Retour sur l'investigation d’une épidémie nationale de Salmonella Dublin associée à une consommation de fromages au lait cru, France, 2015 à 2016

Dans un article de janvier 2019 intitulé, « Démêlage d'une épidémie à Salmonella liée à des fromages au lait cru en France, 2015 à 2016 », je rapportais les cas de maladies infectieuses d’origine alimentaire liés à l consommation de Morbier et au Mont d’Or.

Voici que Santé publique de France, dans son article du mois de février 2019, nous relate l’« Investigation d’une épidémie nationale de Salmonella Dublin associée à une consommation de fromages au lait cru, France, 2015 à 2016 ».

En anglais, cela donne « Disentangling a complex nationwide Salmonella Dublin outbreak associated with raw-milk cheese consumption, France, 2015 to 2016 » ou « Démêlage d’une épidémie complexe à Salmonella Dublin à l'échelle nationale associée à la consommation de fromage au lait cru, France, 2015 à 2016 ».

Comme il ne s’agit pas du même article, j’ai souhaité vous faire partager ce qui s’est dit dans cet article du mois par Santé publique de France.

On apprend ainsi :

En France métropolitaine entre le 17 novembre 2015 et le 11 mars 2016, 83 cas avec une infection à Salmonella Dublin ont été identifiés par le CNR ce qui fait de cette épidémie de Salmonella Dublin une des plus importantes en France de ces dernières années.

Salmonella Dublin est un sérotype de salmonelle particulièrement invasif chez l’homme et plus fréquemment responsable de pathologies sévères et de taux de mortalité plus importants comparé aux autres sérotypes de salmonelle. Salmonella Dublin peut être isolé chez les bovins, avec pour vecteur typique de transmission dans les intoxications alimentaires, le lait cru et les fromages au lait cru. 

Cette investigation a été novatrice à au moins deux titres. Au niveau microbiologique, le Centre national de référence a utilisé deux méthodes. La première, le Multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA), avait déjà été utilisée dans de précédentes investigations d’intoxications alimentaires. La seconde, le Whole genome sequencing (WGS), a été utilisée pour la première fois pour cette épidémie d’infections à Salmonella Dublin et a permis de mieux discriminer les clusters de cas (cas groupés –aa) par rapport au MLVA. L’utilisation du WGS peut faciliter la caractérisation du lien entre les cas humains et les sources potentielles de contamination et peut aussi fournir une meilleure image du contexte global de l’épidémie en la reliant avec d’autres épidémies, concomitantes ou plus anciennes. Le WGS est désormais utilisé en routine au CNR depuis 2017. Au niveau épidémiologique, pour la première fois en France, le recrutement des témoins dans une investigation épidémiologique s’est fait à partir d’une cohorte de personnes participant à un projet de recherche en ligne, l’étude GrippeNet.

Parmi les questions posées à Aymeric Ung, épidémiologiste à Santé publique France, j’ai retenu la question suivante :

Cette investigation a montré l’ampleur de cette épidémie sur la quasi-totalité du territoire français. Quels en sont les résultats marquants ? A-t-elle permis d’identifier les aliments mis en cause et d’apporter des mesures de gestion ? 

Effectivement, les 83 cas ont été identifiés dans 12 des 13 régions de France métropolitaine, avec 19 cas (23 %) provenant de la seule région Bourgogne-Franche-Comté. L’âge médian des cas était de 70 ans. Au total, 10 décès (12 %) ont été reportés sans information disponible sur la cause de décès. Nous avons pu interroger 63 cas (76% des cas), 68% avaient été hospitalisés et 66% des cas pour lesquels l’information était disponible déclaraient des maladies chroniques (asthme, cancer…).

Les investigations microbiologiques, épidémiologiques et environnementales ont pointé vers deux fromages au lait cru, le morbier et le mont d’Or, comme étant les sources de contamination probables de cette épidémie de Salmonella Dublin. L’utilisation rétrospective du WGS a par ailleurs confirmé la survenue de précédentes épidémies de Salmonella Dublin en 2012. 

Les résultats de cette investigation ont pointé vers plusieurs producteurs de fromage de la même région comme sources potentielles de l’épidémie. Il a été difficile d’identifier précisément les lots consommés par les cas car certains fromages ont été consommés à la coupe et également du fait de la fréquence importante de consommation de ces fromages par les cas.  

Suite à cette investigation, le groupe des producteurs de morbier et de mont d’Or a mis en place un plan d’action, incluant notamment un test systématique pour la salmonelle des lots de morbier et mont d’Or vendus à partir de février 2016, des visites des fermes plus régulières par des vétérinaires, une meilleure détection du bétail contaminé et leur élimination. 

Selon un article du 28 avril 2018, du Dauphiné.com, « Une dizaine de morts à cause de morbier et Mont-d’Or contaminés. »

Une dizaine de personnes sont mortes et près de quatre-vingt ont été malades en 2015 et 2016. Elles auraient été contaminées par du fromage notamment du morbier et du Mont d’Or, selon de la cellule investigation de Radio France.