Les infections à Campylobacter atteignent un niveau record au Danemark. Plus de cas d'infections aussi en fonction de la météo

« Les infections à Campylobacter atteignent un niveau record au Danemark », source article de Joe Whitworth paru le 16 février 2020 dans Food Safety News et complété par mes soins -aa.

Le Danemark a enregistré son plus grand nombre de cas d'infection à Campylobacter en 2019, selon un rapport du Statens Serum Institut (SSI).

Campylobacter reste la bactérie qui provoque le plus fréquemment des infections gastro-intestinales dans la population danoise.

Le rapport du Statens Serum Institut (SSI) montre que le nombre de patients augmente. L'année dernière, 5 389 patients ont été diagnostiqués au Danemark et en 2018, 4 547 cas ont été enregistrés.

L'incidence était élevée chez les jeunes adultes dans la vingtaine en 2018 et 2019 et le taux chez les personnes âgées de plus de 85 ans et en particulier chez les hommes était plus élevé que précédemment. Chez les jeunes enfants de 0 à 4 ans, l'incidence était plus faible que précédemment.

Infections à l'étranger

De tous les cas en 2018, 1 514 (33%) avaient été acquis à l'étranger. Ce chiffre était de 1 928 (36%) en 2019. La proportion de personnes infectées à l'étranger dépassait les chiffres précédents, car elle était de 47% en 2018 et de 56% en 2019, selon les chiffres de la base de données nationale de microbiologie. Les données des années précédentes, basées sur des entretiens et un échantillon de patients, indiquent qu'un tiers de tous les patients ont été infectés à l'étranger.

En 2019, la Turquie représentait les infections les plus enregistrées avec 192, suivie de l'Espagne avec 191, la Thaïlande avec 90, l'Indonésie avec 85, l'Inde avec 60, la France avec 50 et le Maroc avec 49.

Pour la première fois, des isolats de Campylobacter ont été collectés auprès d'un échantillon de patients danois et systématiquement analysés par séquençage du génome complet (WGS) en 2019. Cela a révélé que diverses petites épidémies et une grande épidémie se sont produites. Ces foyers étaient principalement dus à de la viande de poulet produite au Danemark.

Le SSI a commencé à surveiller les infections à Campylobacter sur la base du WGS des isolats de Campylobacter jejuni et Campylobacter coli. Avec trois départements de microbiologie clinique (DCMs), tous les isolats de patients à culture positive en 2019 ont été soumis au DCM d'Aalborg avec un échantillon mensuel au DCM d'Odense et au DCM de Slagelse. Le SSI a reçu un petit nombre d'isolats d'autres DCMs.

Aperçu des épidémies

« Auparavant, on supposait que Campylobacter ne provoquait que très rarement des flambées de maladie. Mais nos résultats démontrent que de nombreuses épidémies à Campylobacter se produisent dans la population danoise - et que ces épidémies sont principalement causées par des aliments », a déclaré Eva Møller Nielsen, qui dirige les travaux du SSI sur le séquençage du génome de Campylobacter.

L'introduction de diagnostics par PCR sur les matières fécales affecte le nombre de cas positifs enregistrés, selon SSI, mais cela ne peut pas expliquer toute l'augmentation.

Plus de 90 pour cent des 668 isolats soumis étaient dus à Campylobacter jejuni et les autres étaient dus à Campylobacter coli. Les résultats de l'analyse WGS ont montré que la moitié d'entre eux faisaient partie d'un cluster. Les isolats formaient un grand nombre de petits groupes avec deux à quatre patients et 14 groupes plus grands de plus de cinq patients.

Un total de 88 personnes avaient une infection à Campylobacter jejuni avec le même clone appartenant à la séquence type, ST122. Les patients atteints de ce type ont été enregistrés tout au long de l'année et davantage en février à août. Le clone ST122 représentait 13% de tous les isolats de Campylobacter typés par WGS en 2019. Ce type a également été trouvé dans de la viande de poulet d'un abattoir appartenant à HKScan à Vinderup.

Dans le même temps, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise (Foedevarestyrelsen) a effectué un WGS sur des isolats de Campylobacter provenant de viande de poulet.

Avec cette agence et l'Université technique du Danemark, le SSI a comparé les séquences du génome de Campylobacter de patients et de viande de poulet. Environ un tiers des patients avaient un isolat de Campylobacter identique aux bactéries détectées chez le poulet.

L'épidémie avec le clone ST122 correspondait aux isolats de la viande de poulet produite dans un seul abattoir et a été attribuée à un seul producteur, mais d'autres entreprises pourraient avoir été touchées.

La surveillance basée sur le WGS se poursuit en 2020 avec un échantillon similaire de Campylobacter provenant de patients diagnostiqués dans quatre des DCMs du pays et des analyses continues d'échantillons de viande de poulet et d'autres sources significatives d'aliments.

L'objectif est de détecter des éclosions nationales plus importantes, de mieux comprendre la contribution de différentes sources alimentaires au nombre d'infections et de contribuer aux efforts de réduction des infections à Campylobacter d'origine alimentaire.

Plus personnes sont malades quand il pleut

Campylobacter n'est pas exclusivement transmis que par les aliments. La bactérie est également transmise de l'environnement extérieur par contact avec la saleté, l'eau, le sable et les animaux. Cela était, entre autres, évident d'une autre étude dans laquelle les informations sur où et quand les patients étaient tombés malades étaient comparées aux données météorologiques. Cela a été fait pendant plusieurs années pour le Danemark et les autres pays scandinaves. Entre autres, les résultats ont démontré que davantage de personnes sont tombées malades à la suite de périodes de fortes pluies. Cela signifie que davantage de patients peuvent être attendus dans les années à venir si les changements climatiques, comme cela a été prévu, amèneront plus de pluie et plus de périodes avec de fortes pluies.

« Il semble que les changements climatiques signifieront que la haute saison d'infection à Campylobacter peut s'étendre au-delà des mois d'été, et en général que plus de personnes seront touchées par les infections dans les années à venir que ce n'est le cas actuellement. Des analyses comme celles-ci peuvent nous préparer aux conséquences des changements climatiques en termes de nombre futur d'infections gastro-intestinales », note la chercheuse Katrin Kuhn du SSI, qui a analysé les données climatiques nordiques et les données sur les infections.