Augmentation des infections à Salmonella résistants aux Etats-Unis, selon une étude du CDC

«Une étude du CDC montre une augmentation des infections à Salmonella résistants», source article de Chris Dall pru le 12 mai 2021 dans CIDRAP News.

Les infections à Salmonella résistants aux antibiotiques sont en augmentation, selon une nouvelle étude menée par des scientifiques des Centers for Disease Control and Prevention (CDC).

Dans une étude publiée dans Emerging Infectious Diseases, les chercheurs ont estimé une augmentation de 40% de l'incidence annuelle des infections à Salmonella non typhique avec une résistance cliniquement importante en 2015-2016 par rapport à 2004-2008. Une fois extrapolé à l'ensemble de la population américaine, cela équivaut à environ 63 000 cas d'infection supplémentaire par an causées par Salmonella résistants aux antibiotiques.

Alors que les changements dans l'incidence de la résistance variaient selon la région et le sérotype, deux sérotypes - I 4,[5],12:i:- et Enteritidis - représentaient les deux tiers de l'augmentation des infections résistantes. Les infections non sensibles à la ciprofloxacine représentaient plus de la moitié.

Salmonella est l'une des principales causes d'infections d'origine alimentaire aux États-Unis. Bien que la plupart des infections à Salmonella soient spontanément résolutives et ne nécessitent pas de traitement antibiotique, certaines infections sont plus graves. Le CDC estime que Salmonella non typhique provoquent environ 1,35 million cas d'infections, 26 500 hospitalisations et 420 décès par an. Les infections résistantes peuvent entraîner une maladie plus grave et un échec du traitement a été rapporté pour des infections à sensibilité réduite à la ciprofloxacine.

Augmentation de 40% de l'incidence annuelle

Pour estimer les changements nationaux des infections à Salmonella résistantes, les chercheurs du CDC ont examiné les infections humaines à Salmonella signalées aux laboratoires de santé publique et aux services de santé locaux par le biais de la surveillance des maladies entériques en laboratoire (LEDS pour Laboratory-Based Enteric Disease Surveillance) de 2004 à 2016.

Ils ont également analysé des isolats de Salmonella collectés par le biais du National Antimicrobial Resistance Monitoring System (NARMS). Alors que les chercheurs ont évalué la sensibilité des isolats à des agents représentant 8 à 9 classes d'antibiotiques, ils se sont concentrés sur l'identification de la résistance à la ceftriaxone et à l'ampicilline et à la non-sensibilité à la ciprofloxacine. Ce sont les trois agents principalement utilisés pour traiter les infections sévères à Salmonella.

Les chercheurs ont utilisé des modèles bayésiens pour générer des estimations des taux d'incidence des infections à Salmonella, des proportions de résistance et des taux d'incidence des infections résistantes pour six catégories de sérotypes, puis ont comparé l'incidence moyenne de la résistance de 2015 à 2016 avec deux périodes de référence de 5 ans - 2004 à 2008, et 2010 à 2014.

Pendant toute la période de l'étude, les États ont signalé 539 862 infections à Salmonella confirmées par culture au LEDS et soumis 28 265 isolats de Salmonella au NARMS. Les sérotypes les plus courants étaient Enteritidis, Typhimuirum, Newport, I 4,[5],12:i:- et Heidelberg.

Une résistance cliniquement importante a été détectée dans 3 456 (12,5%) des 28 265 isolats, avec une résistance à l'ampicilline seule détectée dans 6,6%, une non-sensibilité à la ciprofloxacine dans 3% et une résistance à la ceftriaxone / ampicilline dans 3%. Une multirésistance a été détectée dans 10,3% des isolats. Les cinq principaux sérotypes représentaient 69% des infections avec une résistance cliniquement importante et 66% avec une multirésistance.

En 2015-2016, l'incidence annuelle moyenne des infections avec toute résistance cliniquement importante était de 2,38 pour 100 000 personnes, augmentant de 0,68 pour 100 000 personnes par rapport à 2004-2008 (il n'y a pas eu de changement significatif par rapport à 2010-2014). Les sérotypes I 4,[5],12:i:- et Enteritidis représentaient respectivement 37% et 26% de l'augmentation des infections résistantes cliniquement importantes. L'incidence annuelle moyenne des infections non sensibles à la ciprofloxacine a augmenté de 0,41 pour 100 000 personnes par rapport à 2004-2008 et de 0,29 pour 100 000 personnes par rapport à 2010-2014.

«L'incidence accrue des infections à Salmonella non sensibles à la ciprofloxacine pendant 2015-2016 par rapport à la fois à 2004-2008 et 2010-2014 est une tendance préoccupante», ont écrit les auteurs de l'étude.

Les infections résistantes causées par d'autres sérotypes de Salmonella moins courants qui sont apparus ces dernières années, notamment Dublin, Infantis et Kentucky, ont également augmenté par rapport à 2004-2008 et ont représenté 37% de l'augmentation des infections résistantes.

Lorsqu'ils ont extrapolé les estimations d'incidence à l'ensemble de la population américaine, les chercheurs ont estimé que les infections résistantes à Salmonella sont passées d'une moyenne de 159 000 par an en 2004-2008 à 222 000 en 2015-2016.

Liens avec l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux et les voyages internationaux

Bien que l'étude n'ait pas examiné les causes de l'augmentation de la résistance chez Salmonella, les auteurs suggèrent quelques sources possibles. Par exemple, ils notent que l'augmentation des infections à Salmonella I 4,[5],12:i:- uniquement à l'ampicilline et multirésistantes aux médicaments était la plus élevée dans les régions de l'Ouest et du Midwest, deux régions du pays où où la production et la consommation de porc sont élevées.

L'utilisation d'antibiotiques médicalement importants dans la production porcine américaine est répandue. Un rapport de 2019 du ministère américain de l'Agriculture a montré qu'un peu plus de 90% des exploitations porcines donnaient aux porcs des antibiotiques médicalement importants.

Les chercheurs du CDC notent que les produits à base de viande de porc ont été associés à des infections à I 4,[5],12:i:- résistantes en Occident. Ils citent également une étude qui a identifié des souches I 4,[5],12:i:- multirésistantes chez les porcs du Midwest, dont certaines portaient des gènes de résistance à médiation plasmidique.

«Cette tendance pourrait expliquer en partie l'augmentation généralisée de l'incidence des infections à I 4,[5],12:i:- multi résistantes aux antibiotiques», ont-ils écrit.

Les voyages internationaux sont une autre source potentielle.

«Les voyages internationaux auraient pu contribuer à une augmentation de l'incidence des infections à Enteritidis non sensibles à la ciprofloxacine, qui ont augmenté dans 3 régions et étaient les plus élevées dans le Nord-Est», ont écrit les auteurs. «Les voyages internationaux ont augmenté depuis 2014 et les résidents des États du Nord-Est ont représenté plus d'un tiers des voyageurs américains en 2015-2016».

Ils suggèrent qu'une analyse plus approfondie des changements dans l'incidence de la résistance pourrait aider à identifier des stratégies de prévention ciblées.