Résistance aux antimicrobiens et environnement de production alimentaire: sources et options de contrôle, selon l'EFSA

Résistance aux antimicrobiens et environnement de production alimentaire: sources et options de contrôle, source EFSA.

Les engrais d'origine fécale, l'irrigation et l'eau constituent les sources les plus importantes de résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les aliments à base de plantes et/ou dans l’aquaculture. En ce qui concerne la production animale terrestre, les sources potentielles sont les aliments pour animaux, les humains, l'eau, l'air ou la poussière, la terre, la faune, les rongeurs, les arthropodes ou encore l'équipement, selon l'EFSA.

Pour la première fois, des experts de l'EFSA ont évalué le rôle des environnements de production alimentaire dans l'émergence et la propagation de la RAM. Ils ont identifié les principales sources de bactéries et de gènes résistants, bien que les données actuelles ne permettent pas de quantifier la contribution spécifique de chacune d'entre elles à ce problème mondial.

L'EFSA a identifié les bactéries et les gènes résistants de haute priorité pour la santé publique qui peuvent être transmis par la chaîne alimentaire et a étudié la littérature scientifique pour décrire leur présence dans ces sources environnementales.

Les mesures visant à limiter l'émergence et la propagation de la résistance dans les environnements de production alimentaire comprennent la réduction de la contamination microbienne fécale des engrais, de l’eau et des aliments pour animaux, ainsi que la mise en œuvre de bonnes pratiques d'hygiène. Les experts ont également formulé des recommandations portant sur les domaines de recherche prioritaires qui contribueraient à combler les lacunes en matière de données – aidant ainsi les gestionnaires du risque de l'UE à mettre en œuvre le plan d'action «Une santé» de l’UE contre la RAM.

• Role played by the environment in the emergence and spread of antimicrobial resistance (AMR) through the food chain

Résumé

Le rôle des environnements de production alimentaire dans l'émergence et la propagation de la résistance aux antimicrobiens (RAMs) dans la production alimentaire à base de plantes de l'UE, les animaux terrestres (volaille, bovins et porcins) et l'aquaculture a été évalué. Parmi les différentes sources et voies de transmission identifiées, les engrais d'origine fécale, l'irrigation et les eaux de surface pour les végétaux et l'eau pour l'aquaculture ont été considérés comme d'une importance majeure. Pour la production d'animaux terrestres, les sources potentielles sont les aliments pour animaux, les humains, l'eau, l'air/la poussière, le sol, la faune, les rongeurs, les arthropodes et l'équipement. Parmi celles-ci, des preuves ont été trouvées pour une introduction avec les aliments pour animaux et les humains, pour les autres sources, l'importance n'a pas pu être évaluée. Plusieurs bactéries résistantes aux antimicrobiens (ARB pour antimicrobial-resistant bacteria) de la plus haute priorité pour la santé publique, tels que les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes ou aux céphalosporines à spectre étendu et/ou aux fluoroquinolones (y compris Salmonella enterica), Campylobacter spp. résistant aux fluoroquinolones, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline et Enterococcus faecium et E. faecalis résistants aux glycopeptides ont été identifiés. Parmi les ARGs (antimicrobial-resistance determinants/genes) les plus prioritaires, bla_CTX-M, bla_VIM, bla_NDM, bla_OXA-48-like, bla_OXA-23, mcr, armA, vanA, cfr et optrA ont été rapportés. Ces bactéries et gènes prioritaires ont été identifiés dans différentes sources, au niveau primaire et post‐récolte, en particulier les fèces/fumier, le sol et l'eau. Pour tous les secteurs, réduire l'occurrence de la contamination microbienne fécale des engrais, de l'eau, des aliments pour animaux et de l'environnement de production et minimiser la persistance/le recyclage des ARBs dans les installations de production animale est une priorité. La bonne mise en œuvre de bonnes pratiques d'hygiène, de systèmes de management de la biosécurité et de la sécurité des aliments est très importante. Les interventions potentielles spécifiques à la RAM en sont aux premiers stades de développement. De nombreuses lacunes dans les données relatives aux sources et à la pertinence des voies de transmission, à la diversité des ARBs et des ARGs, à l'efficacité des mesures de réduction ont été identifiées. Des études épidémiologiques et d'attribution représentatives sur la RAM et son contrôle efficace dans les environnements de production alimentaire au niveau de l'UE, liées aux initiatives One Health et environnementales, sont nécessaires de toute urgence.