L'utilisation du séquençage du génome complet des pathogènes est ‘extrêmement limitée’ dans les pays en voie de développement

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« L’utilisation du séquençage du génome complet des pathogènes est ‘extrêmement limitée’ dans les pays en voie de développement », source Food Safety News.

Selon une étude, l'utilisation du séquençage du génome complet est extrêmement limitée dans la plupart des pays en voie de développement.

Des chercheurs ont constaté que, bien que certains pays n’aient pas la capacité de collecter et d’analyser les données générées par le séquençage du génome complet, la principale lacune technique dans la plupart des pays en voie de développement réside dans l’interprétation des données faisant appel à la bioinformatique. L'étude a été publiée dans le journal Foodborne Pathogens and Disease et est disponible gratuitement et en intégralité.

Un examen de la portée et une session d’un groupe de discussion ont permis de comprendre l'utilisation de séquençage du génome complet pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire et la surveillance des aliments à l'échelle mondiale et d'identifier les limites pour les pays en voie de développement dans l'adoption du séquençage du génome complet pour leurs systèmes de contrôle des aliments. Des experts du Ghana, d’Iran, des Philippines, du Soudan, de la Tanzanie et de la Thaïlande faisaient partie du groupe de discussion.

La sous-déclaration des maladies d'origine alimentaire et les cas de contamination microbienne est fréquente dans les pays développés et en voie de développement; toutefois, le nombre extrêmement faible de foyers déclarés par les pays en voie de développement ne reflète probablement pas la situation réelle dans ces pays.

Différences entre pays développés et en voie de développement

Les résultats ont montré que certains pays développés utilisent régulièrement le séquençage du génome complet dans les systèmes de surveillance des aliments, ce qui permet de mieux comprendre les causes des épidémies. Dans les pays en voie de développement, la connaissance du séquençage du génome complet existe dans les secteurs universitaires et de la recherche; toutefois, au niveau gouvernemental, on comprend peu l’utilité de ce principe pour les activités de réglementation de la sécurité sanitaire des aliments.

Les lacunes dans les connaissances et les capacités des pays développés et en voie de développement concernant l'utilisation du séquençage du génome complet introduiront probablement une inégalité dans le commerce international des produits alimentaires. Les organisations internationales et les pays qui connaissent déjà bien le séquençage du génome complet ont un rôle important à jouer pour aider les pays en voie de développement à tirer pleinement parti de la technologie et de ses applications dans la gestion de la sécurité des denrées alimentaires, ont déclaré des chercheurs.

L'examen de la portée a révélé que plus de 10 pays utilisaient le séquençage du génome complet à des fins réglementaires, contre quatre qui l'utilisaient pour la gestion de la sécurité des denrées alimentaires en 2016. Toutefois, il a également été constaté que ces autres pays étaient des pays développés. Il n'y avait aucune donnée indiquant qu'un pays en voie de développement ait commencé à utiliser le séquençage du génome complet dans le système gouvernemental, ce qui a été confirmé par le groupe de discussion.

Tous les participants au groupe de discussion se sont déclarés prêts à utiliser la technologie pour contribuer à leurs systèmes nationaux de contrôle des aliments, mais le manque d'engagement des niveaux hiérarchiques supérieurs a constitué un obstacle à leur utilisation.

Selon les membres du groupe de discussion, des laboratoires nationaux bien équipés sont disponibles pour l'analyse des isolats, mais le séquençage du génome complet doit être effectué systématiquement si ce système est utilisé comme base pour les systèmes de surveillance des aliments, selon l'étude.

Le séquençage du génome complet est-il rentable?

Certains instituts de recherche, tels que l’Institut Pasteur en France, ont mené des études sur le séquençage du génome complet dans des pays en voie de développement pour promouvoir la technologie. Avant d'introduire le séquençage du génome complet, il est essentiel que les pays disposent d'un mécanisme systématique pour collecter les isolats et les métadonnées à partir d'échantillons cliniques, d'aliments et de l’environnement.

« En supposant qu'il soit déjà coûteux pour les pays en voie de développement de mettre pleinement en œuvre les méthodologies traditionnelles pour détecter les épidémies d'origine alimentaire, il est nécessaire de se demander si l'intégration du séquençage du génome complet serait rentable pour améliorer les situations de détection/déclaration d'épidémie », selon l'étude.

L'universalité du séquençage du génome complet a un avantage en efficacité et le coût par échantillon a diminué. Bien que cela puisse contribuer à des économies de coûts pour l'identification des agents pathogènes d'origine alimentaire, le coût global peut rester élevé, car le séquençage du génome complet nécessite des infrastructures appropriées et un équipement en état de fonctionnement et du personnel.

En juillet 2018, entre 11 000 et 18 000 articles scientifiques traitaient de l'utilisation des technologies génomiques pour l'identification, l'investigation et/ou la prévention des épidémies de maladies d'origine alimentaire.

Des études de cas réalisées aux États-Unis, au Danemark et en Angleterre ont montré comment le séquençage du génome complet peut être intégré au système réglementaire de sécurité sanitaire des aliments pour les investigations sur les épidémies avec des avantages, telles que la spécificité, permettant une meilleure définition des cas pour améliorer la gestion des épidémies, la sensibilité, permettant de lier des maladies apparemment sporadiques survenant sous le radar de la surveillance des épidémies et la précision, déterminant la cause fondamentale des éclosions complexes.

L’introduction du séquençage du génome complet au Kenya a attiré l’attention des décideurs sur l’importance de la sécurité sanitaire des aliments et a servi de base à la mise en place d’un système national de contrôle des aliments. Le Kenya Medical Research Institute a introduit le séquençage du génome complet pour séquencer des souches d'agents pathogènes sélectionnés à partir d'échantillons cliniques et le gouvernement a été en mesure de cartographier les points chauds de la maladie afin de réviser les systèmes existants et d'identifier les aliments à haut risque.

Les bases de données et les plates-formes pour le partage de données du séquençage du génome complet comprennent la base de données Genome Trakr de la FDA, European Nucleotide Archive et la DNA Data Bank of Japan. Certaines initiatives, telles que le Global Microbial Identifier, tentent de renforcer le partage mondial des données.