La résistance aux antibiotiques dans les élevages d’animaux est liée à des points chauds mondiaux

« La résistance aux antibiotiques dans les élevages d’animaux est liée à des points chauds mondiaux », source CIDRAP News.

La résistance aux antibiotiques couramment utilisés dans la production animale augmente chez les animaux producteurs de denrées alimentaires dans les pays en voie de développement, et la Chine et l'Inde en voient le pire, selon un nouvel article publié dans Science par une équipe internationale de chercheurs.

On pourra aussi lire le communiqué de l'ETH Zurich, « La résistance augmente massivement ». Des chercheurs de l'ETH Zurich montrent une carte dans laquelle se trouvent les points chauds de la résistance aux antibiotiques chez les animaux d'élevage dans les pays en voie de développement et les pays émergents.

Les auteurs du document, publié dans Science, disent que les résultats sont cohérents avec l'intensification de la production de viande dans de nombreux pays à revenu faible et intermédiaire, où l'utilisation des antibiotiques dans le bétail est beaucoup moins réglementée qu'en Europe ou aux États-Unis et les antibiotiques sont largement utilisés pour favoriser une croissance plus rapide et compenser les mauvaises conditions d'hygiène et des aliments moins nutritifs.

« L'Inde et la Chine sont de loin les plus gros points chauds de la résistance antimicrobienne chez les animaux, et cela est probablement dû au fait que les antibiotiques sont si bon marché et facilement disponibles », a dit le co-auteur de l'étude, Thomas Van Boeckel. « L'échelle à laquelle la résistance aux antibiotiques semble augmenter dans ces régions est clairement préoccupante. »

La préoccupation est que la résistance croissante aux antibiotiques couramment utilisés chez les porcs, les poulets et les vaches signifie que les agriculteurs de ces pays pourraient avoir de plus en plus de difficultés à traiter les animaux malades et à produire suffisamment de viande pour satisfaire la demande croissante des consommateurs.

« L'incapacité croissante du secteur animal à traiter et à maîtriser les infections dans les exploitations agricoles constitue une menace », a dit Van Boeckel.

Données rares sur la RAM chez les animaux

Dans le monde, on estime que 73% des antibiotiques utilisés en médecine humaine sont également utilisés dans la production d'animaux destinés à l'alimentation, non seulement pour traiter les animaux malades, mais également pour prévenir les maladies et favoriser la croissance.

L'Union européenne et les États-Unis ont pris des mesures pour réduire cette utilisation, notamment en interdisant l'utilisation d'antibiotiques comme promoteur de la croissance, et l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a exhorté les États membres à réduire l'utilisation d'antibiotiques à usage vétérinaire. Cependant, l'utilisation répandue et non réglementée d'antibiotiques chez les animaux destinés à la consommation humaine existe toujours dans la plupart des pays en voie de développement, mais c’est une préoccupation croissante, compte tenu de la demande croissante de protéines dans ces pays.

De nombreux spécialistes des maladies infectieuses et de la résistance antimicrobienne (RAM) craignent que l'utilisation excessive d'antibiotiques chez les animaux ne porte atteinte à la santé publique en favorisant la résistance aux agents pathogènes zoonotiques, comme Escherichia coli ou Salmonella, qui provoquent des infections chez l’homme et réduit l'efficacité des antibiotiques. également utilisés en médecine humaine.

L'émergence du gène MCR-1, qui confère une résistance à la colistine, un antibiotique de dernier recours, serait liée à l'utilisation répandue de la colistine dans la production porcine chinoise. (La Chine a interdit l'utilisation de la colistine dans le bétail en 2016.)

Cependant, moins d'attention a été portée aux niveaux de bactéries résistantes aux antibiotiques chez les animaux eux-mêmes et à la manière dont ils affectent la santé animale, en particulier dans les pays en voie de développement et les pays émergents. Alors que la plupart des pays développés effectuent une surveillance systématique des agents pathogènes résistants chez le bétail, les données de surveillance des niveaux de RAM chez les animaux producteurs de denrées alimentaires dans les pays en voie de développement sont rares. De nombreux pays en voie de développement et de pays émergents n'ont pas le financement et l'infrastructure nécessaires pour mener ce type de surveillance.

« Lorsque nous parlons de résistance aux antibiotiques dans les pays à revenu faible ou intermédiaire, il y a beaucoup de spéculations et d'avis d'experts », a dit Van Boeckel, professeur à l'Institut fédéral suisse de technologie et chercheur invité au Center for Disease Dynamics, Economics & Policy. « Nous avons tendance à préférer les données que les avis. »

Pour combler les lacunes, Van Boeckel et ses collègues ont examiné 901 enquêtes de prévalence ponctuelle sur les taux de RAM chez les animaux destinés à l'alimentation et les produits alimentaires réalisées dans les pays en voie de développement et les pays émergents de 2000 à 2018. Les enquêtes de prévalence ponctuelle sont essentiellement un instantané des taux de RAM basé sur échantillons bactériens prélevés sur des animaux en bonne santé. La plupart des enquêtes (509) provenaient de pays asiatiques et le reste de pays d’Afrique et des Amériques.

L'analyse s'est concentrée sur la résistance de E. coli, Campylobacter, Salmonella non thyphoïde et Staphylococcus aureus à plusieurs classes d'antibiotiques. Van Boeckel et ses collègues ont également proposé une mesure de résistance, qu'ils appellent P50, qui, selon eux, aurait un sens pour les vétérinaires. P50 représente la proportion d'antibiotiques dans lesquels la résistance bactérienne était supérieure à 50%.

« Si vous savez que votre médicament est plus susceptible d'échouer que de réussir à traiter l'infection, alors vous ne l'utiliserez probablement pas, car c'est un très mauvais médicament », a expliqué Van Boeckel.

En utilisant un modèle de cartographie géospatiale pour déduire les tendances de résistance à partir des enquêtes de prévalence ponctuelle, l'analyse a estimé qu'entre 2000 et 2018, la P50 est passée de 0,15 à 0,41 chez le poulet, ce qui signifie que 4 antibiotiques sur 10 utilisés chez le poulet présentaient un niveau de résistance supérieur à 50%. La P50 est passée de 0,13 à 0,43 chez les porcs et a atteint un plateau entre 0,12 et 0,23 chez les bovins.

Les régions avec des valeurs de P50 les plus élevées (supérieures à 0,4) sont le sud et le nord-est de l'Inde, le nord-est de la Chine, le nord du Pakistan, l'Iran, la Turquie, la côte sud du Brésil, l'Égypte, le delta du fleuve rouge au Vietnam et les zones entourant Mexico et Johannesburg. Les valeurs de P50 étaient faibles dans la plupart des autres régions d’Afrique, mais des points chauds semblent émerger au Kenya et au Maroc.

Van Boeckel a noté que les faibles niveaux de résistance estimés dans les Amériques étaient surprenants étant donné que plusieurs pays d'Amérique du Sud sont des exportateurs nets de viande. Mais cela pourrait refléter l'absence d'enquêtes ponctuelles sur la prévalence chez l'animal dans ces pays.

Parmi les facteurs associés aux différences de valeurs de P50, il y avait la proximité des zones urbaines, la température et l'utilisation d'antimicrobiens. En Asie, 74% des points chauds P50 correspondaient à des zones où l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux devrait augmenter au cours de la prochaine décennie.

Les taux de résistance globaux les plus élevés ont été observés pour les médicaments les plus couramment utilisés en production animale - tétracyclines, sulfamides et pénicillines. Parmi les antibiotiques jugés extrêmement importants par l'OMS pour la santé humaine, les taux de résistance les plus élevés ont été observés pour la ciprofloxacine et l'érythromycine (20% à 60%), les taux de résistance les plus modérés étant observés pour les céphalosporines de troisième et quatrième générations (10% à 40%).

Van Boeckel et ses collègues estiment que la hausse des niveaux de résistance aux antimicrobiens inférée dans leur analyse pourrait signifier que les agriculteurs situés dans des points chauds pourraient être amenés à avoir recours à des antibiotiques de deuxième ligne plus coûteux, ce qui pourrait entraîner une hausse des prix des denrées alimentaires.

Les nations les plus riches doivent aider

Bien que la carte des points chauds de la résistance aux antimicrobiens ne remplace pas les systèmes de surveillance traditionnels, Van Boekel dit que c'est un bon point de départ et cela fournira aux responsables de la santé mondiale un guide sur les domaines dans lesquels un échantillonnage plus important d'animaux doit être effectué. Cela indique également aux décideurs chinois et indiens qu’ils doivent commencer à prendre des mesures pour limiter l’utilisation des antibiotiques chez les animaux destinés à l’alimentation afin de maintenir leur niveau de production de viande.

Cela pourrait être un défi de taille. Selon une étude antérieure coécrite par Van Boeckel, l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux d'élevage en Chine - le plus gros consommateur d'antibiotiques vétérinaires au monde - pourrait augmenter de 59% d'ici 2030 si le secteur de l'élevage continue de croître et si l'utilisation d'antibiotiques reste incontrôlée. Mais Matt Ferreira, vétérinaire du département des maladies infectieuses et de la santé mondiale de l’Université de Chicago, a dit que d’autres grands pays producteurs de bétail ont montré que cela était possible.

« Les pays qui ont une production porcine par habitant importante, comme le Danemark et les Pays-Bas, ont pu réduire considérablement l'utilisation d'antimicrobiens tout en maintenant des niveaux élevés de production économiquement performante », a dit Ferreira, qui n'a pas participé à l'étude. « Il est important de noter que ces programmes étaient un effort de collaboration avec les services réglementaires, les agriculteurs et les vétérinaires ayant tous une place à la table. »

Van Boeckel a ajouté que les pays plus riches devront également faire leur part, en aidant à promouvoir et à soutenir des pratiques agricoles réduisant le recours aux antibiotiques. L'une des stratégies suggérées dans le document est la création d'un fonds mondial qui pourrait aider à subventionner les mesures de biosécurité sanitaire et de biosécurité au niveau de l'exploitation dans les pays en voie de développement.

« Nous avons intérêt à essayer d'aider ces pays à atteindre cette production intensifiée de manière plus durable, pour ne pas répéter les erreurs que nous avons commises en Europe ou aux États-Unis en utilisant trop d'antibiotiques pendant 50 ou 60 ans », a-t-il dit.

Ferreira est d'accord.

« Toute tentative d'atténuer les effets de la résistance aux antimicrobiens devra être un effort mondial concerté visant à améliorer la surveillance de la RAM, réduire l'utilisation inutile dans la production animale et aider à soutenir les pratiques agricoles durables », a-t-il dit.