Angleterre: le mystère demeure pour des cas d'infections à E. coli O55:H7 de 2014 à 2018 où deux enfants sont décédés

Voici un article qui a été publié dans la revue Epidemiology and Infection, à propos de l’«Enquête épidémiologique sur des épidémies récurrentes de syndrome hémolytique et urémique causées par Escherichia coli producteur de shigatoxines de sérotype O55:H7 en Angleterre, 2014-2018.»

Résumé

Des épidémies récurrentes de syndrome hémolytique et urémique (SHU) causées par le sérotype O55:H7 de Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) se sont produites en Angleterre entre 2014 et 2018. Nous avons examiné les preuves épidémiologiques pour identifier les sources potentielles et les voies de transmission du pathogène, et évaluer le risque permanent pour la santé publique.

Au cours de la période de 5 ans, il y a eu 43 cas confirmés et trois cas probables de STEC O55:H7. L'âge médian des cas était de 4 ans (de 6 mois à 69 ans) et plus de la moitié de tous les cas étaient des femmes (28/46, 61%). Il y avait 36/46 (78,3%) cas symptomatiques, et plus de la moitié de tous les cas ont développé un SHU (25/46, 54%), dont deux cas mortels. Aucune exposition alimentaire ou environnementale commune n'a été identifiée, bien que la majorité des cas vivaient dans des environnements ruraux ou semi-ruraux et signalaient un contact avec des animaux sauvages et domestiques. Cette enquête a éclairé la politique sur la gestion clinique et de la santé publique du SHU causé par des STEC autres que le sérotype O157:H7 (STEC non-O157) en Angleterre, y compris des analyses complètes de tous les contacts familiaux et des animaux domestiques et une utilisation plus répandue des analyses par PCR pour le diagnostic rapide de STEC-SHU.

Discussion

Dans cette étude, nous avons examiné et analysé les données épidémiologiques et microbiologiques liées aux cas de STEC O55:H7 détectés au Royaume-Uni entre 2014 et 2018 pour rechercher des preuves de la source et des voies de transmission de ce pathogène émergent, et pour surveiller l'évolution en cours. risque pour la santé publique. Le nombre de cas a diminué entre 2016 et 2018, bien que les données démographiques des cas soient similaires à celles du cluster du comté de Dorset de 2014 à 2015 en ce qui concerne l'âge, le sexe et la saisonnalité. La principale différence entre les deux groupes était la localisation géographique des cas, la majorité des cas de 2016 à 2018 résidant dans le sud-est et l'est de l'Angleterre. Le regroupement géographique des cas du Dorset a conduit à l'hypothèse qu'il existait une source environnementale locale. Cependant, aucun cas n'a été détecté dans le Dorset depuis 2015, et le changement de localisation géographique a soulevé d'autres questions quant à la source et aux voies de transmission de la souche. À ce jour, aucun cas supplémentaire de STEC O55:H7 avec le même profil stx n'a été détecté au Royaume-Uni depuis 2018. Les épidémies de STEC O55:H7 n'ont été décrites auparavant dans la littérature dans aucun autre pays, bien qu'il existe des preuves suggérant que E. coli O55:H7 était le progéniteur à partir duquel STEC O157 a évolué.

Malgré la baisse du nombre de cas au fil des ans, les résultats cliniques des cas signalant des symptômes sont restés à l'extrémité sévère du spectre, y compris deux cas mortels en 2018. L'étude de cas-cas a mis en évidence la gravité associée à l'infection STEC O55:H7 par rapport à l'infection avec STEC O157:H7. Comme discuté précédemment, cette souche de STEC O55:H7 avait une combinaison hautement pathogène de facteurs de virulence, en particulier stx2a et eae, connus pour être significativement associés au potentiel de provoquer un SHU. Cependant, les symptômes rapportés par les patients atteints de STEC O55:H7 étaient significativement plus sévères que ceux rapportés par les cas infectés par STEC O157:H7 (P <0,05) avec le même profil de virulence. D'autres facteurs potentiels contribuant à des résultats cliniques médiocres peuvent inclure l'âge de la population affectée (enfants de moins de 5 ans), une dose infectieuse élevée (contact direct avec les matières fécales des animaux par rapport à des aliments contaminés) et/ou un diagnostic tardif. Les taux d'hospitalisation plus élevés associés à STEC O55:H7 par rapport à STEC O157:H7 peuvent être dus à une probabilité plus élevée de détecter STEC O157:H7 dans les cas de maladie bénigne, car la méthode de détection de STEC O157:H7 est relativement simple et bien établie. Malgré la majorité des cas signalant des symptômes graves, 10 cas ont été identifiés au cours des activités de recherche des contacts et ont été enregistrés comme asymptomatiques. Il était difficile de dire avec certitude si ces cas présentaient ou non des symptômes mais ils ne les signalaient pas, cependant, une infection asymptomatique dont d'autres sérogroupes STEC a été décrite.

Bien que nous n'ayons pas pu identifier la source de l'agent étiologique, nous avons analysé les données génomiques pour mieux comprendre la dynamique de transmission de ce pathogène. STEC O55:H7 n'avait pas été observé en Angleterre avant 2014. Auparavant, nous avons décrit deux mécanismes pour expliquer comment de nouvelles souches de STEC émergent. Le premier consiste à acquérir un phage codant pour stx (et donc la capacité de provoquer une maladie grave dans la population humaine) dans une souche de E. coli déjà endémique chez les bovins et ovins. Le second est par l'importation d'une nouvelle souche de STEC O157:H7, soit via des aliments importés, soit par la migration d'animaux ou de personnes. Dans ce scénario, la souche importée peut devenir endémique ou non. Lors des enquêtes initiales dans le comté de Dorset en 2014 et 2015, tous les cas étaient infectés par des isolats de STEC O55:H7 qui étaient étroitement liés et appartenaient à un cluster de liaison unique de cinq SNPs (single nucleotide polymorphism ou polymorphisme d'un seul nucléotide). Nous avons émis l'hypothèse que la souche était importée de l'extérieur du Royaume-Uni, peut-être par des oiseaux sauvages, avec une persistance dans l'environnement local causée par de petits mammifères et/ou des oiseaux agissant comme des vecteurs transitoires, la transmission à l'homme se produisant par contact avec l'environnement contaminé ou via des animaux de compagnie. Une enquête alimentaire et environnementale exhaustive n'a pas permis de confirmer ou d'infirmer cette hypothèse, et elle reste donc une explication plausible à l'émergence de cette souche. La survenue des cas dans le sud-est et l'est de l'Angleterre en 2016 et 2017 causés par une souche dans un cluster à liaison unique de 10 SNPs de la souche du comté de Dorset, a soulevé des inquiétudes quant au fait que cette souche pourrait avoir colonisé des bovins ou des moutons domestiques et devenir endémique. Cependant, l'absence de cas depuis 2018 indique que cela est peu probable. La souche responsable des deux cas dans les East Midlands en 2018 n'était pas étroitement liée aux souches antérieures (> 100 SNPs différents) et peut avoir été causée par un événement d'importation distinct.

La nature hautement pathogène de cette souche de STEC O55:H7 a justifié les investigations approfondies qui ont suivi, et nous continuons à surveiller les signes de réémergence. Les enquêtes ont éclairé la politique sur la prise en charge clinique et de santé publique du SHU causé par des STEC non O157 en Angleterre. Nous avons constaté que l'échantillonnage de l'environnement exigeait beaucoup de ressources et que la méthodologie de la pédisacs/socquettes n'avait pas été bien validée ou évaluée pour la détection des STEC dans l'environnement lors d'une épidémie. Nous recommandons la prudence en ce qui concerne l'utilisation des vastes ressources nécessaires pour effectuer un échantillonnage environnemental dans ce scénario. En revanche, un test complet de tous les contacts familiaux, qu'ils soient ou non symptomatiques ou appartenant à un groupe à risque, est fortement recommandé. Si les historiques alimentaires indiquent qu'il est peu probable que les aliments contaminés soient le véhicule, l'analyse d'échantillons de matières fécales provenant d'animaux domestiques peut identifier le vecteur de transmission. Plus important encore, cette enquête a mis en évidence la nécessité d'une utilisation plus répandue du diagnostic rapide de STEC-SHU, et a été un moteur dans le mouvement vers la mise en œuvre de tests de PCR gastro-intestinaux commerciaux dans les laboratoires hospitaliers locaux et régionaux en Angleterre.