dépistage de cas suspects présentant des symptômes plus graves, selon le rapport.

Impact sur Salmonella

Pour Salmonella, on observe une baisse du nombre d'envois àpour des analyses et de la proportion d'analyses positives. Des tendances à la baisse dans ces deux domaines pourraient indiquer un risque réduit de salmonellose en raison de mesures de contrôle efficaces qui mènent à une baisse des cas suspects qui ont consulté des médecins et ont été adressés pour des analyses.

Le nombre d'analyses demandées de Salmonella a été réduit au début de l'épidémie de COVID-19 en mars 2020. En juin, le nombre a augmenté mais était à un niveau inférieur à la normale.

La plupart des infections à Salmonella signalées au MSIS proviennent de personnes infectées à l'étranger. Une réduction des voyages à l'étranger après mars 2020 peut expliquer la baisse du nombre de tests et de la proportion de cas positifs de salmonellose, selon le rapport.

L'activité du laboratoire de référence a suivi les tendances des envois aux laboratoires de diagnostic pour Salmonella avec une diminution des soumissions de mars à avril 2020. Ceux pour Campylobacter ont augmenté de juin à septembre 2020.

Un régime végétalien conduit-il à une mauvaise santé des os?

«Un régime végétalien conduit-il à une mauvaise santé des os?», source communiqué du BfR 09/2021 du 1er mars 2021.

L'étude du BfR montre des différences dans la santé des os.

Le régime végétalien est à la mode. L'impact de ce type de régime sur la santé fait l'objet d'études scientifiques. Dans une nouvelle étude de l'Institut fédéral allemand d'évaluation des risques (BfR), la santé osseuse de 36 végétaliens ainsi que de 36 personnes suivant un régime alimentaire mixte a été déterminée par une mesure échographique de l'os du talon.

Résultat: en moyenne, les personnes suivant un régime végétalien avaient des valeurs échographiques inférieures à celles de l'autre groupe. Cela indique une moins bonne santé des os.

Dans l'étude, les scientifiques ont également déterminé des biomarqueurs dans le sang et l'urine. Cela vise à identifier les nutriments qui pourraient être liés à l'alimentation et à la santé des os.

Sur 28 paramètres de l'état nutritionnel et du métabolisme osseux, il a été possible d'identifier douze biomarqueurs les plus fortement associés à la santé osseuse, par exemple, l'acide aminé lysine et les vitamines A et B6.

Les résultats montrent que dans la plupart des cas, la combinaison de ces biomarqueurs était présente à des concentrations plus faibles chez les végétaliens.

Cela pourrait être une explication possible de la mauvaise santé des os. «Un régime végétalien est souvent considéré comme respectueux de la santé. Cependant, nos découvertes scientifiques indiquent qu'un régime végétalien affecte la santé des os», déclare le Dr Andreas Hensel, président du BfR.

Lien vers la publication parue dans Nutrients. Article en intégralité.

Dans la série Carrefour se prend pour un évaluateur du risque, troisième rappel de riz basmati par Carrefour

Carrefour est-il capable de vendre du riz basmati sans mycotoxines ou sans ochratoxine A ?

Cette question sécuritaire peut légitimement se poser, car jamais deux rappels sans un troisième, avec à chaque fois la même cause de rappel, jugez plutôt …

• 14 octobre 2020, le blog rapporte dans un article, Suite au rappel de riz basmati pour cause de présence d'aflatoxine B1, Carrefour se prend pour un évaluateur du risque.
  
• 11 janvier 2021, le blog rapprote dans un second article, Suite au rappel de riz basmati pour cause de présence d'ochratoxine A, Carrefour se prend encore pour un évaluateur du risque.
• 3 mars 2021, Carrefour rapporte «Suite à la présence d’Ochratoxine A, et par mesure de précaution, la société Soufflet procède au RAPPEL du produit suivant : RIZ BASMATI Carrefour, 1 kg».

Il est signalé, pour la troisième fois, dans l'affichette de rappel,

L’Ochratoxine A est une mycotoxine produite par plusieurs champignons microscopiques (genres Penicillium et Aspergillus) et est naturellement présente dans de nombreux produits végétaux du monde entier, tels que les céréales, les grains de café, le cacao et les fruits séchés.

Seule une consommation en grande quantité des produits contaminés peut conduire à des problèmes de santé.

Pour la troisième fois, Carrefour se prend un évaluateur des risques et indique ce que le consommateur doit faire. Dès lors une question vient à l’esprit, à partir de combien peut-on dire que l’on a consommé «une grande quantité des produits contaminés» … on ne le saura pas et pour cause, puisque rappel il y a et la suite du communiqué de rappel vient contredire la phrase sibylline que j’ai mise en avant ...

Il est recommandé aux personnes qui détiendraient les produits appartenant à ce lot décrit ci-dessus de ne pas les consommer et de les rapporter au point de vente où ils ont été achetés pour se faire rembourser.

Selon la fiche de description de danger biologique transmissible par les aliments, Aspergilli et Penicillia producteurs d’ochratoxine A (OTA) de l’Anses, il est rapporté sur la nature des effets toxiques :

L’OTA a principalement des effets néphrotoxiques. Chez l’Homme, l’OTA serait ainsi associée à une pathologie rénale appelée néphropathie endémique des Balkans (NEB). Elle aurait également des effets immunotoxiques et neurotoxiques. Par ailleurs, l’OTA est classée par le Centre international de recherche sur le cancer dans la catégorie 2B (l’agent est peut-être cancérogène pour l’Homme) sur la base d’effets cancérogènes indéniables chez les rongeurs et possibles chez l’Homme.

Y-a-t-il une quelconque autorité pour demander à Carrefour de cesser ce genre de communiqué fallacieux et de respecter enfin ces quelques recommandations :

• Respect de la réglementation en vigueur, fixant les teneurs maximales en aflatoxines à ne pas dépasser dans les aliments destinés à l’alimentation humaine et animale.
• Respect des bonnes pratiques de stockage.
• Respect des bonnes pratiques d’hygiène lors de la conservation et la fabrication des aliments.

Mise à jour du 4 mars 2021. Rappel également en Belgique.

Etats-Unis : Premier décès enregistré dans une épidémie à Listeria liée à des fromages à pâte molle de style hispanique

«Premier décès enregistré dans une épidémie à Listeria liée à des fromages à pâte molle de style hispanique», source CIDRAP News.

Le 19 février, El Abuelito Cheese Inc., de Paterson, New Jersey, a rappelé tous les produits contenant du queso fresco, un fromage à pâte molle hispanique, fabriqués dans le même établissement avec une DLC au 28 mars pour y inclure plus de fromages qui ont été fabriqués ou conditionnés dans le même établissement que le queso fresco contaminé, y compris des bâtonnets de quesillo et la ricotta requeson.

Le 27 février, le CDC a recommandé à toutes les personnes les plus à risque de maladie due à Listeria, y compris les femmes enceintes, les personnes de plus de 65 ans et les personnes immunodéprimées, de manger aucune marque de fromage quesillo ou requeson, car les fromages quesillo et requeson sont fabriqués ou conditionnés par El Abuelito Cheese Inc. peuvent avoir été distribué sous d'autres noms de marque.

Le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) ont confirmé un nouveau cas à Listeria monocytogenes dans une épidémie associée au queso fresco fabriqué par El Abuelito Cheese Inc, portant le nombre total de cas à 11.

Le CDC a également signalé le premier décès lié à cette épidémie, qui était dans le Maryland. Dix des cas-patients malades de cette épidémie ont été hospitalisés dans quatre États déclarant des cas: New York, Connecticut, Maryland et Virginie.

«Le nombre réel de personnes malades dans une épidémie est probablement plus élevé que le nombre signalé, et l'épidémie peut ne pas être limitée aux États avec des cas connus de maladie», a déclaré le CDC. «C'est parce que certaines personnes se rétablissent sans soins médicaux et ne sont pas testées pour Listeria. De plus, les cas récents de maladies peuvent ne pas encore être signalées car il faut généralement 2 à 4 semaines pour déterminer si une personne malade fait partie d'une épidémie.»

Le lavage de salades par ultrasons pourrait réduire les cas d'intoxication alimentaire

«Le lavage de salades par ultrasons pourrait réduire les cas d'intoxication alimentaire», source communiqué de l'Université de Southampton.

Une nouvelle étude a montré que de doux courants d'eau transportant des bulles d'air soniques et microscopiques peuvent nettoyer les bactéries des feuilles de salade plus efficacement que les méthodes de lavage actuelles utilisées par les fournisseurs et les consommateurs. En plus de réduire les intoxications alimentaires, les résultats pourraient réduire le gaspillage alimentaire et avoir des implications sur la menace croissante de résistance antimicrobienne.

Un régime alimentaire contenant de la salade non cuite, des fruits et des légumes est essentiel pour réduire une série de conditions, dont des maladies cardiovasculaires, le diabète de type II et certains types de cancer. (C'est de la pub pour des repas végétariens, on peut aimer et manger les salades, les fruits et les légumes sans en faire partie -aa).

Cependant, la salade et les légumes à feuilles vertes peuvent être contaminés par des bactéries dangereuses lors de la culture, la récolte, la préparation et la vente en distribution, ce qui entraîne des épidémies d'intoxication alimentaire qui peuvent être mortelles chez les groupes vulnérables.

Puisqu'il n'y a pas de processus de cuisson pour réduire la charge microbienne dans les salades fraîches, le lavage est vital pour le fournisseur et le consommateur.

Le lavage avec du savon, de l'eau de Javel ou d'autres désinfectants n'est pas recommandé et les crevasses à la surface des feuilles signifient qu'un lavage à l'eau ordinaire peut laisser une dose infectieuse sur la feuille. Même si des produits chimiques sont utilisés, ils peuvent ne pas pénétrer dans les crevasses. (Pourtant l'eau de Javel ou du vianigre blanc sont couramment utilisé pour tenter de désinfecter les salades à moins que ce soit plutôt pour désinfecter l'eau et éviter ainsi un gaspillage d'eau -aa).

Dans cette nouvelle étude, publiée dans la revue Ultrasound in Medicine and Biology, des scientifiques ont utilisé des courants d'eau acoustiques pour nettoyer les feuilles d'épinards directement issues de grandes cultures, puis ont comparé les résultats avec des feuilles rincées à l'eau ordinaire à la même vitesse.

Le professeur Timothy Leighton de l'Université de Southampton, qui a inventé la technologie et dirigé cette recherche, explique: «Nos courants d'eau transportent des bulles microscopiques et des ondes acoustiques jusqu'à la feuille. Là, le champ sonore crée des échos à la surface des feuilles et dans les crevasses des feuilles, qui attirent les bulles vers la feuille et dans les crevasses. Le champ sonore provoque également une ondulation très rapide des parois des bulles, les transformant en machines à «récurer» microscopiques. La paroi de la bulle ondulante fait circuler de forts courants dans l'eau autour de la bulle et balaie les microbes de la feuille. Les bactéries, les biofilms et les bulles elles-mêmes sont ensuite rincés de la feuille, la laissant propre et exempte de résidus.»

Les résultats ont montré que la charge microbienne sur les échantillons nettoyés avec les courants acoustiques pendant 2 minutes était significativement plus faible six jours après le nettoyage que sur ceux traités sans ajout de sons et de micro-bulles. Le nettoyage acoustique n'a également causé aucun autre dommage aux feuilles et a démontré le potentiel de prolonger la durée de conservation des aliments, ce qui a d'importantes implications économiques et de durabilité.

Améliorer la façon dont les fournisseurs de produits alimentaires nettoient les produits frais pourrait avoir un rôle majeur à jouer dans la lutte contre la menace de résistance antimicrobienne. En 2018 et 2019, il y a eu des éclosions mortelles de différentes souches de E. coli sur de la laitue romaine aux États-Unis et au Canada et des échantillons provenant d'humains infectés ont montré des souches résistantes aux antibiotiques.

L'étudiant en doctorat de l'Université de Southampton, Weng Yee (Beverly) Chong, qui faisait partie de l'équipe de recherche, a ajouté: «Je suis très reconnaissant envers Vitacress et à l'EPSRC d'avoir financé mon doctorat. Je suis ingénieur et j'ai suivi les cours du professeur Leighton, mais il m'a dit que je pouvais être doctorant transdisciplinaire et devenir microbiologiste tout en augmentant mes compétences en ingénierie. Je suis également très reconnaissant envers Sloan Water Technology Ltd. ils ont ouvert leurs laboratoires à des étudiants comme moi, afin que je puisse continuer à travailler sur mes expériences. C'est un environnement passionnant dans lequel travailler car ils font tellement de travail inventif pour lutter contre la pandémie et les infections dans leur ensemble.»

Le travail a été soutenu par Vitacress, dont la directrice technique du groupe, Helen Brierley, a déclaré: «Assurer la sécurité des aliments de nos produits est une exigence essentielle. Chez Vitacress, nous lavons nos produits dans de l'eau de source naturelle, et ce type de nouvelle technologie révolutionnaire contribue à améliorer notre processus tout en garantissant le maintien de notre engagement à protéger l'environnement. Nous sommes toujours intéressés par les nouveaux développements et sommes ravis de voir les résultats de cette recherche.

Les autres co-auteurs de l'article sont le Dr Tom Secker, le Dr Craig Dolder et le professeur Bill Keevil.

Le projet de recherche était une collaboration entre Sloan Water Technology Limited, Vitacress et l'Université de Southampton, une collaboration formée et soutenue par Global-NAMRIP (le Réseau mondial pour la résistance aux antimicrobiens et la prévention des infections).

Après le COVID-19, norovirus à Taïwan. Le CDC a publié un avertissement sur norovirus après une augmentation du nombre de cas

Prélèvement de sang positif pour norovirus; Images Getty

Cerains avaient constaté que les gastro-entérites aiguës avaient presque disparu du paysage lors de la pandémie de COVID-19, en fait pas pour tout le monde, «Taïwan : Le CDC a publié un avertissement sur norovirus après une augmentation du nombre de cas», source Taiwan News.

Des frictions des mains avec l'alcool ne parviennent pas à éloigner le virus, le lavage des mains est conseillé.

Les autorités sanitaires tirent la sonnette d'alarme sur la gastro-entérite induite par norovirus, avec une épidémie de cas au cours de la semaine dernière.

Taïwan a enregistré plus de 138 000 cas de diarrhée entre le 21 et le 27 février 2021, reflétant une augmentation des maladies de l'estomac après le Nouvel An lunaire. Au cours des quatre dernières semaines, 87 cas groupés de diarrhée ont été signalées dans tout le pays, et 97% des 58 cas où des pathogènes ont été identifiés ont indiqué que norovirus était le coupable, selon les Centers for Disease Control (CDC) de Taiwan.

Le public est invité à améliorer leur hygiène, car le virus est transmis par voie fécale-orale, qui implique des aliments ou de l'eau contaminés ou un contact avec des personnes infectées.

Les symptômes de la maladie, qui avec la diarrhée comprennent des vomissements, des nausées, de la fièvre et des douleurs musculaires, se développent généralement 24 à 72 heures après l'exposition. Les symptômes peuvent durer jusqu'à 10 jours et certains patients peuvent encore être contagieux après leur guérison, a averti le CDC.

L'utilisation de désinfectants à base d'alcool ou de désinfectant pour les mains offre une protection limitée contre norovirus, car il n'a pas d'enveloppe virale lipidique. Un lavage fréquent des mains est conseillé et les surfaces peuvent être désinfectées avec une solution de 20 millilitres d'eau de Javel mélangée à 1000 ml d'eau, a suggéré le médecin du CDC Lin Yung-ching (林詠青).

Des bactéries communes modifiées pour fabriquer un médicament conçu à base de polysaccharides

«Des bactéries communes modifiées pour fabriquer un médicament conçu à base de polysaccharides», source Rensselaer Polytechnic Institute.

Le processus ouvre la voie à une fabrication de médicaments sûre, éthique et rapide.

Envisageant un approvisionnement en médicaments sans animaux, des scientifiques ont, pour la première fois, reprogrammé une bactérie commune pour en faire une molécule à base de polysaccharides utilisée dans des produits pharmaceutiques et nutraceutiques. Publié dans Nature Communications, les chercheurs ont modifié E. coli pour produire du sulfate de chondroïtine, un médicament mieux connu comme complément alimentaire pour traiter l'arthrite qui provient actuellement de la trachée de vache.

E. coli génétiquement modifié est utilisé pour faire une longue liste de protéines médicinales, mais il a fallu des années pour persuader les bactéries de produire même les plus simples de cette classe de molécules de sucre liées, appelées des glycosaminoglycanes sulfatés, qui sont souvent utilisées comme médicaments et nutraceutiques. .

«C'est un défi de faire de l'ingéniérie avec E. coli afin de produire ces molécules, et nous avons dû apporter de nombreux changements et équilibrer ces changements pour que les bactéries se développent bien», a dit Mattheos Koffas, chercheur et professeur de génie chimique et biologique au Rensselaer Polytechnic Institute. «Mais ce travail montre qu'il est possible de produire ces polysaccharides en utilisant E. coli sans animaux, et la procédure peut être étendue pour produire d'autres glycosaminoglycanes sulfatés.»

Au Rensselaer, Koffas a travaillé avec Jonathan Dordick, professeur de génie chimique et biologique, et Robert Linhardt, professeur de chimie et de biologie chimique. Tous trois sont membres du Center for Biotechnology & Interdisciplinary Studies (CBIS). Dordick est un pionnier dans l'utilisation d'enzymes pour la synthèse de matériaux et dans la conception d'outils biomoléculaires pour le développement de meilleurs médicaments. Linhardt est un expert des glycanes et l’une des plus grandes autorités mondiales en matière d’héparine anticoagulante, un glycosaminoglycane sulfaté actuellement dérivé de l’intestin de porc.

Linhardt, qui a développé la première version synthétique de l'héparine, a déclaré que l'ingénierie de E. coli pour produire un médicament présente de nombreux avantages par rapport au processus d'extraction actuel ou même à un processus chimioenzymatique.

«Si nous préparons le sulfate de chondroïtine chimioenzymatiquement, et que nous fabriquons un gramme, et que cela prend un mois à faire, et que quelqu'un nous appelle et dit: 'Eh bien, maintenant j'ai besoin de 10 grammes', nous allons devoir passer un mois de plus pour faire 10 grammes», a dit Linhardt. «Alors que, avec la fermentation, vous jetez l’organisme fabriqué dans un flacon, et vous avez le matériau, qu’il s’agisse d’un gramme, de 10 grammes ou d’un kilogramme. C'est le futur.»

«La capacité de doter une bactérie simple d'une voie de biosynthèse que l'on ne trouve que chez les animaux est essentielle pour la synthèse à des échelles commercialement pertinentes. Tout aussi important est que le médicament complexe que nous avons produit chez E. coli est structurellement le même que celui utilisé comme complément alimentaire.» dit Dordick.

Koffas a décrit trois étapes majeures que l'équipe devait intégrer dans la bactérie afin qu'elle produise du sulfate de chondroïtine: l'introduction d'un groupe de gènes pour produire une molécule précurseur de polysaccharide non sulfatée, l'ingénierie des bactéries pour fournir une quantité suffisante d'une molécule donneuse de soufre énergétiquement coûteuse l'introduction d'une enzyme de transfert de soufre pour mettre la molécule donneuse de soufre sur la molécule précurseur de polysaccharide non sulfaté.

L'introduction d'une enzyme sulfotransférase fonctionnelle a posé un défi particulièrement difficile.

«Les sulfotransférases sont fabriquées par des cellules beaucoup plus complexes», a dit Koffas. «Lorsque vous les sortez d’une cellule eucaryote complexe et que vous les mettez chez E. coli, ils ne sont pas du tout fonctionnels. En gros, vous n'obtenez rien. Nous avons donc dû faire pas mal d'ingénierie des protéines pour que cela fonctionne.»

L'équipe a d'abord produit une structure de l'enzyme, puis a utilisé un algorithme pour aider à identifier les mutations qu'elles pourraient apporter à l'enzyme afin de produire une version stable qui fonctionnerait chez E. coli.

Bien que les E. coli modifiés produisent un rendement relativement faible, de l'ordre du microgramme par litre, ils se développent dans des conditions de laboratoire ordinaires, offrant une preuve de concept robuste.

«Ce travail est une étape importante dans l'ingénierie et la fabrication de produits biologiques et il ouvre de nouvelles voies dans plusieurs domaines tels que la thérapeutique et la médecine régénérative qui nécessitent un approvisionnement substantiel de molécules spécifiques dont la production est perdue avec le vieillissement et les maladies», a dit Deepak Vashishth, directeur du CBIS. «De telles avancées prennent naissance et prospèrent dans des environnements interdisciplinaires rendus possibles grâce à l'intégration unique des connaissances et des ressources disponibles au CBIS de Rensselaer .»

Pour la santé du microbiote intestinal, faut-il préférer des glycanes des végétaux ou des bifidobactéries ? Science versus marketing ?

Voici une mini revue, parue Applied and Environmental Microbiology, une revue d el'Américan Society for Microbiology, qui estime que pour moduler le microbiote intestinal des humains, il faut opter pour une intervention diététique avec des glycanes végétaux.

Le côlon humain contient une communauté d'espèces microbiennes, principalement des bactéries, souvent appelées microbiote intestinal. La communauté est considérée comme essentielle au bien-être humain en conférant une capacité supplémentaire de récupération d'énergie, une exclusion de niche des pathogènes et des activités de signalisation moléculaire qui sont intégrées dans les processus physiologiques humains.

Les polysaccharides végétaux (glycanes, fibres alimentaires) sont une source importante de carbone et d'énergie qui soutient le maintien et le fonctionnement du microbiote intestinal.

Par conséquent, la quantité et la qualité quotidiennes des glycanes végétaux consommés par l'hôte humain ont le potentiel d'influencer la santé. Les membres du microbiote intestinal diffèrent par leur capacité à utiliser différents types de glycanes végétaux.

Les interventions diététiques avec des glycanes spécifiques pourraient moduler le microbiote, neutralisant les perturbations écologiques qui perturbent les relations complexes entre le microbiote et l'hôte (dysbiose).

Cette revue examine les perspectives et les options de recherche pour la modulation du microbiote intestinal par la formulation de régimes alimentaires qui, lorsqu'ils sont consommés de façon habituelle, corrigeraient la dysbiose en créant divers consortiums qui stimulent la résilience fonctionnelle.

Les «prébiotiques» traditionnels favorisent les bifidobactéries et les lactobacilles, alors que des mélanges alimentaires de glycanes végétaux dont la complexité chimique est variée favoriseraient des microbiotes à haute diversité.

Il est conclu que la recherche devrait viser à améliorer la connaissance des consortiums bactériens qui, grâce à une alimentation partagée, dégradent et fermentent les glycanes végétaux. La composition des consortiums peut varier d'une personne à l'autre, mais les résultats fonctionnels seront cohérents dans un contexte donné en raison de la redondance métabolique entre les bactéries. Ainsi, l'individualité des microbiotes intestinaux pourrait être englobée, la résilience fonctionnelle encouragée et la correction de la dysbiose obtenue.

Prédire les interactions microbiennes dans l'intestin humain

«Prédire les interactions microbiennes dans l'intestin humain», source Institute for Genomic Biology, University of Illinois.

L'intestin humain est constitué d'une communauté complexe de microbes qui consomment et sécrètent des centaines de petites molécules, un phénomène appelé alimentation croisée. Cependant, il est difficile d'étudier ces processus de manière expérimentale.

Une nouvelle étude, publiée dans Nature Communications, utilise des modèles pour prédire les interactions d'alimentation croisée entre les espèces microbiennes dans l'intestin. Les prédictions issues de ces méthodes de calcul pourraient éventuellement aider les médecins à mieux comprendre la santé intestinale.

La communauté microbienne ou microbiome de l'intestin est connue pour influencer la santé humaine. Des études antérieures se sont concentrées sur la détermination des types de microbes présents. Malheureusement, ces informations ne sont pas suffisantes pour comprendre le microbiome.

«L'environnement intestinal est façonné par de petites molécules connues sous le nom de métabolites, qui sont excrétées par la communauté microbienne», a dit Sergei Maslov, professeur de bio-ingénierie. «Bien qu'il soit possible de mesurer ces métabolites de manière expérimentale, c'est lourd et coûteux.»

Les chercheurs avaient déjà publié une étude dans laquelle ils utilisaient des données expérimentales provenant d'autres études pour modéliser le devenir des métabolites lorsqu'ils traversent le microbiome intestinal. Dans la nouvelle étude, ils ont utilisé le même modèle pour prédire de nouveaux processus microbiens qui n'avaient pas été déterminés auparavant.

«Ce que nous mangeons passe dans notre intestin et il y a une cascade de microbes qui libèrent des métabolites», a dit Akshit Goyal, stagiaire en postdoc au MIT et collaborateur du laboratoire de Maslov. «Les biologistes ont mesuré ces molécules dans les selles humaines, nous avons montré que vous pouvez utiliser des modèles informatiques pour prédire les niveaux de certains.»

Mesurer chaque métabolite et essayer de comprendre quel microbe pourrait le libérer peut être difficile. «Il existe un vaste univers d'interactions croisées possibles. En utilisant ce modèle, nous pouvons aider les expériences en prédisant celles qui sont plus susceptibles de se produire dans l'intestin», a dit Goyal.

Le modèle était également soutenu par des annotations génomiques, qui expliquent quels gènes microbiens sont responsables du traitement des métabolites. «Nous sommes confiants dans nos prédictions de modélisation car nous avons également vérifié si les microbes contiennent les gènes nécessaires à la réalisation des réactions associées. Environ 65% de nos prédictions étaient étayées par ces informations», a dit Veronika Dubinkina, doctorante en bio-ingénierie.

Les chercheurs travaillent maintenant à améliorer le modèle en incluant davantage de données expérimentales. «Différentes personnes ont différentes souches de microbes intestinaux. Bien que ces différentes souches aient de nombreux gènes en commun, leurs capacités diffèrent», a dit Dubinkina. «Nous devons collecter davantage de données auprès des patients pour comprendre comment différentes communautés microbiennes se comportent chez différents hôtes.»

«Nous sommes également intéressés à déterminer à quelle vitesse les microbes consomment et sécrètent les métabolites», a déclaré Tong Wang, étudiant en doctorat de physique. «Actuellement, le modèle suppose que tous les microbes consomment des métabolites au même rythme. En réalité, les taux sont différents et nous devons les comprendre pour capturer la composition des métabolites dans l'intestin.»