Investigation sur une source d'augmentation de E. coli dans l'UE

« Investigation sur une source d'augmentation de E. coli dans l'UE », source Food Safety News du 21 février 2020.

Une source d'origine alimentaire est une voie à l'étude dans le cadre d'une augmentation de E. coli en Europe.

Entre 2017 et 2019, le Centre national de référence pour les bactéries gram négatifs multirésistantes et les responsables allemands de la santé ont détecté une augmentation de E. coli producteurs d'oxacillinase-244 (OXA-244).

Les autorités européennes ont déclaré que l'augmentation des cas de carbapénémases de type OXA-244 difficiles à détecter chez une espèce comme E. coli qui provoque des infections en ville est préoccupante. Ils ont ajouté qu'il existe un risque de transmission en ville qui pourrait contribuer à la perte des carbapénèmes comme options de traitement des infections graves à E. coli en Europe.

La source et la voie de transmission de E. coli producteurs d'OXA-244 en Europe et au Royaume-Uni ne sont pas claires.

Augmentation des cas depuis 2013

Une porte-parole du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a déclaré qu'il est probable que plusieurs voies de transmission jouent un rôle dans l'augmentation.

« La transmission par les aliments n'est qu'une hypothèse qui est actuellement envisagée dans le contexte des E. coli producteurs d'OXA-244 en Europe. Nous manquons de preuves sur l'origine alimentaire, comme l'isolement dans des denrées alimentaires d'isolats de E. coli producteurs d'OXA-244 avec une relation génomique étroite avec des isolats humains, ou une exposition commune à un certain produit par des personnes atteintes par E. coli producteurs d'OXA-244 dans différentes régions d'Europe », a-t-elle déclaré à Food Safety News.

Les données de l'UE ont montré que 33 cas à E. coli producteurs d'OXA-244 ont été détectés entre 2013 et 2015, suivis de 31 en 2016, 21 en 2017, 83 en 2018 et 116 en 2019. Cependant, l'utilisation du séquençage du génome complet (WGS) pourrait avoir conduit à une identification plus discriminatoire des cas à partir d'échantillons et a contribué à l'augmentation, selon des responsables.

Les données du WGS ont identifié un groupe principal, géographiquement dispersé, de E. coli de séquence type 38 avec le gène blaOXA244 présent dans les pays qui avaient soumis des données. Il s'agit du Danemark, de la Finlande, de la France, de l'Allemagne, de l'Irlande, du Luxembourg, des Pays-Bas, de la Norvège, de la Suède et du Royaume-Uni. La plupart des cas deces cas groupés ont été détectés en 2018 et 2019.

Les premiers isolats détectés aux Pays-Bas et au Royaume-Uni datent de 2013. L'un l'a été cette année. Une augmentation des E. coli ST38 producteurs d'OXA-244 a également été observée en Suisse.

Un chevauchement dans le temps et le lieu a été constaté pour quelques cas en Allemagne, indiquant une possible transmission de personne à personne. Les cas groupés associées aux soins de santé n'ont pas été observées et la transmission dans les milieux de santé ne peut pas expliquer la distribution dans 10 pays et différentes régions des pays sans réseaux hospitaliers liés.

La possibilité des aliments doit être étudiée

La transmission par le biais d'aliments d'origine animale ou non animale, par contact avec l'environnement ou contact direct avec les animaux, est possible, selon l'ECDC.

Cependant, aucun isolat de E. coli producteurs d'OXA-244 provenant de sources alimentaires ou animales n'a été identifié en Europe. Les aliments ou produits d'origine animale importés de régions où les carbapénémases de type OXA-48 sont endémiques ou des aliments d'origine nationale pourraient être un facteur contributif.

Des isolats de E. coli ST38, qui ne portaient pas le gène blaOXA244, ont été retrouvés dans de la viande, la volaille et les humains en Allemagne et chez le poulet vendu au détail en Norvège, avec des isolats apparentés également chez l'homme. Dans une étude aux États-Unis, la viande s'est révélée être une source possible d'infections des voies urinaires en ville causées par E. coli, avec ST38 une séquence type courant chez l'homme et la viande vendue au détail.

L'ECDC a déclaré qu'étant donné les implications potentielles pour la santé publique, la possibilité que des aliments et des produits animaux contaminés par E. coli producteurs d'OXA-244 soient distribués sur une vaste zone géographique nécessite une investigation. D'autres études sont nécessaires pour déterminer si l'environnement, les cultures, les animaux et les aliments contaminés par E. coli producteurs d'OXA-244 ont contribué à l'épidémie.

Des informations sur les voyages n'étaient disponibles que pour quelques cas, mais la Turquie et l'Égypte étaient des destinations ou des pays d'hospitalisation précédemment signalés.

E. coli ST38 porte souvent des gènes codant pour des bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE).

La porte-parole de l'ECDC a déclaré que la plupart des patients ne semblent être que des porteurs, donc asymptomatiques en termes de E. coli producteurs d'OXA-244, ou ont eu des infections des voies urinaires.

« En ce qui concerne la période d'incubation, il est connu que des organismes multirésistants tels que E. coli producteurs d'OXA-244 peuvent persister dans la flore intestinale pendant des mois. L'infection, en particulier les infections des voies urinaires, peut survenir à partir de cette source à tout moment pendant le portage. La période d'incubation peut donc être extrêmement variable, ce qui complique également les investigations épidémiologiques car l'exposition et la transmission peuvent se produire bien avant l'infection ou la détection. »