Comment un microbe intestinal devient-il un pathogène ?

© HZI / Rohde

«Comment un microbe intestinal devient-il un pathogène ?», source Twincore.de.

Des scientifiques recherchent un lien entre les gènes bactériens et la gravité de la maladie.

La bactérie Escherichia coli se trouve entre autres dans l'intestin humain. Là, il est inoffensif, mais dans certaines circonstances, il peut aussi devenir pathogène. Il peut provoquer des infections de la vessie ou une empoisonnement du sang. Une équipe de chercheurs dirigée par le professeur Marco Galardini, responsable du cluster Resist Biologie des systèmes des communautés microbiennes à Twincore, en collaboration avec des collègues de la faculté de médecine de l'Université de Paris, a cherché à savoir si certains gènes de la bactérie étaient liés à la gravité des maladies causées. Ils publient maintenant leurs résultats dans la revue PLOS Genetics.

Escherichia coli, souvent abrégé en E. coli, fait partie de la flore intestinale humaine. En tant que soi-disant commensal, il ne cause généralement aucun dommage. Dans l’intestin et d'autres organes, il peut également devenir un pathogène. Dans le tractus urogénital, par exemple, E. coli provoque une cystite et dans le sang, il peut provoquer une septicémie. L'empoisonnement du sang est une conséquence redoutée des infections bactériennes et peut même être fatal dans 10 à 30% des cas. La gravité d'une telle infection ne pouvait pas être prédite auparavant sur la base de la constitution génétique du germe.

Des chercheurs de Twincore à Hanovre ont maintenant analysé si certaines variants génétiques de E. coli sont associés à une évolution plus sévère. «Nous avons mené une étude dite d'association à l'échelle du génome», explique Marco Galardini. «Pour ce faire, nous avons séquencé des échantillons bactériens de deux grandes études de patients et les avons corrélés avec l'évolution de l'infection.» Des caractéristiques telles que l'âge, le sexe ou des maladies antérieures connues ont également été incluses dans l'analyse.

L'équipe de Galardini n'a pas été en mesure d'identifier les gènes qui déterminent la gravité de la maladie. Cependant, ils ont fait une autre découverte intéressante: «Une certaine cassette génétique était clairement associée à des infections qui ont commencé dans les voies urinaires», explique Galardini. De là, une stratégie pour éviter les maladies potentiellement mortelles peut être dérivée. «À l'avenir, on pourrait séquencer les pathogènes d'une infection de la vessie, puis décider si le traitement médicamenteux doit être ajusté par précaution», explique Galardini.

Le fait que les chercheurs n'aient pas été en mesure de prouver un lien entre le génome de la bactérie et l'évolution de la maladie ne signifie pas nécessairement qu'il n'y en a pas. «Il se pourrait tout aussi bien que le nombre d'échantillons que nous avons examinés soit trop petit», explique Galardini. «Une simulation a montré qu’il faudrait dix fois plus d'échantillons pour détecter ou exclure la connexion avec une plus grande certitude.»

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