Rôle des oiseaux dans la diffusion des pathogènes d'origine alimentaire

Voici plusieurs éléments scientifiques qui discutent du rôles des oiseaux dans la diffusion ou non de pathogènes alimentaires sur des aliments ou des animaux autour d'exploitations agricoles … jugez plutôt …

« Les oiseaux ne sont pas si sales? Il n'y a pas assez de preuves pour relier les oiseaux sauvages aux maladies d'origine alimentaire », source communiqué de la Washington State University.

Une étude de la Washington State University (WSU) publiée dans Biological Reviews (Are we overestimating risk of enteric pathogen spillover from wild birds to humans?) le 31 janvier a trouvé peu de preuves pour soutenir le lien entre les oiseaux sauvages et la maladie humaine impliquant ces trois pathogènes, E. coli, Salmonella et Campylobacter, qui peuvent causer des maladies infectieuses d'origine alimentaire.

Le risque perçu des oiseaux sauvages peut avoir un impact sur leur survie, a déclaré Olivia Smith, auteur principal de l'étude et doctorant de la WSU.

« Les agriculteurs sont encouragés à supprimer l'habitat d'oiseaux sauvages pour rendre leur aliments plus sûrs, mais il ne semble pas que ces actions soient basées sur des données », a déclaré Smith. « Lorsque vous limitez les oiseaux des milieux agricoles, vous faites quelque chose qui peut conduire à leur déclin. »

Les populations d'oiseaux ont diminué rapidement au cours des dernières décennies. Les scientifiques estiment que depuis 1970, l'Amérique du Nord a perdu plus de trois milliards d'oiseaux. À la lumière de cela, les chercheurs du WSU ont souligné la nécessité de recherches plus définitives avant de détruire l'habitat et d'interdire les oiseaux des champs au nom de la sécurité des aliments.

Smith et ses collègues, les professeurs du WSU, Jeb Owen et William Snyder, ont analysé les données pour E. coli, Salmonella et Campylobacter dans 431 espèces d'oiseaux nicheurs d'Amérique du Nord et n'ont trouvé aucune étude pertinente pour 65% de ces espèces, y compris les oiseaux que l'on trouve couramment dans des domaines agricoles tels que les rapaces, les grands hérons bleus et les pies à bec noir.

Dans leur examen, les chercheurs n'ont trouvé qu'une seule étude établissant un lien définitif entre les oiseaux sauvages et les éclosions de maladies d'origine alimentaire: un cas où des grues du Canada ont propagé Campylobacter sur des pois frais lors d'une épidémie qui a rendu malade près de 100 personnes en Alaska en 2008.

Les oiseaux les plus étudiés par rapport à ces pathogènes étaient les canards, les oies ainsi que deux espèces non indigènes, les moineaux domestiques et les étourneaux européens, qui ont tendance à pulluler sur les parcs d'engraissement et peuvent contaminer les aliments et l'eau utilisées pour le bétail. Pourtant, il existe une énorme lacune dans les connaissances sur de nombreuses autres espèces indigènes communes qui se trouvent souvent autour des cultures agricoles, y compris le merle d'Amérique.

Seulement 3% des études analysées par les chercheurs ont examiné l'ensemble du processus de transmission de l'oiseau à la plante à l'homme. La majorité a simplement testé les excréments d'oiseaux pour voir si les bactéries étaient présentes ou non.

Pour que les bactéries rendent les personnes malades, l'oiseau doit obtenir des souches pathogènes de E. coli, de Salmonella ou de Campylobacter sur une culture vivrière, et cette bactérie doit survivre assez longtemps jusqu'à ce que des personnes mangent les aliments contaminés, y compris par l'expédition, le lavage, transformation des aliments dans les usines et la préparation des aliments. Les données sur la survie des pathogènes sont également très limitées.

« Les oiseaux sont porteurs de bactéries qui peuvent rendre les gens malades, mais d'après notre examen des études scientifiques, il est difficile de déterminer l'ampleur du risque », a déclaré Smith.

Voici un autre article paru dans Applied and Environmental Microbiologiqe qui traite du « Transport et sous-types des pathogènes d'origine alimentaire identifiés chez des oiseaux sauvages résidant près des terres agricoles en Californie: une étude transversale répétée ».

L'article est disponible intégralement et gratuitement.

Résumé

Les pratiques agricoles actuelles de la Californie visent à assurer la sécurité des aliments et la conservation de l'habitat sur les terres agricoles. Cependant, l'écologie des pathogènes d'origine alimentaire dans les populations d'oiseaux sauvages, en particulier les espèces aviaires résidant à proximité des champs de production de produits frais, n'est pas entièrement comprise.

Dans cette étude transversale répétée, l'avifaune des terres agricoles de Californie a été échantillonnée sur un an. Des excréments, des écouvillons oraux et des écouvillons des pattes/plumes ont été cultivés pour les espèces zoonotiques de Salmonella spp. Escherichia coli O157:H7 et E. coli non producteurs de shigatoxines O157 (STEC) et caractérisés par sérotypage et électrophorèse en champ pulsé.

Sur 60 espèces aviaires échantillonnées, 8 espèces (13,3%, groupes d'oiseaux de moineaux, ictéridés, oies, troglodytes et roitelets) étaient positives pour au moins un de ces pathogènes d'origine alimentaire. Au niveau individuel des oiseaux, la détection des pathogènes d'origine alimentaire était peu fréquente dans les fèces (n = 583; 0,5% Salmonella, 0,34% E. coli O157:H7 et 0,5% E. coli non O157 STEC) et dans les pattes/plumes (n = 401 ; 0,5% de E. coli non-O157 STEC), et elle était absente des prélèvements oraux (n = 353).

Plusieurs sous-types d'importance pour la santé publique ont été identifiés, notamment le sérotype Newport de Salmonella enterica, E. coli O157:H7 et les sérogroupes STEC O103 et O26. À la fin de l'été et à l'automne, le même sous-type de STEC a été retrouvé de façon épisodique chez plusieurs individus de la même espèce et d'espèces aviaires différentes, ce qui suggère une source commune de contamination dans l'environnement. Les bovins fermiers sympatriques partageaient les sous-types de STEC O26 et O163 avec les oies sauvages. Un taux limité de détection positive chez les oiseaux sauvages donne un aperçu du profil de risque général pour les considérations de contamination, mais ne peut pas empêcher ou prédire le risque sur un exploitation agricole individuelle.

Importance

La dynamique de l'excrétion de pathogènes d'origine alimentaire par les oiseaux sauvages sur des terres agricoles n'est pas bien caractérisée. Cette étude d'une année a échantillonné des oiseaux sauvages à la recherche de pathogènes d'origine alimentaire dans les terres agricoles du nord de la Californie. Il y avait une faible prévalence de Salmonella spp., Escherichia coli O157:H7 et E. coli producteurs de shigatoxines non O157 (prévalence, 0,34% à 0,50%) identifiée dans les populations d'oiseaux dans cette étude. Cependant, des pathogènes d'importance pour la santé publique (tels que Salmonella Newport, E. coli O157:H7 et STEC O103 et O26) ont été identifiés dans des échantillons fécaux, et deux oiseaux ont transporté du STEC sur leurs pattes ou leurs plumes. Des souches de pathogènes identiques étaient partagées épisodiquement entre les oiseaux et entre les oies sauvages et les bovins élevés en plein air.

Ce résultat suggère une source commune de contamination dans l'environnement et une transmission potentielle entre les espèces. Ces résultats peuvent être utilisés pour évaluer le risque posé par les intrusions d'oiseaux dans les champs de produits et améliorer les décisions réglementaires en matière de cogestion de la sécurité des aliments et de la conservation de l'habitat des terres agricoles.

Enfin, dans un avis de l'Anses de 2019 relatif aux dangers microbiologiques des aliments consommés crus, on peut lire,

Une épidémie d’infections à STEC à sérotype O26 liée à la consommation de camembert au lait cru est survenue en France en 2005. L’enquête a mis en évidence plusieurs sources potentielles de contamination telles que l’eau d’abreuvoir souillée par des fientes d’étourneaux, l’alimentation en eau par des forages privés non conformes. En outre, certaines pratiques « à risque » d’élevage de veaux ont également été évoquées (InVS 2007). En 2004, 3 cas de SHU liés à E. coli O157:H7 ont été attribués à la consommation de fromage de chèvre (Espié et al. 2006).