Des chercheurs aident à identifier des gènes d’intérêt dans les infections bactériennes

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

« Des chercheurs aident à identifier des gènes d’intérêt dans les infections bactériennes », source Food Safety News.

Des chercheurs ont mis au point une base de données facilitant l'identification de protéines cibles pouvant aider à lutter contre les maladies infectieuses.

Des scientifiques du département de biochimie et de biologie moléculaire de l'Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) et du Centre of Genomic Regulation (CGR) ont déclaré que cela accélérerait également le développement de nouveaux agents antimicrobiens.

L’équipe de scientifiques de l’UAB et du CRG qui a créé la base de données BacFITBase.

La base de données BacFITBase contient 90 000 entrées contenant des informations sur des gènes de bactéries pathogènes et leur contribution aux conditions infectieuses in vivo chez cinq espèces hôtes différentes. Des études in vivo examinent les effets sur des organismes ou des cellules entiers et vivants. Selon l'étude publiée dans la revue Nucleic Acids Research, de nombreux mécanismes sous-jacents à la pathogenèse bactérienne sont encore mal compris.

Cela comprend des informations sur 15 bactéries, dont deux variants de Salmonella enterica, trois types de E. coli, Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii et Vibrio parahaemolyticus, avec des informations sur 10 tissus différents.

Les chercheurs espèrent continuer à enrichir la base de données au cours des prochaines années en tant que référentiel de protéines bactériennes qui pourraient constituer des cibles importantes dans la lutte contre les maladies infectieuses.

Gènes nécessaires lors de l'infection de l'hôte

Les maladies infectieuses sont causées par des micro-organismes pathogènes qui pénètrent, colonisent et se développent dans l'organisme hôte et provoquent une infection. Les protéines codées par les gènes bactériens sont responsables des processus biochimiques aidant le pathogène.

D'autres études ont montré que pour identifier ces gènes, des informations in vivo sont nécessaires sur ce qui se passe avec la bactérie chez un hôte infecté. Les études in vitro, qui sont celles recréées en laboratoire avec des cultures cellulaires et bactériennes, ne correspondent pas toujours aux données des études in vivo. En effet, les gènes bactériens pathogènes essentiels à la production d’infections dépendent de l’environnement de l’organisme colonisé. Les maladies infectieuses ne peuvent être correctement comprises que dans le contexte des interactions hôte-pathogène, car les bactéries pathogènes ne se développent pas seules mais dans un environnement de l’hôte complexe.

Sur la base des résultats d'expériences in vivo, les chercheurs ont caractérisé des gènes bactériens d’intérêt pour l'invasion et l'infection des cellules hôtes. Toutes les expériences étaient basées sur une technique connue sous le nom de mutagenèse par transposons, dans laquelle des fragments d’ADN appelés transposons sont transférés aux gènes pathogènes de l’organisme, afin de les inactiver. Cela signifie que leur rôle dans l'infection peut être observé directement et que les chercheurs peuvent déterminer lesquels sont nécessaires pour qu'un organisme hôte spécifique soit infecté.

Cela comprend Salmonella Typhimurium ST4/74 d'un bovin, un porc et un poulet de trois types de tissus différents et Salmonella Typhimurium SL1344 d'une souris. E. coli O157:H7 provenant des matières fécales d'un bovin, E. coli M12 et E. coli CFT073 de souris et Campylobacter jejuni 81-176 de souris.

La BacFITBase propose une recherche textuelle pour trouver des gènes bactériens pathogènes spécifiques, une fonction de recherche BLAST permettant de trouver des gènes bactériens similaires à une séquence protéique ou d'acide nucléique présentant un intérêt, une capacité d'interrogation à identifier des gènes à fort impact lors d'une infection et une section didactique. Les espèces pathogènes et/ou hôtes peuvent être spécifiées dans les menus déroulants sur la page recherche.