L'ECDC publie le rapport épidémiologique annuel pour 2016 sur la salmonellose dans l’UE

« Rapport épidémiologique annuel pour 2016 sur la salmonellose dans l’UE », source ECDC du 25 mars 2019.

Faits marquants

• La salmonellose est la deuxième infection gastro-intestinale la plus fréquemment rapportée et une cause importante d’épidémies d’origine alimentaire dans l’UE/EEE.
• En 2016, 95 326 cas confirmés au laboratoire ont été rapportés, dont 134 décès.
• Le taux de notification dans l’UE/EEE était de 20,4 cas pour 100 000 habitants.
• Les taux d’incidence de la salmonellose se sont stabilisés au cours des cinq dernières années après une longue période marquée par une tendance à la baisse.
• Le taux de cas rapportés était le plus élevé chez les jeunes enfants âgés de 0 à 4 ans avec 89,9 cas pour 100 000 habitants, c’est sept fois plus élevé que chez les adultes de 25 à 64 ans.

Dans certains pays, le taux chez les jeunes enfants était environ 30 à 60 fois supérieur à celui des adultes entre 25 et 44 ans : Bulgarie (28 fois), Chypre (62 fois), Grèce (34 fois), Italie (29 fois), Lettonie (34 fois) et le Portugal (34 fois). À Chypre, en Grèce, au Portugal et en Roumanie, les proportions de cas hospitalisés étaient très élevées (74-88%), tandis que les taux d’incidence de la salmonellose étaient faibles (< 10 pour 100 000). Il n'y avait aucune différence en général entre  les taux de notification entre hommes et femmes.

Pour 2016, 30 pays ont signalé 96 835 cas, dont 95 326 ont été classés comme confirmés. Le nombre de notifications par 100 000 habitants s'élevait à 20,4, soit un nombre comparable à celui de 2015. Les taux d'incidence standardisé  selon l'âge ne différaient pas sensiblement des taux bruts. Sur les 52 878 cas dont l'issue était connue, 134 cas sont décédés, soit un taux de létalité de 0,25%.

Les systèmes de surveillance de la salmonellose ont une couverture nationale dans tous les États membres sauf en France, aux Pays-Bas et en Espagne. En 2016, la couverture de la population était estimée à 48% en France et à 64% aux Pays-Bas. La variation de la couverture a été prise en compte lors du calcul des taux de notification. L’Espagne n’a fourni aucune information sur la couverture estimée et n’a donc pas calculé de taux de notification.

Pour la France, la distribution de cas confirmés de salmonellose et le taux de pour 100 000 habitants par an, de 2012-2016 s’établissent ainsi :

• 2012 : 8 705 cas ; taux : 27,8
• 2013 : 8 927 ; taux : 28,4
• 2014 : 8 880 cas ; taux : 28,1
• 2015 : 10 305 cas ; taux : 32.3
• 2016 : 8 876 cas confirmés ; taux : 27,7 ; Taux d'incidence standardisé : 27,7 ; 8 876 cas rapportés

Signalons que selon le ministère de l'agriculture, un premier document rapporte, En France, l'incidence des salmonelloses humaines est estimée à environ 307 cas/100 000 habitants par an, dans un second document,  c'est environ 300 cas par million d’habitants par an en France et dans un troisième document, autour de 6500 cas diagnostiqués par an (zoonoses et intoxications alimentaires confondues).
Quant au document de l'Anses de 2017 sur la salmonellose, il mériterait d'être actualisé ...

Enfin, selon cette étude de l'InVS (Van Cauteren D. et al., 2018), 

Les infections à Salmonella spp. arrivent en 3e position en nombre de cas (183 002 cas, 12% du nombre total), en 2e position en nombre d’hospitalisations (4 106 hospitalisations, 24% du nombre total) et en 1ère position en nombre de décès (67 cas décédés, 26% du nombre total).

Discussion

La salmonello.se reste la deuxième zoonose la plus fréquente chez l'homme dans l'UE/EEE et la diminution significative observée de 2004 à 2013 semble s'être stabilisée ces dernières années. En 2016, Salmonella a été la cause la plus courante d'épidémies d'origine alimentaire, représentant 22% de toutes les épidémies d'origine alimentaire signalées (1 067). Les œufs et les ovoproduits sont toujours les véhicules les plus couramment identifiés dans ces épidémies et constituent également la source de la vaste épidémie touchant plusieurs pays et liée à des œufs en provenance de Pologne. En 2016, la Pologne a signalé 26 troupeaux reproducteurs de Gallus gallus (1,4%) et 169 troupeaux de poules pondeuses (7,2%) positifs pour S. Enteritidis, qui était de loin la proportion la plus élevée de troupeaux positifs pour S. Enteritidis dans l'UE. L'épidémie importante d'œufs a touché au moins 14 pays de l'UE/EEE et peut-être même davantage, car la définition d'épidémie reposait sur des méthodes de typage (WGS et MLVA) non encore appliquées dans tous les pays. Considérant les avantages du séquençage du génome entier (WGS) pour faciliter l'identification des cas liés dans différents pays et des sources d’aliments suspectées, son utilisation dans les investigations sur les épidémies d'origine alimentaire devrait augmenter rapidement et est encouragée par l'ECDC, PulseNet International et l'OMS.

Les augmentations les plus importantes des taux de notification de 2015 à 2016 ont été observées en Estonie et en Grèce. L'augmentation constatée en Estonie est imputable à deux épidémies, dont l'une d'origine non alimentaire (transmission de personne à personne) et à un grand nombre de cas de maladies. En Grèce, des efforts ont été déployés pour augmenter le nombre de cas rapportés ces dernières années. Cependant, comme la forte augmentation en 2016 concernait principalement un sérotype, S. Enteritidis, cette observation pourrait s'expliquer par d'autres raisons.

Le fait que le taux de salmonellose chez les jeunes enfants soit sept fois plus élevé que chez les adultes peut s'expliquer par une plus grande proportion d'infections symptomatiques chez les jeunes enfants, une probabilité accrue pour les parents d'emmener leurs enfants voir un médecin et de prélever des échantillons chez le médecin. Certains pays présentant de très grandes différences entre les taux de jeunes enfants et d’adultes ont également signalé une forte proportion de cas hospitalisés. Cela indique que les systèmes de surveillance mis en place dans ces pays peuvent principalement couvrir les infections les plus graves. Le degré de sous-identification et de sous-déclaration de salmonellose dans l'UE/EEE est généralement élevé et varie selon les pays, comme le montre une vaste étude européenne sur la séroincidence de la salmonellose. Plutôt que de corréler avec l'incidence nationale déclarée d'infections à Salmonella, la séroincidence va corréler les données de prévalence de Salmonella chez les poules pondeuses, les poulets de chair et les porcs de boucherie, telles qu'évaluées par l'EFSA lors d'enquêtes de référence dans l'UE. La séroincidence* a également été corrélée avec les données suédoises sur le risque de salmonellose associé à un voyage spécifique dans un pays. L’un des résultats de l’étude était que l’outil de la séroincidence qui peut être utilisé pour estimer la fréquence de l’exposition à Salmonella, est beaucoup plus proche de l’incidence réelle de salmonellose dans la population que le nombre de cas rapportés.

* L’article rapporte, « La France était un cas particulier avec une séroincidence relativement élevée mais un risque relativement faible d'infection à Salmonella associée aux voyages. »

Enfin, concernant Salmonella, l’EFSA a publié le 8 février 2019 un communiqué intitulé, Cas de Salmonella chez l'homme : évaluation des objectifs de réduction actuels de l'UE, que j’avais présenté sous le titre, Cas de Salmonella chez l'homme : les objectifs de réduction actuels de l'UE revus à la baisse, selon l'EFSA.