A propos du diagnostic des STEC en Suisse

Cet article paru dans Eurosurveillance a pour titre, « Les modifications apportées au diagnostic des STEC induisent-elles une interprétation erronée des données de surveillance des maladies en Suisse? Tendances temporelles de la positivité, 2007 à 2016. »

Contexte

Les cas confirmés en laboratoire de Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) sont à déclarer au Système national de notification des maladies infectieuses en Suisse depuis 1999. Depuis 2015, une forte augmentation du nombre de cas a été observée. À peu près au même moment, la PCR multiplexe syndromique a commencé à remplacer d'autres méthodes de diagnostic dans la pratique de laboratoire standard pour les analyses de pathogènes gastro-intestinaux, ce qui suggère que l'augmentation des cas notifiés est due à un changement dans les pratiques et les nombres de tests.

Objectif

Cette étude a examiné l'impact des changements dans les méthodes de diagnostic, en particulier l'introduction de panels de PCR multiplexe, sur les données de surveillance de routine des STEC en Suisse.

Méthodes

Nous avons analysé les données de laboratoire de routine de 11 laboratoires, qui ont rapporté 61,9% de tous les cas de STEC de 2007 à 2016 pour calculer la positivité, c'est-à-dire le taux du nombre de tests STEC positifs divisé par le nombre total de tests effectués.

Résultats

L'introduction de la PCR multiplexe a eu un fort impact sur la fréquence des tests STEC et les cas identifiés, le nombre de tests effectués ayant été multiplié par sept entre 2007 et 2016. Pourtant, la positivité normalisée selon l'âge et le sexe est passée de 0,8% en 2007 à 1,7% en 2016.

Conclusion

Une positivité croissante suggère que l'augmentation des notifications de cas ne peut être attribuée à une seule augmentation du nombre de tests. Par conséquent, nous ne pouvons pas exclure une réelle tendance épidémiologique de l'augmentation observée. Moderniser le système de notification pour combler les lacunes actuelles en matière de disponibilité des informations, par exemple, des méthodes de diagnostic et une meilleure triangulation de la présentation clinique, des informations sur le diagnostic et le sérotype sont nécessaires pour faire face aux maladies émergentes et aux progrès technologiques.

Référence

Fischer Fabienne Beatrice, Saucy Apolline, Schmutz Claudia, Mäusezahl Daniel. Do changes in STEC diagnostics mislead interpretation of disease surveillance data in Switzerland? Time trends in positivity, 2007 to 2016. Euro Surveill. 2020;25(33):pii=1900584. 

https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.33.1900584

A noter la publication de cet article, Augmentation inattendue du nombre de déclarations d’infections à E. coli entéro-hémorragique ces derniers mois en Suisse : influence des nouvelles méthodes de PCR multiplexe employées pour le diagnostic primaire? (données : état au 5 novembre 2015). Bulletin de l’OFSP.

On peut y lire,

Toutefois, ces nouvelles techniques comportent également un inconvénient de taille qu’il importe de signaler ici. L’enquête épidémiologique relative à un foyer de toxi-infections repose sur l’isolation des agents pathogènes. Etant donné que les méthodes de PCR multiplexe n’ont pas besoin des cultures, le risque serait de ne plus pratiquer ces dernières et, ainsi, de ne plus confirmer le lien épidémiologique entre les cas et les denrées alimentaires. Par conséquent, si ces méthodes faisaient reculer les cultures, ne serait ce qu’en partie, l’exploration des flambées serait très limitée, voire impossible. Comme cette évolution doit absolument être évitée, il est important, surtout quand on suspecte l’existence d’une flambée, d’envoyer des échantillons au Centre national de référence (NENT) en vue de l’isolation des germes.

Mise à jour du 27 août 2020. On lira:

• E. coli productrices de shigatoxines (STEC) dans les denrées alimentaires : évaluation des risques microbiologiques, document d’aide à la décision pour l’évaluation de la présence de STEC dans les denrées alimentaires 18 juin 2020.
• Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC). Maladies infectieuses à déclaration obligatoire Suisse et Principauté du Liechtenstein. État semaine 34/2020 (25.08.2020). La date de réception de la déclaration est déterminante pour l'axe temporel. Incidence mensuelle pour 100 000 habitants.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous