Une
recherche de la Michigan State University montre que de nombreuses
souches d'un agent pathogène d'origine alimentaire portent et
partagent des gènes de résistance aux antibiotiques au Michigan
En
collaboration avec le Michigan Department of Health and Human
Services (MDHHS), des chercheurs de la Michigan State University
(MSU) ont montré que des gènes de résistance aux antibiotiques
sont répandus dans la bactérie Campylobacter jejuni, l'une
des principales causes de maladies d'origine alimentaire.
L'équipe
a découvert que plus de la moitié de C. jejuni, isolés chez
des patients du Michigan, sont génétiquement protégés contre au
moins un antibiotique utilisé pour lutter contre les infections
bactériennes. L'étude
complète de l’équipe est publié dans la revue
Microbial Genomics.
«Nous
savons que ces agents pathogènes existent depuis toujours, mais
l'utilisation d'outils plus sophistiqués de séquençage du génome
nous permet de les examiner différemment», a dit Shannon
Manning, responsable du projet et professeur à la MSU
Research Foundation au Département
de microbiologie et de génétique moléculaire. «Nous
avons découvert que les génomes sont extrêmement diversifiés et
contiennent de nombreux gènes capables de les protéger contre de
nombreux antibiotiques.»
L’article
de l’équipe fournit des informations techniques précieuses aux
épidémiologistes, aux agents de santé et à d’autres
spécialistes, mais Manning a également souligné ce que les
découvertes de l’équipe signifient pour la personne lambda.
Bien
que la plupart des adultes en bonne santé puissent combattre ces
microbes sans antibiotique, il y a des personnes pour lesquelles C.
jejuni présente une préoccupation sérieuse. Les infections
peuvent entraîner une hospitalisation, des complications
auto-immunes et neurologiques, une invalidité à long terme, voire
la mort.
Comprendre
l’étendue de la résistance aux antibiotiques chez cette espèce,
ainsi que les antibiotiques auxquels les différentes souches sont
résistantes, peut aider les patients à bénéficier plus tôt de
meilleurs plans de traitement.
«Si
nous connaissons le type de gènes de résistance aux antibiotiques
que possède Campylobacter jejuni, alors nous savons quels
antibiotiques ne pas administrer à un patient», a dit Manning. Cela
peut conduire à de meilleurs résultats pour les patients et à des
séjours hospitaliers plus courts.
Cette
découverte a également des implications plus larges. Une fois que
des personnes ont combattu une infection et que l’agent pathogène
a été tué, avec ou sans antibiotique, ses gènes peuvent
persister, y compris ceux qui confèrent une résistance aux
antibiotiques. D’autres microbes peuvent alors capter ces gènes,
les intégrer dans leur propre génome et acquérir une résistance.
«C’est
vraiment important. Les pathogènes d’origine alimentaire sont
omniprésents. On les trouve dans les aliments que nous consommons,
mais aussi dans les animaux et les environnements avec lesquels nous
sommes régulièrement en contact», a dit Manning. «S’ils sont
porteurs de gènes de résistance, non seulement ils peuvent nous
rendre malades, mais ils peuvent aussi facilement transférer ces
gènes à d’autres bactéries.»
Cela
souligne l'importance de l'hygiène et de la sécurité des aliments,
a dit Manning, notamment en évitant la contamination croisée avec
d'autres aliments et des surfaces avant cuisson.
L’analyse
génétique de l’équipe a également permis aux chercheurs
d’identifier l’hôte ou la source de souches spécifiques.
Autrement dit, ils pourraient prédire si les bactéries provenaient
d’animaux spécifiques ou s’il s’agissait de généralistes que
l’on trouve couramment chez plusieurs hôtes.
«Lorsque
nous avons effectué cette analyse génomique, nous avons constaté
que la plupart des patients du Michigan étaient infectés par des
souches liées à des hôtes poulets ou bovins», a dit Manning. Les
infections étaient également plus susceptibles de se produire dans
les zones rurales, a découvert l'équipe, ce qui suggère que
l'exposition à ces animaux et à leur environnement pourrait être
importante à surveiller et potentiellement à contrôler.
Se
concentrer sur le Michigan et travailler avec des hôpitaux de tout
l’État a également permis aux chercheurs de révéler des
informations plus granulaires et locales. En étudiant les 214
souches récupérées sur de vrais patients, les chercheurs ont
observé des tendances spécifiques au Michigan qui autrement
seraient passées inaperçues.
Bien
que le Centers for Disease Control and Prevention exploitent un
réseau
national de surveillance des agents pathogènes
d'origine alimentaire, de nombreux États, dont le Michigan, ne font
pas partie de ce système.
«Nous
avons des facteurs écologiques et agricoles uniques au Michigan qui
peuvent avoir un impact sur la façon dont ces agents pathogènes
survivent et prolifèrent chez certains hôtes et environnements», a
dit Manning, dont l'équipe étudie également d'autres contributeurs
majeurs aux maladies d'origine alimentaire, notamment E. coli,
Shigella et Salmonella.
«Si
vous ne les recherchez pas et ne les évaluez pas, vous ne pourrez
pas identifier les facteurs les plus importants pour les infections
et la résistance aux antibiotiques ni définir en quoi le Michigan
diffère des autres régions», a-t-elle dit.
Cette
évaluation est, en partie, l’objectif du Michigan Sequencing
Academic Partnership for Public Health Innovation and Response, ou
MI-SAPPHIRE,
une subvention que le MDHHS a accordée à l’équipe de Manning
l’année dernière. Le programme MI-SAPPHIRE est également soutenu
par le CDC.
Cette
subvention a été cruciale pour pousser le projet jusqu'à la ligne
d'arrivée, a dit Manning, bien que l'équipe y travaille depuis des
années par le biais du Enterics
Research Investigational Network soutenu par le
National Institutes of Health.
