La
plupart des aspects techniques liés au séquençage ont été
résolus, mais le partage des données et la confiance restent des
problèmes clés, selon des experts européens.
L’Autorité
européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le groupe de travail
des Laboratoires de référence inter-européens (EURL) de la
Commission européenne sur le prochain séquençage du génome (NGS)
ont organisé cette semaine la deuxième conférence Science Meets
Policy. Plus de 100 personnes de 20 pays y ont participé en
personne, tandis que le nombre de personnes en ligne a culminé à
257.
Stefano
Morabito de l'Institut national italien de la santé (ISS), George
Haringhuizen de l'Institut national néerlandais pour la santé
publique et l'environnement (RIVM), João André Carriço de
bioMérieux, Katja Alt, du ministère fédéral allemand de
l'Alimentation et de l'Agriculture, et Coen van der Weijden, de
l'Autorité néerlandaise de sécurité des produits alimentaires et
de consommation (NVWA) ont participé à une table ronde.
Les
experts ont souligné la nécessité de faire preuve de flexibilité,
d'autant plus qu'il existe 27 pays en Europe à différents stades
d'utilisation du séquençage du génome entier et que les épidémies
peuvent impliquer des pays extérieurs à l'UE. Ils ont discuté des
types de données nécessaires, de la qualité et de la comparabilité
des données, des problèmes de ressources, de la manière
d'instaurer la confiance et du rôle des différentes parties,
notamment les services réglementaires et l'industrie.
Le
système One Health WGS de l’EFSA et de l’ECDC fonctionne depuis
juillet 2022 et, même si les choses se passent bien, tous les États
membres n’y contribuent pas de la même manière.
Dilemme
du partage de données
Bernhard
Url, directeur exécutif de l’EFSA, a dit que le partage de données
génomiques se trouvait désormais à un tournant.
«Nous
pensons que d’un point de vue technologique et méthodologique,
nous sommes prêts à utiliser les données WGS plus largement et
avec plus d’impact. De nombreux problèmes ont été résolus et
l'infrastructure technique a été construite. Il ne fait aucun
doute, du moins au sein de la communauté, que le partage de données
ajoute de la valeur, car il permet une détection plus rapide des
épidémies et une meilleure traçabilité. Cela augmente la
probabilité de relier des cas sporadiques aux clusters et de
détecter les épidémies, et il y a un impact économique
mesurable», a-t-il dit.
«Cependant,
même si l’on sait que le partage de données est utile, certains
obstacles empêchent encore une utilisation plus large», a dit Url.
«Il
existe des lacunes technologiques dans la mesure où tous les États
membres ou organisations n'utilisent pas régulièrement le WGS. On
s’inquiète également du fait que des personnes et des pays disent
que nous ne disposons pas d’une base juridique solide pour partager
des données. On craint que les personnes perdent le contrôle des
données, qu’ils produisent les données, les partagent mais ne
sachent pas ce qui se passe ensuite. On craint que si cette
technologie était utilisée à grande échelle, beaucoup plus de
clusters seraient détectés, ce qui est une bonne chose du point de
vue de la santé publique, mais cela augmenterait également la
charge de travail des autorités nationales pour suivre et traiter
ces clusters.»
Url
a dit qu’il serait «imprudent» d’attendre que les législateurs
définissent les règles du jeu.
«La
communauté WGS doit faire sa part pour créer les conditions du
succès. Nous pensons que nous pouvons faire beaucoup pour faire
progresser le partage de données dans le cadre législatif actuel.
Nous devons encore travailler à créer une compréhension mutuelle
sur les avantages et les limites de cette technologie. Nous devons
nous mettre d’accord sur des lignes directrices, des processus et
des procédures communs, sinon nous ne saurions pas comment comparer
les différents résultats», a-t-il dit.
«Nous
voulons agir aussi ouvertement que possible mais aussi
confidentiellement que nécessaire, il y a une ligne fine que nous
devons trouver. L'EFSA a investi des ressources dans la création
d'une infrastructure technologique permettant le partage de données
WGS, principalement pour lutter contre les menaces d'origine
alimentaire. Nous continuerons à faire notre part pour faire
progresser le partage des données génomiques.»
 |
| Eric Stevens |
Point
de vue des États-UnisEric Stevens, de la Food and Drug Administration des États-Unis, a
dit que le réseau GenomeTrakr est le résultat de 12 années de
travail. Fin 2021, il y avait 600 000 génomes dans la base de
données publique, aujourd’hui c’est plus de 1 000 000 séquences.
«Après
plus d'une décennie d'expérience, ce n'est pas le séquençage qui
constitue le défi lors de la transition vers ces données, mais la
manière dont vous allez les analyser, former le personnel, acquérir
les compétences et permettre à l'ensemble du système de les
utiliser efficacement.»
«Les
métadonnées aident à dresser un tableau complet. Sans elles, vous
disposez d’une séquence d’ADN qui ne peut vous renseigner que
sur certaines choses. Les données contextuelles donnent vie à ces
données, elles vous indiquent d'où viennent ces bactéries, comment
elles vivaient et lorsque nous commençons à réfléchir aux
interventions que nous pouvons faire, nous avons besoin de ces
informations pour comprendre la situation dans son ensemble.
«Pour
nous, la meilleure utilisation est de rendre les données ouvertes
accessibles à tous, car quelqu'un peut s'intéresser à Salmonella,
quelqu'un d'autre à E. coli
et parfois ces données se chevauchent avec des interventions que
vous pouvez effectuer pour des contrôles préventifs et réduire la
contamination.»
Stevens
a dit qu'une fois les données entrées dans la base de données,
diverses choses peuvent être examinées.
«Quand
on commence à penser à la chaîne alimentaire mondiale, on peut se
demander où avons-nous besoin de plus de données.et commencer à
réaliser des projets pour résoudre ces problèmes afin de mieux
comprendre comment les aliments sont contaminés en premier lieu.
Vous ne sauriez rien de tout cela si vous n’aviez pas les données
qui peuvent vous aider à montrer la voie», a-t-il dit.
«GenomeTrakr
est responsable de près de 100 000 isolats alimentaires et
environnementaux afin de dresser un tableau plus complet du lien
entre les isolats cliniques et leurs sources, afin que nous puissions
non seulement répondre aux épidémies d'origine alimentaire, mais
aussi essayer de les prévenir. Lorsque vous commencez à examiner
d’où proviennent vos sources d’isolats alimentaires et
environnementaux liés aux maladies humaines, vous pouvez commencer à
attribuer les sources et à un ciblage plus préventif. Si nous
pouvons parvenir à un point où nous pouvons télécharger des
données en temps réel, nous pouvons commencer à établir ces
connexions le plus tôt possible pour retirer un produit contaminé
du marché.»
Cela
peut également aider à passer de la réponse aux épidémies à la
prévention de la contamination.
«Dans
un établissement par exemple, vous n'allez pas faire de WGS pour
identifier un agent pathogène, vous pouvez faire une méthode de
culture rapide pour voir sa présence ou son absence. Mais si vous
avez un établissement qui se demande s'il y a un agent pathogène
résident, vous aimeriez à 100% cette information du WGS. Vous
pourriez étendre cela aux exploitations agricoles et aux sources
d’eau potentielles», a dit Stevens.
«Lorsque
vous commencez à réaliser des projets dans différentes parties du
monde, vous commencez à comprendre que tout le monde a des problèmes
qui ne le sont peut-être pas pour vous. Nous avons fait beaucoup de
travail en Amérique latine et le gros problème pour se lancer dans
le séquençage est la disponibilité des réactifs. Nous entendons
dire que cela coûte cinq à sept fois plus cher que ce que nous
payons. Lorsque nous parlons de l’utilisation de cette technologie
dans le monde, nous devons commencer à nous concentrer sur les
questions qui auront le plus d’impact.»
