Une étude évalue la surveillance de Salmonella en Belgique

«Une étude évalue la surveillance de Salmonella en Belgique», source article de Joe Whitworth paru le 1er septembre 2021 dans Food Safety News.

Des chercheurs ont évalué le système belge de surveillance des infections à Salmonella et le rôle potentiel du séquençage du génome entier.

La surveillance de la salmonellose en Belgique repose sur le renvoi volontaire des isolats humains de Salmonella au Centre National de Référence (CNR). Les isolats sont accompagnés d'un formulaire contenant des informations épidémiologiques qui incluent l'âge, le sexe et le code postal du patient, le tableau clinique associé et les antécédents de voyage récents.

Le travail, financé par Sciensano (l'Institut belge de la santé) a contribué à une estimation plus précise du fardeau de la salmonellose en Belgique et montre que les systèmes aident à interpréter les données de surveillance et les tendances au fil du temps.

Les chercheurs ont évalué la couverture du système de surveillance du CNR sur la base d'une enquête auprès des laboratoires médicaux belges agréés en 2019 et d'une étude de 2016 à 2020 utilisant le système de surveillance du réseau sentinelle des laboratoires. Le nombre de laboratoires de ce réseau a varié entre 38 et 47 au cours de ces cinq années. Les résultats ont été publiés dans la revue PLOS One.

Potentiel du WGS

La couverture du système de surveillance du CNR a été estimée à 83 % et 85 %, sur la base des résultats de l'enquête et de l'étude. Ces chiffres sont plus élevés que ceux rapportés dans d'autres pays européens comme la France et les Pays-Bas.

Pour la France, à ma connaissance, la couverture de la surveillance n’est pas mentionnée par Santé publique de France. Cela étant, le rapport de l’EFSA sur les zoonoses 2019 indique que les salmonelloses humaines en France sont rapportées par un système sentinelle et taux de notification calculés avec une couverture de la population estimée à 48% -aa.

Le sous-typage moléculaire par MLVA (multiple-locus variable number tandem repeat analysis) est de routine pour les deux sérotypes les plus importants qui sont Enteritidis et Typhimurium. Le séquençage du génome entier est utilisé dans les cas impliquant des souches multirésistantes, invasives ou liées à des épidémies.

Une couverture élevée du système de surveillance du CNR plaide en faveur de la mise en œuvre du WGS à ce niveau central pour aider à détecter plus tôt les épidémies, ont dit les chercheurs.

Les changements dans les pratiques de laboratoire tels que l'utilisation de tests de diagnostic indépendants de la culture (CIDTs pour culture-independent diagnostic tests) peuvent avoir un impact sur le système de surveillance actuel qui repose sur la confirmation de la culture et l'aiguillage des isolats. Cependant, l'enquête a révélé que l'utilisation des CIDTs pour identifier Salmonella était limitée en janvier 2020 en Belgique. Seuls cinq des 113 laboratoires ont utilisé un CIDT tel que la PCR multiplex pour diagnostiquer les cas de Salmonella.

Résultats de l'enquête et de l'étude

L'enquête était liée à l'évaluation externe de la qualité (EEQ) obligatoire en janvier 2020 pour les laboratoires médicaux afin d'évaluer la qualité des analyses de laboratoire.

Elle a révélé que les laboratoires ne font pas de sélection basée sur le sérotype lors de l'envoi d'isolats au CNR. Aucune différence régionale dans les pratiques de laboratoire n'a été observée pour expliquer l'incidence plus élevée de Salmonella Typhimurium en Flandre.

Les scientifiques se sont dits convaincus que la différence observée d'incidence des sérotypes entre les différentes régions reflète la réalité et n'est pas due à l'envoi sélectif d'isolats. Les explications possibles de l'incidence plus élevée de Salmonella Typhimurium en Flandre pourraient être des différences dans les modes de consommation alimentaire et/ou une propagation environnementale plus élevée en raison de l'abondance des élevages porcins.

Les principaux facteurs d'envoi d'isolats au CNR étaient des raisons épidémiologiques, pour la confirmation et/ou la résistance aux antibiotiques, et pour un sérotypage plus poussé.

L'étude de capture-recapture a montré que la couverture du réseau de surveillance du CNR est restée stable au cours des cinq dernières années. Même en 2020, alors qu'il y avait une diminution des cas de Salmonella, probablement liée à l'impact de COVID-19, la couverture de la surveillance du CNR est restée élevée. La base de données du CNR a montré 1 631 cas d’infections à Salmonella en 2020 versus 2 619 en 2019.