Présence de nombreuses souches de E. coli pathogènes dans la farine allemande, selon une étude

La farine crue, aliment à risque ?

«Une étude révèle de nombreuses souches de E. coli pathogènes dans la farine allemande», source Food Safety News.

Des chercheurs ont découvert une large distribution et une grande diversité de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) dans la farine allemande. Des épidémies récentes associées à de la farine contaminée et à une pâte insuffisamment cuite ont été signalées aux États-Unis et au Canada.

L'étude sur la farine allemande a révélé qu'elle peut servir de vecteur pour des souches de STEC à fort potentiel pathogène. La farine non cuite, comme celle de la pâte à biscuits et de la pâte à gâteau, ne doit pas être consommée en raison du risque d'infection.

En janvier 2020, l'Institut fédéral allemand d'évaluation des risques (BfR) a publié une évaluation des STEC dans la farine et a donné des conseils aux consommateurs sur la manière de réduir les risques.

Contamination très répandue

Les chercheurs ont caractérisé 123 souches de STEC isolées de produits de farine collectés entre 2015 et 2019 à travers l'Allemagne dans le cadre de programmes de surveillance alimentaire. Le plus grand nombre d'isolats était en 2018 avec 56 et le plus petit était huit isolats en 2016 et 2019.

Ils ont trouvé E. coli O157:H7, O145:H28, O146:H28 et O103:H2. Les sérotypes O187:H28 et O154:H31 étaient les plus répandus, mais ils sont rarement liés à des cas d’infections. La farine de blé représentait près des deux tiers des isolats analysés, suivie de la farine de seigle. Les scientifiques ont découvert que des échantillons individuels pouvaient être contaminés par plus d'une souche de E. coli.

Les analyses ont identifié la présence de 20 sérogroupes différents, appartenant principalement à un seul sérotype, à l'exception de O79 et O8, où deux sérotypes différents ont été identifiés dans chacun des prélèvements.

Dans l'étude publiée dans la revue International Journal of Food Microbiology (article disponible en intégralité), O187:H28, O154:H31, O11:H48 et O36:H14 ont été isolés à partir d'au moins trois matrices de farine différentes.

Le fait que des souches aient été isolées entre 2015 et 2019 à partir de différentes matrices dans différents États fédéraux indique une distribution étendue en Allemagne, plutôt qu'une source de contamination commune. En raison de la grande diversité génétique, aucune corrélation entre certaines souches et un type de farine ou un emplacement géographique spécifique n'a pu être trouvée, ont dit les chercheurs. Les 123 isolats portaient tous les gènes codant pour Stx1 ou Stx2, mais aucun n'était positif pour les deux variants des shigatoxines.

Les laboratoires fédéraux d'inspection des aliments ont envoyé des isolats sur une base volontaire au Laboratoire national de référence pour E. coli (NRL-E. coli) de l'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques et à l'Institut Robert Koch (NRC-RKI) pour examen car il n’y a pas de lien réglementaire dans la surveillance moléculaire.

Comparaison des isolats de la farine et des isolats cliniques

Des souches de sérotypes sélectionnés ont été comparées à 5 370 STEC cliniques de la collection de souches de surveillance du NRC-RKI de 2015 à 2019. Au total, 1 105 isolats humains ont été identifiés pour 14 des 21 sérotypes issus de la farine.

«La comparaison des sérotypes de STEC identifiés dans la farine et les échantillons humains met en évidence le risque possible pour l'homme. La plupart des sérotypes identifiés ont été retrouvés à la fois dans des échantillons de farine et humains, y compris des sérotypes de souches cliniques à forte prévalence, mais aussi des plus rares», ont dit les chercheurs.

Le séquençage du génome entier (WGS) a été appliqué aux 56 STEC isolés en 2018. Plus de la moitié des souches étudiées étaient des hybrides comme STEC-ETEC.

On ne sait toujours pas quelle est la principale voie de contamination des produits à base de farine, mais une explication possible précédemment avancée était la contamination des céréales sur le terrain par des animaux sauvages. D'autres sources pourraient être de l'eau contaminée utilisée pour tempérer le grain à casser ou des parasites dans les moulins.

«Cela montre en général que la farine ne doit pas être sous-estimée en tant que source d'infections humaines graves et des enquêtes supplémentaires sont nécessaires pour déterminer les voies de contamination et de transmission des STEC dans la farine et les produits dérivés de la farine», ont dit les chercheurs.

Complément.

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