Des chercheurs identifient certaines bactéries intestinales susceptibles de causer le cancer de l'intestin

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Au cours de la National Cancer Research Institute (NCRI) Cancer Conference de Glasgow, 3-5 novembre 2019, une étude a exploré le rôle causal du microbiome humain intestinal sur le cancer colorectal par la randomisation mendélienne*.

Des chercheurs identifient certaines bactéries intestinales susceptibles de causer le cancer de l'intestin. Source eurekalert.

Des personnes qui ont un certain type de bactéries dans leur intestin risquent davantage de développer un cancer de l'intestin.

Dans la première étude utilisant une technique appelée randomisation mendélienne pour étudier le rôle déterminant joué par les bactéries dans le développement du cancer de l'intestin, le Dr Kaitlin Wade, de l'Université de Bristol (Royaume-Uni), a déclaré aujourd'hui (lundi): « Nous avons trouvé des preuves que la présence d'un type non classifié de bactéries appartenant à un groupe bactérien appelé Bacteroidales augmentait le risque de cancer de l'intestin de 2 à 15%. »

« Cela signifie qu'en moyenne, les personnes atteintes de ce type de bactéries dans le tube digestif présentent un risque légèrement plus élevé de cancer de l'intestin que les autres. Nous avons pu utiliser la randomisation mendélienne pour comprendre le rôle causal que ces bactéries pouvaient avoir. Nos résultats corroborent les études précédentes qui avaient montré que les bactéries de l’ordre des  Bacteroidales étaient plus susceptibles d’être présentes, et en plus grande quantité, chez les personnes atteintes du cancer de l’intestin que chez celles qui n’en souffraient pas. »

Le microbiome est une communauté de micro-organismes, des bactéries dans ce cas, qui se a lieu naturellement dans le corps. Il est de plus en plus évident que la composition du microbiome joue un rôle dans la santé humaine et la vulnérabilité du corps aux maladies. Le microbiome intestinal humain, qui contient environ 3 000 milliards de bactéries, facilite la digestion et protège des infections. Il est déterminé par la constitution génétique de chaque personne et de son environnement. Il est donc propre à chaque personne. De plus, il reste relativement stable tout au long de la vie, à moins d’être affecté par des antibiotiques, une maladie ou un changement de régime, entre autres.

Le Dr Wade, chercheur en début de carrière, a déclaré: « Je voulais savoir si des variations dans le microbiome intestinal humain, comme le nombre de bactéries ou simplement le nombre de types de bactéries différents, pouvaient avoir un impact sur le cancer de l'intestin. De nombreuses études chez la souris et chez l’homme ont montré une association entre le microbiome intestinal et le cancer de l’intestin, mais très peu ont fourni des preuves convaincantes de la causalité. En d’autres termes, il est très difficile de déterminer si des composants du microbiome intestinal peuvent causer le cancer de l’intestin, si la maladie elle-même conduit à une variation du microbiome intestinal ou au fait que l'association soit due à d'autres facteurs qui provoquent une variation dans les deux. »

La randomisation mendélienne utilise une analyse statistique complexe de données provenant de grandes populations pour fournir des preuves de cause à effet, plutôt que simplement l'existence d'une association.

« Avec la randomisation mendélienne, nous utilisons les variations génétiques naturelles héritées de manière aléatoire des individus, qui modifient les niveaux de bactéries dans le microbiome intestinal de manière à imiter un essai randomisé, afin de déterminer si des individus de constitution génétique différente, et donc de profils de microbiome intestinal différents, présenter un risque différent de cancer colorectal », a expliqué le Dr Wade. « De cette manière, nous ne devons pas modifier directement le microbiome intestinal de quelqu'un en donnant des antibiotiques ou des probiotiques dans le cadre d'un essai randomisé, ni perdre du temps à attendre si des membres de la population ont le cancer colorectal. Nous avons simplement besoin d'études disposant déjà de ces informations mesurées. »

Les chercheurs ont utilisé des données provenant de 3 890 personnes participant au projet flamand Gut Flora, à l’étude German Food Chain Plus et à l’étude PopGen, ainsi qu’à 120 328 personnes appartenant à l’international Genetics and Epidemiology of Colorectal Cancer Consortium. Ces études ont recherché de petites variations dans le génome des participants qui se produisent plus fréquemment chez les personnes atteintes d'une maladie ou caractéristiques particulières que chez les personnes ne présentant pas cette maladie ou caractéristiques - appelées études d'association pangénomique (GWAS).

Ils ont constaté que la variation génétique dans la population dans certaines parties du génome était liée à la présence ou à la variation de 13 types de bactéries intestinales, et que les personnes présentant un type non classifié de bactéries du groupe Bacteroidales présentaient un risque plus élevé de cancer de l'intestin par rapport à aux personnes qui n'avaient pas ces bactéries.

Le Dr Wade a déclaré que ses conclusions devaient être reprises par d'autres études utilisant différents ensembles de données et méthodes avant que les implications pour la santé humaine puissent être pleinement comprises.

« Nous devons classer les espèces ou les souches de bactéries exactes du groupe Bacteroidales, et nous devons faire plus de travail pour comprendre comment et pourquoi la variation génétique humaine peut altérer le microbiome intestinal. Même si ces résultats montrent que ces bactéries peuvent causer le cancer de l'intestin, nous ne savons pas si essayer de les modifier dans le but de réduire le risque de cancer de l’intestin pourrait avoir d’autres effets imprévus sur d’autres aspects de la santé. Cependant, je pense que nous sommes à la pointe de la compréhension et de l’appréciation de la complexité de ces relations - non seulement celles entre le microbiome intestinal humain et la maladie, mais également entre la variation génétique humaine et le microbiome intestinal même - qui est nécessaire pour utiliser de manière appropriée ces méthodes pour évaluer la causalité », a-t-elle conclu.

Le professeur Ian Tomlinson, nouveau directeur du Cancer Research UK Edinburgh Centre de l'Université d'Edinburgh, Royaume-Uni, est membre du comité scientifique de la conférence du NCRI et n'a pas participé à l'étude. Il a déclaré: « Les méthodes de randomisation mendélienne sont de plus en plus utilisées pour fournir des indications sur les facteurs de risque de causalité en analysant les associations génétiques avec une maladie et avec les facteurs de risque. C’est l’une des premières études à utiliser ces méthodes pour mieux comprendre les raisons de la les liens supposés et plausibles - mais en grande partie non prouvés - entre le microbiome et le cancer de l'intestin. »

« La stabilité du microbiome intestinal est en cause et il existe des relations complexes entre les types et le nombre de bactéries présentes, et il est donc trop tôt pour attribuer un lien de causalité aux résultats rapportés. Néanmoins, des études plus vastes similaires pourraient améliorer considérablement notre compréhension du développement du cancer de l'intestin. »

*L’utilisation de marqueurs génétiques, reposant sur une méthode appelée randomisation mendélienne, permet de réduire les risques de biais afin d’estimer la relation causale entre un facteur de risque (phénotype) et une maladie.

Développée depuis 2003, la randomisation mendélienne s’est imposée comme un outil de recherche important en épidémiologie permettant d’explorer de nombreuses associations complexes, notamment lorsque des essais randomisés contrôlés sont indisponibles. Source IUMSP Lausanne.