Surveillance hivernale 2019-2020 : Baisse historique des gastro-entérites aiguës jamais observée sur les 10 dernières années en France

Comme cela a été constaté dans de nombreux pays précédemment, voici qu'en France aussi, il peut y avoir une baisse historique des gastro-entérites aiguës jamais observée sur les 10 dernières années. Je crois, j'en suis même sûr, j'aurais préféré une augmentation des gastro-entérites aiguës à la pandémie de Covid-19 ...

«Gastro-entérites aiguës : bilan de la surveillance hivernale 2019-2020», source Santé publique de France du 30 avril 2021.

Santé publique France publie le bilan annuel de surveillance hivernale 2019-2020 de la gastro-entérite aiguë en France métropolitaine, marqué par deux événements majeurs et notamment une baisse historique des GEA jamais observée sur les 10 dernières années. 

Une forte diminution de l’activité à des niveaux historiquement bas, très probablement en lien avec les mesures mises en place durant la pandémie de Covid-19

Suite au premier confinement (Mars-Avril 2020) instauré dans le cadre de la pandémie de Covid-19, de très faibles niveaux d’activité pour GEA ont été enregistrés à partir des mois de mars et d’avril 2020 au sein des urgences hospitalières et en médecine générale (Réseau Sentinelles et SOS Médecins).

En effet, la proportion de passages aux urgences pour gastro-entérites a fortement diminué en début d’année 2020 pour atteindre des niveaux historiquement bas et ensuite se stabiliser à 0,5% d’activité à partir d’avril 2020. D’après les données du Réseau Sentinelles, la saison hivernale 2019-2020 a été caractérisée par le plus faible taux d’incidence cumulé des cas de diarrhées aiguës vus en consultation de médecine générale sur les 10 dernières saisons.

Cette diminution historique de l’activité épidémique pour gastro-entérites aiguës en France est très probablement en lien avec les mesures instaurées dans le cadre de la pandémie de COVID-19 (confinement, distanciation physique, renforcement de l’hygiène des mains). De tels niveaux n’ont pas été observés sur 10 années de données rétrospectives pour tous les indicateurs de surveillance.

Evolution hebdomadaire de la proportion de passages aux urgences hospitalières pour GEA en métropole, tous âges, données Oscour, saison 2019-2020.

A noter, en janvier 2020, un pic important observé en lien avec un épisode de toxi-infections alimentaires collectives dans plusieurs régions métropolitaines.

Cette recrudescence du nombre de cas de GEA coïncidait avec une survenue importante et inhabituelle de toxi-infections alimentaires collectives ayant impacté plusieurs régions métropolitaines en lien avec une consommation d’huitres contaminées survenue en 2019 lors des fêtes de fin d’années.

Points clés 2019 – 2020 concernant la gastro-entérite aigue

La période d’analyse correspond à la période de surveillance hivernale, soit du 18 novembre 2019 au 13 avril 2020.

• 96 713 passages aux urgences hospitalières, soit 1,6% des passages aux urgences. 44,4% des passages pour gastro-entérites aiguës concernaient des enfants âgés de moins de 5 ans.
• 144 499 consultations SOS Médecins pour gastro-entérites aiguës, soit 8,7% des consultations totales.
• Taux d’incidence cumulée au Réseau Sentinelles:
• 2 963 cas pour 100 000 habitants tous âges confondus
• 6 605 cas pour 100 000 habitants, chez les enfants de moins de 5 ans, population la plus touchée au cours de cette période.
• Prédominance du norovirus de génotype GII.4 2012[P16], suivi du génotype GII.17[P17].
• Important pic d’activité observé fin décembre 2019-début janvier 2020, concomitant avec une importante recrudescence de toxi-infections alimentaires collectives en lien avec une consommation d’huitres
• Suite au premier confinement instauré dans le cadre de la pandémie de la Covid-19, de très faibles niveaux d’activité ont été enregistrés à partir de la semaine 13-2020.

Mise à jour du 11 mai 2021. On lira l'article de Joe Whitworth paru dans Food Safety News, French gastro surveillance marked by COVID-19 and large outbreak.

La baisse globale intervient malgré un pic significatif fin décembre 2019 et début janvier provoqué par une augmentation des toxi-infections alimentaires collectives liées à la consommation d'huîtres.

Du 11 décembre 2019 au 22 janvier 2020, 197 foyers de cas soupçonnés d'être causés par la consommation de coquillages crus ont été signalées. Ceux-ci ont touché 1 121 personnes et 25 ont été hospitalisées.

Une co-infection entre le norovirus et d'autres virus entériques tels que le rotavirus, le sapovirus, l'entérovirus et le virus Aichi a été identifiée dans 10 des 26 cas. En raison d'une contamination confirmée par norovirus, 31 sites de récolte ont été fermés entre fin décembre et début janvier.

En mars de cette année, Santé publique France a signalé 46 foyers de cas liées à la consommation d'huîtres depuis la mi-février avec 164 personnes malades et deux nécessitant un traitement hospitalier.